方劍雄很大方的將江西兵整編而來的第十一師放在武昌看家，師長是歐陽武。李烈鈞東去南京的時候，歐陽武選擇了離開，投奔了武昌方面，同時還帶來一批基層軍官。湖南兵與湖北兵混編的第十二師，則駐守南昌，王隆中爲師長。劉玉堂被提拔爲第十三師長，率部駐紮九江駐紮。受徐紹幀召喚而來的沈同午爲第十四師長，駐紮地岳陽。十五、十六兩個師暫時各有三千人，只有個架子，師長尚未任命。部隊暫時留在安慶，一邊繼續補充兵員，一邊訓練。整編期間，德國顧問團發揮了巨大的作用，這些顧問可不是簡單的顧而不問，他們最大的作用，就是把一些正規軍的理念帶到了國防軍中。
武昌半年期的速成班，培養了一千多名經歷過革命初期老兵，充實了基層軍官隊伍。這些人出來只能當副排長班長，不像陸軍大學兩年制。畢業出來就是排長。後這一速成班，改成了士官學校，學制兩年。國防軍後來出臺規定，凡事進陸大，必須是士官生畢業。所以說第一批陸大生都是幸運兒，所謂事急馬行田的產物。這都是後話，暫且不提。
整編之後的重炮部隊得到了極大的加強。共計六個重炮團，暫時變成兩個炮兵師。每個炮兵師兩個105榴彈炮團，一個150榴彈炮團。都是德國貨。死燒銀子的玩意。第一重炮師長程芝萱，第二師暫不設師長，由程潛代理師長一職。要說這個程潛。歸附之後很賣力氣，方大帥覺得他帶炮兵還算湊合，出於打招牌的心裡，給他一個代理師長乾乾。不過軍銜還是上校，國防軍提將軍很難，程芝萱還是上校呢。方劍雄自己都只是箇中將，還是自封的。被養的倒是給了個元帥的頭銜，沒要！
重炮部隊實際上都是以團爲單位，戰時臨時以師爲編制，目的是便於指揮。
作戰會議開了一整天。內容屬於絕對的機密。僅有師長一級的軍官才知道內容，具體部署爲一旦開戰，東線三個師在三個重炮團的支援下，向濟南發起進攻。濟南側後的膠東自衛軍，配合部隊作戰。西線則以三個師的兵力向河南進軍。由王天縱所屬的匪軍配合。
其實這個作戰計劃，方劍雄私下裡提出了異議，認爲應該集中使用兵力纔對。蔣方震和張孝淮都堅持，以目前國防局的戰鬥力，完全可以分兵。就連德國人漢密爾頓，也都持這個觀點。方劍雄這才作罷，從了三位參謀長。
怎麼打仗，現在方劍雄基本不說話，戰略層面的事情纔會提兩句。
會議最後，方劍雄命令如下：“電告北京徐紹幀，停止談判返回蚌埠，各部隊務必按照總參要求，在規定時間內完成集結……被提前催生的民國大選，由於方劍雄的突然襲擊，原本看上去還堪一戰的北洋，在大選中輸的乾乾淨淨。全國範圍的國會選舉在10月1日開始，國民黨獲得的優勢由於方劍雄的搗亂得到了擴大，良緣席位422席，進步黨獲得席位193席。
大選結果公佈後不久，返回上海的宋教仁被推舉爲新的內閣總理，組閣接替唐紹儀的臨時內閣。有趣的是，在大選結果出來後次日，也就是十月八日，孫、黃都宣佈不參加總統競選，袁世凱爲唯一的總統候選人。
對此方劍雄頗感無語，本希望利用大選的結果，孫能當選總統就最好了，迫使袁世凱早日撕下僞裝。這個結果搞的方劍雄鬱悶了兩天都沒緩過來，通電之後，孫宣佈去日本考察鐵路，要搞鐵路救國的一套。黃興辭去了南京留守一職，並赴蕪湖與方劍雄會晤。
這一次會談，黃興很意外的表示，經過北京與袁世凱的交流，覺得袁世凱還是一個不錯的總統人選，在他的領導下，國家應該能富強起來。黃興還表示，原南京旗下的部隊，副總的袁世凱的整編命令，編成四個步兵師，分別駐守徐守和南京。
更有趣的是，袁世凱在通電中稱，孫先生萬歲，孫在通電中回稱大總統萬歲。也不知道是不是受了孫的影響，黃興做出了順從的迴應。袁世凱在北京以他本人、黎元洪、孫文、黃興四人的名義聯合通電，稱：經四人協商，決定八大政綱條文，就是歷史上所謂的四巨頭聯合宣言。反正把方劍雄給撇在一邊了。
黃興從蕪湖離開後，回了上海，號稱要出國考察。方劍雄失望之極，還得派軍艦送他回去。原本打算勸兩句，想想還是作罷，終究是道不同。
按照三方商議修訂後的臨時約法，新的民國採取內閣制度，在上海組織大選的宋教仁要去北洋組閣。
方劍雄在這個時候，已經基本完成了各部隊的集結。與此同時，北洋新編三個步兵師也建成，一色的日製裝備，從東北調山東的原第二十鎮，擴編爲兩個步兵師，師長分別爲武祥幀、盧永祥，這是老袁的手段了，分化瓦解，吞掉了第二十師。擴編部隊也都是日械，同時北洋利用善後大借款，編了兩個重炮團，裝備日製105野炮。這一番擴軍，讓兩頭賣軍火的小日本掙了不少錢。
宋教仁北上組閣，黃興、廖仲愷、于右任送行，在上海火車站的人流中，意氣風發的宋教仁一再道：“留步，留步。”
黃興想起方劍雄說的話，提醒一句道：“漁父，方扶國讓我提醒你，不要忘記吳祿貞之死。”宋教仁不以爲然的擺擺手道：“如此冒天下之大不韙，項城不敢爲也。”
說完宋教仁就上火車，剛邁出一隻腳，裡頭突然出現一個矮個軍裝漢子，對着宋教仁開了一槍，宋應聲捂着腰，堅持了一下沒堅持住，搖搖晃晃的倒下，血從指間溢出，浸溼了精心準備的禮服。這一幕就發生在眼前，黃興直接呆掉了，眼睜睜的看着現場大亂，都忘記上前去扶。最後還是廖仲愷先回過神來，大聲疾呼：“快救人。”
一行人七手八腳把宋教仁擡上汽車，就近送到靶子路的滬寧鐵路醫院搶救，宋教仁腰眼中槍，取出子彈後發現彈頭有毒。宋清醒後留遺言：“餘北上之目的，在於協調南北意見，集中全國力量一致對外。又稱：望總統開誠心，布公道，竭力保障民權，俾國會確立不拔之憲法，則仁雖死猶生。”
31歲的宋教仁，留下遺囑後就死了。政黨憲政的道路中斷，留下一地的鮮血。
15日，孫與陳其美自日本返回上海，此驚天血案，意外的很快有了結果。一貫低效率的上海政府，一改過去的拖沓，案發三日之後便抓到了兇手。此時，恰好孫、陳至上海。
經查，組織者爲上海大流氓應桂馨，同謀內應爲內務部秘書洪述祖，兇手武士英，主謀爲唐紹儀去職後的新任內閣總理趙秉鈞。（此處，依照正史而說，說個大概就是了，具體的大家去百度吧。還有一種說法，跟孫有關，這裡就不採信了，史家公認的東西，沒有明確證據，最好不要去質疑。）因爲從應桂馨家中搜出兇器和密碼本，可以說是鐵證如山。
武士英欲把殺人一案全部抗下，不了應桂馨落網後，查處諸多鐵證。此事被報界捅出去，天下譁然。北洋臨時政府內閣，對此居然做出了一件讓人哭笑不得的事情。
17日，趙秉鈞在案件被捅出來，全國皆知後，通電稱：滬上發現一種監督政府、政黨之裁判機關，宣告宋教仁、袁世凱、梁啓超、趙秉鈞、王榮寶等人之罪狀，特先判宋教仁之死刑，即時執行。這是恐怖組織中華共進會，會長是應桂馨。該組織，專門以暗殺政要爲手段，以求達到政治目的。並稱，昔日同盟會以刺殺手段達到政治目的，開了惡例。
回到上海的孫立刻致電方劍雄，稱：袁世凱暴露出獨裁者的真面目，當以武力討伐之。
方劍雄回電稱：早有預料，一語陳箴。即準備起兵討袁事宜。
這一時期的民黨，軍事力量上拜方劍雄所賜，可用之兵有四個完整的步兵師，比歷史上要強大很多，一干師長都是國民黨的人。也許是因爲有方劍雄的存在，歷史上瞻前顧後的民軍，在一次意外的堅定。
得到方劍雄的回答後，孫通電全國：“袁世凱破壞共和，爲全國之罪人。呼籲各省，起兵討袁。”