沈有容全殲了在九州的東瀛艦隊和海盜船之後，揮兵上岸佔領了九州港。此時的戰彪也揮軍一路由西向東殺了過來，沒有多長時間，戰彪就殺到了九州港和沈有容會師了。會師之後，戰彪和沈有容商量接下來的事情，接下來沈有容要去和浙江兵的主力去攻取本州，與之配合的朝鮮軍也已經到達了指定的海域待命，戰彪知道攻取九州只不過是前哨戰，攻取本州纔是制服東瀛的關鍵，所以戰彪決定隨主力去和沈有容一起攻取本州。
決定了之後，大明東海海面出現了一支數量龐大的水師，這支水師大多是運輸船，上面載着浙江兵的主力大軍十三萬人，由一部分大明水師和一部分朝鮮水師保護，浩浩蕩蕩的向東開來，戰彪和沈有容上船之後便向指定的還與等待着，沒有多長時間之後，朝鮮水師，明朝水師，和浙江兵的主力全部回合在一起，沈有容決定將浙江兵分爲三部分，第一章一部分由大明水師保護，在東瀛本州島的金澤登陸，由東向西向東瀛的都城京都進攻，指揮官是戰彪。第一章二路指揮官爲浙江兵的一員主將叫王滅倭，此人是浙江兵的一員老將，自從家人被倭寇屠滅之後，就投到浙江兵門下，與東瀛人有着刻骨的仇恨。這路人馬將在廣島登陸，由西向東向京都進發。第一章三路的指揮官是沈三槐，沈三槐是沈有容的一個堂弟，身高馬大，勇力過人，是一員虎將，他將帶着人在大阪登陸，從那裡向京都進發。這三路大軍將合力全殲本州的所有東瀛軍，並將東瀛納入大明版圖。
就在戰彪和沈有容運籌帷幄攻打本州的時候，九州島的明軍首領卻正在想着殺人的各種方法，因爲戰彪走的時候下令他將九州島的東瀛人全部殺光，一個不留，因爲這是皇令，所以不得有任何理由違背。戰彪留下的這個人叫史軍，他原來只是一個校尉，因爲攻打九州的時候作戰勇猛，剛剛被提拔成爲偏將。這個人作戰勇猛，最要的是服從命令沒有二話，戰彪尤爲欣賞。戰彪發現這個人的優點之後，感覺將他留下來執行屠殺的事情實在是太合適了，所以就下令，在自己回來之前，九州的所有大權都是他的，但是要求只有一個，那就是將九州島的人全部殺光。戰彪走後，史軍看着滿地的東瀛人忍不住發愁起來，雖然自己是一員戰將，戰場上殺人無數可是殺這麼多人也是頗爲爲難！史軍將在九州的明軍士兵分成六分，每份五千人，再將九州島分成了六個區，每一個區由那五千明軍負責，要在戰彪回來之前，必須將自己負責的區內變成無人區，否則的話，斬！
命令下達之後並沒有人反對這樣做，因爲浙江兵不是徵集來的，而是自己要來的，因爲倭寇毀了他們的家，他們才自願參加明軍來戰鬥的，爲了就是兩個字：報仇！所以聽到要屠殺的時候，所有的人都從心裡冒出一股快感，報仇的快感！在進行之前，史軍將所有明軍校尉，副將集中起來，進行了一次屠殺動員：兄弟們，我們佔領了九州，佔領了這一個使我們恥辱和傷心地地方，因爲這裡的東瀛人就是當年的倭寇，這些倭寇在我們那裡燒殺淫掠，殺我父母，淫我妻女，與我們結下了深仇大恨，今天，老天開眼了，戰將軍領着我們來到了東瀛，這是老天給我們一個報仇的機會，所以我決定解散軍紀半個月，士兵們在完成屠殺東瀛人的事情上，想幹什麼就幹什麼，不必有什麼拘謹，搶得的財物也歸士兵所有。”說到這裡，史軍將戰刀一拔，“兄弟們，我們家人的魂靈還在戰刀上面哀號，只要讓他們吃夠了東瀛人的肉，喝飽了東瀛人的血，他們才能真正得到安息。所以把你們的善心好意扔掉，拿出你們野獸般兇殘的一面，讓東瀛人的人頭來爲你們報仇，讓東瀛的女人來發泄你們的怒火吧！讓你們的家人得到安息吧！”史軍說完之後，明軍的校尉們被說得殺心大動，紛紛跑回自己的軍營，率領士兵們撲向那些東瀛人。
校尉門走了之後，史軍開始計劃如何完成這個棘手的任務，雖然士兵們復仇的心理被自己幾句話激發了出來，但他知道自己的士兵，一時激憤可能會殺幾個人可是當殺到婦孺兒童時肯定有些下不了手，可是戰彪將軍的命令是一定要執行的，想了半天之後，史軍下了一道軍令：不論東瀛國的任何人，哪怕是婦女兒童也一定要殺，否則軍法處置！將令下達之後，士兵們一陣歡呼，大叫着復仇衝進了村莊。
可是幾天之後，不出史軍所料，幾個滿身是血的手下跑來表示，實在沒有辦法對那些婦孺下手，有幾個還扔下了戰刀，表示寧受重罰也不願意再殺了！史軍看着手下的士兵也都站在營房門口看着自己，知道再硬逼的話，就是兵變也是很有可能的，畢竟這些士兵從小都是受四書五經，儒家學說的影響和薰陶，這種情況是無法士兵變成禽獸的，可是自己聽戰彪將軍說過，這是皇上親自下的命令，如果完不成的話就是抗旨，是要殺頭的！兩難之下，史軍只好先行下令不殺婦孺，只殺成年男子，並將事情和衆將士說清楚這是聖旨必須完成！聽到史軍的訴說之後，手下的衆將士只好重新拿起刀去殺那些成年男子和有反抗能力的男人！士兵們走了之後，史軍知道必須想出一個辦法！但此時的明軍的屠殺依然在繼續，無情的，無休止的，沒有界線的屠殺，很快激起了反抗，從很多還沒有被屠殺的村莊，組織起了自衛隊進行自我保護很快發展到了幾萬人的反抗軍，反抗軍殺死了幾百名正在屠殺東嬴人的明軍之後，史軍帶着幾千名士兵前來鎮壓。但是當史軍鎮壓了一批之後，又出來幾批，這樣的情況下，史軍明白這樣的一味的鎮壓，只能是疲於奔命，勞而無功，幾番思考之後，史軍想到了一個辦法。
史軍找到了還在九州港的九州大名的兒子，這個大名後裔本來要第一章一個處死的，可是戰彪走的時候卻下令將這個傢伙保護起來，以防萬一有用，現在這個傢伙的用處來了。史軍將一份投降協議書交給這位小大名，叫他簽字之後，就將投降協議書複製之後，貼滿了九州，並下令停止屠殺，同時宣佈只要那些反抗軍投降，就保證他們的安全。佈告貼出去之後，九州的反抗軍見明軍停止了屠殺，就慢慢的潰散了！
必竟反抗軍都是一些老百姓，只要不被殺死，日子還是要過的！就在同時，史軍卻將東嬴一個留放瘟疫患者上的瘟疫患者全部放回了九州，還將一些病死的馬匹扔下井或放在各地的水源處，還將各地的藥房全部查封收繳，這樣就在很短的時間內使得整個九州島瘟疫橫行，死者無數。村村患病，戶戶死絕，由於藥房全部被查封收剿，又變得缺醫少藥，更是加重了瘟疫！瘟疫流行之時，史軍一方面抓了幾百名東嬴女子入營來侍奉明軍士兵，又抓了幾百名東嬴人來說非常重要的醫生之外，嚴令固守營盤，凡東嬴人靠近者，格殺勿論！然後坐視九州的大批的東嬴人在瘟疫中痛苦的死去。瘟疫的恐怖決不是蓋的，明軍在嚴防之下，還是有人染上了瘟疫，史軍覺得事情有些不妙，便果斷下令撤出九州，跑去參加對本州的進攻。
史軍帶人撤退之後，下令流駐九州的水師在九州實行禁海令：海面不能有一艘九州船隻下海，在明朝水師大炮射程之不許有九州人活動。目的很明顯，就是要將九州的東嬴人全部病死，餓死，困死！九州的瘟疫使九州在很短的時間內損失了大部分的人口，加上水師的禁海令，使得幾個月東嬴戰事完全結束之後，當明軍再次踏上九州之後，曾經繁華的九州已經是一個死島，人口數量銳減至不足萬人，雖然大多數的人都是一些老百姓，但是也殺了很多的海匪和倭寇，這些海匪和倭寇平時都是老百姓，可等到他們出海打劫之時，變成了一羣禽獸，燒殺淫掠，無惡不作，可是當大明朝對海匪圍剿之時，這些人搖身一變，又成了一羣安分守己的老百姓，再加上東瀛國由來已久的掠奪習慣和有意袒護，使得倭寇之患，常年不絕，也使九州成爲了海匪和倭寇最大的銷贓地,以至於在歷史上倭寇幾乎貫穿了整個明朝的歷史。現在雖然枉殺了很多人，但九州的覆滅也宣告了大明海患的根基，從此倭寇之患永遠成爲了歷史，所以說九州的屠殺意義非常深遠！