白翥等穩定了濟寧城中的局面，立即讓吳元吉率五千士卒揮兵北上，增援濟南。梅應元雖然在得到李巖的指令的第一時間便率部向臨清方向撤退，但散落在魯西和魯北的其他闖軍卻不能立即集結。被官軍擋住歸路，大部被剿滅。
李巖在失去濟寧之後，也有點心灰意冷。他知道依照山東目前的局面，在得不到開封那邊支援的情況下絕難擊敗周顯。與其空耗兵力，還不如好好經營已經佔據的城池。
他將自己手下的軍隊分爲三部分。其中一部近兩萬人，由梅應元統領，駐紮於臨清。一部大約三萬之衆，由李巖親自統領，分兵駐紮在定陶、鉅野兩個點，形成了一個掎角之勢，共同防備着濟寧城的官軍。最後一部，萬餘人，是李化鯨的殘餘人馬。李巖讓他率部前去南陽增援，徹底將這個不安分的因子排除到山東之外。
闖軍在山東的兵力雖然多於官軍，但戰力卻遠遠不如周顯手下的那些兵卒。李巖自覺在練兵上不如周顯，佔據的地域也比不上週顯，長久對峙下去，官軍在山東的優勢必然會越來越大。這也是他最初想要配合李定國完全壓制周顯的原因。但事與願違，以目前的情況，想要在短時間內擊敗周顯已無可能。
但好在周顯只有他那數萬士卒，而李巖身後還有數十萬闖軍。只要南陽那邊能夠取勝，這邊的戰事便顯得有點無關緊要了。李巖之前和李定國分化山東，也不過想拖延一下週顯擴張的時間。現在從長計議，也未必是壞事。
在想清楚了這些之後，李巖便決定採取守勢。他穩固已經佔據的地方，將兵力收縮進幾個主要的城池，並積極練兵。而且在明知自軍還處於劣勢的情況下，除了派出李化鯨率部前去南陽外，還從軍中挑出最精銳的五千士卒前去增援。除此之外，他還從繳獲的糧草輜重中挑出一大部分運去前線。雖在兗州，但李巖的目光早已放到了前線。山東這邊最多是小打小鬧，而南陽那邊則決定今後天下的走勢。
在官軍在濟寧與闖軍交戰的同時，在魯北的李定國，在得到周顯回兵濟南的消息後，也立即從各地抽調出近兩萬士卒再次出兵臨沂。在這個過程中，李定國所率的隆武軍雖然攻破了魯南重鎮莒城，斬殺了兩千餘官軍，但在臨沂城下被談震彩擋了下來。只不過這一次因爲官軍早已把大部百姓向北遷移，他們損失頗大，但所獲卻不多。
反而是艾能奇打着隆武皇帝的旗號出兵西向後，除了個別城池，淮南各地基本上是望風而降。他接連拿下鳳陽、壽州、霍丘、潁州等地，然後南下進逼合肥。而和以前各地鄉紳對他們這些流賊極其敵視不同的是，一些鄉紳在他們逼近之時竟然主動來投，拿出糧餉犒賞他們，甚至徵集鄉勇幫助他們穩定局面。
孫可望得知這種消息之後，也藉着隆武的名義授予這些人各種官職。一些平時失意卻十分有能力的學子，或者有錢財卻地位低賤的鄉紳富戶紛紛來投，使隆武新朝迅速壯大，而孫可望也迅速擴張了手中的勢力。
但攤子一時鋪的太大，發展太快，兵力不足的問題也顯現了出來。看着李定國與周顯交戰多次，而所得不多，孫可望便有意讓李定國停止與周顯糾纏，抽調兵力前往淮南。
但李定國顯然不認同這點，他覺得徐州地勢平坦，易攻難守。如若不重視周顯，等其實力增強之後，必然與江南的官軍南北夾擊。勝時或無問題，但一旦戰敗，後果將不堪設想。隆武朝新起，首先考慮的應是穩固四邊，以立於不敗之地，而不是急劇擴張。但在孫可望的不斷來信下，李定國最後還是退讓了。他把自己手下的萬餘精兵交給白文選，讓他領着他們前去淮南，只留下了一些弱卒和所有的騎卒。
李定國手下騎卒雖強，但靠他的這點兵力，也難以在魯南再有什麼大的成就。李定國撤兵回郯城，臨沂這邊的戰事也暫時告歇。
隨着隆武軍進軍淮南，在鎮江前線的十幾萬官軍也陷入了分裂。兵部尚書史可法在得到崇禎帝的旨意後，堅持進軍揚州，此舉得到了朱大典、鄭鴻逵等將領的支持。但馬士英、劉良佐卻不願出兵進攻防守嚴密的揚州城。他們藉着隆武軍肆虐淮南的由頭，在史可法不知情的情況下就率部沿江西上，進軍安慶，只爲保存實力。而方安國、牟文綬等將也各有心思，甚至還有人私下與隆武新朝聯繫。
馬士英、劉良佐的離開將官軍的矛盾赤裸裸的暴露在衆士卒眼前，內部不穩，軍心士氣極其低落。但這種情況下，史可法最終還是決議出兵。他派人聯繫在江北的陳子龍，駐紮在崇明島的韓括，讓他們配合進攻。還派人到山東通知周顯，約定日期，讓他從北出兵，兩相夾擊隆武軍。
這一切計劃的都很好，但實施的過程卻慘不忍睹。還未開戰，他們何時進軍便已被被劉文秀所知。史可法雖然忠心任事，卻不通軍事，更不知如何協調諸軍。近十萬大軍就像餃子一般被趕下江，蜂擁而上強攻揚州。劉文秀用裝滿稻草的小船，引燃後衝向官軍船隊，燒了正在進攻的官軍的後路。
官軍因此大亂，劉文秀全線出擊，官軍大敗。數萬士卒戰死或者淹死，僅遊擊將軍以上戰死者就有十幾位。要不是隆武軍缺少船隻，或許就可以直接拿下鎮江，兵臨南京了。
後不久，總兵方國安暗地歸降隆武帝，引劉文秀進攻鎮江。幸而朱大典及時調兵平叛，擊敗方國安，才守住了城池。
方國安逃去揚州，隆武帝正擔心孫可望勢大，難以控制。看到方國安來投，心中大喜，立即任命他爲左都督。此舉雖引得孫可望的不滿，但他也不想和隆武帝鬧翻，等於默認了他對方國安的招攬。