由於新政府越來越多的對外、對內工作和人事變動，原本由於德貴擔任的傀儡總統漸漸的不再適合繼續擔任臺灣最高領導職務，於是1897年9月8日，臺灣第一任總統於德貴由於身體問題去職，卸下了擔任了兩年半的臺灣首任總統職務。同日，在幕後隱藏了十一年的劉芾不情願的走上了前臺，在原來的臺灣府巡撫衙門改成的臺灣總統府中，接任了臺灣第二任總統併兼任國防部長。
劉芾上任的第一件事，就是改組臺灣政府。首先設立更多的政府只能部門，把工作範圍劃分清楚。這次共設立了外交部、國防部、民政部、內務部、商業部、交通部6個部門，其中國防部就是原來的參謀部，內部分爲陸軍、海軍和空軍三個部分，其中空軍是劉芾授意成立的，人員暫時不多，都是從水師中抽調的優秀人員；內務部大部分由衝鋒隊組成，分爲情報和警察兩個部門；外交部、交通部和民政部也是新部門，人員還在調配中，先是搭了個架子，慢慢的再擴充。
整個臺灣按照原來清政府的劃分是三府十一縣三廳一州，這次劉芾稍微改動了一下，把三府：臺北府、臺灣府、臺南府改爲臺北、臺中、臺南三市，取消了淡水縣歸於臺北市管轄；把三廳：基隆廳、澎湖廳和埔里社廳改爲基隆市、澎湖縣，埔里社廳併入臺中市；把臺東直隸州改爲了臺東縣，並把原來未劃分的臺灣中部山脈也劃歸臺東縣管轄。這樣，臺灣就變成了臺北市、基隆市、臺中市、臺南市四市和宜蘭、新竹、苗栗、彰化、雲林、嘉義、鳳山、恆春、臺東、澎湖十個縣。
1897的後半段，就在一片改動中平穩的度過了，1898年的春節前，臺灣情報部門從香港發來電報，說是有幾艘美國軍艦停泊在香港，目的不明。劉芾收到這個消息，有點發蒙，美國人沒事跑香港來幹嘛？難道是奔着自己來的？不過大衛那邊並沒有傳來美國政府要對付自己的消息啊？
爲了搞清美國艦隊來香港的目的，劉芾命令在歐洲的“山德魯製藥公司”、美國的“山德魯電器公司”和清朝的“金象大藥房”中潛伏的臺灣情報人員，加緊收集這方面消息。
忙了2個多月，劉芾收到了情報部門從山德魯電器傳來的消息，美國和西班牙打起來了。起因是美國的一艘軍艦“緬因號”在古巴被炸沉，經過一個多月的扯皮，西班牙和美國於4月24日和25日，先後向對方宣戰。
隨後的幾天裡，古巴、波多黎各、關島、菲律賓都淪爲美西兩國的戰場，再加上當地的起義軍，戰火燃成了一片。雖然這場戰爭是兩個大國爭奪海外殖民地的角鬥，根本礙不着臺灣什麼事，但是劉芾不想讓美國贏的太輕鬆，因爲菲律賓離臺灣太近了，雖然不能明目張膽的去幫助西班牙，但是暗地裡使點小壞還是可以的。
通過從香港傳來的情報，美國的亞洲分艦隊於4月27日啓程南下，很可能是前往菲律賓海域。於是，劉芾命令臺灣海軍的第二潛艇大隊，派出15艘“金槍魚級”潛艇，匯合一直跟蹤着美國艦隊的潛艇，尾隨在美國艦隊後面。
由於臺灣的國防部等很多部門裡都有外籍技術人員，這次行動劉芾是讓內務部秘密實施的，參戰的潛艇都是打着去琉球監視巡邏的幌子，出港以後才改變航線的，另外，兩條掛着法國旗號，但實際屬於臺灣內務部的貨船，也在預定海域裡接應潛艇部隊，以提供足夠的燃油和補給。
劉芾把這次行動代號命名爲“小龍蝦”，所有參戰船隻和人員都是內務部挑選的，聯繫電報也改爲內務部專用密碼。
據從跟蹤潛艇傳回來的消息分析，美國艦隊一共有4條巡洋艦、3艘炮艦，巡洋艦的噸位和以前擊沉的三景艦比還要稍大，另外還有3條運煤船。
5月1日，美國艦隊趁着夜色偷偷的潛入馬尼拉港，幸運的是他們一顆水雷也沒碰上，很快就摸進了港口。在被港口炮臺發現以後，美國軍艦和西班牙港口炮臺展開了炮戰。
“這些美國人的炮很準確，西班牙人簡直就不是炮兵。”這是當時跟蹤美國艦隊的潛艇第二大隊隊長施仁杰的原話。
由於西班牙人訓練鬆懈，基本沒有炮彈能命中美國人的軍艦，眼看着西班牙的岸防炮被一個一個清除掉，潛艇部隊的指揮官施仁杰決定，就在這個時刻幫助西班牙一把，有什麼能比在雙方炮戰中偷襲更安全的呢？
於是，由施仁杰所在潛艇獨自瞄準了一艘正在慢慢轉向的巡洋艦，從1100米左右發射了2枚魚雷，1分多鐘以後，這條剛剛完成轉向的美國巡洋艦就爆發出2個燦爛的大火球，繼而又發生了多次大爆炸，等到爆炸的火光和煙霧散去時，這條排水量大概在5000噸上下的巡洋艦就消失在了海面上。
剩餘的幾艘美國軍艦頓時慌亂起來，隊形也出現了偏差。俗話說禍不單行，不知道是不是剛纔美國軍艦的爆炸沉沒激起了西班牙守軍的士氣，接連2輪射擊，都有炮彈擊中了同一條美國炮艦，這條炮艦立刻燃起了大火，打着旗語，撤出了戰鬥。
施仁杰牢記着命令上的要求，那就是可以打擊，但是不要對艦隊造成太大的損失。看到美國艦隊已經一沉一傷了，施仁杰就指揮着潛艇部隊，悄悄的撤出了馬尼拉港，潛伏到遠處繼續觀察。
美國艦隊的指揮官是美國海軍的喬治.杜威准將，這是美國海軍裡一個很勇猛的鬥士，而且性格堅韌。對於自己的艦隊在大好形勢下突遭沉重打擊，“巴爾的摩號”沉沒，“康科德號”受傷退出，杜威將軍並沒有膽怯和撤退，而是指揮着剩餘的幾艘軍艦繼續炮擊西班牙人的炮臺，另外告訴受傷的“康科德號”積極自救，迅速參加戰鬥。
西班牙人的好運氣全在剛纔的幾輪炮擊中用光了，此後，很少再能命中美國人的軍艦，而美國艦隊在杜威將軍的沉着指揮下，逐漸佔據了優勢。總共炮擊了接近2個小時，把西班牙人在港口內停泊的幾條軍艦悉數擊沉，並摧毀了大部分港口炮臺。
就在美國艦隊完成炮擊任務，撤到港口外下錨等待登陸部隊的時候，施仁杰又打算故技重施，再弄掉美國人一條巡洋艦，結果，還沒等到潛艇就位，負責警戒的外圍潛艇就發來電報：北部海域發現5艘德國軍艦，正向港口方向行駛。
“德國人？”施仁杰一邊指揮潛艇下潛，一邊琢磨着，德國人來幹嘛？
來的軍艦的確是德國人的，不過他們不是來幫助西班牙人的。本來德國人打算如果美國人對菲律賓不感興趣，那就順便給佔了吧，反正德國在亞洲也沒有正經的殖民地。於是，德國人就派了幾艘軍艦，過來看看情況，誰成想美國人對菲律賓興趣很高，大老遠跑過來已經和西班牙人開打了，無奈，德國人轉了幾圈，戀戀不捨的返航了。
由於德國人這麼一耽誤，潛艇的水下時間不夠了，無奈，施仁杰也只得讓部隊返航，到預定地點去和貨船匯合，補充燃料以後再做打算。
這邊潛艇部隊悄悄撤離咱先不提，美國艦隊的司令官杜威將軍卻是一肚子苦水。本來按照計劃避開了水雷，深夜進港，展開炮戰都在自己的安排之內，誰成想“巴爾的摩號”突然爆炸，造成了艦隊的混亂，結果又一條炮艦被連續命中。雖然經過奮戰，基本消滅了馬尼拉港的抵抗，但是這些計劃外的損失也讓杜威感到頭疼。
至於“巴爾的摩號”爲何突然爆炸，杜威和艦隊其他軍官探討了半天，也搞不太清楚，只能歸咎於西班牙人運氣太好，炮彈打中了魚雷發射管裡的魚雷，從而引起爆炸。
半個月以後，從舊金山趕來的1萬多名美國陸軍從馬尼拉港成功登陸，在美國海軍的配合下，開始圍攻馬尼拉。
不過，在登陸的當天夜裡，美國海軍的另一艘巡洋艦“波士頓號”又在港口外“觸雷”，並引發爆炸，很快就沉沒了。
至此，美國海軍雖然完成了攻擊馬尼拉，配合陸軍登陸的任務，但是損失慘重。兩艘主力巡洋艦沉沒，一艘炮艇重傷，海軍共計陣亡了500多人。
不用問啊，後面的“波士頓號”觸雷爆炸也是臺灣潛艇乾的好事，由於是在夜晚，又沒有發現被其他軍艦攻擊，所以美國人只能想象當時“波士頓號”的運氣太差，碰上了西班牙人的水雷，又引發了船上的彈藥，結果OVER了。