朱慈烺這麼一走，馬士英頓時就癱坐在地。
良久，馬士英才無奈一嘆，緩緩站了起來，向着金鑾殿外走去。
“首輔大人慢走！”卻是黃道周叫住了馬士英。
“黃閣老請慎言，老夫已經不是首輔了，如今不過是一普通平民爾。”馬士英顯得有些頹廢的說道，他確實覺得有些累了，現在什麼都不想管了。
黃道周看着馬士英此刻的樣子，竟然一下子說不出話來，他能說什麼，原本他與馬士英一同告老，但皇上卻只同意了馬士英沒有理會他，他們二人一個曾經出身東林黨，一個曾經是東林黨的死對頭，本就有間隙，如今間隙更大了。
“馬首輔言重了，你雖然告老，但也是從首輔之位退下來的，叫你首輔無不妥。”黃道周肅然道。
的確，每一個告老的朝臣，都可以保留他們告老之前所在職位的尊稱，一般向馬士英這樣的人，就算告老回鄉，當地的父母官也會把他供起來，不敢有任何怠慢，這是一種衆人默認的規則，誰都不想自己告老退休了之後，真個成了平民。
“馬首輔放心，雖然皇上並沒有讓老夫也告老，但老夫不會就此妥協，就算舍掉這條老命，也勢必勸說皇上收回成命！”黃道周說得極爲堅定。
馬士英自然不會懷疑黃道周的堅定，做爲禮部尚書，其實黃道周比他還要固執。
“哎老夫過幾日就要回鄉下去了，黃閣老保重！”馬士英本欲言又止的想對黃道周說些什麼，但片刻只嘆息了一聲，沒有把那些話說出來。
馬士英說完，便直接轉身往宮門方向走了。
黃道周皺了皺眉，覺得馬士英的態度似乎有些，總之，黃道周一時也想不出個所以然來，當即，黃道周也不多想，只收拾了心情，往御書房方向走去，想追着朱慈烺再行勸說。
其實馬士英剛纔似乎是一下子想通了，覺得皇上革新祖制，並不一定就是錯的，他想出言勸說黃道周不要跟皇上再對着幹了，且看看皇上革新的成效也無妨，但他剛纔就是因爲阻止皇上更改祖制才辭的官，那樣的話怎麼好說出口，這才化爲無奈的一聲嘆息。
馬士英是什麼都不想管了，他確實感覺到有些累了，反正首輔他也當過了，當今皇后名義上還是他的義女，皇后所生大大皇子自然名義上也是他的外孫，有這兩層關係存在，馬士英忽然覺得，他當不當這個首輔似乎已經無所謂了。
朱慈烺當然不可能見黃道周，任由黃道周在御書房外面跪着。
次日，朱慈烺連下數道聖旨。
因爲馬士英告老辭官，兵部尚書一職空了出來，朱慈烺第一道聖旨便是任命李巖爲兵部尚書。
第二道聖旨，朱慈烺任命吏部尚書錢謙益爲新一任首輔。
第三道自然就是推行軍制革新的聖旨，朱慈烺讓李巖牽頭，劉宗周和錢謙益從旁輔助，共同推行革新。
朱慈烺這幾道聖旨都是有自己的考慮的，軍制革新最重要的便是兵部，想要推行，就必須要兵部全力配合，而李巖是最合適的人選。
至於升任錢謙益爲首輔，那是因爲朱慈烺考慮到平衡，滿朝文武，有一半的人反對軍制革新，若是這些人真個團結在一起，也是一股不容忽視的力量，會給革新帶來很大的阻力，錢謙益就是分化他們的一顆老鼠屎，因爲錢謙益是隨同馬士英和黃道周一起反對革新的三位閣老之一，但立場並不是那麼堅定，如今馬士英告老，反對革新的一方就只剩下錢謙益和黃道周，而因爲錢謙益成爲了首輔，自然不可能由黃道周領頭，以錢謙益不堅定的立場，以及有些拖拉的行事方式，黃道周必然孤掌難鳴，難以成事。
果然，因爲錢謙益不堅定的立場，革新雖然遇到一些阻力但還是能有條不絮的進行。
開弓沒有回頭箭，一旦革新進行到一定程度，黃道周等人就算在反對，也沒有用了，還會爲了穩定局面，不得不無奈配合。
歷朝歷代，任何一次改革都必然會造成一定的混亂，朱慈烺這次的軍制革新也不例外。
衛所制度最主要的便是軍屯，軍戶有自己的土地，但這些土地全部都是屬於朝廷所有的，衛所一旦取消，軍戶便不在是軍戶，理論上自然不能在耕種朝廷的土地，如此倒是引發了一些混亂，不過隨後朱慈烺下旨將以前軍戶的土地全部無償分配給軍戶，立刻便將混亂壓制下去。
另外的混亂則是來自於軍戶當中那些有軍職的百戶，旗總之類的人們，這部分人非常龐大，大明軍隊並非每個百總手下都有百人，甚至許多百總手下只有十幾人，有些旗總更是光桿一個，但不妨礙他們有軍職在身，而朱慈烺的常備軍和守備軍一旦確立，不可能安置得下這麼多原先衛所裡面百總旗總之類的基層將官，這些人的去留立刻就成了問題，若是安排得不妥當，造成的混亂同樣不好平息。
朱慈烺與李巖等人商議過後，決定以多發田產和補償一些銀兩爲利，安撫這些人，如此一來，雖然還有人不服，不過到底已經是極少數，翻不起任何大浪。
當解決了這些事情後，朱慈烺好不容易在上次撫卹一事中抄家抄到的近兩百萬兩銀子又全部用做一空了，國庫再次空得能夠餓死老鼠，好在軍制革新終於得以順利推行下去。
一個月後，以十二個常備軍和十八個守備軍爲大明主要的軍事力量正式確立。將領職稱以應龍軍爲參照，依次設立軍長，參將，千總，百總，旗總，什長等基本領導職務。
十八個守備軍自然是以分散守備地方爲主，軍長几乎沒有任命，而十二個常備軍當中，六個應龍軍，第一軍被派往徐州防備清軍，第二軍被派往湖北武昌隨時策應四川的秦良玉和河南的紅娘子，另外四個應龍軍和六個還以冷兵器爲主要配置的普通明軍則全部聚集在南京城周圍隨時待命。
經過這次革新，大明軍隊調度的靈活性大增。同時，爲了提高普通明軍的戰鬥力，朱慈烺下旨抽調不少應龍軍前往教授應龍軍的基礎訓練方法，最後更是讓那些被調過去的應龍軍士兵直接留在了原地成立執法隊，專門執行軍法，至此，大明所有大軍都全部被朱慈烺牢牢掌控住，令行禁止。