山本抵達後乘坐交通艇的艇長是到司令部當面接受的命令，和陸軍方面的溝通通過電話轉達，大家都在拉包爾，沒有泄密的可能性。其次調查4月13日那封通報行程的詳細電報（機密第一三一七五五號電），發報的通信隊在4月1日剛剛換了亂數，從理論上說也不可能被破譯。
這裡簡單講一講爲啥不可能被破譯。衆所周知，電報代碼使用數字代替具體文字，什麼內容對應什麼數字文件叫做密碼錶。比如我＝3107，要＝6298，吃雞等於5720。的那麼傳遞“我要吃雞”發報的內容就是310762985720。不過一套密碼錶長期使用，只要有一套丟失，密碼就毫無機密可言。敵人也可以根據高頻詞彙和密碼與事件的對應進行破解，況且一旦使用面積廣，更換密碼本的成本會相當之高。
想要進一步保密得弄一個亂數表，亂數表是個本子，上面有0001到9999的數字隨機排列。然後製作配套手冊，手冊上365條，寫明每一天用第幾頁的數字，是加還是減。比如今天應該用第5頁，加。第五頁的數字是3266，然後用這個數字的每一位加密碼錶數字的每一位，只取個位數。3+3=6，1+2=3，0+6=6，7+6=13取3，“我”字的代碼就成了6363，依次類推，加密後的我要吃雞＝636394548986。
消息傳遞到隊友那裡，他們根據亂數表和配套手冊，反向解讀密碼。整個環節的關鍵是亂數表配套手冊，只要把每本手冊進行編號，縮小持有人範圍，人冊一一對應，定期確認每冊在每人手裡，信息就可以安心傳達，一旦發現配套手冊遺失後更換手冊的成本遠低於更換密碼錶。這只是一個小小的例子，軍用密碼密級更高，甚至有二次甚至多次加密，密碼和亂數也會增大到5位數甚至更多位，所以日本海軍的自信不是憑空而來的。
言歸正傳，東南方面艦隊進行調查的同時還搞了一次釣魚執法，用同樣的方式發報說東南艦隊司令長官按照啥啥路線幾點幾分到哪，真安排了轟炸機飛對應航線和幾架戰鬥機護航。美軍獲得趙繼統的通知後，深知一個高層的情報人員原比東南艦隊司令長官有用的多，沒有實施攔截。相反，在擊殺山本後，美軍持續派遣少量飛機在布干維爾等島嶼進行低空偵察和掃射隱蔽事情真相。
日本航空專家也從給山本護航飛行員的紀錄中進行分析，當時美機數量較少且高度只有1500米，與之前之後的低空偵察和掃射攻擊方式匹配。綜合中央和地方的種種調查報告最終得出結論，山本遇襲陣亡是一個偶發事件···也就是意外？？？
1943年5月12日，美軍在阿圖島登陸，古賀峰一必需在5月17日率領武藏號返回東京，原定的公開時間恐怕要提前。“山本墜機善後工作領導小組”開始了公開流程。
山本墜機第三十一天（5月19日），海兵32期首席畢業，山本的好友堀悌吉將山本的死訊以私人方式通知山本家屬，次日海軍省人事局長上門正式通知。
山本墜機第三十三天（5月21日），下午三點，海軍省對日本海軍記者俱樂部會員進行了通知，兩小時後進行了本期最開頭的大本營發表。晚些時候，日本天皇追贈山本五十六元帥頭銜，與山本一同遇難的其他成員也分別獲得了追晉。5月21日下午三點，日本帝國大本營發表了一段簡短的通訊，大意是：聯合艦隊司令長官海軍大將山本五十六，於本年四月在前線執行全般作戰指導中與敵交戰，在飛機上壯烈戰死，後任由古賀峰一遞補，已在執行聯合艦隊之指揮。
山本墜機第三十四天（5月22日），海軍大將米內光政牽頭的“山本五十六治喪委員會”成立，“山本墜機善後工作領導小組”宣佈解散。
1943年6月5日，山本以國葬形式被安葬，極盡哀榮。整個事件被日本海軍稱爲海軍甲事件，不知道那個定律講有一就有二，山本的繼任者古賀峰一在趙繼統的策劃之下不到一年以後又來了一個海軍乙事件···
就在趙繼統“玩命”的查內奸時，5月10日：日軍大本營參謀本部杉山元參謀總長親臨武漢視察，指揮鄂西會戰。日軍第11軍司令官橫山勇把指揮所推進到了前線。
5月11日，在第87軍和第44軍側擊救援下，第73軍殘部才從河湖港*中拼死突出重圍，到達常德東面的西港、沅江等地。常德大門已被撞開，危在旦夕。第六戰區長官部和重慶統帥部頓呈緊張局面。代司令長官孫連仲是新近才從第五戰區調來六戰區，對本戰區情況尚不十分熟悉。
第六戰區原有精銳鄭洞國第8軍，李延年第2軍，方靖第66軍又於此前抽調去雲南遠征了。蔣介石急得坐立不安，決心再次親臨常德前線指揮督戰，保衛常德要地。正在雲南和美軍顧問一起組建和訓練遠征軍的第六戰區司令長官兼遠征軍司令官的陳誠，聞訊第六戰區告急，趕緊飛回重慶，力阻蔣介石作常德之行。
陳誠說:“六戰區抽走三個精銳軍，兵力空虛，目前第73軍又受重大損失，士氣受影響，常德能否確保，已成問題。你若前去指揮，丟了地方，有損你全軍統帥的威望，我是第六戰區司令長官，赴湯蹈火，義不容辭，理應我去!”蔣介石大受感動，便打消了親往常德念頭。陳誠連夜擬定了個保衛常德的作戰方案。爲慎重起見，他又派人將國防研究院的幾位他熟悉的研究員接去徵求意見。
第二日，從前線發來的急電，才使陳誠恍然大悟。原來，日軍第13師團兩萬餘衆，於5月12日夜間，從江南守軍空隙的技江、沙市等處偷渡長江成功，於13日清晨，突然從西北面向公安守軍第87軍襲來;同時，安鄉地區第3師團等部，也突然掉頭西進，向第87軍東南方襲來。
兩路日軍已對公安第87軍形成鉗形，來勢異常兇猛，此時已判明，向常德北面進攻的那股日軍，僅爲第17獨立旅團之一部，目的是佯攻常德，吸引中國方面注意力，掩護其主力對公安87軍的鉗形攻勢。