腓力四世的突然襲擊獲得了圓滿成功，法國幾乎所有的聖殿騎士團成員都被逮捕，僅在巴黎就有138名騎士團成員被捕，聖殿騎士團的高層包括大團長雅克·德·莫萊(Jacques de Molay)無一倖免。
腓力四世給聖殿騎士團編排的罪名是“異端”，這真是很有意思，聖殿騎士團確實也不是什麼善男信女，你可以說他們貪婪，說他們殘暴，但要說異端就未免有點離奇了，從騎士團成立開始，它一直就是教皇座下最忠誠的力量，教皇前後共賜予他們上百條特權。
不過腓力四世需要的不是符合邏輯的觀點，他只需要將騎士團打入萬劫不復之境。
1307年10月20日，雅克·德·莫萊在獄中不堪酷刑而認罪，罪行是“否定耶穌基督，踐踏十字架”。
他隨後被迫寫信給每一位騎士團成員，讓他們承認這些罪行，隨後腓力四世以及教皇克雷芒五世下令在整個基督教世界搜捕騎士團。他們大多死於審訊，其餘被處以火刑。
當時位於法國阿維 尼翁的教宗克雷芒五世在聖殿騎士審判中扮演的角色並不單單作爲一個協助迫害者，其多次要求將審判權交付教會，但未得到腓力四世同意。
法國的宗教裁判所開始對騎士團成員進行審訊。在宗教裁判所的“有效工作”下，聖殿騎士們開始招供，其中包括大團長雅克·;德·;莫萊。
裁判所還讓他給所有的騎士團成員發佈一道命令，解決他們保密的義務。
在莫萊的這道命令之後，騎士團成員向裁判所給出了千奇百怪的供詞，有的承認他們入會時要向十字架吐口水，有的說他們搞巫術，有的說他們崇拜異教的偶像，至於這個異教偶像是什麼樣子，各人又有各人的說法，另外還有騎士團成員之間搞同性戀--這個也許是唯一可信的罪名。
據記載，僅巴黎一地就有36名騎士團成員在審訊過程中死亡，我們可以想象這些供詞究竟是在什麼樣的情況下獲得的。
腓力四世的行動得到了教宗克雷芒五世的支持--事實上他們倆就是同謀，教宗在1307年稍晚些時候發佈聖諭，譴責聖殿騎士團的罪惡，要求各國採取行動，徹底取締聖殿騎士團。
在腓力四世和教宗的威脅下，各國雖然有不滿，但也只好服從，不過在其它國家只有很少的聖殿騎士被處死。
按照宗教裁判所的慣例，承認異端的至少可以留下一條命，不過很多聖殿騎士團成員後來相繼翻供，在教廷派來的主教面前否認了之前的供詞。
騎士團成員的翻供讓腓力四世十分惱怒而且不安，對他們的審判又持續了幾個月，這些翻供的聖殿騎士團成員再也沒有承認罪行，他們中的很多人死於獄中，剩下的則上了火刑架。
1310年在巴黎召開的桑城宗教會議上將否認供詞的騎士團成員譴責爲異端累犯，判處火刑。
5月10日這一天有54名聖殿騎士被宗教裁判所用文火烤死。大團長雅克·德·莫萊和其它幾名騎士團高層由於地位非同尋常，他們直到7年後，即1314年3月18日才被宣判。
腓力四世本來準備將已經承認異端罪行的莫萊等人判爲無期徒刑，誰知在宣判時莫萊和諾曼底分團長儒弗魯瓦·德夏爾尼站起來否認原供詞。
公審大會草草收場，莫萊和儒弗魯瓦·德夏爾尼被送上了火刑架，莫萊在死之前詛咒腓力四世和克雷芒五世，說他們在一年內都會面臨永恆的審判。
事實上，這個詛咒真的應驗了，僅僅一個月後，克雷芒五世暴病而死。
腓力四世比他多活了半年多，這一年的11月29日，他在打獵時身亡，據說是被一隻野豬撞死的，不過也有人對這一說法表示懷疑，因爲腓力四世是一個有着非凡勇力的騎士，據說他能將兩名大漢輕鬆地扛在肩上。
腓力四世對聖殿騎士團採取血腥行動的原因在歷史上並沒有明確的記載，歷史學家也有各種各樣的看法，一個比較公認的觀點是他覬覦聖殿騎士團的財產，正所謂“匹夫無罪，懷璧其罪”。
更直接的說法是他欠騎士團一大筆錢，所以他纔會對騎士團下手。
也有人認爲腓力四世和騎士團有矛盾，當初腓力四世曾想加入騎士團，但被拒絕了，因而懷恨在心。也有人爲腓力四世辯護，認爲當時聖殿騎士團企圖建立騎士團國，腓力四世爲了維護法國的統一，所以才這麼做。
不過對於聖殿騎士團建國這一企圖似乎並沒有什麼有力的證據。總的來說，聖殿騎士團異端案整個事件完全可以用“莫須有”三字來概括。
1312年，法王腓力四世迫使教宗克雷芒五世宣佈解散聖殿騎士團。葡萄牙的騎士團改隸屬爲耶穌會，不再從事軍事任務，演變爲以海外宣教爲主的普通修會。
西班牙和葡萄牙的騎士團財產被移轉給兩個新的騎士團:西班牙的蒙特薩騎士團和葡萄牙的基督騎士團。
1314年3月22日的黃昏，雅克·德·莫萊被綁上火刑架，用火慢慢燒死，他在上火刑架之前，詛咒法王腓力四世和教宗克雷芒五世，說他們會在一年內面臨永恆的審判。
而在後世考據奇農羊皮紙中發現，騎士團是被裁定“可能悖德，未至異端”。
聖殿騎士團被消滅後，根據教宗的命令，醫院騎士團獲得了大部分遺產，各國的聖殿騎士團成員有很多轉到醫院騎士團門下，可以說醫院騎士團是最大的受益者。
腓力四世則獨吞了騎士團在法國的財產，也有人認爲他並沒有得到多少好處，聖殿騎士團在災難來臨之前已經有所預感，將在法國國內的大部分財產轉移走，因此法王腓力四世最後還是竹籃打水一場空。