建炎四年（1130年）農曆九月十五日，朱熹出生於尤溪縣城水南鄭義齋館舍，乳名沈郞。朱熹出生時右眼角長有七顆黑痣，排列如北斗。紹興五年（1135年），五歲時，朱熹始入小學，能讀懂《孝經》，在書額題字自勉：“若不如此，便不成人。”六歲時，朱熹與羣兒遊玩，以指畫八卦於鄭氏館舍前沙洲上。向父親問日、問天。七年，朱鬆應召入都，赴都之前，他把妻子祝氏和朱熹送到建州浦城寓居。十三年，朱鬆病逝於建甌，臨終前把朱熹託付給崇安五夫好友劉子羽（朱熹義父），又寫信請五夫的劉子翬（屏山）、劉勉之（白水）、胡憲（籍溪）等三位學養深厚的朋友代爲教育朱熹。劉子羽視朱熹如己出，在其舍傍築室安置朱熹一家，名曰紫陽樓。十七年，朱熹18歲，在建州鄉試中考取貢生。十八年春，劉勉之將自己的女兒劉清四許配給朱熹。同年三月朱熹入都科舉，中王佐榜第五甲第九十名，準勅賜同進士出身。二十一年，朱熹再次入都銓試中等，授左迪功郎、泉州同安縣主簿。二十三年夏，朱熹赴同安途中，受學於延平李侗。秋七月，朱熹至同安。以其“敦禮義、厚風俗、劾吏奸、恤民隱”的治縣之法管理縣事，排解同安、晉江兩縣械鬥，整頓縣學、倡建“教思堂”，在文廟大成殿倡建“經史閣”，主張減免經總制錢。二十七年，朱熹任滿罷歸。二十八年，朱熹已意識到“妄佛求仙之世風，凋敝民氣，耗散國力，有礙國家中興”，打算重新踏上求師之路，決心拜李侗爲師，因得承襲二程“洛學”的正統，奠定了朱熹以後學說的基礎。題寫的“鳶飛魚躍”四字匾額。
朱熹歸自同安，不求仕進，主要進行教育和著述活動。紹興三十二年，宋孝宗即位，詔求臣民意見。朱熹應詔上封事，力陳反和主戰、反佛崇儒的主張，詳陳講學明理、定計恢復、任賢修政的意見。隆興元年十月，朱熹應詔入對垂拱殿，向宋孝宗面奏三札：一札論正心誠意、格物致知之學，反對老、佛異端之學，二札論外攘夷狄之復仇大義，反對和議，三札論內修政事之道，反對寵信佞臣。但當時湯思退爲相，主張和議。朱熹的抗金主張沒有被採納。十一月，朝廷任朱熹爲國子監武學博士。朱熹辭職不就，請祠歸崇安。南宋乾道三年八月，朱熹在林擇之、範念德的陪同下前往潭州訪問湖湘學派代表張栻。《東歸亂稿》成。四年，崇安發生水災。朱熹力勸豪民發藏粟賑饑，還向官府請貸糧食六百斛散發於民，使民不致捱餓。五年，朱熹悟到“中和舊說”之非，用“敬”和“雙修”思想重讀程顥、程頤著作，從全新角度獨創“中和新說”。這是在學術史上具有劃時代意義、影響十分深遠的重大事件，標誌朱熹哲學思想的成熟。
乾道五年九月，朱熹母去世，朱熹建寒泉精舍爲母守墓，開始了長達六年之久的寒泉著述時期。七年五月，爲了根本上解決百姓災年生計問題，在五夫創建“社倉”。這種做法可以減輕貧民困難，緩和社會矛盾，也減輕朝廷的施政壓力，後爲許多地方所仿效。十一月，朱熹回尤溪，與知縣、好友石子重講論學問於縣學。在石子重的陪同下，遊覽其父朱鬆任尤溪縣尉時燕居之所“韋齋”舊址，手書“韋齋舊治”四字刻石揭榜。九年，作《重修尤溪廟學記》，親書“明倫堂”制匾懸掛於尤溪縣學宮正堂。從此天下學宮匾皆模此刻制懸掛。
宋朝淳熙二年正月，呂祖謙從浙江東陽來訪朱熹，在寒泉精舍相聚一個半月，編次《近思錄》成，史稱“寒泉之會”。五月，送呂祖謙至信州鵝湖寺，陸九齡、陸九淵及劉清之皆來會，史稱“鵝湖之會”。鵝湖之會的直接動因是呂祖謙想利用這個機會調和朱、陸學說之間的矛盾。在學術上，朱熹認爲心與理是兩個不同的概念，理是本體，心是認識的主體。二陸主張心與理是一回事，堅持以心來統貫主體與客體。朱熹與陸氏兄弟論辯、講學達十日之久。鵝湖之會並沒有達到雙方統一思想的目的，但使他們各自對對方的思想及其分歧有了進一步認識，也促使他們自覺不自覺地對自己的思想進行反省。
淳熙五年，宋孝宗任朱熹知南康軍兼管內勸農事。淳熙六年三月，朱熹到任。當年適逢大旱，災害嚴重，朱熹到任後，即着手興修水利，抗災救荒，奏乞蠲免星子縣稅錢，使災民得以生活。十月，朱熹行視陂塘時，在樵夫的指點下找到白鹿洞書院的廢址。經朱熹的竭力倡導，到淳熙七年三月，白鹿洞書院很快修復。朱熹在南康軍任上，爲白鹿洞書院殫精竭慮，不遺餘力。他曾自兼洞主，延請名師，充實圖書，還請皇帝勅額，賜御書。還置辦學田，供養貧窮學子，並親自訂立學規，即著名的《白鹿洞書院教規》。《白鹿洞書院教規》是世界教育史上最早的教育規章制度之一，對教育目的、訓練綱目、學習程序及修己治人道理，都一一作了明確的闡述和詳細的規定，它不僅成爲後續中國封建社會700年書院辦學的模式，而且爲世界教育界矚目，成爲國內外教育家研究教育制度的重要課題。八年二月，陸九淵來南康訪朱熹，相與講學白鹿洞書院。八月，時浙東大飢。因朱熹在南康救荒有方，宰相王淮薦朱熹賑災，提舉浙東常平茶鹽公事。爲解救災民，朱熹迅速採取了幾項有力措施。朱熹因在浙東劾奏前知台州唐仲友不法，爲唐之姻親王淮所嫉，浙東任職僅九個月即離任回家。朱熹曾先後六次上狀奏劾唐仲友不法，直指王淮與唐仲友上下串通勾結的事實。迫於壓力，王淮免去唐仲友江西提刑新任，在彈劾唐仲友的過程中，朱熹表現出崇高的操守和氣節。
淳熙九年，朱熹52歲時，纔將《大學章句》《中庸章句》《論語集註》《孟子集註》四書合刊，經學史上的“四書”之名才第一次出現。之後，朱熹仍嘔心瀝血修改《四書集註》，臨終前一天朱熹還在修改《大學章句》。朱熹將《四書》定爲封建士子修身的準則，《四書》構成了朱熹的一個完整的理學思想體系。元朝迄至明清，《四書集註》遂長期爲歷代封建王朝所垂青，作爲治國之本，也作爲人們思想行爲的規範，成爲封建科舉的標準教科書。淳熙十年，朱熹在武夷山九曲溪畔大隱屏峰腳下創建武夷精舍，潛心著書立說，廣收門徒，聚衆講學。淳熙十二年，朱熹到浙江，與陳亮展開義利王霸辯論，力陳浙學之非。十五年十一月，上《戊申封事》。主張“正心”、“任選大臣”、“振舉朝綱”等事。淳熙十六年（1189年），詔命朱熹知漳州。
紹熙元年，61歲的朱熹到漳州赴任。朱熹在漳州的全部施政變革，主要體現在正經界、蠲（免）橫賦、敦風俗、播儒教和劾奸吏等方面，而正經界則是他全部變革的靈魂。時值當地土地兼併之風盛行，官僚地主倚勢吞併農民耕地，而稅額沒有隨地劃歸地主，至使“田稅不均”，失地農民受到更爲沉重的剝削，導致階級矛盾激化。爲此，朱熹提出行“經界”，即覈實田畝，隨地畝納稅。這一建議勢必減輕農民負擔，但卻損害大地主的利益，所以遭到後者的強烈反對，“經界”終於未能推行。二年正月，朱熹長子朱塾卒。聞噩耗後，朱熹無奈以治子喪請祠。五月，朱熹遷居建陽。次年，承父志建“竹林精舍”，後更名爲“滄洲精舍”，即淳祐四年詔賜的“考亭書院”。
紹熙五年（1194年），湖南瑤民蒲來矢起義，震動了朝野，湖南地方局勢驟然緊張起來。朱熹臨危受命，除知潭州、荊湖南路安撫，賜紫章服。具有道學家傲骨、強烈憂國憂民心態的朱熹，不敢推辭朝命，欣然拜命前往赴任。五月，朱熹至潭州。此時，瑤民已敗退深山，被困溪洞。朱熹採取了善後招撫的懷柔政策，遣使招降瑤民起義軍首領蒲來矢。因本次鎮壓瑤民起義是湖北、湖南兩地的共同行動，朱熹的招撫遭到了湖北帥王藺的反對，在蒲來矢押解後，王藺主張斬殺以警衆。朱熹不得不在入都奏事中，直接向宋寧宗面懇，要求對瑤民“毋失大信”。朱熹到任後，興學校，廣教化，督吏治，敦民風。朱熹改建、擴建了位於湖南長沙嶽麓山下的嶽麓書院，空餘時間親自到此講課，使嶽麓書院成爲南宋全國四大書院之一。五年八月，朱熹除煥章閣待制兼侍講。九月，朱熹於行宮便殿奏事。第一札要宋寧宗正心誠意，第二札要宋寧宗讀經窮理，第三、四、五札論潭州善後事宜。十月十四日，朱熹奉詔進講《大學》，反覆強調“格物、致知、誠意、正心、修身、齊家、治國、平天下”八目，希望通過匡正君德來限制君權的濫用，引起宋寧宗和執政韓侂冑的不滿。因此，朱熹在朝僅46日，被宋寧宗內批罷去了待制兼侍講之職。紹熙五年十一月，朱熹還居建陽考亭。
宋朝慶元二年（1196）十二月，“黨禁”正式發生。監察御史沈繼祖以捕風捉影、移花接木、顛倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪狀”，朝廷權貴對理學掀起了一場史所罕見的殘酷清算，效法北宋元祐黨籍的故伎，開列了一份五十九人的僞逆黨籍，名列黨籍者都受到了不同程度的處罰。朱熹被斥之爲“僞學魁首”，位列黑名單之中的第五位，有人竟提出“斬朱熹以絕僞學”。朱熹以僞學罪首落職罷祠，朱子門人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到嚴重打擊。五年，朱熹已被各種疾病所困擾，黨禁中的朱熹終於預感到死亡的逼近，使他有大限臨頭的不祥預感，更加抓緊著述。六年入春以後，朱熹足疾大發，病情惡化。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也幾乎完全失明。朱熹卻以更旺盛的精力加緊整理殘篇，唯一的願望就是要將自己生平的所有著作全部完稿，使道統後繼有人。三月初九，71歲的朱熹在血雨腥風的“慶元黨禁”運動中去世。四方道學信徒決定在十一月聚集在信州舉行大規模的會葬，這又嚇壞了反道學的當權者，竟令守臣約束。十一月，朱熹葬於建陽縣黃坑大林谷，參加會葬者仍然有近千人之多。
朱熹死後，被諡爲“文公“，贈寶謨閣直學士，又追封徽國公等。