商鞅年輕時喜歡刑名法術之學，受李悝、吳起的影響很大。他向屍佼學習雜家學說，後侍奉魏國國相公叔痤任中庶子。公叔痤病重時向魏惠王推薦商鞅，說：“商鞅年輕有才，可以擔任國相治理國家”，又對魏惠王說：“主公如果不用商鞅，一定要殺掉他，不要讓他投奔別國。魏惠王認爲公叔痤已經病入膏肓，語無倫次，於是皆不採納。公叔痤轉而讓商鞅趕緊離開魏國，商鞅明白魏惠王不採納公叔痤用他之言，也不會採納殺他之言，所以並沒有立即離開魏國。
公元前359年，秦孝公打算在秦國國內進行變法，又害怕國人議論紛紛，所以猶豫不決。秦孝公召開朝會命臣工商議此事。舊貴族代表甘龍、杜摯起來反對變法。他們認爲利不百不變法，功不十不易器。“法古無過，循禮無邪。”商鞅針鋒相對地指出：“前世不同教，何古之法？帝王不相復，何禮之循？”“治世不一道，便國不法古。湯、武之王也，不循古而興；殷夏之滅也，不易禮而亡。然則反古者未必可非，循禮者未足多是也。”從而主張“當時而立法，因事而制禮”。這是以歷史進化的思想駁斥了舊貴族所謂“法古”“循禮”的復古主張，爲實行變法作了輿論準備。
商鞅變法的法令已經準備就緒，但沒有公佈。他擔心百姓不相信自己，就在國都集市的南門外豎起一根三丈高的木頭。
告示：有誰能把這根木條搬到集市北門，就給他十兩黃金。百姓們感到奇怪，沒有人敢來搬動。商鞅又出示佈告說：“有能搬動的給他五十兩金（古時的“金”實際爲黃銅）。”有個人壯着膽子把木頭搬到了集市北門，商鞅立刻命令給他五十兩黃金。
變法之爭結束後，秦孝公於公元前359年命商鞅在秦國國內頒佈《墾草令》，作爲全面變法的序幕。其主要內容有：刺激農業生產、抑制商業發展、重塑社會價值觀，提高農業的社會認知度、削弱貴族、官吏的特權，讓國內貴族加入到農業生產中、實行統一的稅租制度等改革方略。《墾草令》在秦國成功實施後，秦孝公於公元前356年任命商鞅爲左庶長，在秦國國內實行第一次變法。
咸陽（今陝西省咸陽市東北）位於關中平原中部，北依高原，南臨渭河，順渭河而下可直入黃河，終南山與渭河之間可直通函谷關。爲便於向函谷關以東發展，秦孝公於公元前350年命商鞅徵調士卒，按照魯國、衛國的國都規模修築冀闕宮廷，營造新都，並於次年將國都從櫟陽（今陝西省渭南市富平縣東南）遷至咸陽，同時命商鞅在秦國國內進行第二次變法。
公元前338年，秦孝公去世，太子駟即位，即秦惠王。公子虔等人告發商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至邊關，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，見他未帶憑證，告以商君之法，留宿無憑證的客人是要治罪的。商鞅想到魏國去，但魏國因他曾生擒公子卬，拒絕他入境。
商鞅回秦後被迫潛回封邑商，發動邑兵攻打鄭縣（今陝西省華縣）。秦惠文君派兵攻打，結果商鞅失敗戰亡。其屍身被帶回咸陽，處以車裂後示衆。秦惠文君同時下令誅滅商鞅全家。商鞅雖然被害，但新法並未被廢除。
商鞅變法是中國古代一次成功的變革記爲新發，他讓秦國成爲一個強大的國家，並且爲以後秦國統一六國奠定了基礎，而且確定了法治的思想。商鞅吸取了李悝、吳起等法家在魏、楚等國實行變法的經驗，結合秦國的具體情況，對法家政策作了進一步發展，後來居上，變法取得了較大的成效。他進一步破除了井田制，擴大了畝制，重農抑商，獎勵一家一戶男耕女織的生產，鼓勵墾荒，這就促進了秦國小農經濟的發展。他普遍推行了縣制，制定了法律，統一了度量衡制，建成了中央集權的君主政權。他禁止私鬥，獎勵軍功，制定二十等爵制度，這有利於加強軍隊戰鬥力。他打擊反對變法的舊貴族，並且“燔《詩》《書》而明法令”，使變法令得以貫徹執行。由於這一切，秦國很快富強起來，奠定了此後秦統一全中國的基礎。正如漢代王充所說的：“商鞅相孝公，爲秦開帝業。”經過商鞅變法，秦國經濟上，改變了舊有的生產關係，廢井田開阡陌，從根本上確立了土地私有制；政治上，打擊並瓦解了舊的血緣宗法制度，使封建國家機制更加健全，中央集權制度的建設從此開始；軍事上，獎勵軍功，達到了強兵的目的，極大的提高了軍隊的戰鬥力，發展成爲戰國後期最強大的封建國家，爲秦的下一步的戰略發展創造了有利的條件，爲統一全國奠定了基礎。
商鞅變法對此後秦國以及秦代的影響是十分深遠的。雲夢出土的《秦律》就是在這個變法的基礎上修訂、補充、累積而成。《秦律》也多處講到連坐法，例如戶籍登記有隱匿或不實，不但鄉官要受罰，同“伍”的也要每戶罰一盾，“皆遷之”（即罰戍邊）。《秦律》也把鎮壓“盜賊”放在首要地位，並對輕罪用重刑。例如盜取一錢到二百二十錢的要“遷之”，盜取二百二十錢以上和六百六十錢以上要分別罰作刑徒，盜牛者要罰作刑徒，盜羊或豬的也有相當的懲處，甚至偷採別人桑葉不滿一錢的也要“貲徭三旬”（即罰處徭役三十天）。對五人以上的“羣盜”則追捕處罰更嚴。同時《秦律》還有許多對各種逃亡者追捕處罰的規定。