之後便是門下省，主持官員稱爲侍中，這個實際上是和北朝那邊一樣的，只不過在北朝門下省起到的是中書省的作用。而侍中和門下省實際上就是皇帝的高級智囊團，在李藎忱的規劃中，門下省不但有責任審覈奏章、提出建議，還要作爲參謀負責制定國家政策和軍事政策，實際上相當於後世的總參。
再之後便是尚書省，尚書省的主持官員則是都官尚書，主要就是統籌下面六部，負責上交消息和下發命令，同時作爲六部之上的直接領導，有權利和責任主持六部事宜。
而尚書省之下便是六部，分爲禮部、刑部、戶部、工部、吏部和商部。
和歷史上的六部不同，李藎忱將兵部摘了出去，補充了商部。這主要是因爲考慮到歷史上到了宋代，兵部實際上已經名存實亡，取而代之的是樞密院。而且既然李藎忱要給文官和武將劃分界限，再把兵部放在文官六部之中自然就有些不切實際。
而六部之中，禮部不僅掌管禮儀禮樂，也掌管禮儀教化，換句話說，已經建設的成都學院和正在籌備的嶽麓書院、金陵學院和太學等等，都在禮部的管轄之下。
刑部則掌管法律的制定和判決，李藎忱堅持認爲法律的重要性要和道德禮儀放在相同高度上，對此顧野王等人也只能同意。
戶部和工部自然不用說，一個掌管人口和經濟，一個掌管工業和工程建設。而吏部主要則是掌管人才選拔和官員任命，和歷史上也相差無幾。關鍵是這個商部，雖然大家都知道李藎忱還是很重視商旅的，並且在李藎忱團體中扮演着重要角色的峽江唐氏等巴蜀世家實際上都是商賈出身，但是還是惹來了爭議。
不過誰都不能否定商賈在李藎忱的鼓勵下正在崛起的事實，所以這個商部也算是勉強被認可了。
三省六部，這便是朝廷上文官系統的組成。而在地方上，則是分爲州——府——縣三等級，每個等級的州刺史、府太守和縣令由文官擔任，這和之前是一樣的。
但是這只是文官體系，朝廷上還會單獨設立武官系統。和之前一樣，武將的事務在朝廷上的主持者便是太尉府，但是原來的南陳司空府只是負責戰報的來往傳遞，但是現在李藎忱賦予了太尉府新的權力，所有的戰爭規劃、兵力的調遣以及後勤保障等等，太尉府都是除了皇帝之外的最高負責者，實際上有些類似於後世的樞密院和初期的軍機處，只不過地位肯定要比重文輕武的宋代要高上很多。
太尉府之下便是兩重號將軍、四徵將軍等等，這些官職由漢代的戰時授予完全改變爲任何時候都授予，各將軍受命於皇帝、承接命令於太尉府，持節駐守各地，但是實際上他們只是在所防守的地方有軍隊的訓練權，真正的征戰權力需要經過朝廷和太尉府的批准。
而具體的軍中安排，李藎忱也打算要大刀闊斧的進行改革的，這主要也是因爲南朝三百年以來，軍隊制度幾乎沒有什麼改變，導致軍中也出現了很多混亂，更何況李藎忱一步步走到今天，他麾下的這些兵馬並不完全是招募來的，還有很多是降將和降兵，因此這就導致了不同的將領麾下兵馬數量甚至都有很大的差異。
這種情況在南北朝時期非常常見，但是李藎忱很清楚，這樣只會進一步導致將領擁兵自重，他必須要給整個軍隊制定一個標準化的規矩，將軍隊進行整編和統一管理，尤其是在思想上的統一管理。
這也是李藎忱要等着和蕭摩訶等人商量的事情，等朝堂上的改革完成之後，肯定就是軍隊上的改革，而那個時候嶺南的戰事應該也平息下來了，是一個非常不錯的機會。
而除了文官和武將之外，李藎忱還設立了御史臺，御史臺也不算是他的創新，御史大夫的官職早就已經有了，只不過這些年逐漸被人們遺忘，一個又一個的世家輪流上位，家族既然坐在這個位置上就是來攫取權力的，而誰都不會願意有一個御史大夫在旁邊天天叨叨。
建立御史臺、恢復御史大夫的制度，就是爲了加強對百官的監管，有一幫最喜歡打嘴炮的盯着，手下這些官員做事自然也會收斂一些。而御史臺除了御史大夫之外，下面又設立左右御史作爲副手，按照李藎忱的規劃，左右御史一個留在朝中，而一個就負責巡視地方。
當然除了這些之外，朝堂上還有兩個獨特的機構，就是白袍和羽林騎，一個是直屬於皇帝的對外情報機構，一個是直屬於皇帝的對內護衛和監察機構，也是維護皇權的左臂右膀、
李藎忱可沒有天真到這個時候就在這個時代搞什麼君主立憲之類的，萬惡的資本主義別說萌芽了，連種子都沒有呢，這自然是不現實的，所以皇權還是要加強，先把天下掌控在自己手中再說別的。
裴子烈沉聲說道：“屬下等並無意見。”
軍隊長期以來面對的問題就是在朝中沒有人，一個太尉實際上是很難代表整個軍隊的意志的，而現在李藎忱以太尉開府，自然就是讓軍方在朝中有了一個能夠和文官平起平坐的代言者，從這個角度上來講，軍方自然是全力支持的。
李藎忱微微頷首：“軍中的改革方略你們也要抓緊了，等到某登基之後的大朝會上必須要拿出來。”
裴子烈微微頷首，
這可不是一個輕鬆的活計，忽略了哪一點都有可能得罪人，不過好在裴子烈現在身邊有吳明徹的幫助，這位前朝老人顯然並不打算繼續受命於新朝，但是對於李藎忱給出的軍事學院的院務職位還是很滿意的。李藎忱旨在建立爲新朝培養軍事人才的學院，而作爲皇帝，院長的位置肯定是他來擔任的，因此這個院長實際上只是名義和榮譽上的，而吳明徹這個院務纔是真正的主管者。
能夠教書育人，吳明徹自然也就滿足了。
這和徐陵的安排實際上是差不多的，李藎忱也清楚這些老人都上了年紀，自然也不願意捲入朝廷的紛爭之中，現在給他們一個能夠不至於無事可做又能桃李天下的機會，他們自然不會推辭。