就在王燁和和馬交手的時候，遠在木葉的三代目終於決定動手了！
因爲武則天封印的關係，影級和超影級以上的強者根本無法隨便對戰，不過這也不是絕對的設定，其中有一個非常大的漏洞，這個漏洞就是大蛇丸和羅砂以及三代火影！
原因很簡單，按照原本的劇情，大蛇丸是殺死羅砂的罪魁禍首，並且在中忍考覈的時候，殺死了三代火影。也就是說，武則天對他們三個人其實是沒有所謂的影級封印的。
故而，當團藏帶着人馬去追殺鬼鮫的時候，他可能不會死，因爲鬼鮫和團藏身上都有封印，但是他好死不死地被引進了大蛇丸的巢穴中，那麼大蛇丸就有了反擊的理由了。
所有的影級以上的NPC除了有一個封印以外，每個影級強者都有自己的自留地，也就是所謂的老巢，只要你呆在自己的老巢裡面不亂跑，那麼其他的人跑進你的老巢時，你的實力是完全解封的。因此，團藏帶着自己的手下闖入大蛇丸的老巢的時候，完全就是自找麻煩。被殺了純粹是活該，他太看得起自己了，也太將自己當一回事了，故而他就這麼輕易地死翹翹了。
在他死後沒多久，三代目就得到了消息，可是卻一直都不敢確認而已。因爲團藏的老巢也是團藏的自留地，萬一自己闖進去了，發現裡面還有一個全盛時期的團藏，那豈不是給他送人頭？三代目可沒有這麼傻，就算他也是出於開封狀態的，但這並不是他拿自己的小命試探的理由。
爲此，三代目多方打探團藏的消息，他需要得到更準確的團藏的生死消息。同時，爲了增加自己勝利的籌碼，他想到了剛剛出門的自來也和綱手。綱手的話，可能並不一定會被他喊回頭，但是自來也的話，完全沒問題的。
就這樣，在確認了團藏已經死亡，並且自來也也回到了木葉之後，三代目終於有了徹底回收根部的勇氣！
當他帶着人走進根部的時候，這裡像是早就被廢棄了一般，地上到處都是些亂七八糟的東西，房間內幾乎就沒有一個完整的物件，至於那些收藏在根部密室裡面的文件也早已被人焚燬，也就是說，三代目到了這裡並沒有得到任何有用的東西，這將他氣得啊！
怒氣沖天的三代目從根部走了出來，直奔火影大樓，同時他還將木葉的影級以上的家主全部喊道了辦公室，包括兩位火影顧問。
原則上，團藏死後，整個根部應該歸屬於火影的直系暗部，他們從根源上本來就是一體的。但是，在根部時間長了，有些人已經徹底忘記了自己的歸屬了，在團藏死亡以後，那些人徹底的得到了解放，同時解放的不僅僅是他們身體內的團藏留下的封印，還有他們的野心！
於是，當他們知道自己的首領已經死亡了以後，便秘密地撤出了根部自留地，同時也帶走了大量的重要資料，至於那些還沒有來得及被他們洗腦的人，則全部命喪與根部自留地。這也是爲什麼三代目走進根部基地後看到那麼多屍體的緣故。
說句不好聽的，這些人的行爲就等於背叛木葉，你說三代目怎麼可能不惱怒？他更擔心的是那些被帶走的資料！鬼知道這些年團藏這個老陰比在根部留下了多少害人的資料？鬼知道他在根部留下了多少木葉方面的情報資料？要是這些東西被敵人得到了的話，那麼後果不堪設想！
這些族長們也都是人精，一聽到三代目說得這麼嚴重，他們紛紛響應三代目的號召，回去召集更多的人全力圍剿這部分的根部餘孽！
沒錯，他們已經將這批人定義爲根部餘孽了！
至於他們的目的，其實很簡單，誰都想要成爲第二個根部，或者說，誰都想要成爲第二個志村團藏。只要他們得到並消化了那些資料，那麼他們的家族就很可能會成爲木葉第一家族，這樣的機會，誰不心動？
可是，事情真的會如他們想的這般順利嗎？顯然不是！
就在他們一個個昂首挺胸離開火影會議室的時候，他們可能還不知道，他們已經一隻腳踏上了死亡之路，而且還帶着整個家族一起走上了這條死亡之路！
“沒想到，這麼多人看不慣老頭子我啊！看來我這個火影做得確實很失敗嘛~啊？”
三代目現在已經不知道該說些什麼好了，平時讓他們這些人出力，他們一個個慫得像個什麼似的，但是這次居然全部都蹦踏出來了，就這麼想要成爲第二個團藏嗎？
“卡卡西，給我盯好這些傢伙，誰要是做出了些出格的事情，你就全力出手，一個不留也可以！”
“可是……”
“放心吧，自來也會配合你的！”
“哎，我知道了！”
卡卡西帶着阿凱離開了火影辦公室，轉寢小春和水戶門炎已經被三代目這一系列的騷操作給嚇到了：“猴子，你不可以這麼做，團藏剛剛逝世，我們這個時候應該找到兇手，替團藏報仇，而不是斬了自己的手腳啊！”
“哼！”
三代目從抽屜裡拿出一疊文件，將他們丟到了兩個顧問的面前，“這是我以前犯過的錯，現在我不想在犯錯了！”
水戶門炎拿起這疊資料，他只看了幾眼就嚇得渾身直哆嗦，一把將資料丟到了桌面上，還虧他原本就靠在桌子邊上，不然準保這疊資料被他扔到地上去。
轉寢小春有些不解，怎麼只看了兩眼就嚇成這樣了？她也拿起這疊資料，可是她看得還沒有水戶門炎多，立刻拋棄了這份資料，並且顫抖地問：“這上面記載的是真的？”
“你們真當我今天才收復根部嗎？根部的那堆屍體中有部分是反叛者的，還有部分則是被反叛者殺掉的，那是因爲我們去遲了！而這疊資料就是我從根部找到的！你看看，團藏他都幹了些什麼？不僅僅是團藏，這下面的還有些是記載了和團藏有過交易的那些族長們的資料！你看看他們幹了些什麼？我到今天才知道，原來團藏這麼不辭勞苦地對付宇智波一族，爲的居然只是宇智波一族的寫輪眼！”