阿里不哥在和林聽說渾都海在關右戰敗的消息之後，坐臥不寧，急得不知如何是好。爲了挽救敗局，只得派阿蘭答兒進軍西涼府，與渾都海部會合，並且派遣其子玉木忽兒和哈剌察兒南征。阿蘭答兒與渾都海會師後，力量大爲充實，軍心也大爲振作，數次打敗了廉希憲的軍隊。廉希憲不得不馬上上奏忽必烈，請求增援，忽必烈看了奏摺之後，決心御駕親征。阿里不哥這時已經把重兵派往了關右，和林的駐軍力量十分薄弱，當他聽說忽必烈欲親領軍隊征戰的時候，感到形勢不妙，難以招架，於是慌忙地逃往謙謙州，阿蘭答兒在軍營中聽了這個消息之後，亂了手腳，嘴裡是叫苦不迭。自己的主子如此懦弱，我們還在這裡拼死拼活的賣什麼命！而廉希憲軍營當中的將士們聽到阿里不哥逃路的消息之後，精神都是大爲一振，都堅定了必勝的信心。在公元1260年九月間，廉希憲和阿蘭答兒在等在蘭州東面山丹附近的耀碑谷進行了一次激烈的戰鬥。這天晚上，廉希憲的部將汪良臣，趁着黑夜，帶領着幾千名精兵闖入了渾都海和阿蘭答兒的中部。一時之間喊殺之聲震於天際，大山谷當中迴盪，他們將渾都海的軍隊斬成兩斷，迫使渾都海與阿蘭答兒分別向兩個方向逃竄。最後雙雙被圍，成爲了階下之囚，將這兩個罪惡大惡極的元兇斬首示衆。從此，阿里不哥的軍事力量被徹底打垮，註定了阿里不哥失敗的結局。
在謙謙州的阿里不哥，仍然是寢食不安，他一直擔心忽必烈的大軍追來將他抓住。他苦思良久，便想出了一個緩兵之計，派一個使者來到了和林，向忽必烈屈膝服罪。忽必烈心想：自己的這個小弟根本就是毫無主見，他所做的一切，都是那幾個亂臣賊子給他出的鬼點子。現在他的身邊大將都已經兵敗身死，我這個可憐的弟弟現在已經到了窮途末路的地
步了，故而願意歸降於我。於是忽必烈對使者說道：“你回去告訴我皇弟，就說孤念及我們乃是一母所生，他年少無知，對以往所做的壞事，孤既往不咎，趕快讓他來見孤王。”就這樣使者奉旨返回了謙謙州。可是不料想，這使者已經回到了謙謙州一個多月，忽必烈依舊沒有見到阿里不哥前來歸順，這才知道已經中了自己這個小弟的緩兵之計。不過他覺得阿里不哥如今已經元氣大傷，不會再崛起了，所以也就沒有放在心上。
阿里不哥在謙謙州住了一年，招兵買馬，訓練軍隊，妄圖捲土重來。時機稍一成熟，便揮師南下。他道德突然襲擊了和林，和林守將亦孫哥思想毫無準備，結果丟掉了和林。阿里不哥這下便肆無忌憚地攻打開平，軍隊距開平公有一百多里路了，忽必烈再次被迫御駕親征，兩個兄弟在開平至燕京一帶，展開了激烈的爭奪戰。1261年十一月，雙方大戰於昔木腦兒，阿里不哥遭到了失敗，幾個大將都死於非命，他不得不再次北逃。這次戰鬥，阿里不哥已經陷入絕境，再也沒有招架之力了。第二年的奏，追隨阿里不哥的阿魯忽也背叛了他，依附於忽必烈。阿里不哥聽到了這個消息之後異常惱怒，引軍西征，擊敗了阿魯忽，進據阿力麻裡。阿里不哥在這裡又大肆殺掠，此里正值阿力裡麻飢茺，阿里不哥這麼做弄得民怨沸騰，阿里不哥的屬下也起了離散之心，阿魯忽就乘這個機會整軍來攻，此時的阿里不哥已經沒有能力再反抗了，所以遭到了慘敗。在公元1264年的七月，阿里不哥親赴開平向忽必烈請罪，忽必烈看在兄弟親情上又原諒了他，對他既往不咎，與阿里不哥的爭奪汗位戰爭終於宣告結束了，以忽必烈大獲全勝而告終。
忽必烈一直重用漢人，只要你確有一技之長，他都積極的任用。倡無論誰若反叛他，他必將置你
於死地，對漢人更是如此。在阿里不哥的叛亂後期，山東的漢族大將李亶舉起叛旗，公開反對元朝的政權，忽必烈很快採取了措施將叛成平定。這個李亶本是金末豪族李全之子，小字鬆壽。李全先投宋，後於1227年降蒙古，被任命爲山東淮南楚州行省大都督。在1231年，李全在攻打南宋屬地揚州的時候，敗死於軍中，李亶便襲父職而任益都行省大都督，擁兵自重.他本是一個剛愎自用的武夫，並無多大的才幹，卻不把北方的蒙古和南方的宋朝放在眼裡，自己妄圖稱霸天下，可謂是野心勃勃.在公元1259年蒙哥去世，忽必烈奪得大汗的寶座.李亶的岳父王文統給他出主意，勸他將自己的親生兒子李彥簡送往開平作人質，以取得忽必烈的信任。在當時歸降蒙古的漢將當中，多有將自己的兒子送到京城做人質，表示自己永遠歸順朝廷而決無反叛之心。忽必烈此時也正與阿里不哥展開激烈的爭鬥，急需用人才，因此，忽必烈見李亶派其子前來，很是高興，當即加封李亶爲江淮大都督。王文統親自將李彥簡送進了開平，忽必烈接見了他。這個王文統原本是山東益都的一個書生，後來投靠於李亶的軍中，爲他出謀劃策，頗受李亶的器重，李亶又娶了王文統的女兒爲妻，從此二人成爲翁婿關係，關係是十分的親密。王文統能言善辯，忽必烈與他一番交談之後，覺得此人聰明伶俐，是一個非常難得的人才。連素有廉孟子之稱的廉希憲以及飽讀詩書的名儒劉秉忠也對王文統欽服不已婚，於是忽必烈便留他在朝中做了平章政事。從此，翁婿二人一個在朝，一個在野，裡應外合，爲後來製造叛亂打下了基礎。可是後來李亶企圖割據稱雄的野心開始暴露出來，他一方面謀反叛蒙古，一方面假裝服從忽必烈的調遣，攻取南宋的海州等四座城池，使忽必烈對他不存懷疑的戒心。
（本章完）