但是，海都與忽必烈仍處於交戰狀態，他起碼具有領導者的氣魄。海都作爲葉密克、伊犁河流域、喀什噶爾的主人和察合臺諸王的宗主，正如忽必烈是遠東的可汗一樣，他是中亞的真正可汗。1287年，海都組成了新的反忽必烈同盟，參加
同盟的有蒙古帝國系各支的首領：成吉思汗弟弟們的後代。宗王中有乃顏、勢都兒和哈丹。乃顏，或者是成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤的後裔，或者是成吉思汗異母弟、別裡古臺的後裔，其領地在滿洲地區；他是一位聶思托裡安教徒，馬可•波羅堅持認爲在他的旗幟上畫有十字。勢都兒是成吉思汗大弟哈撒兒的孫子。哈丹是成吉思汗二弟哈赤溫的後裔。他們在東蒙古和滿洲地區都佔有封地。如果海都從中亞和西蒙古帶來的部隊與乃顏、勢都兒和哈丹在滿洲集合的部隊會合的話，那麼，對忽必烈來說，形勢將變得十分危險。忽必烈迅速行動起來。他命伯顏代替他駐守哈拉和林，阻止海都。他本人親自率領另一支蒙軍前往滿洲，隨之而行的有成吉思汗最信任的夥伴博兒術的孫子，玉昔帖木兒將軍。帝國艦隊從長江下游的中國港口出發，帶着這次戰爭所需的大批物資在遼河口登陸，這一仗將決定蒙古帝國的命運。乃顏的軍隊在遼河附近紮營，以蒙古的方式，用一排馬車保護着。忽必烈當時是72歲，坐在由四隻象駝着，或拉着前進的一座木塔上指揮作戰。拉施特記道，這次行動十分艱鉅，在一段時期內，勝負難分。結果，無疑是忽必烈獲勝了，正如中國史所記，是由於忽必烈軍隊在人數上佔優勢，也是由於他把中國軍隊與蒙古軍隊有效地聯合起來。乃顏被俘，作爲成吉思汗的侄孫子，忽必烈賜他不流血的死，即將他在氈毯下悶死。那些站在乃顏一邊的聶思托裡安教教徒們有理由擔心會遭到報復，但是，忽必烈認爲基督教對這次反叛不負有責任。忽必烈之孫、未來的皇帝鐵穆耳完澤篤由於粉碎了哈丹和鎮壓了滿洲及其毗鄰的蒙古地區而完全制止了進一步的叛亂。
海都干涉遠東事務的希望成了泡影，但是，他仍是杭愛山以西的西蒙古和突厥斯坦的君主。忽必烈的一
個孫子甘麻刺王子擔負着守衛杭愛山邊境地防止海都入侵的任務，結果他被海都軍打敗，並被圍困在色楞格河附近，在費盡了努力後才逃脫。忽必烈不顧自己年事已高，感到有必要親自前去扭轉形勢。但是，海都按遊牧方式已經遠遁。1293年，留在蒙古統率帝國軍隊的伯顏，以哈拉和林爲基地，成功地發動了一次對叛軍的遠征。同年，忽必烈之孫、鐵穆耳王子取代伯顏統率軍隊。伯顏成了忽必烈的宰相，他在忽必烈去世後不久，於1295年去世。忽必烈生前未能看到反海都之戰的結束。當這位大皇帝於1294年2月18日去世時，窩闊臺家族的首領仍然是杭愛山以西的蒙古和中亞的君主。忽必烈的孫子、繼承者鐵穆耳完澤篤繼續了這場戰爭。當時海都的主要盟友和屬臣是統治着突厥斯坦的察合臺兀魯思首領都哇。在1297年至1298年期間，都哇發動突然攻擊，捉住了汪古部勇敢的闊裡吉思王子，他是鐵穆耳皇帝的女婿，正統帥着在蒙古的帝國軍隊。當時都哇企圖襲擊另一支帝國軍隊，即由保衛着唐兀惕邊境的阿難答王子統率的軍隊。但是，他本人卻意外地遭到襲擊，只得逃跑。爲報此仇，他處死了他的俘虜闊裡吉思。1301年，海都作了進攻帝國的最後一次努力。這次有窩闊臺系和察合臺系的許多宗王參加。他向哈拉和林進軍，和林當時由鐵穆耳皇帝的侄子海山王子鎮守。1301年8月，在和林與鄂爾渾河左岸支流塔米爾河之間展開一場大戰。結果海都戰敗，並在撤退中死去。海都之子察八兒在塔爾巴哈臺的葉密立地區繼之爲窩闊臺兀魯思的首領，扮演着同樣的反皇帝的角色，反對忽必烈家族的帝國權利。察合臺兀魯思首領都哇最初承認察八兒是他的宗主，但是，不久厭倦了這些無休止的反帝國戰爭，他勸說察八兒承認鐵穆耳皇帝爲宗主。
（本章完）