前期黃帝已經連輸了兩局，後期蚩尤親自上陣，蚩尤再加上神刀的力量簡直無人能敵，黃帝接連敗退死傷無數，黃帝與蚩尤打了九戰，九敗。又一日黃帝正在營中思索如何打敗蚩尤，九天玄女再次從天而降，給了他兩件寶物。
其一是把黃金色的聖劍，是聖道之劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。盤古斧一分爲十二個，其一已經被蚩尤做成神刀，另外的全部被蚩尤扔到了世間各地，這把黃金聖劍就是九天玄女找到的其中一個神鐵製作而成。二是幾個竹簡，裡面記載着西王母跟隨女媧研究千年出來的靈符、道法以及使用方法和《陰符經》。
蚩尤得到神刀，早已超越凡人，黃帝得到寶物之後再次與蚩尤開戰，得到了寶物的黃帝，力量得到了極大的增強，與蚩尤大大小小作戰總計七十一戰，卻依然敗多勝少，因爲蚩尤本身的強大和軍中的大將風伯和雨師實在厲害，黃帝派遣人去尋找女兒女魃前來幫忙。
女魃由於被父親黃帝派去前往伊甸園偷盜生命果實，卻因爲吃了生命果實而長生不死，但是卻被看守生命樹的基路伯用四面轉動發火焰的聖劍：盤古斧擊中，雖然生命果實使得他長生不死，但是卻被盤古斧發出的火焰之毒侵入身體，使得他產生異變，所到之處，連一滴雨都不會有，被稱爲旱神，又稱旱魃。
旱魃趕到正好趕上雙方再次大戰，蚩尤一邊讓風伯和雨師做法，另外一方面親自率領軍隊衝鋒，女魃趕來大水被幹旱了一部分，卻沒有阻止，女魃只得釋放全部力量，瞬間大水乾旱，霎時風停雨住。大水消失，泥濘乾涸。黃帝乘機反攻，運用玄女所賜予的靈符、道法以及《龍甲神章》所記載的陣法，戰法瞬間反擊，蚩尤雖然勇猛，但是這次反攻來的太突然，軍隊被衝散。蚩尤只剩幾人被黃帝緊緊追擊，蚩尤苦戰數天，最終戰敗，身首異處，此戰以黃帝大勝，蚩尤的部落有些選擇臣服有些離開。這就是逐鹿之戰，黃帝的武功在涿鹿之戰達到最高峰，蚩尤滅亡以後，諸侯推尊黃帝爲天子。
蚩尤神力極強，把黃帝的給打怕了，讓人把蚩尤的首級和身體分開，分別葬在了肩髀冢與蚩尤墓之中，傳說蚩尤的屍體被分成了九部分，爲避免蚩尤復活不予提起，蚩尤死之後，跟隨蚩尤征戰之時的蚩尤刀，沾滿了鮮血，刀身已經初具魔靈，邪惡之人得之比會給衆生帶來浩劫，因此黃帝建造諸多蚩尤祠，將刀封印在其中一個裡面，並且派遣守護者世代看守。並且黃帝紀念這位強者，稱之爲兵主也稱戰神兵主。後來天下又亂，黃帝畫蚩尤的形像，威懾天下，天下都以爲蚩尤不死，並且居黃帝之幕府，於是八方萬邦皆爲弭服。
黃帝后期以文治天下，用《陰符經》所記載的治世之道，天下太平，讓宰相風后把玄女賜予的天書精心研究，將龍甲神章演繹成兵法十三章，孤虛法十二章，奇門遁甲一千零八十局。
殭屍之祖女魃
黃帝的女兒女魃在戰鬥中用盡了力量，精疲力竭，火毒入侵大腦導致他的神智不輕，身形都發生了變化，遊蕩在世間，被他咬過的人都會被火毒與生命之力入侵，必須依靠吸血才能存活抵抗火毒，要不然神智就會失控，這種人被稱爲殭屍，而女魃則被稱爲後來的殭屍之祖。
雖然女魃無奈之下吃了生命果實，沒有將生命果實從伊甸園帶出來，但也不是空手而歸，當時在他吃了生命果實之後，那果實有十二顆種子還有一個曾經帶着生命果實的木頭，女魃全部交給了黃帝，後期黃帝統一天下之後功德圓滿，他來到西崑崙找到西王母，在他的人民之中上演了一出白日飛昇的好戲，帶着元妃以及諸位大臣侍從乘龍飛入天際，傳說當時宮中大臣隨從黃帝乘龍昇天的有七十多人。
天庭建立
黃帝帶着侍從們來到了崑崙山，與西王母兩人共同研究長生之道，並且拿出自己多年探訪的上古遺蹟得到的寶物徹夜研究，這兩個當時華夏中原裡擁有最強神力的人在一起，最後兩人從伏羲八卦石之中發現了神最初賜予亞當、賜予整個大自然的十二種最基本的力量，無奈卻無法完全控制，用了九百年的時間，結合空間之力製造了九重天之外的天宮，也就是後來神仙居住的地方。
黃帝將女魃給的十二個生命樹上的種子，三顆種到了人間，用人間的泥土做實驗，但是隻有一顆活了下來，就是種到在萬壽山之中的，成功種出了人蔘果樹，雖然不能像伊甸園哪裡的土壤一樣讓人獲得永生，但是吃一個卻依然可以延長四萬七千年壽命，後讓地仙之祖鎮元大仙看守，有了成功的案例，隨後黃帝又將三顆種子種到了九天之上瑤池邊的蟠桃園之中，後來種子繁殖成三千三百三十三棵蟠桃樹，因爲有的是最先種的有的是後期繁殖的，因此吃了之後壽命增長不一樣，但是吃一個依然可以延長千年壽命
剩下的八顆種子，黃帝藏了起來以備不時之需，怕有一天神會來到人間毀掉蟠桃園，後贈與佛教三顆，佛教的燃燈佛是含的後人，與黃帝同輩並且擁有超強神力，不知爲何燃燈佛得知了黃帝在萬壽山之中成功研製出了長生之物，於是主動與黃帝交好，幫助黃帝完成天宮的建造，黃帝爲了感謝燃燈佛的幫助，有爲了防止燃燈佛侵略中原，主動給了他三顆，萬一一顆沒中好，還可以有另兩顆備用。
燃燈佛收到了生命種子，將兩顆種子種了下去，種在了不同的地方，最後其中一顆種子終於在幾千年之後長成結果，被稱爲菩提樹，釋迦摩尼是燃燈佛的後人，也是含的後人，從菩提樹中得到長生之道，將他們的宗教佛教神話，後來另一個在長成小樹的時候成精了，幻化成人型，化爲金蟬子。
黃帝建立了天宮，播種了蟠桃獲得了長生之力，自封爲天帝又稱昊天上帝，並且稱自己的種族爲‘神仙’，雖然不是神，但是卻可以像神一樣長生，因此叫‘神仙’。再往後天帝準備專心研究上古的遺蹟以獲得更強的力量，做了封神榜，把位置傳給了後來的玉帝，讓他代理自己執掌天庭三十六宮。