“在作出對日本實施核打擊的決定後，幾乎沒有什麼人覺得在道義上感到內疚，他們也沒有向管長官有所表示，管長官也認爲沒有人有這種想法。他已準備扔兩顆、三顆——甚至更多，如果它意味着拯救中國人的生命的話。也許，以現在看來，當時日本已經準備投降，但是如果沒有對其實施核打擊，戰爭仍會無限期的拖延，數以百萬計的中國、英美以及日本軍人會死於戰場，數以百萬計的日本平民會死於常規轟炸之下，因此，在我看來，對日本核打擊，在一定程度上來說，不僅僅只是起到督促日本投降的作用，更重要的是——它挽救了日本民族，以少數量的犧牲避免了更多人的犧牲，對日核打擊應該被視爲一次人道且仁慈的一次行動！因爲它拯救了數百萬日本軍人、平民的生命。”
前陸軍參謀總長楊傑《我的戰爭回憶錄》
在山東榮成航空基地，關於第二次襲擊的命令共印了三十二份。此後，如何使用和何時使用原子彈已由參謀部參謀官聯席會議決定。起飛時間定在12月26日，也就是聖誕節的第二天，襲擊時間依然被選擇在清晨，襲擊目標有兩個，而兩個都在九州島上：第一目標是“小倉兵工廠及城市”，第二目標是“長崎市區”。
在青島航空基地，軍事情報局印刷廠印了一千六百萬份勸告日本投降的傳單。最初時的宣傳是毫無效果的——日本人的愚忠使得傳單似乎對他們沒有任何作用，但是隨着轟炸強度的加大，軍事情報局的那些曾留學日本的“日本通”所設計的傳單在日本國民中產生了巨大影響。特別是眼下要用的這份傳單，將對日本民衆的士氣更是產生不可磨滅的影響。
“告日本人民書：中國要求你們立刻注意我們在這份傳單上所說的話。”
傳單一開頭，就開‘門’見山的要求日本注意這一切，完全沒有任何客氣，實際上這是因爲熟知日本民族的‘性’格，他們習慣於服從、追隨強者，而現在散發的這些傳單完全沒有了東方式的溫文爾雅，有的只是上者對卑者的命令。
“我們已掌握人類從未有過的破壞力最大的爆炸物。一顆我們新近發明的原子彈的爆炸力實際上等於兩千架我們的巨型h6轟炸機執行一次任務時所能攜帶的爆炸力。這個可怕的事實是值得你們思考的。我們莊嚴地向你們保證，我們的投彈是極其準確的。”
威脅，*‘裸’的威脅，不見過去的遊說，不見了過去將戰爭維繫到“軍閥”的身上，而是直接告訴他們，如果拒絕的話，他們會遭遇什麼。
“我們在你們的本土使用這種炸彈還剛剛開始。如果你們還有什麼懷疑，請你們瞭解一下，廣島捱了只不過一顆原子彈後的情況。在利用這種炸彈摧毀軍方拖延這場毫無用處的戰爭的一切資源之前，我們要求你們現在就向天皇請願，結束戰爭。我們已爲你們概述了體面的投降的十三條結果。我們敦促你們趕快接受這十三條，開始爲建設一個更好的愛好和平的新日本而努力。”
或許，在整張傳單之中，只有這麼一句還算溫文爾雅的話語。
“你們現在就要採取步驟，停止軍事抵抗。否則，我們將堅決使用這種炸彈以及其它一切優越武器，立刻強行結束戰爭。”
在傳單的最後，又向日本民座加以警告，
“現在就從你們的城市中疏散開！”
這無疑是在告訴他們，原子轟炸將會繼續，即使在傳單散發以前，日本報紙就已經開始提出警告，說在廣島已經使用“新式炸彈”，“切不可等閒視之”。《日本時報》說，敵人好象“爲了急於儘快結束戰爭而一意要儘可能殺傷無辜生靈”。有一篇題爲《對人類道義上的暴行》的社論透‘露’，這種新式炸彈具有“空前未有的威力。它不但已把一個城市的大部分摧毀，而且還使特別多的市民非死即傷”。
12月27日下午，曾經駕駛載運儀器的飛機“中國動力號”飛往廣島的李明威少校接到通知，要他駕駛另一架飛機去投第二顆原子彈。與投在廣島的炸彈不同，這是一顆球形的鈈彈，不過同樣採用內爆式，而不是槍式設計，通過大量的計算證明，槍式設計或許節約重量，但是其對核裝量的利用極爲有限。
而另一架一同參加對廣島核打擊的“雨‘花’臺”號則非正式地準備去執行一項計劃外的雙重任務：三名科學家——葉企孫、周培源、嚴濟慈——把他們共同簽署的呼籲書捆在罐筒上，用降落傘在目標上空落下收集數據。每個信封都寫上嵯城根遼吉教授收。這位教授是日本的核科學家，他們之間並不陌生，因爲在三十年代時，其曾對中國進行過學術訪問。
致嵯城根教授寄自：以前閣下在中國訪問期間的三名科學界同僚。
“我們以個人名義發出這封信的目的，是爲了敦促閣下運用作爲有聲望的物理學家的影響，使日本大本營相信，如果你們繼續進行這場戰爭，你們的人民將遭受的可怕後果。……若干年來，你已經知道，如果一個國家願意付出昂貴的代價去準備必要的材料的話，原子彈是可以造成的。現在既然你看到了我們建立起生產它的工廠，你心中必然毫無疑問，晝夜開工的工廠一定會把它們的所有產品送到你的祖國土地上爆炸……我們在中國的沙漠試爆了一顆，在廣島爆了一顆，今天早上又爆了第三顆。如果日本拒絕投降的話，會有第四顆、第五顆原子彈落於你的祖國土地上……我們請求你向你的領導人證實這些事實，盡你的最大努力去阻止生命的毀滅和‘浪’費，如果繼續轟炸下去，其結果只能是你們的全部城市被毀。作爲科學家，我們對一項出‘色’的科學發現被這樣利用感到遺憾，但我們向你保證，除非日本立刻投降，否則，原子彈就會憤怒地象雨點般不斷落下……”
只不過嵯城根教授戰後纔讀到這封信。如果他當時立即收到這封信，他本來會去說服一羣有影響的科學家與他一起抗議的，但當時卻故意不讓他看到這封信。轟炸後次日，他舊日的學生之一，一個海軍軍官，相當‘激’動地告訴他，說有幾名美國科學家給他寫了一封信，這封信‘交’給海軍當局了。然而，有個陸軍軍官指示嵯城根教授不要去相信他可能聽到的關於海軍發現一封有關“原子彈”的信的謠言，因爲根本就沒有這樣一封信。
直到戰爭結束三個月後，嵯城根教授與其它許多日本科學家一樣，方纔從中日技術‘交’流委員會獲知這一消息，而那時，長崎、小倉早已經化爲了廢墟。
凌晨三時四十九分，“中國動力號”轟鳴着從長長的跑道飛出去，這架h6轟炸機在地面的跑動似乎沒完沒了，但它的機頭終於離開地面，在黑暗中搖搖晃晃地朝北面飛去。緊跟在它後邊的是“雨‘花’臺”和一架攝影飛機。
這次任務依如過去一般，從一開始就極爲順利，在東京時間上午八時零九分，比原定時間提前一分鐘，在雲塊空隙中出現一個小島。這個島是九州南岸外的五島列島，是“中國動力”與兩架隨行機的匯合點。
三分鐘後，另一架h6鑽出雲端。這是“雨‘花’臺”。這兩架飛機在空中盤旋四十五分鐘，可是拍攝照片的飛機仍不見來。這似乎是意味這個過程似乎出現了一些‘波’折。
“去他、孃的，”李明威少校對副駕駛員說。
“我們不能再等了。”
他晃動機翼朝第一目標飛去。據報告，九州東北海岸的港口小倉可以看得很清楚。但是，到那裡後才發現，該市部分被煙霧和‘陰’霾遮蓋，奉命採用‘肉’眼投彈的投彈手趙鵬程無法找到瞄準點。他對機長說道。
“我們必須再飛一圈。”
“駕駛員命令機組人員，”
李明威通過機內電臺宣佈。
“不投。再說一遍，不投。”
他把飛機猛一拐彎，再飛回來，第二次瞄準。趙鵬程上尉左眼貼在轟炸瞄準器有橡皮圈的鏡片上。他所能看到的還是濃煙。
“我沒法找到瞄準點，”
無法準確的找到瞄準點，那麼就不能保證轟炸‘精’度，在這一情況下就不能進行投彈。
“不投，”
趙鵬程對機長說道。
“再說一遍，不投。”
因爲一枚原子彈的造價上億元，因此，他們絕不可能像投擲普通炸彈一般，可以隨意的‘浪’費，因此他們又改從東面飛過去。這裡，小倉也隱藏在煙霧中，在意味到小倉的條件不適合實施轟炸之後，李明威便轉身對武器專家——負責“胖子”的軍官馮國寧中校說道。
“如果你同意，咱們就飛往第二目標。”
這位曾在“x基地”受訓的航空隊軍官點了點頭，他沒有理由反對這的建議。
“前往長崎！”
就這樣，長崎由第二目標，變成了第一目標，似乎冥冥之中的天意一般，有時候，世間所有的一切都是註定的，而飛臨長崎的氣象觀察機曾報告說，該市上空幾乎無雲！