從山本正夫的記憶片段來看，日本軍方不是突然就找上他的。至少有過三次，有三名不同的間諜人員接近了山本正夫。
他們或者喬裝成漁業報刊的記者，或者某些海洋生物愛好者，試探着向他提問了一些關於深海魚類寄生蟲與細菌的問題。
他雖然性格孤僻，嚐盡人情冷暖，卻仍是個單純而不設防的年輕人，尤其對方問到自己感興趣的問題，他便毫無顧忌的侃侃而談起來。
衛青雲和幾名專家推斷，這很可能與他發表過的幾篇論文有關，而在日後的接觸中，又發現他這個人性格孤僻、單純，沒有朋友，和家人也甚少聯繫，十分易於保密和控制，軍方便起了拉他入夥的心思。
在山本正夫讀大二的時候，他的外祖父去世，當時與家人便斷了聯絡，個人所需主要靠獎學金和從事教授助理工作賺取。
母親再婚後，同山本正夫的關係也日趨冷淡。這段時間他的生活來源主要靠外祖父支持，那是一位精明狡黠，卻保持了幾份善心的老人。
拉攏一個涉世未深，求知若渴的大學生，對於那些老奸巨猾的間諜頭子來說，簡直比馴服一條狗都容易。
他們調查到山本正夫的身世，知道了他的父親正是在某個漁村沾染了某種瘟疫，並推斷出當時的疫情與症狀，很快整理出一份類似症狀的病毒學資料，打着帝國特等生物與病毒研究中心旗號，在他的年級展開了秘密招募計劃。
招募對象是爲數不多的，由老師們推薦的優秀學生——對於老師來說，這樣的機會無異於給自己臉上增光添彩，他們只會想盡辦法最大可能的把各路學生推到僞裝成研究人員的間諜面前，像山本正夫這樣的特別優秀學生，當然更是大放異彩，老師們不斷添油加醋的吹噓一番，恨不得把他塞進那幾名招募者的懷裡。
此等特別招募，當然是有特別的條件的，那些招募官一個個故意板起面孔，冷冷的給每個學生投下一份資料——一個魚餌，也就是他們準備的那份病毒學資料，要每個人根據資料寫一份自己的研究心得。
山本正夫本就私下對父親當年的疫病有過多多少少的研究，那份資料對他來說根本不是考題，而是一塊從天而降的美味餡餅。他如獲至寶，哪還會起什麼疑心。
一切都合乎情理，一切都非常順利。一共三名學生被選中，在這之前，他們都互不相識，都是那種兩耳不聞窗外事的書呆子。不過，只有山本正夫被帶到了一個軍事化管理的秘密基地。
另外兩名學生如何安排，山本正夫自然不予理會，後來再也沒有見過面，至少在他的記憶裡是如此。
山本正夫被秘密帶進那裡——在一個悶罐車裡，完全武裝押運，根本看不到窗外什麼景緻，而且就連他自己，很長一段時間也根本不在乎自己身處何方，只是從高牆外吹入的鹹溼空氣來看，應該是在海邊的一處山坳裡，不過，在日本這樣的地方又太多了。實在無法定位。
他一到那裡，恍然置身科幻世界，源自歐洲的學院派建築風格，白色立面，乾淨整齊，一水兒的頂尖設備，每個人都精神抖擻、全神貫注，統一的白色制服，防毒面具。
不用去實驗室的時候，他們還會摘下面罩，在不同的會議室裡開各種討論會。
那些講話的都是日本頂尖的生物和病毒學大牛，以前山本正夫只能在雜誌上仰慕他們的名字，現在，他就坐在他們中間。
還有兩名歐洲人。在那之前，除了見過幾個到日本傳教的傳道士外，他並沒有見過幾個真正的歐洲人，他只是根據書本上講的一些民族和人種特徵，判斷他們來自德國或者意大利之類的國家。
向身邊的人大膽詢問了那兩名老外的名字後，感覺有點陌生，但是那個後來成爲他導師的研究員——起初，山本正夫只是一名見習研究員，幫助一些研究員打打下手什麼的——有點不屑的介紹了他們二人的一些作品後，才知道那同樣是病毒學領域令人高山仰止級別的人物。
只不過他們的研究不是用於醫學，而是用於軍事——其中一個人培養了某種病毒，只要一滴眼淚那麼大的劑量，便可以殺死整整一個村子的人。
聽完導師的介紹，山本正夫並沒有切實體會到什麼叫毛骨悚然，甚至有點漠然，殺死一村子人之類的事情，對他來說還很遙遠，他只是覺得，研究病毒和細菌應該用於治病救人，對於那樣的病毒應該嚴加管控。
他的導師大概看出了他的心思，便主動提出要他做自己的助手。山本正夫總算從一個打雜的，成了一個有研究課題的人。
開始，導師只是安排給他一些外圍的工作，配置一些莫名其妙的培養基，整理、分析一些數據什麼的，看出他真的心性單純後，那名導師才帶他涉足自己研究的核心。
這名導師談吐寬和，心性慈悲，山本正夫一直當他是個致力於救死扶傷的仁醫之類的角色，所以，當他第一次帶他進到個人的秘密實驗室裡時，可把山本正夫嚇了一跳，而且真是噁心壞了，他幾乎吐了整整一天，連胃液都吐出來了，整個人都虛脫了，以至於睡了一天一夜，山本正夫的身子才緩和過來。
對此，那名導師一臉過來人似的微笑，仍舊用着一如既往的寬和口吻問了一句：“要繼續下去嗎？”
山本正夫用力點了點頭。
於是，他便開始了在這個秘密基地中的秘密實驗室中的研究生涯。
導師告訴他，他們研究的對象，是一種來自深海的病毒，具體存在於海底何等的深度，還無法確定。
他只知道，目前現存的病毒樣本來自一個漁村，最先接觸這個事件的研究人員已經先後感染此類病毒，相繼死去了。
他接手這個項目的時候，無人交接，只有前輩們的遺照和他們的遺作。