大概所有的天才科學家，都心懷一種對知識的幾乎病態的求索，山本正夫心中的道德天平很快便傾斜了。
漸漸形成了一支以他爲首的研究隊伍，主要從事對神秘病毒的破解工作，探索它對生物基因改造方面的可能性。
他的團隊主要研究那些人類意外感染者，並用動物從事相關實驗，不過，他多少也默認了另外一些人用活人做實驗的情況，對於他們所提供的研究數據也欣然接受。
在日本本土的大量實驗，最終還是被歸於失敗。
從病毒改造利用方面來看，效果非常不理想，對於病毒感染後出現何等變異，仍舊無法控制。
99%以上的實驗對象會出現巨人化現象，對於巨人化的感染者，已經可以成功延長他們的存活壽命——可以延長到五年四個月，問題在於他們的智力。
所有巨人化的感染者，智力會嚴重降低，從軍事角度來講，連訓練成普通士兵的可能性都沒有，毫無實戰價值。
——不過，日本軍部方面並沒有放棄的打算，至少他們研究出的一些細菌武器、病毒武器，戰爭價值十分可觀。
日本侵略者佔領東北後，這個秘密而又十分危險的機構，便從日本本土，轉移到了中國東北地區，全稱日本關東軍駐滿洲第731防疫給水部隊，對外宣稱加茂部隊，石井絕密機關。在中國一般稱之爲731部隊。
最初這個單位設在哈爾濱市平房區新疆大街，後來擴展到遼寧、內蒙古、河北等多地，隨着機構擴大和研究人員的大量增加，爲了保密起見，這個組織愈發的軍事化，除了加派大量特務參與外，對於原來許多保留學術職稱的研究人員，也開始編制軍階，完全軍事化管理。
二戰後期，關於731給水部隊的情報才陸續曝光，給水部隊利用中國平民、聯軍戰俘進行生物武器、化學武器實驗的慘絕人寰的行徑，引起了全世界輿論的軒然大波。
在中國期間，山本正夫同至少三位研究人員任職“特別參謀”，指導總部及各處分支機構的研究工作。
根據山本正夫的記憶碎片，衛青雲等人又發現了731部隊設在河北、遼寧、內蒙古的總共五處實驗基地，規模極其龐大，是日本侵略中國，踐踏中國主權，違背國際公約，用活人進行凍傷、細菌感染、毒氣實驗的重要罪證。
此時，第二次世界大戰已經進入白熱化階段，而山本正夫作爲曾經留學歐美掌握多門外語的“重要學者”，再次發揮其專長，多次到德國、意大利、匈牙利、羅馬尼亞等法西斯國家交流學習，再次啓用了多個間諜身份。
直到那個時候，山本正夫仍未結婚，甚至連戀愛都沒有過，從大三開始被徵召進入秘密研究機構，除了幾次被監視下的遊學外，他的人生一大半都處在一座封閉的生物與病毒，細菌與屍體的囚籠之中。
每一個初次接觸到他的人，都可以輕易做出判斷——他是一個殘缺不全的人。
甚至，長年負責照顧他起居生活，並監視他的特務，都在一次酒後吐真言說——
山本君，你這樣下去不行啊，這根本不是一個男人該有的生活啊，同現在相比，倒是更喜歡和你一起去遊學的日子啊，那個時候，你起碼裝的像個人一樣。哈哈哈哈，說起來你還真是個天才間諜呢。
每次外出，尤其是長時間去他國交遊，軍部都會爲他特別編制一個身份，爲了掩蓋其從事病毒與細菌研究的罪惡勾當，這些身份往往都是已婚人士，有賢惠的妻子，可愛的女兒或兒子，家庭美滿和睦，一家人其樂融融，而其本人也是一副養尊處優慣了的樣子，性情寬厚愛笑，令人實在難以將其同細菌武器、活人實驗，這些惡魔專屬的字眼兒聯繫在一起。
或許，他也感到過自己內心情感世界的空洞，十分樂意扮演那些頂尖間諜爲他謀劃的劇本，而且演的十分投入，非常的成功。
就在某一次，山本正夫在那名特務的陪同下，前往已被德軍佔領的巴黎，參加一個秘密學術交流期間，那名多事的特務竟然幫他釣到了一名浪漫的戰爭寡婦。
那女人本就是日耳曼人，卻生在法國，戰爭打響沒多久，他的丈夫便被一塊彈片擊中，魂歸天主。她自己是個耐不住寂寞的人，早已習慣了歡場生活。
而山本正夫此時亦扮演一位幽默風趣的大學教授，專門研究羽毛鮮麗的鳥類和漂亮的蝴蝶。
他功課做的很足，把間諜們特別爲他編排的各種書籍、背景知識、幽默笑話運用的滾瓜爛熟。兩個人在一次酒會上聊了不大一會兒，那寡婦便早已媚眼如波，對他傾心不已。
不過那些特高課的特務們，可沒教他怎麼把一個女人搞上牀，更沒教他如何把握時機，他們覺得這樣一個窖藏幾十年的老牌處男不需要那種技術，而且，他不在外邊亂搞的話也不是什麼壞事。
這就多虧了那名隨身特務了，畢竟相處多年，他大概對山本正夫也產生了某種特別的友誼，至少是一種朋友間的，帶有一點小小惡作劇似的“成全”吧，他巧做安排，成全了那對男女。
起初山本正夫只當是在演戲，可一旦嘗過女人滋味兒，就一發不可收拾了，何況還是一個風情萬種的女人呢。巴黎期間，一有機會他便同那女人糾纏在一起。
這是他第一次跳脫劇本，自己改編劇情，給自己加了不少的戲。
衛青雲猜想，這些不同的間諜人格，還是在一定程度上造成了山本正夫的精神分裂，回到中國恢復身份後，那個女人便從他的世界裡徹底消失了。
不過，那段浪漫而甜蜜的時光卻也不是完全沒有影響，那讓他明白了，爲什麼在別人的眼中，他是個殘缺不全的怪物，爲什麼那特務會說他之前過的不是男人該過的生活。
那女人就像一根火柴，在他荒蕪、空洞的世界裡，點起一片火來，使他開始去思考一些病毒和屍體之外的事情。
就這樣一次美麗的意外，卻給731部隊帶來一次不小的打擊。