仙劍奇俠傳五 劇情簡介
主題：心願
多年以前，摩訶禪寺千葉禪師欲實現一統人魔兩界的野望，在武林掀起一場風波，最終被以王小虎、沈欺霜、李憶如爲代表的武林正義之士剷除。千葉之亂後，江湖平靜了數年。而在此期間，曾負盛名的“南林北沈”逐漸隱退，以“歐陽、皇甫、夏侯、上官”爲首的四大世家逐漸興起，成爲武林公義的代表。（與《仙劍奇俠傳二》相關）
後折劍山莊歐陽家弟子姜承，因出身魔族，被覺察後不容於江湖，種種機緣之下，創立了淨天教，成爲魔君，更名爲姜世離，並率一衆魔界人士與四大世家相抗，甚至希望打通蜀山鎖妖塔遺蹟下的神魔之井，以帶領教衆返回魔界，終逼迫蜀山七聖出手，攻至絕行天途，姜世離被封印於女媧血玉之中，左護法血手被困於伏魔柱。妻子歐陽倩——歐陽世家二小姐——在戰亂中負傷，在衆人護衛下逃離覆天頂，隱居於蒼木山，生下一子，取名姜雲凡。後歐陽倩傷重病逝，將雲凡託給了蒼木山上狂風寨的寨主殷其雷。殷其雷認雲凡作義子，待之如己出。（與《仙劍奇俠傳五前傳》相關）
淨天教之亂19年後，姜雲凡在一次上山時與前來摘鳳鳴草的青荷鎮唐府大小姐唐雨柔相遇。途中，雨柔用笛子吹奏《命起漣漪》，被雲凡猜出其中含義，命名爲“鳳鳴調”，兩人互生好感。而此時上官世家公子上官雅來唐府提親，雨柔父親唐海知上官雅爲草包公子，對親事並不認同，雨柔擔心得罪於上官世家，與父親商議以“比武招親”的方式來拒絕上官雅。
雲凡以還玉笛爲由來唐府見雨柔遭拒，深夜潛入唐府，與苗女小蠻巧遇。兩人被唐府家丁發現後各自逃離。雲凡逃出後遇到小蠻外公——蜀山一貧道長。一貧發現了雲凡身上的魔族氣息，開始暗中關注雲凡。
淨天教右護法毒影多年來一直渴望救出戀人血手，意外發現了雲凡，並在他和小蠻的協助下救出了血手，而云凡與小蠻卻被困於神魔之井——連接人魔兩界的通道。在那裡，二人與魔界夜叉族王子龍幽相遇。龍幽對嬌小可愛的小蠻產生好感，並依靠自己的越行之術使三人回到青荷鎮。正值唐府招親，雲凡前往，依靠雨柔的“鳳鳴調”通過了招親，不想自己魔君之子的身份被意外拆穿，一番周旋後決定由皇甫卓押送到折劍山莊聽候發落，雨柔擔心，暗自離家外出尋找雲凡，在荒石崗追到皇甫卓等人。
先到開封，意外發現多人因飲用丹楓谷河水而中毒。雲凡、雨柔與龍幽進入丹楓谷，解決了開封城水源的問題。回城後遇攜長離劍鞘的江湖女林未央來尋長離劍。林未央爲了卻心事，盜出皇甫卓的長離劍。衆人追至藏幽窟，林未央終於說出其中緣由。原來未央童年時身負異能，在觸碰長離劍時感知到曾經觸碰過劍身的皇甫卓，並與之結爲神交。后皇甫卓在與淨天教一戰中失了記憶，長離劍靈夏孤臨繼續保持了與未央的聯絡，在對未央的關懷之間，二人成爲知己。這一次未央決意來開封尋找“長離”，終於在此瞭解了心願。皇甫卓得到失蹤的長離劍鞘，找回了失去的記憶，想起曾經離別的故人，無限感慨，成全了夏孤臨與林未央。
來到折劍山莊，雲凡、雨柔與龍幽遭到上官家等的圍攻，小蠻及時趕到，並幫助三人潛入山莊密道，見到了昔日的盟主——雲凡的外公歐陽英。歐陽英指點衆人逃離了山莊。爲躲避追擊，衆人來到蜀山，雲凡與一貧重逢。一貧收了雲凡做弟子，令雲凡下山接受試煉。恰遇淨天教衆圍攻折劍山莊，雲凡趕至爲山莊解圍。歐陽慧領情，間接幫助雲凡完成了試煉。
回到蜀山，不久後毒影進攻蜀山，實則有意令少主雲凡得知魔君的消息。雲凡等追毒影至蜀山禁洞，遭靈獸峰龜襲擊，毒影爲救雲凡而死。洞內，衆人發現蜀山棄徒凌波的亡魂。凌波因生前有心願未了，亡魂依靠一股執念不肯消散，小蠻同情，答應幫助她完成願望。
昔日，夜叉族君王——龍幽兄長龍溟爲解決夜叉族水源問題來到人界尋找三神器，終於在凌波的幫助下，於蜀山三皇玄壇盜得神農鼎，然而二人卻被守護神器的機關所傷。龍溟將傷重的凌波留在了流光洞，獨自去了苗疆尋找水靈珠。二人早已互生愛意，因而出發前二人約定取得靈珠後在洞內相聚。之後，凌波傷重不治，只留一縷執念堅守着二人的誓言，然而她卻不知，龍溟早已在苗疆戰死。（與《仙劍奇俠傳五前傳》相關）
爲找尋神龍鼎，雲凡一行隨龍幽來到夜叉族所在的祭都，見到了攝政王魔翳。魔翳讓小蠻將神農鼎帶回了人界，並引導她施展“迴魂仙夢”，令雲凡回到過去，經歷當年姜世離與蜀山之戰。在他的指引下，衆人隨小蠻來到苗疆尋找水靈珠，在神降密境，龍幽意外發現了龍溟的遺物，得知了兄長龍溟已死的真相。離開密境經過幻木小徑，衆人於睡夢中回到了曾經的青木居，遇到了十年前的祝有涯、羽裳夫婦。祝有涯之母因羽裳烏妖的身份而反對二人一起，在他二人私奔後放出蠱蛛追尋二人。恰逢雲凡衆人趕到，殺死了蠱蛛，並幫助二人與祝大娘一起生活，實現了三人生前的心願。
事實上，當年祝有涯在與羽裳私奔時，雲凡等怎能趕來相助？他們早已被祝大娘放出的蠱蛛毒死。隨後祝大娘在怨恨中病逝，魂魄因執念不肯消散，直至雨柔帶來祝有涯的遺物，心願完成後方得安息。多年來，祝大娘和羽裳，到底有沒有後悔呢？恐怕只有他們自己才能知道。
蜀山禁洞，雲凡將龍溟遺物交給凌波，凌波心願已了，魂魄終於消散於人間。小蠻施“迴魂仙夢“之法，雲凡與雨柔回到了過去，來到二十年前的覆天頂，親身經歷了當年淨天教的戰亂。
當年，淨天教遭到四大世家圍剿，形勢危急，雲凡與雨柔趕到，延緩了四大世家的攻勢。姜世離安排毒影、血手與雲凡一起護送歐陽倩逃離。蜀山七聖趕到覆天頂，用三神器將姜世離封印，前來救援的血手被困於伏魔柱。雲凡爲改變親生父母的命運，回到覆天頂，出手襲擊了封印魔君的法陣，卻只砍下了一塊女媧血玉，歷史畢竟是過去，終究無法逆轉。
而此前不久，淨天教也起了內訌。無天尊者唐風（即雨柔父親唐海）覺察到軍師枯木（夜叉攝政王魔翳在人界的傀儡）有意故意挑起姜世離與蜀山的矛盾，爲防姜世離被利用而私下對枯木出手，卻反遭姜世離懷疑而下獄。因地牢中缺水，唐妻身亡，**（雨柔）奄奄一息。蜀山草穀道長依靠雲凡砍下的血玉碎片，爲雨柔續命二十年。經歷這一切後，雲凡與雨柔被傳送回蜀山禁洞。
原來，當年龍溟與魔翳爲解決夜叉水源問題潛入人界。龍溟意外死於苗疆後，魔翳決意武力侵佔人界，此間他在人界佈局，機關算盡，不擇手段，逐漸使得姜世離與人界的矛盾激化。在此期間他的陰謀曾被人發覺，甚至被蜀山罡斬道長擊傷本體，因而這些年來銷聲匿跡，只在魔界暗中操控，尋找時機。此時，在他的操控下，在被封印的姜世離即將消散的時候，淨天教與蜀山再次掀起激戰。爲了夜叉侵佔人界，他必須救出姜世離與蜀山對抗，不擇手段。（與《仙劍奇俠傳五前傳》相關）
爲了找到救出父親，並給雨柔續命的方法，雲凡等不惜挑戰蜀山七星陣以取得蜀山聖器。因關乎雨柔生命，七聖並沒有爲難他們。來到三皇臺，卻失望得到爲雨柔續命與釋放魔君不可兼得的信息！雨柔傷心，離開了雲凡。無奈之下雲凡再隨小蠻去苗疆，找到了最後的辦法——以雲凡爲生祭開啓逆天陣，來延續血玉的靈氣。龍幽說服了小蠻，決意成全雲凡，完成他的心願。
蒼木山上，雲凡與雨柔重逢。四人來到覆天頂，發動逆天陣。雨柔預感不詳，破壞了法陣。魔君被釋放，而雨柔在雲凡的懷中消散，只剩下那一塊血玉碎片。姜世離復出，爲雪二十年之恥，並帶領魔族佔領人界，決意進攻鎖妖塔，與蜀山決戰。雲凡不滿父親的暴虐與野心，與龍幽小蠻回到蜀山，和七聖一起對抗淨天教。
唐海也趕到蜀山，說出了自己的真實身份，以及自己與姜世離的往事。得知了其中種種恩怨，姜雲凡決意不惜一切代價，阻住姜世離的進攻。蜀山掌門太武將獨孤劍聖傳下的佩劍傳給了雲凡，令他爲頭陣與姜世離交戰。
最終，雲凡沒能勸退姜世離，父子交手。打鬥中姜世離的魔獸衝破了神魔之井封印，使得魔翳率夜叉軍隊來到蜀山劍臺。姜世離至此方知，所有的一切竟然完全是魔翳的安排，憤怒不已，卻因遭魔器反噬而無法再戰。爲與龍幽爭權，魔翳派親信擒下龍幽，小蠻情急之下，體內女媧力量覺醒，救出龍幽，並與雲凡聯手對戰魔翳。魔翳討不到便宜，召喚出魔界的上古神器湮世穹兵。眼見三人不敵，姜世離捨身給了魔翳最後一擊，與神器一起消失在了虛空中。而魔翳也因此元神被毀將死，只能將夜叉族交於龍幽。龍幽承諾，決不令族人失望。
由於在此戰中神魔通道大開，爲保人界太平，七聖決心沉下蜀山山體，並加上三皇封印來封堵神魔之井。封印需由七聖加雲凡共八人來完成，這也意味着雲凡千年不能離開蜀山。雲凡下定決心，幫助七聖完成封印。
由於雨柔溫暖的靈魂的進入，那塊牽絆衆人的血玉碎片並未失去靈氣。草穀道長問雲凡，無論何時，無論以什麼形態，是否願意等待雨柔歸來，雲凡給出了肯定的回答。經歷了這許多，他的心願，終是不肯改變。
封印啓動了，夜叉的水源問題也解決了。龍幽做了夜叉國君，給了族人一個滿意的回答。當然，由於三皇臺的封印，他再也無法重回人界，也無法再與小蠻相見……多年以後，雲凡在三皇臺，再次聽到了雨柔的聲音，那是血玉碎片內雨柔靈魂的呼喚。原來，這麼久了，雨柔一直就在他的身邊，卻無法與他相見……
注：劇情大致按照遊戲進行順序，保留主線及少數支線情節，並根據《仙劍奇俠傳五前傳》故事補充部分細節，爲保證連貫個別處有所調整。