新生代雨果的橫空出現，加上有80%以上的可能回到現實世界這一陰謀，讓很多觀衆的心裡都蒙上了一層陰影。
這傢伙在矩陣裡面就如此逆天了，回到現實世界了，不得搞出天大的事情啊？
但現在，除了站在上帝視角的觀衆們，主角們和其他人類都還瞞在鼓裡，不清楚這驚天大陰謀。
......
劇情繼續。
之後，墨菲斯和尼奧等人帶着充滿電的飛船重新踏上了征程，然後再次進入矩陣，去面見先知。
在面見先知之前，尼奧碰到了狄昂扮演的先知守護者。
在這裡，狄昂爲了試一試尼奧的實力，同他大戰了一場。
雖然希斯是小眼睛教出來的，但作爲八爺手下功夫最高的一個，狄昂除了教導安妮之外，自然也教了尼奧幾手。
要是放在現實之中，希斯絕對撐不夠三招，或許三招都用不到，狄昂一招就能擺平，但在電影裡，身爲救世主的他，自然是不虛任何人。
所以，拳腳相加，大戰n個回合之後，狄昂奈何不了尼奧，而且還漸漸處於下風。最後，只得罷手言和。
用華夏的古話來說：不打不相識！
通過了狄昂的考驗，尼奧成功見到了先知。不過這一次的見面有點詭異。
只見着狄昂掏出一把鑰匙，插進尼奧進來的門，再打開時，卻不是尼奧來時的地方，而是一條銀白色的長廊。
長廊兩邊，全是密密麻麻的金屬門。
這些門，俗稱“後門”，乃是矩陣這個系統的後門，是系統管理員的進出通道。
狄昂對尼奧的解釋就是：“代碼都藏在鎖裡，在這裡打開一把鎖，別處就會打開一扇門。”
簡而言之，只要有鑰匙，就可以從這裡去到矩陣世界的任意一個地方。
就像哆唻a夢的任意門一樣，想去哪就去哪。
然後，狄昂再次掏出一把鑰匙，打開一扇“後門”，後門外，是一片坐落於幾棟房子間的空地。先知坐在一張長椅上，等候多時。
這是尼奧第二次見先知，第一次見的時候，他還是一個菜鳥。這一次，他已然是一位能看透矩陣的救世主。
所以，他看清楚了狄昂的本質，看到他的代碼組成和普通人一樣。
同樣的，先知也是類似狄昂的情況。
簡單點說.......
“你不是人類，對嗎？”尼奧問。
“如你所見，再明顯不過了。”先知微微一笑。
“我猜，你是機器世界裡的一個程序。你也是矩陣系統的一部分，另一種控制程序。”
先知點頭一笑，承認了。
看到這裡，不少觀衆都在心裡驚呼。奶奶的，這個先知是機器一方的人？
“我靠，先知不是人？”
“早該想到的，像她這種能預知未來，而且知道救世主的存在，絕對不是一般人。只是搞不懂，爲什麼她要幫助尼奧，她不是機器人一方的嗎？她不是應該幫助機器人，把尼奧清理掉嗎？”
“搞不懂，這下子劇情就複雜了。”
.......
之後，先知爲尼奧講述了矩陣世界中各種各樣的程序。比如這天氣，比如各種動物，比如日出日落，都是有固定的程序負責。
但是偶爾，也有一些程序失控，出現了一些無法預料的事情。就比如有人見到了幽靈，鬼魂，有人看見了吸血鬼，狼人這種無法用科學解釋的生物。
這些，都是某些程序出現了差錯，在矩陣中影射出來的現象。
而這時，這些程序會被矩陣系統刪除，然後化爲本源回到矩陣的主機。
在尼奧告訴先知自己夢到安妮死亡的畫面時，先知就告訴他，這是又一個屬於他的選擇。還告訴尼奧，當他回到矩陣的源頭時，他就能明白這一切。
到時候，他會在那裡做出選擇。
一旦失敗，下場....就是錫安的毀滅！
先知這番話讓觀衆們聽着有點玄乎...
救世主的使命就是回到系統的源頭？
這什麼意思？難道尼奧也是一個程序？
一個披着人類外衣的程序？？？
一想到這種可能，很多人的小心臟都是一突變得慌亂起來......
........
最後，先知告訴尼奧，叫他去尋找一個開鎖匠。在他的手上，有通往矩陣源頭的鑰匙。
說完，先知便在狄昂的保護下離開。下一秒，大反派雨果出現。
而且不僅是一個，是一羣。
擁有複製能力的他，無限侵蝕別人，將別人變成了自己。
然後利用人數優勢和尼奧大戰！
單挑可以，你一個人單挑我們一羣。羣挑也可以，我們一羣羣挑你一個。
無賴一般的打法讓尼奧產生了退意，在越來越多的雨果趕來之後。尼奧放棄纏鬥，直接衝向天空，擺脫掉這羣“禽獸”。
之後，就如同先知所說，尼奧去尋找開鎖匠。不過這傢伙被一個法國人：矩陣另一個古老的程序關押着，關鍵是這廝根本沒打算交出開鎖匠。
所以，爭鬥在所難免！
從這裡開始，一場大戰驚天動地的從餐館打到了高速公路，槍火交戰，拳腳相碰，商業大片的經典元素在這裡淋漓盡致地展現出來。
觀衆們也是看得過癮至極，紛紛在心裡喝彩。
最後，開鎖匠被主角等人搶了回來。在經歷了一番謀劃之後，主角拿着開鎖匠的鑰匙成功進入矩陣的源頭。
雖然，開鎖匠爲此犧牲了生命。
但他只是一個程序而已，觀衆們倒沒什麼傷心的情緒，最多，有點惋惜而已。
在矩陣的源頭中，尼奧見到了矩陣的幕後大boss：架構師！
他是矩陣的建立者。矩陣內的一切，都是出於他之手。
尼奧的真實身份，也在這一刻呼之欲出！
“你的存在，彙集了矩陣編程時產生的所有不平衡因素。你是程序異常的產物，我費盡全力，還是不能消除這些異常。”架構師面無表情，淡淡道：“雖然我極力避免產生異常，卻也做了準備。因此你的到來，完全在我的掌控之中。”
看到這裡，觀衆們終於明白了尼奧的來歷，同時心裡也泛起了驚濤駭浪。
主角，真特麼就是一個系統的bug啊，真特麼不是一個純粹的人類啊！
但還沒等觀衆細細消化這段秘聞，架構師後面的話再次毀了所有人的三觀。
“矩陣的歷史遠比你瞭解的久遠....”
“現在的矩陣，已經是第六版。”
也就是說，在之前，還有五個版本的矩陣。尼奧之前，也還有五個救世主！
構架師解釋道：“我設計的第一版矩陣十分完美，是一件藝術品....”
但是，就是太過完美，反而導致了第一版的崩潰。因爲人類固有的性格缺陷導致他們根本不可能生活在一個完美無瑕的世界。
貪婪，驕傲，色慾，憤怒等等各種人類的缺陷讓他們不可能和平的生活。
就像華夏的共產主義，根本就不可能實現一樣。
所以，構架師根據人類的歷史，模仿21世紀初，設計了一個不那麼完美的現代社會，以供人類生存。
這樣一來，系統總算穩定了一點，但是，最後還是崩潰了。
因爲人類自由的天性，即便99%的人潛意識接受虛擬世界，總特麼有1%的人會產生與之對立的系統性異常。
這些人，就是覺醒者。
所以，爲了處理這些拒絕接受系統的人，機器人設立了錫安！
而每當錫安的人數達到一定數量時，機器人就會派出大軍去消滅殆盡！
這一次，便是第六次消滅錫安！
“救世主的作用，就是在此時返回源頭，將你身上的部分代碼，重新注入主程序。”架構師冷漠道，“之後，你再挑選23命人類，16名女性，7名男性，重建錫安！”
“如果不這樣做，系統將會出現崩潰，並殺死所有與矩陣鏈接的人，再加上錫安的毀滅，人類將徹底滅絕！”
“你的五位前輩，都是基於對人類反應的預測進行設計的，這先入爲主的設定，讓他們對人類產生了眷戀，以促使他們完成救世主的義務。”
“不過，其他幾位救世主的眷戀是廣義的，你的卻要具體的多....”
“也就是..愛！”
與此同時，屏幕中，電影最開始出現的女主隕落的那一幕幕鏡頭真實的發生了。
安妮，即將死亡....
所以，此刻的主角面臨着及其艱難的選擇。
“這裡有兩扇門，你右手邊的門通往源頭，可以拯救錫安。左手邊的門可以帶你回到矩陣，去找她。”
“但人類，也將隨之滅亡！”
看到這裡，一個又一個幕後的秘密被揭曉，觀衆們也是被這一個接一個高潮震撼地無以復加。
人類，被前前後後滅掉了五次？
救世主，就是爲了解決系統的bug，然後帶着23個人類重建被毀滅的錫安，開啓第七個版本？
“臥了個槽！”
“原來錫安是機器人爲了處理這些不穩定因素，故意讓救世主建立的。”
“神特麼第一代救世主解放了人類，這尼瑪就是機器人的陰謀。”
“臥槽，這幕後也太驚悚了吧？”
“我只想知道這一次的主角會怎麼選。這一次，他和前幾個救世主不一樣，他被機器人注入了新的元素，愛。結果呢，會不會不一樣？不是說愛情的力量是最偉大的嗎？”
“呀呀呀，這到底怎麼選啊。一邊是自己的愛情，一邊是人類存亡的大義！”
“之前的救世主都選擇救人類，這一次.....”
這一次....
正如架構師看穿尼奧一樣，尼奧的腦袋裡產生一系列化學反應，產生了一系列電信號，最後生成一種可以壓倒邏輯和理性的情緒。
簡而言之，尼奧被愛情衝昏了頭腦。
所以最後，他選擇了左邊的門，選擇了通往矩陣可以尋找安妮而不是通往源頭可以拯救人類的門。
而且，在安妮即將砸落在車頂的瞬間，尼奧從天飛過，如同超人一般，將安妮救起。
最後，尼奧挽救了自己的愛情。
但是，人類呢？
他沒有回到源頭，這樣一來，系統的崩潰會殺死所有與矩陣鏈接的人，而現實世界，機器人大軍也會滅掉錫安。
這樣一來，人類這個物種就真的滅絕了。
而且死無葬身之地！
之後，尼奧和安妮回到現實世界。剛一回來，屁股還沒坐熱，機器人大軍就找到他們的飛船，並將其摧毀。
逃亡時，尼奧卻是無意中感受到在現實世界裡，自己也擁有着控制程序的力量。
所以，他一招手，無數機器人彷彿系統出故障一般，倒地不起。
但尼奧自己也暈厥了過去，不知道剛纔那一招消耗了他太多的精神力，還是他作爲系統的bug，自身出了故障。
電影的最後一幕，尼奧被趕來救援的飛船帶走，在一張病牀上，尼奧閉着眼睛，昏迷不醒。
在他的旁邊，同樣躺在病牀上，那個被雨果侵蝕，並來到現實世界的複製體卻是悄然動了一下手指。
至此，第二部結束。
矩陣的奧秘被揭曉，但是人類這個物種卻是處於被滅絕的境地。
高潮，依然還未完結！