跟奧斯曼的大員們簽署完戰俘移交協議，左宗棠就可以輕鬆地回伊犁了。
不過，當鄒國劍的那兩師暫替浩罕戍邊的人馬也想按照事先商定好的計劃行程，要返回國內接着去完成他們的屯墾大業的時候，穆罕默德?馬拉?貝格卻變卦了。
其實，穆罕默德?馬拉?貝格絕不單單像他說的那樣，是因爲幾個月來已經與太平天國紅軍將士們建立起了深厚的感情，而捨不得放太平天國的紅軍將士們回家。其內心的深意，還是想把鄒國劍和他的將士們當成是自己的門神，繼續挽留在他的浩罕。
在穆罕默德?馬拉?貝格的一再強烈而真摯的要求下，左宗棠終於礙不住面子，答應了他的請求。
但左宗棠還是搞了個折中，既鄒國劍的人馬繼續踏上回家的旅程，太平天國的西北軍政公署再會另外組織一個數萬人的開拓團，進入到浩罕的塔什罕地區。
當然，左宗棠還要告訴穆罕默德?馬拉?貝格，天國的拓荒團不僅可以協助他們發展生產，在浩罕遇到外敵入侵的時候，所有的拓荒團成員，除去老弱婦孺之外，都將會義無反顧地投入到浩罕抵禦外辱的戰鬥中去。
就這樣，自一八五八年十二月起，在林鳳祥和左宗棠、李侍賢三人的大力關懷下，太平天國政府幫助浩罕走上和平經濟發展之路的拓荒團成員們，陸陸續續地進入了塔什罕，至一八五九年底，在這一地區的太平天國拓荒團已達一萬餘戶。
在隨後的日子裡，已經逐漸與浩罕民衆融爲了一體的太平天國的拓荒團團民，不僅爲浩罕國的工農業發展做出了重大的貢獻，同時也像是那個傳說中極其善於打鬼的鐘馗一樣，對那些還想有覬覦浩罕國之心的小鬼們，起到了極大的震懾作用。
一八五八年十一月初，浩罕境內的太平天國最後一支紅軍部隊，離開已經被多次精心打掃，整齊潔淨的駐地，撤離浩罕。
當左宗棠踏上返回伊犁之路的時候，穆罕默德?馬拉?貝格也背起了早已收拾好的行囊，先是作爲左宗棠的旅伴，一直陪着左宗棠到了惠遠城。
在惠遠城，穆罕默德?馬拉?貝格受到了以林鳳祥爲首的太平天國西北軍政公署要員們的熱烈歡迎及久別親人般的熱情款待。
六天後，穆罕默德?馬拉?貝格依依不捨地告別了林鳳祥和左宗棠、李侍賢等人，在西北軍政公署專門爲他所派出的由祁寶相親帥的一營精騎人馬的陪同和護送下，繼續踏上了前往天京的悠閒旅程。
完成身上所肩負着的光復天國大西北重任的林鳳祥和左宗棠，在戰火和硝煙散去之後，又與李侍賢一起，全身心地投入到了建設和發展天國大西北的偉大事業之中。
爲了適應新的形勢需要，西北軍區根據天朝最高統帥部的命令，對下轄的各部隊進行了一系列的整編和裁減。
此間，朱錫琨、李鴻藻和羅瓊樹分別所統率的紅二軍、紅十九軍及紅二十軍得到了適當的加強，並按照三三制重新進行了整編。各軍除去有着三個步兵師之外，還都新誕生了一個炮兵師，再加上軍師直屬的警衛、通訊、特務、後勤等各類的專業分隊，每軍全員編制已超三萬人。
第一民族軍與第二民族軍的番號被取消，與其他各部所屬的獨立騎兵分隊一起，先是被整編成了西北軍區獨立騎兵軍，其後，又獲得了天朝紅軍第三騎兵軍的新番號。
劉昌林所帥的西北紅軍獨立騎兵師，在西北全面光復之後不久，就被劃撥進了石祥楨北方軍區的建制，兩年後，擴編爲天朝紅軍第二騎兵軍。
而西北軍區所屬的其他各軍，則一律被劃到了李侍賢所主持的西北農墾兵團的序列，成爲了一手拿槍、一手拿着各種勞動用具的農墾軍。
當然，在整個大西北的農墾運動之中，新疆的農墾任務當屬最重。原因很簡單，儘管在新疆一省就有着錫琨和李鴻藻這兩支強大的主力野戰軍，看上去好像不少，但是，在西北軍政公署及西北軍區安排下，無論是位於北疆的李鴻藻部，還是南疆的朱錫琨一軍，卻都沒有一個是在靠近邊境的位置上。不僅如此，在西北軍區的下面，還根本就沒有單獨的邊防軍的建制。
也就是說，所有墾區內包含着邊境地段的農墾軍們所肩負的責任，就絕不是僅僅的埋頭生產，他們同時還要擔負起維護祖國邊防的安寧重任。
其實，這類的情況在西北的其他各省同樣也能遇到，只不過表現的形式略有一點兒的不同而已。那就是各省的農墾軍在發展生產的同時，還要負責起其所在地各城市的衛戍及警備。
於是，在新疆，農十一、農十四、農十三軍從南到北一字排開，農十一軍的陳德才坐鎮喀什噶爾，手挽和闐；農十四軍的鄒國劍雖然是把軍部設在了古爾班阿里瑪圖，其墾區的勢力卻擴及至庫車；而農十三軍韋以德，則將塔爾巴哈臺和吐魯番，通通地都一起摟進了自己的懷裡。
在近十年的時間裡，以林鳳祥和左宗棠爲首的西北軍政公署，利用天朝政府所頒發的各種獎勵政策，由內地的河南、兩湖、江浙，甚至兩廣等地，爲李侍賢的西北農墾兵團充實了數百戶的人馬。
在廣大農墾人的努力下，新疆也與西北的其他各省一樣，不僅令遍及天山南北的一個個大型的農場和牧場拔地而起，不僅建立起來了大大小小數以百計的各式工業企業，在各方面都已經達到了自給自足的目標，還經過了近八年的英勇奮戰，直把鐵路引到了伊犁。而那漫長的有線電報線路，則更是可以直接把他們與祖國的心臟，如今的國都北京，緊緊地連在了一起。
而在這近十年間，在對外的問題上，西北軍政公署更是認真地貫徹執行了天朝政府的全盤戰略，在始終保持了與浩汗國的親密友好之外，通過不斷地斡旋，幫助一直期待着能夠獨立自主地把握自己的一切命運的布魯特人，最終擺脫了布哈拉汗國的統治，建立起了一個全新的布魯特王國。
不僅如此，林鳳祥和左宗棠還悄悄地把手伸向了那個早已被沙俄吃到了肚子裡的哈薩克三帳。