哪個國家，什麼時代，激烈的社會變革都會遭到保守 和抵制，這一點，林雲有着非常清醒的認識。然而目前中國之現狀，又非需要激烈的變革不可。他現在面對的，是一個掙扎在準封建社會泥潭中的貧弱之國，外部環境雖然取得了暫時的穩定，但仍是危機重重，用他的話來說：“列強亡我之心不死。”而內部呢？經過郭鬆齡的一番 “大手術”，也僅僅是取得了表面上的穩定而已。
要從根本上摧毀封建殘餘對新生共和的不利影響，就要從最根本的地方入手——土地。在新召開的第一屆全國民衆代表大會上，提交併通過了《土地開墾法》。此法案規定，所有自願到東北、新疆乃至甘肅寧夏等邊遠地區開墾荒地的農民，所開墾的荒地歸其所有，並且免除五年的賦稅雜役，而在此過程中，由國家撥付資金，負擔其開荒前期之費 用。
緊接着出臺的《農業發展調整法第一修正案》又相繼包含了諸如 《農業人口救濟法》和《農業基礎水利建設實施法》等暫行條例，由國家推動的新的土地變革正以不可動搖的強大力量席捲到全國各地。也正是在這一時期，林雲提出了“新民族主義運動”。
此項運動，旨在提高民衆被封建統治禁錮已久的尚武精神、自信的信心以及提倡新的民族宗旨：團結、服從、自律、勇猛。
在中央陸軍學院第一期高級指揮班畢業地典禮上。林雲做了以下的演講：
“今天，是諸位同學畢業的日子。也就是從今天起，諸位將步出校門，走上領導革命軍隊之道路，肩負起革命軍人責任之時。捍衛共和之重擔，亦將成爲諸位同學今後的共同目標。回想諸位甫入軍校之時。我所講之第一校訓，便是絕對服從！”
“這是一個革命軍人所應具有的基本準則，在這條準則中，最高的道德準則就是履行職責。而軍人地最高之榮譽，既以服從命令爲天 職！”
“與履行職責這個原則密切相關的，還有我所提倡的另一要求：循規守禮，不要去幹違反基本道德原則的不正當的事情。當然，你們都是年輕人。難免會違反各種各樣的規矩，但是與這種道德上完美無缺的根本要求相比，那些過失實在是微不足道的，因而我知道，你們會很快地糾正過來。”
“前一段時間，在你們身邊，出現了一些叛徒，他們密謀使用暴 力，搗毀和破壞我們用鮮血取得的共和，這是我深爲痛惜和強烈反對 的。軍人的職責。在於服從上級之命令，而是不是去參與到政治之 中，這一點，我希望諸位同學在未來的從軍之路上永遠牢記！”
“諸位也已經看到我所提倡的新民族主義運動，給我們的生活帶來了怎樣可喜的變化，我早在多個場合說過。團結，乃是我們得以強大的基礎！何謂共和？實在是一個需要深思的問題，明白地人，會知道這是全國各民族，所有民衆的共和，而不明白者，或者別有用心的人，乃是將此作爲一面招牌。去謀取其個人的政治利益，這一點，是值得我們警惕和反對的！”
“諸位的前程，都很遠大。雖然你們來自不同地地方。說着不同的方言，又或者，有着各不相同的從軍履歷，但是，從今天起，你們的身上，只有一個烙印，那就是中央陸軍學院這一光榮的烙印！你們是共和未來的捍衛者，是共和的中流砥柱，是共和的忠實守衛！所以，你們必須要以比旁人更爲嚴格地道德準則來約束自己，嚴於律己！這是你們 守誓言、勤於報國的準則！”
“因此，在中央陸軍學院學習的這段時期，爲了實踐履行職責的原則，你們雖然過着嚴峻苛刻地生活，但我認爲，對你們來說，這卻是一段美好的、值得永遠懷念的時光，在這裡，軍校對你們提出了很高的要求。也已經成功的在你們之中形成了這樣的認識：履行你的職責，處事循規守禮，那末，不論在何種外界環境下，你都會是一個自由的人。相反，如果你違背履行職責的絕對服從，而按照你的性格謹慎行事，那 末，無論你在當時外界環境下看來是多麼地受人尊敬，你都會感到受束縛而且內心也是不自由的。”
“在這裡，我想告訴諸位，並與諸同學同勉：僅僅把物質享受看作自己生活目的的人，就不會象按照崇高的道德準則生活的人那樣，具有真實的內心世界和真正的自由。誠然，物質幸福在生活中是不可缺少 的，甚至往往是迫切需要的，但它不能作爲唯一的生活目的，也不能作爲衡量人並把人分成等級的尺度。我們做祈望的，是在一種艱難困苦的條件下，仍能保持對革命事業成功之信心，並且全身心的投入其中的熱情和勇往直前的勇氣！”
林雲的這番演講，被刊登在中央陸軍學院的校報上，並很快在那些新入學的學員們中間變的耳熟能詳起來。他們對於能進入這個頗具傳奇色彩的軍校充滿了自豪，對於林雲的崇拜，更是到了無以復加的程度。他們中，大多數來自城市中的平民家庭，也有一小半來自農村，不過都受過一定的教育，對於改變自己命運並投身到“偉大的共和建設保衛 者”這一行列，充滿了理想主義的憧憬。
相對於高等的中央陸軍學院，全國的教育改革法案，則在基礎教育上做足了文章。法案規定，全國人口必須儘快的掃盲——這是在提倡婦女放足併入學之後的進一步推動措施。該法案規定，全國的普通教育爲國家義務制。在學制上，暫定爲七年。而學校教育全部實行準軍事化管理，並實行軍事教導員制度，由傷殘老兵和退伍老兵擔任並實行責任制，爲國家減少負擔併爲國家培養有組織有紀律地後備力量。這也是 “新民族主義運動
力提倡的。
在中高等教育專業化、職業化方面，法案規定。必須注重理論與實際的相互結合，其重點發展技術類教育的同時發展高等教育，比如中等技術學校的學生在規定時間內在校學習、討論、吸收本專業知識，而在實習階段，則到各專業工廠、車間從學徒做起，瞭解本專業的各項知 識，在這個過程中，軍事訓練並不中斷。然後和所學地相互結合吸收。高等職業院校的學生平時除學習、討論、研究各科目相關知識外，也要在導師的帶領下參與到各科研項目的研究與攻關中注重理論與實踐的結合。
與之相對應的，是全國上下興起的工業建設風潮。由於《工業振興法》的實施，全國地基礎工業在國家力量的大力推動下，逐步的，有計劃的按照規劃進行開來，其推動資金，主要來自所發行的國債和“八國聯軍”賠款，部分來自民間資本。在技術上則由德國派出的工業援助團主要負責，在這個過程中。洋務運動的遺產——相當多的留學人才也起到了很大的作用。
民族資本被鼓勵投入到工業建設中，按照其固有資本，中央工業發展銀行提供相對應的“振興貸款”。大批中小企業通過這樣地方式成立起來，在全國展開了轟轟烈烈的經濟競爭。其發展之迅猛，讓一個德國記者如此感慨道：“中國人從來沒有如此露骨的追逐財富，他們謹小慎微的神態被趾高氣揚的得意所取代。從礦山到工廠，從生產傳統絲綢的優容到飛速製造現代化器皿地果斷，這中間是多麼巨大的差距和短暫的時間啊！”
“鐵路，在這個廣闊的土地上一公里一公里的日夜延伸着；礦山 上，通宵照亮着巨大的燈泡；工廠中，人們蜂擁而入，在各自的崗位上生產着他們或許這輩子從來沒有奢望過的東西；農田裡，被沒收了土地地地主們被迫和他的前僱農一起從事勞動。所有這些。都昭示着一個讓西方國家漸漸感到不安的事實，那就是這個民族正煥發着從未有過的青春，在它那被古老地文明和龐大的帝國支配統治了數千年之後，這個令人生畏的國度已經不是歐洲貴族老爺們記憶中那個不堪一擊的孱弱老者。而是猶如睡醒後的獅子，抖落掉毛髮間的塵埃，陌生而好奇的打量着這個嶄新的世界，並以其勇猛的決心和巨大的潛力，迎面撲來。”
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他在文中，並沒有指明這頭雄獅向誰“迎面撲來。”不過緊挨着這頭雄獅的兩個鄰居，顯然還沒有從先前的失敗中得出教訓。但是至少他們開始用另外的手段來製造麻煩。共和元年三月十六日，沙俄支持下的“外蒙古獨立事件”爆發了。
對於此事件，林雲在國會專門舉行的諮文答辯會中這麼講道：“共和之局，絕不會因爲任何一個民族的分裂而失敗，反之，任何敢於進行民族分裂，破壞全國領土之統一者，都必將遭到可恥的失敗！不管其幕後有誰撐腰！因爲全國的民衆，是不會容許其從我中華領土中分裂出 去，我林雲不答應，國防軍不答應，全國民衆，更不會答應！”
“我宣佈，將以武力解決此事件，在此，我以共和大總統之身份重申一遍，任何敢於搞分裂的陰謀家，都將遭到無情的打擊！”
當時，國會以熱烈的、經久不息的掌聲表達了他們的支持，這是在“刺林案”之後，林雲在國會頭一次取得如此真誠的支持。
雖然林雲已經下定了決心訴諸武力來解決，可他在召見蔣百里時，還是很認真的對他講解了一番形勢。
“沙俄在企圖強佔我東北、西北領土的同時，處心積慮地謀求霸佔我蒙古地區，以實現其“黃俄羅斯”迷夢，就我所知，其先後制定了 “米勒爾計劃”、“穆拉維耶夫計劃”、“巴達馬耶夫計劃”，狂妄地提出要佔領從西伯利亞到長城腳下的大片中國領土，你一定很奇怪我爲什麼會有這麼明確的情報——別忘了，我可是很注意情報蒐集的。沙俄爲達到這一目的，採用了一系列的卑劣手法，但一八七零年以前的中俄條約中，儘管嚴重損害了我國主權，也沒改變蒙古屬於中國這一鐵的事實。不過，它的野心不死！”
“現在，讓我們回頭看一下歷史，早在清初時，當時的清政府把蒙古分爲三部分爲漠南、漠北、漠西蒙古，其中漠南蒙古稱爲內蒙古，漠西和漠北蒙古爲外蒙古，外蒙古有較大的自主權。爲防止外蒙的割據，清庭在庫倫（烏蘭巴托）設置大臣，定期舉行軍事演習，保障疆域的穩定。清初，沙俄就不斷侵擾蒙古地區，康熙年間，居於天山以北的蒙古一部勾結沙俄叛亂，在康熙的親征下，於一六九七年平叛。但沙俄仍在邊境製造事端。後來中俄簽定的《恰克圖界約》肯定了蒙古屬於中國，但沙俄的勢力也越過了西伯利亞，伸展到貝加爾湖一帶，爲今天的外蒙獨立事件留下了隱患。”
“我想提醒你的是，鬧獨立的，僅僅是外蒙貴族，廣大的蒙族同胞或是受到矇蔽，或是堅決反對的。我們在武力征討的同時，要注意民族政策，不能傷害廣大支持共和的蒙族同胞。但是反之，如果任何人——不管他是貴族還是普通的牧民，只要敢於對抗統一，就堅決鎮壓！這一點，你要貫徹到每個軍人的心裡。”
三月二十一日，由蔣百里親自率領的“討伐軍”從北京出發，這支軍隊，有“天下第一師”之稱的中央軍第一軍第一師，也有“狂飆軍”榮譽稱號的第二騎兵師，共計六萬餘人，分兩路向外蒙進發。
然而出乎林雲預料的是，蔣百里的先鋒部隊，竟然遭到了失敗！