爲了強加統治，大清就對題本制度進行了改革，自張廷玉把奏摺制度化以後，稍微重要一點的事務，地方官員都先撰擬奏摺，經過皇帝硃批，認可了，才寫題本作正式報告，作爲奏事的依據。但奏摺中的硃批內容，不得寫入題本，這樣題本就成了官樣文章，價值大大降低。
這樣其實就等於變相的削掉了內閣票擬的權力，奏摺不經內閣直達御前，皇帝批覆之後纔在內閣那邊走一遍流程，內閣成了處理日常事務的衙門。
奏摺代替了原來題本的作用，使它成爲主要官方文書，這一制度堅持到清末。奏摺剛產生時，有資格使用奏摺的官員不太多，雍正踐祚之後，內苦於宗室諸王的訕謗排擠，外困於滿漢大臣的朋黨傾軋，急於求言，故放寬了臣民專折具奏的範圍和權限。
由於奏摺所涉事情多系國家機密，所以奏摺的保密性是非常突出的。不能保密，就不要上奏摺，保密是書寫奏摺的前提條件。
正是因爲保密爲前提，官員們給皇帝上奏摺也安心，不用擔心被別人知道，然後被別人報復。
朱厚照看重的就是這一點，比如這一次的揚州案，如果有奏摺的存在，那麼朱厚照相信情況肯定不會崩壞到這個地步。其他的不說，這麼多年了，揚州一個正直的官員都沒攤上？當然不會，只是他們有心無力罷了！上的題本估計都沒到御前，這個人就沒了，皇帝看到的東西也是經過漂沒的。
一旦有了奏摺制度，那麼內閣的權力將會得到很大的削弱，內閣權力的削弱代表着內閣首輔大學士權力的削弱。
雖然這看起來是一個衙門，或者是一個人幾個人的權力削弱，但是朱厚照知道，這絕不是，一旦削弱了內閣的權力，那就代表着整個文官團體的削弱，代表着皇權統治的加強。大清被稱爲封建王朝的巔峰，並不是沒有道理的，他的很多制度都是非常有利於王朝統治的。
由於奏摺免去了中間環節的傳遞，又採用廷寄方法，不但能迅速遞到皇帝手中，而且在皇帝硃批御旨後，又可直接發還上奏官員，馬上付諸實行，從而大大提高了行政效率。
由於奏摺都是秘密進行，於是在直省督撫與司道之間，地方與中央，內廷與外廷之間，除正常的領導與被領導等關係之外，又形成了一種相互制約的關係。
大臣相互告密，皇帝的耳目遍佈京內外，誰也不知道誰向皇帝打了什麼小報告，中央部院和地方上的公私事件和人際關係，無論鉅細，皇帝都可以從奏摺中直接瞭解到。皇帝於是藉助奏摺整飭吏治，監察民情，發號施令，排斥異己，天下庶務總歸一人處理，從而使封建皇權到了無以復加的地步。
雍正皇帝是朱厚照唯一一個敬佩的清代皇帝，因爲他的改革和他制定的制度，在很多方面都是開創性的。
朱佑樘聽着兒子將奏摺的事情詳細的說了一遍，臉上的表情頓時變得很精彩，目光怪異的上下打量兒子，這權術之道，兒子玩的也是爐火純青，如此手段當真是頗爲幾分漢高祖的意思，讓官員們互相告密，簡直就是要了這些官員的命了。
不說其他的，單單是官員之間的傾軋，那會造成多少人來回彈劾？下官覬覦上官的職位，會不會死盯着等着上官犯錯？
當然了，換一個角度想，那些正直的官員有了上書的通路，那豈不是很多事情都要好辦很多了？遇到什麼事情上一份奏摺，盡到了爲臣子的本分，同時又不會傷害到自己，也不害怕被別人報復，多少人願意做這樣的事情？朱佑樘不敢想象了。
“密摺遞到哪裡？”朱佑樘看着朱厚照，略微遲疑的問道：“這個問題你想過沒有？”
如果遞到司禮監，那麼一旦遇到不喜歡上朝做事的皇帝，司禮監可是有爲皇帝批紅的權力，密摺到了他們手裡會是什麼後果？這一點朱佑樘想得到，朱厚照不可能想不到，真的將密摺遞到司禮監，那麼就等於削了內閣的權力轉而增強了司禮監的權力。
“回父皇，走通政司！”朱厚照想都沒想就說道，這個問題他其實早就想好了。
通政司現在的情況非常的慘，九卿裡面地位十分的低下，可以說是非常非常難過的衙門，同時通政使沈祿是壽寧侯張鶴齡的人。以後不好說，但是這個人前期是有用的，至少他爲了攫取權力不擇手段，可是先用起來，要知道密摺的反抗力肯定也不小，尤其是幾位內閣大學士那邊。
“通政司？”朱佑樘苦笑着搖了搖頭：“通政司現在向漏勺一樣，進入那裡的密摺還是密摺嗎？”
“通政司本就是上呈下達，密摺走通政司正合適，同時通政司不牽扯到票擬，也不牽扯到批紅，對這雙方並沒有什麼影響，同時也不會讓司禮監接觸到密摺，而是由通政司直接呈遞到御前，至於保密的問題，兒臣準備在通政司這裡密摺處，專司各地呈遞密摺。“朱厚照直接就把自己的構思給說了出來。
上下打量了一番兒子，朱佑樘直接問道：“這件事情你想了好久了吧？”
“回父皇，兒臣離京之前就在想這件事情了，坐在這紫禁城之中，最難得到的就是實情，想知道外面發生了什麼，可以說是難上加難，當時兒臣就在想一個辦法。一旦有了密摺，除了文官，各地的武將也可以上奏摺到御前，這也是有利的。”朱厚照也沒否認，直接就點頭承認了。
看着兒子的臉，朱佑樘笑了，什麼有利了，如果放開了各地武將的密摺權限，那就等於提升了武將的地位，隨之提升的還有勳貴的地位。
雖然大家都看不起勳貴，可是勳貴在軍中的地位很高的，尤其是現在還沒經歷嘉靖朝，南京守備都是成國公，勳貴在軍中的勢力可以說盤根錯節，密摺能讓他們更少的受到文官的控制，因爲他們有反制的手段，可以彈劾文官，這樣一來，文官也不敢做的太過分。