此後，邪帝爲了彌補愧疚，決心救醒昏迷的問菜，於是駕駛女媧星槎，強行闖入各地大小武林門派或世家門閥的領地，索要各種珍貴藥物，又綁架名醫上船，替問菜醫治。
這些武林門派或世家門閥，當然不肯乖乖就範。但只要稍有反抗，牛郎、大祭司等高手，便立刻大開殺戒。於是數月之內，殺得屍山血海，血流成河。正邪兩道，皆因此陷入最深沉的絕望和恐慌之中。大羅剎宗主則在這段時間裡，閉關修煉噬魂誅仙棍法，爲再戰邪帝而作準備。
南宮問天既手執天晶，自然成爲了正道最後的希望。於是南宮問天在二房的南宮飄等人協助下，吞併了東方世家。又得幸存的武林人士擁戴，登上武林盟主大位。成爲對抗邪帝的最後希望。
另一方面，北冥雪不忍心武林陷入屍山血海，拿着新生神農尺，親自找上了邪帝。可是神農尺也完全救不了昏迷的問菜，邪帝傷心失望之下，竟連北冥雪也想殺掉。
加上入魔之後，自稱“劍皇”的劍心，心生不忍，於是出劍相救。但雖有魔兵之助，修爲也大大增長，劍心始終不敵刀劍合一神技，被邪帝殺得重傷。
此時牛郎在旁邊獻策，認爲既然神農尺也治不好問菜，那麼或許可以用天晶一試。邪帝採納了牛郎的計策，把北冥雪放走，讓她回去通知問天，讓問天獻上天晶。否則的話，就要殺死鐵心。
北冥雪倉皇離開，臨行前卻被大祭司把一顆魔珠，暗地裡植入她體內，並且暗地裡施展了迷心咒。當北冥雪去到南宮世家，把消息告知問天之後，迷心咒自然發作。北冥雪和問天兩人情不自禁之下，發生了最親密的關係。魔珠也隨之進入問天的右手潛藏寄生。
萬萬沒想到，此舉竟誘發出不可測之禍患。原來，久遠之前，女媧娘娘受元祖天魔的魔氣感染，從自己心中，滋生一頭最強大的“異魔”。雖然女媧及時以天晶和異魔拼了個同歸於盡，但異魔的元神，卻已經潛藏於天晶綠珠之內。
一直以來，綠珠都寄生在問天左臂之中，並且牢牢壓制異魔，令其無法作惡。但北冥雪把魔珠植入問天右臂，魔氣刺激之下，異魔竟再次活動起來，並且佔據了北冥雪的肉身，企圖殺死問天。
關鍵時刻，一名神秘女子殺出，救下了問天。原來她就是銀法王的私生女靈劍子。銀法王當日改邪歸正，企圖阻止邪帝的成人禮，卻因此失敗，和天晶子劍一起迷失於時空亂流中。好不容易迴歸現實，卻發現自己的女兒靈劍子已經死去。於是銀法王把天晶子劍植入女兒體內，讓靈劍子得以復活。更因此，靈劍子承擔起了輔助問天除魔滅邪的大任。
靈劍子和問天合力之下，異魔北冥雪倉皇逃走。東方雄則聞聲趕來，含淚懇求問天救下鐵心。於是問天向武林發出通知。要在正月十五，在東海之濱的東方世家公開挑戰邪帝。解救南宮鐵心。
正月十五一戰尚未開始，武林中各處已經暗流洶涌。
燕王潛心修煉十方奇招有所成就，再度出山重掌大權。首先廢了牛郎一身武功，然後企圖前往提前擊殺問天，奪取天晶。
雙方糾纏間，誤闖鑄兵世家鐵壁銅牆。在鐵壁銅牆，燕王與自己妻子和兩名女兒重逢。卻又遇上死對頭滅鬼神。雙方交手下，燕王因爲身有傷患不敵，激憤之下，催生了又一件魔兵“裂天破地”。問天則巧獲奇金息壤，成爲對抗邪帝的利器。燕王則壯烈犧牲。
北冥雪修爲太低，不是一個好的操縱利用對象。異魔改爲企圖依附在邪帝身上。邪帝雖然本是天魔一口氣，卻無意釋放天魔，拒絕再被利用，反過來企圖消滅異魔。異魔而不果，於是強行控制了鐵心，藉助鐵心的身體，逃離女媧星槎。
但鐵心內心良知未泯，異魔認爲她始終不是一個好的合作對象，於是又放棄了她，改爲找上被燕王廢功的牛郎，蛻變爲“異魔-牛郎”。
百年前神道盟餘孽再現，圖謀報復邪帝和武林中各大門派。曾經在泰山奪刀一役中出現過的狂王再度現身，趁着邪帝不在的機會，搶走了魔兵帝恨和問菜。導致邪帝更加瘋狂。
同時，神道盟又分別搶走了魔兵龍刃、神兵十方俱滅，魔兵無妄等武器。把東方雄、火鳳凰、卓不凡、鐵心等人分別囚禁起來。
正月十五，東方海閣一戰。問天讓燕王的女兒假扮問菜，欺騙瘋狂的邪帝，然後從背後偷襲，重傷邪帝。然後又用奇金息壤封鎖邪帝。邪帝及時清醒，卻終於被封鎖了右臂，無法使劍。
混亂當中，神道盟人馬大舉進攻，魔兵龍刃因爲和神兵鳳凰具有相同的力量，也能軟化息壤，解除封印。邪帝一個大意，竟然被砍斷了右臂。
因爲斷臂而再度瘋狂的邪帝，強行以真氣操縱自己右臂，施展出刀劍合一的第二神技，橫掃全場。雖然有樂娃和西城秀樹攜新生的太虛和神舞兩大神兵前來救場，也無濟於事。
此時，女媧星槎、天晶、靈劍子、神舞等諸多和女媧有關的力量，聯手出擊，終於重創邪帝。邪帝再被息壤封鎖，沉下大海。
但此時，宗主卻和鐵心聯手，奮不顧身地前往搶救邪帝。問天等人精疲力竭，也無力再作追擊，刺邪一戰，就此落下帷幕。
之後，神道盟衆人主持“大審判日”，要向當年曾迫害神道盟的武林門派進行大報復。養好傷勢的問天回來，和西城秀樹、樂娃等裡應外合救人。神道盟衆人陷入絕境，於是把心一橫，引爆炸藥，炸燬神道堡。
問天以女媧星槎救走被囚禁的一衆武林人士。神道盟衆人則把身上所有內力全部灌輸給狂王，叮囑他記得爲自己報仇，然後與爆炸的神道堡一起，沉入冰海。
另一方面，滅鬼神重新當上天地盟的盟主，但其父親滅穹蒼迴歸，滅鬼神驚覺原來自己一直都被父親欺騙了，於是與之發生衝突，催生出又一件魔兵“悲怒權杖”。最後，滅鬼神和滅蒼生兩兄弟失望離開。與父親徹底決裂。
滅鬼神欲展開新生，於是來到杜康鎮，找到滅蒼生的師父“病出膏肓”，企圖醫治當年與宗主交手時，身中天神兵“天誅”一箭所留下的箭傷。
同時，宗主和鐵心也已經找到了被息壤封鎖的邪帝，並且以魔兵龍刃解除息壤封鎖，讓邪帝恢復自由。爲了治療邪帝的手臂，再加上要治療武勇身上的廿七大限，於是他們也找上了隱居在杜康鎮的“病出膏肓”。
那邊廂，燕王竟離奇復活。原來先前他只是假死。在上天下地至尊功的幫助下，陷入假死，冰封自身以作自療。治療結束之後，修爲大大提升，卻再無爭霸雄心，只以除魔救世爲己志。
除魔救世，這個魔，就是異魔牛郎。它當日強行依附在鐵心身上，接觸了魔兵無妄，得到“模仿”和“學習”的異能。可以透過接觸不同的魔兵，學習不同的異能。當十大魔兵的異能盡數集於一身以後，就能破除天網，令困於網中的元祖天魔得以復活。
杜康鎮上，病出膏肓在宗主幫助下，治好了滅鬼神的天誅箭傷。然後邪帝爲了報答解封之恩，也協助宗主，一起替武勇進行換血，以治療廿七大限。
把神道盟所有人功力全部集於一體的狂王，恰好在這時候找上門來。鐵心出手拒敵，率先敗退。滅鬼神再出手，慘死於魔兵帝恨刀下。但總算拖延到足夠時間，讓換血治療順利成功。因爲失血過多，宗主和邪帝選擇聯手對敵，終於徹底擊殺了狂王。
神道盟之事完畢。邪帝和宗主也各自分別。此時，距離宗主的廿七大限，已經不足半月光陰。於是雙方約定，十天之後的三月初一，在一水隔天這個地方，進行一場“巔峰決戰”。以此印證武學至高境界。
天地盟方面。滅穹蒼決心重振聲威，和正道武林盟主南宮問天來一場大戰，決定誰是武林至尊。但因爲赤蓋四陽功專注於火勁，長久修煉，五行失調，心臟負荷太重。全力運功的話，隨時有爆心之危。
異魔牛郎找上滅穹蒼，輸入魔氣保住他的心脈，企圖借刀殺人。然後又把北冥雪擄走。但滅穹蒼反而因此看破功名，不再執着於權欲。他把天地盟交託給問天，自己孤身離開，前往追殺異魔牛郎。卻和徒弟燕王不謀而合了。或許，這就是修煉上天下地至尊功的伏羲傳人之宿命。
在滅穹蒼和燕王看來，異魔牛郎是最嚴重的威脅。但在武林盟主南宮問天看來，曾經屠戮天下的邪帝，纔是最重大的威脅。所以，雖然妻子北冥雪被異魔牛郎擄走，但南宮問天仍然選擇了前往一水隔天，觀看宗主與邪帝的巔峰決戰。
東方雄和火鳳凰因爲關心鐵心，所以也強烈要求乘上星槎，跟隨問天前來一水隔天。但等待了這麼久，邪帝仍不見蹤影。和邪帝一起的鐵心也同樣不知所蹤。這如何不令東方雄和火鳳凰二人，深感擔憂了？