朝倉軍突然撤退，導致若狹武田軍還在抵抗的殘部放下武器，並把引以爲豪的敦賀郡拱手讓出，更迫使金崎城主朝倉景恆，聯合譜代家老三段崎紀存，裹挾敦賀郡司朝倉景紀突然裡切投靠上杉謙信，朝倉景恆這麼做並非早有預謀，只是迫不得已的自保行爲。
作爲敦賀郡司的繼承人，他的父親朝倉景紀在朝倉家中早已失勢，這場敦賀郡的爭奪戰始終是敦賀衆衝在最前面，朝倉義景撤退的時候丟下口諭讓他斷後，天可憐見，敦賀衆拼殺的還剩下三千餘衆，而且各個負傷疲憊不堪，讓他斷後簡直是告訴他立刻去死。
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他的兄長朝倉景垙爲爭一口氣稀裡糊塗的死掉，已經讓敦賀朝倉家上下十分痛恨宗家，這次爲了保護家鄉故土與上杉軍奮戰多日早已耗盡力氣，如今還要爲這個可惡的朝倉義景送死，朝倉景恆只要一想就覺得腦袋要爆掉，一股沖天恨意充塞胸懷，他選擇背叛也就不奇怪了。
趁機背叛的朝倉國人衆還有很多，前波景當被他弟弟前波景定拉過來一起裡切，年寄衆、三國湊奉行桜井元忠，頗有武名的印牧能信以及青木景康、小林吉隆，著名的大叛徒富田長繁，丹生郡佐佐牟志神社別當佐佐布掟俊，以及勇猛的真柄直隆、真柄直澄全部背叛。
朝倉軍的撤退沒能起到拯救朝倉義景的目的，反而被上杉謙信率領大軍緊緊咬住尾巴窮追猛打，從敦賀郡一路敗退到伊香郡依然扎不住根腳，迫使朝倉義景丟下族叔朝倉景隆與他的嫡子朝倉景健的兩千軍勢斷後。不敢朝已經淪陷的淺井郡逃跑。就帶着八千餘殘部急急忙忙率軍朝高島郡撤退。
在上杉謙信眼裡。朝倉景隆那點軍勢還不夠一勺燴的，更何況己方兵精糧足士氣高昂，敵方久戰疲累士氣低落兵丁惶恐無助，這一陣只給朝倉義景爭取不到兩個時辰的喘息功夫就被擊潰，朝倉景隆、朝倉景健父子戰死，隨同戰死的兵丁超過一千人，只餘下九百多名殘部降服。
得知前線軍勢大潰的朝倉義景縮在清水山城不敢出來，每天聽着東軍主力一場場勝利。上杉謙信橫掃越前、攻陷若狹，中條時秀攻入丹後國手刃一色義道，丹後一色氏闔族覆滅，在北方一陣狂亂的戰爭結束之時，上杉謙信的北陸軍團已經有七萬人之多。
中條時秀的一萬五千人，若狹武田氏、越前朝倉氏的遺臣陣參者衆多，即使經過汰選幾次仍然七萬精銳，而東軍的總兵力也在此刻超過二十八萬人，這是一個讓人絕望的數字，這二十餘萬人裡過半是能征善戰的東國武士。即使僕從軍佔據其中的超過半數也夠嚇人的。
有的時候人多也是一種本事，別管這到底是不是濫竽充數。起碼可以唬住絕大部分人，當年承久之亂以及建武年間足利尊氏從九州起兵，皆是拉起二十餘萬大軍，民間傳說足利尊氏可是足有五十萬大軍，各種誇大其詞的描述把足利軍塑造成神佛加身也顯示整個天下對強軍的看法。
人多勢衆必然本領大，胳膊粗拳頭硬必定有道理，不是強者爲尊更勝似之，自古以來成王敗寇不外如是，民間對失敗者的歌頌多少存着那麼點陰私念頭，這無法改變強權即真理，這個亙古不變的法則。
更何況源義時是源家棟樑，従二位右大將，這可是白旗大明神源賴朝的官位，源家第一位打出來的徵夷大將軍，名望已經完全凌駕於“惡公方”足利義昭之上，單純看兵力配比也能知道西軍這堆亂糟糟的大頭兵是不行的。
起碼現在只有八千餘衆的朝倉義景每天都在擔驚受怕，所以在上杉謙信南下的時刻，他就毫不猶豫的拋棄清水山城逃往阪本避難，可是很快他又發現阪本也不太安全，就派人聯繫織田信長尋個救濟自身的章程。
恰好織田信長留在大津圍困宇佐山城的軍勢已經不尷不尬的留在那很久，便趁着東軍合併的當口，命令朝倉義景跟着一起撤退到京都附近駐守，於是纔有這朝倉義景撤入將軍山城放棄阪本這一說，其實朝倉義景早就不在阪本附近出沒的，一直縮在比叡山附近準備看風頭不妙就縮回京都。
大河內國綱堅守宇佐山城近四個月，三千軍勢打的還升八百餘人，硬是頂着一口氣不鬆扛下來，當然這也跟織田信長早早的率領西軍主力趕赴美濃國對峙東軍有很大關係，留守大津的西軍對攻城死磕的興趣不大，最初還會派點攻城部隊敷衍一下，到後來乾脆連兵都懶得派過去，就站在山下吆喝一會兒放幾聲鐵炮便撤回來。
直到織田信長率軍撤回來的時候，這一股西軍再也沒心思攻城立功，只想着守住大津別被夜襲就好，源義時擅長夜襲的名聲傳揚天下，每一個不信邪的武家都成爲其刀下亡魂，容不得這些武士三心二意敷衍了事，這路西軍每天膽戰心驚的反倒比宇佐山城裡的殘兵守將更害怕。
反過來大河內國綱就輕鬆的多，從六月到八月整整兩個月的時間，四面八方都是西軍卻連一場戰鬥都沒有，輕輕鬆鬆的熬過本該必死無疑的籠城戰，如果西軍再堅持幾天，說不定就能讓宇佐山城裡最後一點殘部死傷殆盡，這八百多人裡傷殘者過半數，連最初的一半的戰力都沒有。
如今西軍已經銳減到十四萬軍勢，且士氣低落戰意低下，面對來勢洶洶的二十八萬東軍，單這兵力就相差整整一倍，更不用到底該怎麼取勝，織田信長苦惱的揉着額頭，暗暗想道：“我的志向難道真的要結束了嗎？不……我還要奪取琉球，還要征服七海統治這浩瀚的世界，弗洛伊斯說這叫世界。我就要統治這個世界。這是我的畢生志向！
那個愚昧守舊妄談傳統秩序的源義時。永遠也不明白我信長的野望！他早已不是我所信賴的知己，而是一個頑固守舊落後時代的蠢材！當年我信長立誓三十年一統天下，現在我的誓言已經成功一半了，只要擊敗源義時那個蠢材，我的野望就一定能成功！”
……
織田信長的野望或許永遠不可能實現了，源義時沒有給他喘息和思考的時間，中條時秀所部攻入滋賀郡，宣佈阪本城再次回到東軍的手中。緊接着馬不停蹄的猛攻中尾城，迫使守將筱原長房棄城而逃，京都的以東的防禦屏障被破去一半，京都危在旦夕。
西軍的反擊方向放在山城國勝龍寺城一帶，作爲扼守澱川西岸監視進出京都的重要拠點，吸引東軍多達五萬大軍的攻擊，西軍大將長宗我部元親親自設計圈套，抓住東軍急進的機會放大軍跨過澱川，並趁機發動半渡而擊險些把河灘上困守的上萬東軍打崩潰。
好在河對岸發現情況不對，祭出半蛇炮這個大殺器。轟的長宗我部元親所部站不穩腳跟，反被北條綱成一波突擊討取吉良親貞在內的多員大將。這一波打完也徹底暴露東軍的動作，勝龍寺城的西軍大舉出擊，迫使北條綱成率軍撤退。
一場失敗雙方都在反思着吸取教訓，西軍大將不敢再放東軍動手，於是就藉助澱川上內河水軍的優勢封鎖澱川，希望籍此機會壓制東軍的行動，這一招起到非常不錯的效果，一條澱川連接宇治川、木津川和桂川，這幾條河流拿不住就不存在控制畿內這一說。
水路被封是要命的短板，這就好比一支精銳軍團不敢輕易過河，害怕一過河後路就被截斷，背後就會遭到敵方突襲，藏在暗處的敵人總是最難對付的，當年源義時也是藉助這幾條河流屢次阻擋三好家，讓三好家就是吃了這個大虧，這會兒山水輪流轉又該他頭疼了。
無奈之下，源義時治好下令調撥外海水軍前來馳援，雙方的外海水軍在大阪灣上激斗數日，到最後還是東軍憑藉蓋倫大帆船的強勁火力，把西軍的淡路水軍、河野水軍打的潰不成軍，只可惜東軍的外海水軍鮮有小船，進入內河支援的力量有限，對抗數百艘內河戰船很難取勝，內河水軍衆知道外海被東軍控制也堅決不出來，雙方就這麼僵持着誰也沒法奈何誰。
這個僵持的過程並沒有持續太久，源義時很快就找到破解的辦法，命令東軍的先鋒大將本莊繁長，率部兩萬餘衆攻陷京都城東部的伏見山城，這座城堡曾是源義時多次出陣京都的主陣地，拿下這座山城可以俯瞰整個京都，將城內的所有動向一覽無遺，這觸發織田信長最後一道警戒線，大戰就此拉開。
第二日天還沒亮，距離太陽升起還有一段時間，織田信長便唱着他的《敦盛》出發，一如十幾年前桶狹間裡的情景，帶着自家本陣五千軍勢從本能寺出陣，接着分部在京都的各路大將聚集起來，當離開京都的時候已經聚集四萬餘衆，接着京都之外的船岡山城、小泉城、勝龍寺城各部軍勢也同時出陣，一條長長的巨龍橫貫而出。
軍議的分兵策略頗具戰國時代的獨有特色，十四萬大軍分成數陣各自爲戰，毛利輝元兩萬餘衆向東北移動，作爲北翼與伏見與山上的本莊繁長對峙，三好義繼率領兩萬餘衆向木津川北岸移動，作爲南翼與北條時政對峙，織田信長率領六萬軍勢作爲本陣，跨過宇治川在久御山佈陣，餘者各路國人衆散佈在宇治川東岸的廣袤平原上。
明智光秀眺望着遠處那連綿不絕黑色軍勢，從南到北橫貫宇治川與木津川兩邊，站在原地四處眺望彷彿延伸到天邊，依然可以看到那黑色的兵丁和白色的旗幟，不禁感嘆道：“二十八萬大軍，比等持院所率大軍還要多！看這煞氣沖霄遮天蔽日的氣勢，讓見聞者生出驚心動魄之感，想必當年後醍醐天皇也是見到此情此景才心生絕望的吧！”
“噓！噤聲！沒看到公方殿下和主公的臉色不太好看嗎？”順着佐佐成政指引的方向，纔看到足利義昭與織田信長的臉色很難看，兩位從沒想過二十八萬大軍擺開陣勢那得有多可怕。自覺十四萬人已經是非常可怕的力量。比這多一倍就更難想象。
這時候東軍那邊忽然響起一陣軍太鼓。西軍衆將緊張的差點下令射箭，還好他們及時想起東軍距離有效射程還遠的很，靜靜的等待一會兒看見東軍緩緩的向前進發，織田信長也立即下令西軍還以顏色，你走一步我也走一步，關鍵時刻氣勢不能送了半分。
待雙方距離有三箭的距離同時停下來，只見一名魁梧雄健的武士騎着一匹身姿挺拔格外高壯的駿馬，身着金銀兩色璀璨生輝的大鎧緩緩走出東軍本陣。在他的身後飄舞着四面白旗，分別是八幡太郎源義家、南無八幡大菩薩、足利上総三郎義時以及源氏笹竜膽旗印，每一面大旗高數丈，通體潔白明亮讓人見之難忘。
西軍武士驚呼道：“那是御白旗！那人是源二位右大將殿！”
在西軍驚歎聲中，源義時獨自一人策馬走出本陣，緩緩走到戰場的中間駐馬停步，傲慢的搖頭四顧長開雙手作出一個擁抱的動作，接着大呼一聲：“京都！我源義時回來了！”
“放箭！快放箭啊！”足利義昭快被他氣瘋了，歇斯底里的咆哮着，面部猙獰恐怖彷彿一隻地獄裡爬出來的惡鬼。許是西軍的將士看到他的恐怖表情，急忙下令弓箭足輕立即射擊。一排排箭雨落在距離源義時腳下很遠的草地上，即使運氣最好的一支箭距離他也有幾米遠。
源義時不屑的一笑，舉起雙手突然合十，在人們以爲他在禮佛的時候，突然分開又合十竟然鼓起掌來，東軍的武士跟着發出一陣鬨笑聲，跟隨着主將的動作鼓掌，這次織田信長也有些受不住，怒吼道：“鐵炮隊上！射擊！一定要殺死他！”
鐵炮足輕緩慢的填裝火藥、鉛彈、試火繩、瞄準、射擊，本來這一套流程就需要四五十秒，現在一緊張竟用掉一分鐘才完成，好在終於完成這一輪射擊，乒乒乓乓的傳來鐵炮激發的爆響，待硝煙散盡才發現源義時依然鎮定的站在原地不動，舊式火繩鐵炮的最大射程還不到弓箭的一半，他站的位置連弓箭都射不到，放鐵炮純粹是在尋求自我安慰。
源義時冷笑一聲，緩緩抽出源家重寶髭切，高聲說道：“昔有將軍足利義輝，漂泊於江州寄身阪本，爲興幕府報父仇，起兵入洛驅逐三好，勵精圖治二十餘載塑幕府中興之勢，卻爲其弟足利義昭夥同惡黨三好氏所壞，足利義昭其人歹毒無比，殺兄弒母以圖自立將軍，而後又夥同兇徒織田信長廢立天皇，把持朝政火燒比叡山，霸佔畿內爲禍京都，其害之烈數倍於楠木正成，是爲朝敵佛敵武家共敵也！”
“你……你這個混蛋！你血口噴人！你你……”足利義昭面色漲紅，指着站在遠處長篇大論的源義時連一句完整的話都說不出來，西軍士卒們多數是鄉下務農的農兵，沒見過世面也不知道幕府的恩仇內幕，乍一聽到自己效忠的將軍竟是這種人，哪還願意爲他賣命送死，若不是各路大將即使彈壓，說不定這場合戰就要到此爲止。
“我等武家，以脊樑支撐家業以雙手開拓荒原，劈荊斬棘腳踏實地，歷盡千險代代傳承方有今日今時之尊崇，我等靠的是雙手的打拼和奮鬥，更依靠着忠孝仁義之千古大義立命也！不知忠則弒君，不知孝則滅親，不知仁則好殺，不知義則爲亂！”
源義時突然單手戟指足利家紋旗和織田家紋旗下的西軍本陣，大喝道：“而此足利義昭，弒君滅親好殺爲亂，古往今來少有觸犯不忠不孝不仁不義之人，織田信長火燒佛教聖山比叡山延歷寺，殘害佛子、燒燬伽藍、推倒佛塔、破壞佛像，犯下五逆重罪！被斥爲第六天魔王之人，此等惡賊，諸君可從之呼？”
一遍遍聲音在蒼茫的大地上回蕩着，西軍衆將躑躅呆立不知所錯，放任配下士卒騷動越發的劇烈，織田信長臉色鐵青默然不語，他發現足利義昭又開始歇斯底里的咆哮着。軍心敗壞已成定局。他有些後悔剛纔是不是應該全軍突擊。哪怕倉促應戰被打的大敗虧輸，也絕不能讓他說出這麼傷西軍士氣的宣言。
可此時此刻再想這些都已經晚了，只見源義時舉起髭切，大喝道：“源家列祖在上，我源義時爲討伐惡賊掃蕩妖邪，願舉源氏白旗殺出鎌倉重回京都，凡阻我路者殺無赦，凡與我爲敵者殺無赦！神佛庇佑先祖祝福。此乃天意！大義在東軍！”
“大義在東軍！大義在東軍！”東軍齊聲吶喊如津波涌動海嘯撲來，又好似猛獸怒吼聲震百里，彷彿浪潮席捲天崩地裂，震的西軍士氣爲之一挫，再不復出陣時鼓舞起振奮的精神和昂揚的鬥志。
源義時輕蔑的一笑，視若十四萬人的西軍如若無物，搖頭晃腦着打馬而回，迎接他的是東軍二十萬將士的歡呼，所謂兵爲將膽、將爲兵魂，東軍二十八萬餘衆聲威浩大如山如嶽。烽火聯營數十里早已不懼任何人，總大將敢於當着幾十萬雙眼睛的注視下發出檄文。把己方的大義伸張出來，喊出一句“大義在東軍”的口號，使得東軍的士氣無限向爆棚增長。
在羣臣崇敬的目光中，源義時緩緩走回本陣，對他的嫡子打個手勢，足利義泰用稚嫩的聲音大喊道：“三軍擂鼓，準備出陣！”
數十面巨大的軍太鼓被車架緩緩推到陣前，隆隆的鼓聲像上了發條的鬧鐘，催促着武士們整隊列陣等待出陣，待一遍鼓結束就聽見源義時大喝道：“齋藤下野守聽令！以你爲先陣大將，統兵兩萬以爲前驅！鑿穿西軍本陣！予你白旗！”
齋藤朝信恭敬的接過象徵榮耀的白旗，激動地說道：“哈！我朝信必不負使命！”
“瀧川慶次郎，島左近聽令！命你二人各率一萬軍勢跟隨齋藤下野守，務必保證擊破西軍左右援軍！”
“是！”兩人興奮的漲紅臉，握住拳頭重重敲擊鎧甲，接過白旗急忙翻身上馬疾馳而去。
隨着將令一道道傳達，數十面白旗隨着各備大將四散分開，不過半個時辰各備陸續開拔，幾萬名武士帶着身後的足輕向西軍發起衝鋒，二十餘萬大軍猶如脫繮野馬極速奔馳，衝在最前面的是鐵炮隊，他們舉起燧發鐵炮發起第一輪攻擊。
“上竹束擋住！”織田信長一聲令下，數以千計的竹束橫在陣前形成一道屏藩，把所有鐵炮帶來的威脅擋在其外，這是織田軍針對鐵炮戰術越發成熟的今天，研究出一套針對鐵炮轟擊行之有效的戰法，紮成竹排橫在陣前的竹束，既可以當作擋箭板還可以掩護西軍的前進步伐。
齋藤朝信率領萬餘騎兵遠遠的看見西軍擡出竹束爲牆，立刻改變戰術像左右兩邊迂迴，瀧川時益與島時勝隨之變向把戰場的正中間讓出一片空地，西軍的各備大將見勢不妙，連忙下令本部兵馬向兩翼傾斜，兩翼被攻破本陣也難保存，他們也知道這麼左右拉扯是中了東軍的圈套，可是西軍早已沒有選擇。
在雙方本陣拉扯迂迴的時刻，兩翼大將已經先行碰撞在一起，北條時政所部兩萬餘衆與三好義繼所部兩萬餘衆激鬥，北條綱成、氏繁父子二人通力合作輕鬆擊退三好軍先陣的阻擊，抓住三好軍配合不當的小縫隙拉扯出幾個備隊的空間，追着其中一支備隊窮追猛打，成功的討取敵方備隊大將筱原自遁。
長宗我部元親對上小山秀綱、結城晴朝所部，雙方的兵力與實力相差彷彿，短時間裡也分不出勝負，到是浦上宗景與赤松義佑的聯軍攻勢順利，一度壓着最上義光與伊達輝宗擡不起頭，還好蘆名盛氏與巖城常隆率軍救援，又把局勢給擰回來。
西軍大將遊佐信教、朝倉義景、波多野秀治、蒲生賢秀、池田勝正率軍突入戰場，並與趕來武田信繁、佐竹義重、長野業盛、那須資胤、宇都宮広綱接戰，從木津川到宇治川這一段下場的平原上到處是戰火連綿的景象。
眼看戰況緊急，赤松家譜代家老小寺政職非常着急，招來他的譜代重臣黑田孝高（此時名小寺孝隆）商議策略，素來足智多謀的黑田孝高思考一會兒，忽然說道：“臣下有一計不知可行與否，可蒐羅馱馬耕牛若干，以爆竹油布等引火之物灌注葦葉綁縛與牛尾之上，點燃爆竹即可作爲一支突襲的奇兵，只要敵方防禦不當定然會被狂暴的牛馬沖垮陣勢，我軍亦可轉敗爲勝。”
小寺政職大喜道：“好！此謀甚好！不知這叫什麼計謀？”
“此計曰火牛陣。”黑田孝高微微一笑眺望遠方，擺出一副智珠在握的架勢。
就在四面激戰的當口，北翼的毛利輝元與本莊繁長卻像過家家似的，雙方大將擺開車馬在陣前對峙，雙方好像都有顧慮似的皆不願意率先發起進攻，本莊繁長得到上諭不得率先開戰，見毛利家沒有動靜乾脆翻身下馬解開衣甲坐在陣幕裡休憩。
毛利輝元不出意外的作出按兵不動的決斷，只是他的心情遠沒有想象中那麼輕鬆，在他對面只有兩萬防備鬆懈的東軍將士，只要他忍不住率軍突襲有七八分的把握奪取大勝，或許這一場大勝就可以扭轉西軍的劣勢，可是他不敢拿家國命運去賭，更何況他本人也不看好西軍能取勝。
坐在本陣中耐心的等待着陣前的情報，任由時間一分一秒的過去，直到正午時分，負責打探消息的心腹桂元盛匆匆趕回來，躬身道：“前方戰報，赤松義佑擺出火牛陣突襲失敗，狂怒的火牛四處亂衝將赤松家本陣攪的支離破碎，東軍大將鬼庭良直討取小寺政職，氏家守棟討取赤松政秀，赤松義佑、別所安治兵敗被俘，浦上軍陷入動搖。”
毛利輝元皺眉問道：“火牛陣？這是什麼東西？”
小早川隆景回想一會兒，說道：“據說是明國古代的一種古戰法，大約一千七百年前的戰國時代，有一位齊國大將田單爲抵禦入侵者，便在牛角上縛上兵刃，尾上縛葦灌油，以火點燃驅策突襲，並派出五千猛士跟隨火牛身後掩殺，此陣出其不意的大敗敵軍，成功的殺死敵方總大將取得完勝，據說還因此連克七十餘城。”
“既然這火牛陣如此神奇……”吉川元春疑惑地說道：“那又怎麼會失敗呢？”
小早川隆景困惑地搖搖頭：“大概是傳說不可信吧！否則《武經七書》一定會大書特書的。”（）