或許是織田信長臨死前的懇求起到作用，源義時放棄處決織田家男丁的意圖，即便織田信長的另外兩個兒子茶筅丸、三七丸也沒有處決，在奇妙丸元服禮的當天下午，兩個孩子被送到大和國興福寺內做小沙彌，今生都將在寺院僧衆的看管下渡過。
對於織田信忠，源義時還是存着幾分憐惜之意，這小孩子比他的嫡子足利義泰年長一歲，到如今也才虛歲十三而已，考慮到織田信長與自己多年親交淵源甚深，這位尾張弄潮兒人死如燈滅也談不上深仇大恨，更不需要忌憚他的兒子惹出禍端，畢竟那還是自己的女婿。
早些年織田信長就提出聯姻的希望，最初是希望與足利家的嫡女締結姻親關係，可是源義時的嫡女一個個金貴的很，根本輪不到他家的嫡子迎娶，只好退而求其次讓阿犬的長女足利幸姬嫁給他的表兄奇妙丸做正室夫人，也算一種親上加親的手段。
織田信長的葬禮草草舉行，明智光秀早就內通關東將軍府，又在那夜帶兵殺入二條御所，所以他是肯定不會來的，羽柴秀吉與柴田勝家剛剛歸順也不敢來，丹羽長秀、池田恆興被幽閉也不敢來，瀧川一益被他的従兄瀧川益重保舉免除幽閉之苦，自然也不敢來，所以葬禮上門可羅雀，只有一幫織田家的遺老遺少來掬一把心酸淚。
濃姬作爲遺孀帶着剛元服的織田信忠答謝親友，這時突然數百騎身披重甲的龍驤騎士闖入會場，身穿黑色朝服的源義時走入場中。着實把織田家的老人們嚇的不輕。源義時無視這些人的表情。走到靈前上一炷香，後退幾步雙手合十爲死者祈禱。
齋藤歸蝶忙拉着織田信忠向源義時跪謝：“妾身惶恐，未想到右大將殿親來……”
源義時笑着說道：“齋藤夫人免禮，餘和信長相交一場也是緣分，雖然陣營所限敵我兩分，但是餘還是非常佩服他的才華和能力，他只是走上一條不該走的道路，餘並不恨他。所以在他臨行前送一程，想來也是一個友人應盡之責吧！”
齋藤歸蝶十分感動，織田家如今的處境就差那麼點變成過街老鼠人人喊打，源義時可以這麼大大方方的對織田信長作出中肯評價，這並不是作秀而是對織田家的一種保護，右大將金口玉言對織田家將來的存身有着極大的幫助。
源義時笑着點點頭，轉而對畏怯的織田信忠，說道：“勘九郎，知道你父親是因爲什麼原因而死的嗎？”
“因爲……”織田信忠緊張地回答道：“謀反。”
源義時嚴肅地說道：“你這麼想就錯了，他是因爲自己的心太大了。雖然是個有才華有能力的武士，但是他的野心太大了。大到超乎每一個人的想象，大到連餘也要和他對立，天下人都要與他對立，所以他死了！記住一點，不要恨你的父親，他只是比這個時代多前進一步。
當然也不要恨餘，即使餘不殺他，早晚也會有人要殺掉他，逾越時代的人必將被抹殺，如果你真的要恨就恨這個亂世時代吧！如果是太平年景，就不會有這一場場人間禍事，不會有無數家庭妻離子散，不會讓你的父親死於非命了。”
織田信忠懵懂地點點頭，少年人無法理解這麼複雜的言語，只是默默的把他記在心裡，他的潛意識裡覺得他的岳父是位頂天立地的傑出武士，他的父親也是以爲富有智慧且又非常開明的武士，或許錯的真的不是他們，而是這個時代。
這場多達四十二萬軍勢參戰的宇治川之戰，最終以東軍完勝西軍壞滅收尾，東軍乘勝追擊掃蕩西國、四國，在九月中旬時兵鋒已經越過長門國登陸九州，正打成一鍋粥的九州各路國人悚然一驚，忙不迭的向東軍臣服。
大友家的使者仗着地利的優勢以爲自己來的最快，可當他們來到筑前國才發現島津歲久早就坐在東軍陣營裡衝他們嬉笑，早在年初上皇下達綸旨的時候，島津家就已經着手準備內通東軍的計劃，反西軍的原因很簡單，首先島津家覺得東軍必勝，其次源義時的親筆信到島津義久的案頭，質問他到底還是不是鎌倉御家人。
這一番言辭嵌入島津義久的心田，御家人是島津家最值得誇耀的故事，當年九州二十萬大軍扶老攜幼追隨足利尊氏，所爲的無非是御家人對源家棟樑的天然服從，只不過後來冒出個今川了俊在九州攪風攪雨，險些把九州國人與幕府的關係搞僵，而這次源家棟樑是源義時，那是個信譽非常好的武士。
早在年初的時候同樣的書信也寄給大友家，只不過受洗名弗朗西斯科的大友義鎮壓根不在乎，鎌倉御家人對他來說實在太久遠，他連親爹都敢殺何況八竿子打不着的先祖，結果就造成來到筑前輸誠的時候腳步慢了一些，隨後趕來的龍造寺氏、相良氏、伊東氏等武家只能瞠目結舌的看着島津家先一步得手。
九州平定的捷報傳來，恰好趕上四國平定的消息，直至十一月大軍凱旋而歸，押解着各地的西軍武士返回京都，源義時下達改易令對近畿、西國、四國武家大規模改易，三好、池田、鬆永、波多野、赤松、浦上、山名、長宗我部、河野、等大名及配下譜代家臣領地全部改易。
關於西國毛利家的轉封，源義時又聽取御連判衆的意見，認爲安芸、石見兩國遮蔽陰陽兩道與國不利，所以決定調整爲出雲、石見兩國三十萬石，宇喜多家獲得備前半國十萬石領地，尼子家轉封備前兩郡五萬石，因幡武田氏獲得伯耆國三萬石，備中三村氏獲得美作無萬石。其他各小號國人獲得安堵或轉封不一而足。
大友義鎮、龍造寺隆信、相良義陽、伊東義佑等九州武士對源義時的號令多有怠慢。雖然及時退出西軍卻無投效之意。因此歸屬西軍之罪不可免，責令減封並轉封亦必不可少，其中龍造寺隆信轉封備後半國，相良義陽轉封美作國五萬石，伊東義佑轉封伯耆國五萬石，這個減封措施是非常嚴苛的。
大友義鎮轉封土佐一國，並告訴他別看土佐一國表高只有不到十萬，其實開發新田只需三代人經營便可以提高到三十萬石以上。好生勸慰他不要灰心喪氣，大友義鎮哪會信源義時的鬼話連篇，就算那土佐國真的有那麼神奇又能如何？
他可是擁有九州探題，豐前、豐後、筑前、筑後、肥前、肥後六國守護的大大名，坐擁精兵六萬俯瞰北九州遼闊的大地，可謂是戰將入雲猛士如雨，又怎麼會讓源義時一句話輕飄飄的減封到那犄角旮旯的窮地方，這個土佐國的表高才九萬石，還不夠塞牙縫的。
大友義鎮很惱火，覺得這個右大將簡直胡鬧。當即就在京都聯合龍造寺隆信、相良義陽，伊東義佑商量返回九州發動一揆。結果當晚的陰謀被忍軍探知，服部正清帶着長尾義景率領的檢違非使闖進來，恰好抓住他們在他們寫下誓書的空檔，可謂是人贓俱獲。
源義時得知此事大爲震怒，當即就把參與謀逆的九州武士全族俘虜，闔家老幼一起流放到奧州開山挖礦，並處以領地罰沒改易的處罰，大友、龍造寺、相良、伊東這四氏的舊臣擇優錄入東軍體系內，如立花道雪、高橋紹運、鍋島直茂等人被直接登爲御家人，如甲斐宗運這樣強硬派則被一同流放到奧州。
接着就是轉封己方的大將，在這個時候卻遇到一個難題，是不是應該以徵夷大將軍的名義開幕，迴歸大內裡的正親町上皇也在敦促源義時開幕，可朝廷卻遇到一個很大的麻煩，當今天皇是足利義昭與織田信長擁立的傀儡，按道理應該廢黜流放這個僞皇，比如平清盛曾經擁立的安德天皇就屬於這種僞皇，一旦平氏政權崩潰就導致安德天皇跟着平家霸業一起跳入大海自殺，
現在足利義昭與織田信長一囚一死，按照規矩這位僞皇起碼要廢黜流放處置，可流放這位天皇又要帶來一個麻煩，正親町上皇就只有當今天皇一個嫡子，流放他就必須從伏見宮親王家扶持一個親王做天皇，這是正親町天皇以及朝廷公卿們所不能允許的。
源義時要開幕就必須解決這個麻煩，從夏天打完宇治川之戰一直磨蹭到入冬，他就一直呆在京都想辦法處理這個巨大的麻煩，理智告訴他應該趁機扶立伏見宮親王家的孩子做繼承人，正親町上皇恰好有幾個猶子就是伏見宮親王家的嫡子。
可若考慮到朝廷與幕府的關係，他又應該作出這麼明顯的行爲，很容易讓人聯想起跋扈的北條家，還有同樣囂張的足利尊氏，這樣或許會爲給幕府與朝廷造成一定的隱患，還會給自己的子孫開一個很不好的頭，讓他的子孫以爲欺負朝廷是一件很容易的事。
當將軍不懂得尊重朝廷的權威，就是蔑視武家法度踐踏制度的開始，自己制定的法度朝令夕改肆意踐踏，就沒有資格讓人心服更沒辦法取信於世人，惡的花朵在跋扈中悄然綻放，一如德川幕府兩百多年裡對朝廷的前倨後恭，最終覆滅一樣。
就在他苦惱着不知該如何處理棘手的麻煩，長尾虎姬帶着夫人和孩子們來到京都，跟隨一起到來的還有他的嫂子近衛賢子以及源義時的兩個養女足利輝姬、足利淳姬，當他看到足利輝姬變成越發出落的大姑娘，心裡頓時靈光一閃。
“禁中之變裡，勸修寺晴豐夥同二條晴良充當佞臣的角色，雖現在已被幽禁於家中不得出戶，但他的妹妹藤原晴子卻安然無恙，參與謀逆的罪臣之妹不應該繼續做女御……”
腦袋的念頭一冒出來就無法遏制，源義時不禁撫掌大笑道：“即便讓藤原晴子繼續做女御也無關緊要，其所生的孩子也將變爲庶出而失去成爲天皇的資格，所以餘決定恭請天皇早立中宮！輝姬生於弘治元年（1555年），年齡比天皇略小三歲，正是一對佳偶，就這麼定了！”