在這次朝會後的第二天，朝廷正式發佈了太子李賢謀逆被抓獲，並對其處理的詔令。
詔令中宣佈，除李賢的太子位，廢其爲庶人，剝奪一些職爵，禁於宮中；改立英王李顯爲太子，並大赦天下。
這份詔令中的意思已經是武則天退讓的結果了，最初她是要“殺”李賢的，後來也是準備將李賢流放至嶺南，但李治不同意。李治原本是想將李賢降爲郡王，這意見武則天不同意，最後李治只能屈服。可以說是詔令中的意思是兩人各退了幾步的結果，這樣的處理意見讓李治非常的難過，很受打擊，再次臥牀不起了，武則天卻是精神飽滿地處理起李賢謀逆的善後事宜來。
李賢被廢，沒任何根基的李顯當了太子，李治又臥牀不起，很多大臣們又全都戰戰兢兢中，生怕李賢的事牽連到自己，武則天做起事來順手順腳了。
從東宮搜出來的數百件武器甲冑被運往人流最密集的西市當衆焚燬，並將焚燬的原因以佈告的形式張貼在長安城內各往，武則天就是要讓普天之下的人都看清楚和她作對會有什麼樣的下場。
李賢身邊的近臣非常多，大多都是反對武則天干政的，原本她就對這些人非常看不順眼，藉着李賢謀逆的機會，武則天藉機發動清洗，所有曾和她不合的宰相及其他重臣無不波及。
太子心腹，位列政事堂的左庶子、檢校中書令張大安首先被重處。左庶子、檢校中書令的位置自然不保。被革了職，並被降了爵位後，張大安再遭流放，貶爲普州刺史。
因李賢謀反未成形，對其僕從者的處罰也相對輕一點，像張大安這樣的大臣，是不會處以極刑了，要是謀反開始付諸行動了就不一樣，就如李承乾時那樣，作爲主要僕從者侯君集就被殺了。
尚書右僕射兼太子賓客戴至德也被罷相，降職爲戶部侍郎。戴至德是貞觀時候的名相戴胄之後，生怕耿直，爲官清廉，在任時候做出了許多讓人稱道的政績，這也是他能繼續在朝中任高官的重要原因，但不再位列政事堂，在朝中的發言權大大地下降了。
同情李賢，曾在朝會上爲李賢求情、並私下議論過此事的郝處俊罷政事，只任太子少保。
同樣不希望重責李賢的李義琰被迫辭相，並申請致仕，告老還鄉。
侍中張文瓘也被免了宰相位，但因爲其名聲非常不錯，多年以來爲官的政績也不俗，在此次李賢謀逆的事件中並沒什麼參與進去，罪責不大，改任其爲大理寺卿。
參加審查此案的高知周雖然沒有被涉及，但因爲內疚，隨後就提出了辭呈，告老還鄉去了。
積極參與太子謀逆之事的太子洗馬劉訥言被流振州，而趙道生等人則被斬首示衆。
太子李賢交遊廣闊，王公大臣中好友衆多，這些人也都逃不過武則天的報復清洗。
曹王李明、蔣王李煒、東陽公主，乃至一衆開國功臣的後人都被牽連進來，全部流放出京。
曹王李明、蔣王李煒都是李治的弟弟，其中曹王李明因與李賢過於親密，在擔心留有後患的武則天逼近下，自殺身亡。說來曹王李明還是武則天表姐巢剌王妃楊氏唯一的兒子，武則天此舉也算是將大義滅親做到了極致，絲毫不顧及什麼“親戚之情”。
蔣王李煒被降封爲零陵王，貶至黔州，就是後來貴州那地方。
東陽長公主是李世民的第九女，下嫁高士廉之子高履行，因爲長孫無忌之案，東陽公主已經被處罰過一次，此次因爲高家再次被牽到李賢的案中，被剝奪邑封，和兩個兒子徙置巫州。
而武則天對高家的處置，堪稱手段達到了極致。
高士廉是長孫無忌和長孫皇后的舅舅，長孫無忌一案中高家已經受了一次打擊，但世家大族畢竟根深葉茂，後來李治也有意和解，所以還是有不少人擔任高官。高士廉生有六子，其中高履行、高審行、高真行在朝中任要職，長孫無忌案時候，高履行被貶，死於永州刺史任上。
高審行現在任戶部侍郎，高真行爲左衛將軍。高真行之子高政爲太子典膳丞，被牽連到李賢案上，武則天顧及李治的“面子”，也不多說，把高政交給其父高真行處理。
早被皇后鐵血手段嚇怕的高家已經是驚弓之鳥，爲了保全自己，保全高家，每個人都在懲治倒黴親戚家人方面表現出人性中最殘忍的一面。爲了表示自己的“忠誠”，他們用最血腥的方式來表示和參與謀逆的至親劃清界限。
倒黴的高政沒受到朝廷的處置後，還以爲得到了特赦，但他沒想到的是，得“特赦”後剛一進門，他的父親高真行就用佩刀刺向他的咽喉，接着伯父高審行一刀砍入他的小腹，高履行的兒子、高政的堂兄高琁揮刀砍下他的頭顱，然後殘忍的親人們把高政這具殘缺不全的屍體扔到了大街上，棄之不理，表示他們一家對高政這樣大逆不道行爲的痛恨，並馬上上表向李治和武則天表功。
武則天是沒想到過高家的人會做出此等血腥之事，但高家的事無須她再進一步處理，李治出手了。一向溫和的李治被這樣冷血、殘酷和無恥的舉動徹底激怒，馬上下旨重處高家一脈，將高政的父親高真行和伯父高審行及行兄的堂兄高琁統統貶出京。高真行貶爲睦州刺史，高審行爲渝州刺史，高琁則被髮配到安西大都護府任一名郎將，其他高家的子弟及家眷也全被趕出京，東陽長公主也沒能倖免。
武則天在高家這場殘忍的鬧劇中收穫了她想要的一切，甚至超過了她最初的想象，她輕描淡寫的一句話，就讓高家子弟自相殘殺，聲名掃地，最後還被貶出京，煊赫一時的高家就這麼破敗下去，再也沒有機會翻身了，高家一脈不僅在實力上，而且在精神上都被她完全擊倒，而武則天根本還沒有出手，就取得了遠超她預期的效果，這樣的心機和手段，普天下何人能及！
有人被清洗，自有很多人在這次宮廷鉅變中得到好處，主查此案，迎合了武則天意的薛元超被提爲中書令，裴炎因爲在查案可表現非常出色，深得武則天的讚賞，被晉職爲守侍中，和裴行儉這位同族親威共同執掌門下省；而另一名武則天親自提拔上來的能臣李敬玄，被授以爲檢校中書令，並被封趙國公!
賀蘭敏之因爲在查處李賢案中立下了超過所有人的功勞，自然被武則天重獎，原本武則天想授賀蘭敏之親王爵，並令他領尚書右僕射職，但賀蘭敏之因爲對李賢有點內疚，不想借李賢的事獲得晉升，再加上他感覺自己所負的職事太多，身處的位置太高，一再推辭，但武則天不許，只答應不授他親王爵，最後的授令爲：賀蘭敏之領守尚書右僕射，兼領兵部尚書、太子左衛率如故，並領左羽林軍大將軍，同中書門下三品。
賀蘭敏之的一些親信也被授以新職，狄仁傑以刑部尚書職參知政事，加同中書門下三品銜，並加銀青光祿大夫，張柬之被授以禮部尚書，並同中書門下三品，駱賓王被授以御史大夫職。
尚書省六部中，裴行儉兼任吏部尚書，賀蘭敏之兼任兵部尚書，狄仁傑任刑部尚書，張柬之任禮部尚書，劉審禮任工部尚書，崔知溫任戶部尚書，原本反對武則天的人差不多都沒有留任了，唯一一個對武則天不太感冒的劉審禮因爲此次跟隨裴行儉出征，沒有被波及，依然官任原職，而且其兼任的檢校左衛大將軍中的“檢校”兩字也被除去。
原來宰相班列中戴至德、張文瓘、張大安、郝處俊、李義琰因故被除相位，新補李敬玄、裴炎、狄仁傑、張柬之，加上留任的侍中裴行儉，尚書右僕射劉仁軌，黃門侍郎來恆，改任中書令的薛元超，戶部尚書崔知溫也掛了個同中書門下三品，再加賀蘭敏之，人數依然沒變，不過其中的結構發生了巨大的變化，被除相位的都是反對武則天干政的人，新補的基本都是支持，或者不反對武則天干政的人。
可以說在這次宮變中，武則天得到了她想要的一切。
太子李顯主要的幕僚有：左庶子、尚書右僕射劉仁軌，中書令、左庶子薛元超，右庶子、黃門侍郎來恆，右庶子、侍中裴炎，太子賓客李敬玄、狄仁傑、張柬之等人。可以說太子的屬官大多都是武則天的親信。
此次過李賢的事件，朝中反對武則天干政的大臣被去了大半，那些不贊成武則天干政的大臣，暫時也收斂了性子，無論在朝會時候，還是其他時刻，都不敢站出來反對武則天。
可以說，武則天在這次事件中取得的收穫，比她原來預計的要多出好幾成。
而賀蘭敏之也在此次事件中收穫頗多，不但兩位親自栽培的人狄仁傑、張柬之位列政事堂，駱賓王任御史大夫了，其他不少人也被授以了新職。因他舉薦，李多祚任檢校右羽林軍大將軍職，程務挺任左武衛大將軍，李謹行任右衛大將軍，劉冕爲左千牛衛將軍，李敬猷爲右千牛衛將軍，黑齒常之爲右武衛大將軍。其他不少的親信也被安插在長安諸衛中，職位從將軍到中郎將都有。
對於武則天來說，一個嶄新的時代開始了，對賀蘭敏之來講，也可以用新的時代已經到來形容……