收服了慈航靜齋以後，林峰馬上用道魔種心大法復活了很多被殺死的慈航靜齋的弟子。這些弟子自然對林峰感恩戴德，有了這個小插曲，再加上慈航靜齋最傑出的大弟子和門主都做了林峰的女人，所以很多慈航靜齋弟子都默認了林峰合併魔門和慈航靜齋。
林峰收服了魔門，還有加上慈航靜齋的倒戈一擊，使得北方各地原本明軍指使的大大小小的叛亂陸續被鎮壓。因爲林峰在北地叛亂的關係，朱元璋上朝之時十分光火，對着很多立下汗馬功勞且擁兵自重的武將已經起了防備之心。他對很多色目人將領和張士誠、陳友諒那邊投靠的將領進行了大規模清洗，這更加使得很多明軍將領和朱元璋離心離德。另外，南方的局勢對於朱元璋也並不樂觀。林峰的叛亂導致大部分南方世家對朱元璋的態度也已經變得模棱兩可了起來，很多義軍首領甚至已經開始懷疑起來朱元璋的領導能力。還有部分起義軍和陳友諒、張士誠舊部相勾結，本來統一的南方現在重新變成了一盤散沙。再加上朱元璋任用了大量了前朝官員，這些前朝官員各種栽贓陷害忠良之人，導致大量武將被削去了官職。在這種情況下，白蓮教煽動百姓展開了一次次的起義。
朱元璋也是顧此失彼，他怎麼會想到自己當初只是想打壓一下武將的勢力，哪知道現在局面竟然崩壞到這個樣子。他不得已，只好再次啓用大量被罷免的武將。但是，這些武將和朱元璋之間已經生了裂隙。朱元璋現在知道要是不盡快平定林峰叛亂的話，南方也會必定會有人成爲第二個林峰。所以，朱元璋決定和林峰展開決戰，一舉殲滅林峰。
林峰也知道，自己要一統寰宇必然要打敗朱元璋。這樣，才能成就萬世不倒的基業。所以，林峰和朱元璋的這一戰無可避免。贏者將會一統天下，輸者將會失去一切。林峰迴去仔細研究了兩卷天魔策，更加使得自己的武功變得更加精深。邪極宗密室另有兵書兩卷和各種機關要術，邪極宗一直是魔門統領，每一代的邪極宗邪帝都驚才豔豔，魔門各派都是默認邪極宗邪帝爲魔門領袖。林峰吸乾了龐斑的武功和精氣，自然龐斑的記憶也便宜了林峰，林峰看起來這些兵書也輕鬆了很多了。而且，前世之時林峰對於兵法和這些奇門遁甲最感興趣，常會看一些玄學書籍。
過了幾天，明軍和林峰率領的軍隊便交上了手。林峰自居大軍之中，說道：
“朱元璋，我本以爲你乃是明君。我伐元路上以命相博，一路過來我披荊斬棘。我槍挑達克魯、智取邯鄲城、擊殺蒙赤行，我本欲上覆漢家江山，下立萬世不倒之功業。結果，我卻慘遭小人陷害，要不是衆將拼命相救，我已經命喪黃泉。朱元璋你任用小人，必將重覆暴元后程。”
朱元璋說道：“林峰我待你不薄，你爲何要起兵謀反。你纔不過弱冠之年，我便封你爲六路軍統領，我對你如此器重，你卻縱兵反叛。你是早有野心，妄圖稱霸天下。”
林峰說道：“你害怕衆武將擁兵自重，故而你放任那些奸佞小人栽贓陷害我等武將。你這樣做，遲早會重覆當年靖康之恥、崖山之禍，使我漢家大好河山落入異族之手。”
雙方口中交戰了好幾個回合，終於兩軍開始絞殺在了一起，兩人都是驚才豔豔之輩。故而兩軍對戰，戰的不分勝敗。此刻，林峰命令大軍後撤四十里路，佯裝敗退之象。但朱元璋又不是傻子，怎會輕易追擊。
就這樣，雙方僵持了下去。林峰爲了顯得自己愚蠢，故意讓自己大軍的糧草被朱元璋部給截斷。其實，林峰早就在後方峽谷之處造出來了很多機械，通過山路運來很多糧食。林峰後來又自導自演一場軍中譁變，明軍果然上當，全軍追了過來，林峰命令大軍馬上後撤。明軍在後面一直追，林峰大軍就一路逃跑。就這樣，林峰所部將明軍引到了一處峽谷之中。這時，後方一聲轟隆的響聲，原來林峰還是故技重施，將明軍困在了峽谷之中。此刻，峽谷兩側出現了大量弓箭手對着明軍就是一陣陣萬箭齊發，期間還有很多滾木雷石和易燃的松油。等到松油講整個峽谷溢滿之時，林峰下令將火把全部丟下去，霎時大火燃遍了整個峽谷。林峰還根據空氣槍和火藥槍的原理研製出來了大量半自動火器，林峰命令火槍隊和弓箭隊封鎖整個峽谷出口。十萬明軍精銳在林峰的精心謀劃之下全部戰死，連一個活着逃出來的都沒有。