試看松鼠科，有的松鼠的尾巴只是稍稍扁平，另外一些品種，像理查森爵士所說，它們的身體後部相當寬闊，兩脅的皮膜充分張開，自這些種類起，直至所謂的飛鼠，中間有極其細微的各級；皮膜將飛鼠的四肢以及尾的基部全部連結起來，好像降落傘那樣，使飛鼠在空中可以從一樹滑翔到另一樹，距離驚人。我們必須相信，各種松鼠各自的構造都是適用於其棲息的地區，能使它們避免食肉鳥或食肉獸的捕食；能促使它們迅速採集食物；甚至可以降低它們偶然跌落的危險。可是卻不能由此斷定，任何松鼠的構造在所有可能的情況下，都是我們所能想象的最好構造。如果氣候和植物發生變化，如果遷入了其他和它競爭的齧齒類或新的肉食類，或者是原來的肉食動物發生變化，由此類推，我們相信總有一部分松鼠的數量會逐漸減少，甚至滅絕，除非它們的構造可以發生相應的變異和改進。因此，不難理解，尤其是在變化着的生活條件中，那些肋旁皮膜逐步增大的松鼠會繼續生存下去，因爲它的每次變異都是有用的，並且得以傳衍，最終由於自然選擇過程的積累，產生一種完全的飛鼠。
接下來看一看貓猴類，即所謂的飛狐猴。以前人們將它列爲蝙蝠類，現在認爲它應當是食蟲類。它肋旁寬闊的皮膜從額角起一直伸展至尾巴，也包含了長有長爪的四肢、皮膜還長有伸張肌，儘管現在在貓猴類和其他食蟲類之間沒有適用於在空中滑翔的構造的各級鏈鎖，但是我們不難推測，這類鏈鎖以前存在過，並且和滑翔尚不太完全的飛鼠一樣慢慢發展起來，對這些動物來說，所有構造都一定有過用處。不難進一步得出結論，連接貓猴類趾頭和前臂的膜，在自然選擇過程中大大增長；就飛翔器官來說，可以使這動物變成蝙蝠。有些蝙蝠的翼膜從肩膀頂端一直延伸到尾巴，幷包含後肢。也許可以從這樣的構造中看到一種原先較適合滑翔而非飛翔的構造的痕跡。
如果大約十二個屬的鳥類滅絕了，那麼誰敢妄加推測說以下的這些鳥類都存在過呢？如翅膀僅用於擊水的大頭鴨；翅膀在水中當鰭用，在陸上當前足用的企鵝；把翅膀當做風帆的鴕鳥；還有翅膀在機能上沒有用處的幾維鳥。然而這些鳥的構造，在它們所處的生活條件下，於自身都是有用的，因爲每種鳥都是在鬥爭中求生存，不過它並非在所有可能條件下總是最好的。不要用上述的事例推論，這些可能由於不使用而不同的翅膀的構造，代表了鳥類在獲得完全飛翔能力過程中所實際經歷的步驟，但是它們至少可能表現出過渡的方式。
既然我們發現在水中呼吸的甲殼動物與軟體動物中，有少數種類能夠適應陸地生活；又發現有飛鳥、飛獸，各種各樣的飛蟲，以及古代的飛爬蟲，那麼可以設想依賴鰭的猛拍而慢慢上升、旋轉並在空中進行較遠滑翔的飛魚，有變成擁有翅膀的動物的可能性。如果曾經發生過這類事情，那麼誰能想象到，它們在早期的過渡狀態中是居住在大海里，而且它們還具有專門用來躲避其他魚類吞食的初步飛翔器官呢？
如果我們發現與所有特殊習性相適應而且達到高度完善的構造，比如鳥類用以飛翔的翅膀，我們要明白，具有早期過渡構造的動物鮮有保留至今的，因爲會被後來者排除。這些後來者也在自然選擇的作用下日益完善。進而可以肯定，適應不同生活習性的過渡狀態構造，在初期發展不大，從屬類型也不多。至此，我們回頭再看一下臆想的飛魚的例子，真正能飛的魚類，極有可能不是爲了在陸面和水中用不同的方法來捕捉各個種類的食物，纔在很多附屬的類型中發展起來的，而是直到它們的飛翔器官趨於高度完善的階段，使得在現實生存競爭中佔有更多的優勢時，纔可能發展起來的。由於在個體數目方面，具有過渡構造的物種沒有那些構造發達的物種來得多，所以在化石狀態中，發現前者的機會遠小於後者。
接下來我將舉出兩三個例子，用以說明同種的個體間習性的改變和習性的分歧。其中任一情況下，自然選擇都易於使動物的構造適應於它已經變化的習性，或者專門適應於若干習性中的一種。但是我們很難確定，究竟是習性的變化促使構造的改變呢，還是構造的細微改變引起習性的變化？不過這些於我們而言並非重要。也有可能兩者通常是同時發生的。有關習性的改變情況，舉如今專以外來植物或人造食物爲食的大多數英國昆蟲的例子就已足夠。有關習性分歧的例子，不勝枚舉：在南美洲時，我經常觀察一種暴戾的鶲，它像一隻茶隼一般從一處飛翔到他處，有時卻靜靜地站在水邊，突然像翠鳥似地急速衝入水中捉魚。有時在英國，能夠看到大荏雀像旋木雀一般攀緣在樹枝上；而有時又像伯勞似的啄小鳥頭部，以致小鳥死亡，我時常看見並聽見，它們猶如■鳥在枝上啄食紫杉的種子。赫恩曾在北美洲看見黑熊好像鯨魚一樣在水中游了好幾個小時，張大嘴巴捕食水中的昆蟲。
有時我們可以看到某些個體具有不同於同種和同屬異種所固有的習性，因此可以預期這些個體有時可能產生具有特殊習性的新種，並且這些新種的構造模式和它們不同，發生了細微或者顯著的變化。這樣的情況存在於自然界之中。啄木鳥是適應性方面最好的例子，它攀爬樹木並從樹皮的裂縫中取食昆蟲。但是有的北美洲的啄木鳥基本以果實爲食，還有一些長有長翅，並在飛行中捕食昆蟲。在幾乎沒有樹的拉普拉塔平原上，有一種叫平原的啄木鳥，其兩趾朝前，兩趾朝後，舌長而尖，尾羽又尖又細而且十分堅硬，這種構造使得它在樹幹上可以保持直立，但是沒有典型啄木鳥的尾羽堅硬。
另外它的喙也十分直而且堅硬，雖然沒有典型啄木鳥的嘴那麼直或堅硬，但也足以在樹木上鑿孔。因此，從這類鳥構造方面的主要部分來看，確實是啄木鳥的一種。即便是某些次要的性狀，比如色彩、粗糙的音調、波動式的飛翔，都鮮明地顯示出了它們同普通啄木鳥的密切的親緣關係。可是根據我本人以及亞莎拉的觀察來看，我斷定，在一些大的區域內，這種啄木鳥並不攀爬樹木，並在堤岸的洞穴內築巢!然而據赫德森先生講，在別的地方，它經常飛翔於樹林中，並在樹幹上鑿孔築巢。接下來，舉另一個例子來說明這一屬的習性變化情況，據沙蘇爾描述，墨西哥有一種啄木鳥在堅硬的樹木上鑿孔以儲藏櫟果。
最具海洋性和空中性的鳥是海燕，然而在火地島的寧靜海峽間生存着一種名爲水雉的鳥，基於它的一般習性、驚人的潛水能力、游泳方式和起飛的姿態，極易被人誤認爲是海烏或水壺盧。事實上，它卻只是一種海燕，只不過它體制的大部分在新的生活條件中發生了顯著變化；可是拉普拉塔的啄木鳥在構造上卻僅有一些細微的變化。關於河烏，即便是最敏銳的觀察者，根據它的屍體標本，也必定不會猜測出它有半水棲的習性；但是與鶇科相似的這種鳥，卻以潛水爲生，在水中拍打雙翅，用雙腳抓握石子。膜翅類這一大目的所有昆蟲，全部都是陸棲性的，然而盧伯克爵士曾發現卵蜂屬有水棲的習性；在水中時，它用翅不用腳，可以潛游長達四小時之久；但是它的構造卻並沒有因爲習性的變化而發生變化。
一部分人認爲所有生物生來就和今日所見一樣，因此當他們看到某種動物的習性與構造不一致時，往往覺得奇怪。爲了游泳，鴨和鵝形成了蹼腳，這是一個十分明顯的例子。可是高原上的鵝，雖然也長有蹼腳，卻很少走近水邊。除了奧杜旁之外，至今還沒有人看見過四趾都有蹼的軍艦鳥會飛停到海面上。另一方面來看，儘管水壺盧和水姑丁的趾只在邊緣地方長有膜，但二者明顯都是水棲鳥。涉禽類的趾很長，但沒有膜，以便在沼澤地或浮草上行走。■和陸秧雞均歸屬於這一目，但卻具有不同的習性：前者是水棲性的，和水姑丁一樣，而後者則是陸棲性的，和鵪鶉或鷓鴣一樣。以上都是習性已經改變而構造卻沒有相應改變的例子，當然我們還可以舉出很多類似的例子。高地鵝的蹼腳，在機能上幾乎沒有什麼作用，但在其構造上卻並非這樣。至於軍艦鳥趾間深凹的膜，則顯示其構造已開始改變。
有的人認爲生物是無數次分別創造出來的，也許他們會說，這些例子只是說明造物主喜歡讓一種類型的生物取代另一種類型的生物；然而我卻認爲這只是重述事實而已。有的人相信生存鬥爭和自然選擇的原理，也承認任何生物都在不斷地增加個體數目；同時也承認任一生物，只要在習性或者構造上發生些微變異，那它就較同一地區的其他生物佔有更大的優勢，從而取代那一生物的位置，無論那個位置與它自己原來的有多麼不一樣。這樣看來，軍艦鳥和鵝都長有蹼腳，卻生活在乾燥的陸地上而很少降落於水面上；長趾的秧雞，生活在草地上而非沼澤地；一部分啄木鳥生活在幾乎不長樹木的地方；潛水的鶇、膜翅類和海燕全都具有海鳥的習性，這些現象於這一部分人來說並不奇怪。
極爲完善和複雜的器官
眼睛的構造具備不能模仿性，能夠針對不同距離來調節焦點，在容納不同量光線的同時，可以矯正色彩和球面的色差和像差。坦白地說，假設說自然選擇造成了眼睛的特性這種說法似乎是極其荒謬的。當有人提出太陽是靜止的，地球是圍繞太陽旋轉的時候，人類以常識判斷這一說法是錯誤的。可見“民聲即天聲”這句諺語，在科學裡是不會被相信的，雖然這是每位哲學家都知道的。從理性方面推斷，假如能夠證明從簡單而不完全的眼睛到複雜而完全的眼睛之間存在着許多級別，而且每級對於它的所有者都有像實際情形那樣的作用；進而假設眼睛也確實發生過變異，而且這些變異是可以遺傳的，同時假定對於正處在改變着的外部條件下的所有動物，這些變異都是有用處的；那麼，雖然在想象中難以被克服，但是自然選擇能夠形成完善而複雜的眼睛這一觀點卻是不能被顛覆的。就像生命的起源一樣，神經對光是如何產生感覺的不是我們探討的範圍。而我要說明的是，在一些最低級的生物體內雖然沒有找到神經，它們卻也能夠感光，我認爲是某些感覺元素積聚在它們的原生質裡，進而成爲具備這種特殊感覺性的神經，這並非是不可能的。
我們在探索任何物種的器官趨於完善的各級時，應當專門考察的是它的直系祖先，而這幾乎是不可能的，所以我們就必須去考察同一種羣中的其他物種和屬，也就是對有共同始祖的旁系進行考察，這樣就能看出哪些級可能出現在趨於完善的過程中，也許某些沒有變化或者只有細微變化但是遺傳下來的級會被發現。然而，處於不同綱裡的相同器官的狀態，有時候也能說明其趨於完善所經過的步驟。
最簡單的被叫做眼睛的器官，是由一條視神經形成，沒有任何的晶狀體或者其他折射體，只是被色素細胞和半透明的皮膜環繞、遮擋着。但是根據喬丹的研究，我們還可以再降一級，只是把它看做用於視覺器官的，沒有任何神經的色素細胞的集合體，而且只是附着於肉膠質組織的上面。此類眼睛，性質簡單，僅可以區別明暗，卻看不清楚東西。根據作者上面的敘述，有些星魚體內，神經外環繞的色素層出現小的凹陷，裡面充滿透明的膠質，其凸起的表面很像高等動物的角膜。作者認爲，這是爲了便於光線集中起來，使感覺更加容易一些，而不是用來反映形象的。在集中光線的情況下，可以真正反映形象的眼睛的第一步甚至是最爲重要的一步被我們發掘出來。因爲視神經的**端（低級動物的視神經的**端的位置不固定，有的埋在體內，有的則接近於體表）的位置，如果與集光器的距離適當的話，在其上就會形成影像。