馬麒不甚知文，沉靜寡言，善觀風色，能隨機應變，小心謹慎，不輕舉妄動，動則務期有成。又善於使用知識分子，重大舉措，得幕僚之力甚多。
一、始據青海
馬麒之據有青海，頗費心機。
民國初造，袁世凱委趙惟熙爲甘肅都督，李鏡清爲甘肅臨時議會議長。斯時政局混亂，擁有實力的人物，均乘機攀附，爭地爭權。馬麒時爲馬安良精銳西軍的幫統，尚難獨樹一幟，但其雄心勃勃，意在一逞。適值西寧總兵張定邦調職，遺缺尚懸。繼任者起先屬意於馬福祥，馬福祥以服制未滿，不得蒞任。馬麒見機，請馬安良保舉自己，馬安良即代之向趙惟熙說項。但李鏡清以馬安良驕縱跋扈，薦舉非人；又，寧夏人民正控告馬麒在寧夏燒殺淫掠之罪行，李鏡清主持正義，堅持查辦。遂形成李與馬安良、馬麒之間的尖銳對立。馬安良的精銳西軍駐於蘭州，一時謠言紛起，危及李鏡清的安全。後來，李鏡清聽從劉爾炘的勸告，暫回臨洮原籍，以避其鋒。不料在馬安良指使下，馬麒弟兄陰使馬同（曾任精銳西軍管帶）及兵痞數人喬裝到臨洮，身懷利刃，於7月17日深夜，潛入李宅，直撲李鏡清寢室，李急起身抽刀格鬥，終以寡不敵衆，死於亂刃之下，年僅41歲。馬同等截取李的右手返蘭向馬麒覆命。事發之後，隴上爲之震動。省臨時議會立即推舉議員李步瀛專程赴北京，向袁世凱控告馬安良、馬麒。李慷慨陳詞，聲淚俱下，使袁世凱亦爲之動容，但袁正在籠絡地方實力派以實現其奸謀異志，不肯主持公道，徒以溫詞搪塞而已。李步瀛不得要領，黯然返甘，避居於青海民和縣川口故里。爲民伸張正義的李鏡清就這樣白白被害，查辦馬家兄弟之事亦不了了之。
趙惟熙以西寧鎮遺缺不能久懸，又屬意於忠武軍統領周務學，但周無力納賄，無代價豈能成事？故仍不得決定。馬麒轉託甘肅巡警道賴恩培爲之疏通，並派馬麟星夜馳赴拉卜楞寺，向寺主四世嘉木樣的管家李宗哲借得金佛及黃金共二百兩之數，向趙惟熙行賄；同時央請督署科長黎丹從中協助。趙惟熙遂於1912年8月21日任馬麒爲西寧鎮總兵。馬麒如願以償，於9月20日率部進駐西寧。
青海地域遼闊，當時約計82萬平方公里，但經濟文化落後，且權力不集中，行政不統一。東部湟水流域歷史上開發較早，爲農業區，設有縣治，但同時存在世襲的土司制。其餘地方，則是由王公統治的蒙旗制度和由部落頭人統治的藏族千百戶制度。清朝時期，除設總兵主軍以外，亦設海東道及青海辦事大臣署主政。但實際是沿襲歷代的羈縻政策，不似內地府縣統治之嚴格。民國初建，改稱青海辦事長官署，長官仍爲清時之大臣滿人廉興。總兵馬麒到來，負有統兵守土之責，卻無推行政令之權，這使他不甘於心。於是，他一方面積極擴充軍隊，壯大實力，以爲基礎；另一方面則設法攫取行政權。
馬麒從擴大其在蒙藏上層中的影響着手。青海每年7月15日有個祭祀青海的大典。原來早在唐玄宗時，即封青海湖神爲廣闊公，此後每年秋祀，歷代沿襲不改，清朝更爲重視。這種祭祀在民間有很大影響，也實際是上層人物之間相互交往、商洽的一個機會。馬麒即以新任總兵的身份，陪同廉興主持這一大典，並藉機對蒙古王公、藏族千百戶極盡拉攏之能事，具備緞匹、茯茶、羊只等各色禮物，分別饋贈，勉慰有加。大典之後，向袁世凱電稱，此次大典“宣佈中央德意，使與祭王公，鹹曉然於民國共和之宗旨”，表示對袁“率屬以景從”。又令李乃棻多次到蘭州，向先後主甘的張炳華、張廣建等大量饋送厚禮。張等禮物到手，即巧立名目，設置青海蒙番宣慰使，1914年呈准袁世凱，委馬麒兼任此職。
但西寧辦事長官總是馬麒攫取行政權的障礙，所以馬麒又積極倒廉。廉興於1914年在西寧設立皮毛公估局，規定凡銷售毛皮畜產品，均須經該局估價，方能出售，該局從中抽取5％的稅率，此事引起牧區蒙藏人民的不滿。又，廉興與清朝陝西巡撫升允有姻親關係（其長女爲升允之侄媳），升允於辛亥革命之際與民軍頑抗失敗後，逃匿於廉興處。馬麒即指使蒙藏族王公、千百戶和商業巨擘李耀庭等，赴蘭州督府控告廉興窩藏清室餘孽升允，設皮毛公估局籌措軍費，圖謀不軌（其實升允來西寧時，馬麒也曾前往拜見）。由於張廣建的暗中支持，北京政府命令將廉興先行革職，即解遞蘭州訊辦。1915年10月，又命令將西寧辦事長官予以裁撤，同時改西寧鎮總兵爲甘邊寧海鎮守使，任馬麒爲鎮守使兼青海蒙番宣慰使，至此，馬麒將青海的軍政大權統一於自己之手。此後，他上靠袁、張更緊，袁世凱稱帝時，他追隨張廣建之後，上表勸進，因此得袁的封賜，授予五等勳位、一等車騎都尉世職，封銳威將軍，獎以一等文虎章。
馬麒的幕府中，有一個“智囊團”，其特點是，任用漢人而避用回人，任用皋蘭、西寧和外省士紳而避用河州同鄉。主要人物有黎丹、周希武、朱繡、李乃棻等，還有黃文浚、朱炳、趙從懿、餘人、明人、魏敷澤、魯秉周、張勤中、李士澄、李鍾美、姚鈞等。
黎丹字雨民，湖南湘潭人，清附貢出身，任甘肅寧州知州，甘肅督署科長、秘書。隨馬麒到西寧，馬倚爲股肱，1918年，馬麒推薦黎丹爲海東道觀察使（後改爲西寧道尹）。馬麒每遇大事，必向黎求教，黎亦精心擘劃。如馬麒與四川爭界，反對英帝西姆拉會議，禁種鴉片以及使馬麒善處國民軍時期等，均出自黎丹的主見，使馬麒處置得宜。
周希武字子揚，甘肅天水人，清廩生出身，傾心於辛亥革命，後到西寧，參與馬麒的軍政決策，並常出使蘭州，曾任西寧縣長、任教於西寧各校。
朱繡字錦屏，湟源人，除參贊機務外，常往來於京、津、洛陽，爲馬麒聯絡曹錕、吳佩孚、馮玉祥等。
李乃棻字馨齋，陝西咸陽人，清廩生，曾任馬隊管帶，率其隊歸於馬麒。秉性剛直，對馬麒常犯顏直諫。馬的軍政決策，必與之計議；重要文告，亦多出於李手。
以上黎、周、朱等多有著述，不失爲一時之學者和有識之士。馬麒打破歷代回族統治者用人觀念的束縛，謙恭禮士，被視爲政治開明的標誌之一。
馬麒對於擴充軍隊，自始至終不遺餘力地抓緊進行。初到西寧的當年冬天，即組織“寧海軍”。原來他在蘭州時僅有常備步兵1營500人、護衛步兵1旗40人、續備馬隊1營120人，共計馬步兵660人，毛瑟槍380餘支，此次馬隊增至兩營3旗，步兵增至兩營兩旗；不久又增馬隊至5營5旗，步隊至6營5旗，兵額計1000人，毛瑟槍700餘支，從此即成爲一方勢力，將向所倚爲靠山之馬安良丟於腦後！此後，馬麒又陸續擴充部隊，1916年至1917年，馬隊擴充爲10營5旗，步隊仍爲6營5旗，兵額馬隊1200餘人，步隊1100餘人。1918年成立馬步混合的5個營，1920年取消旗的番號，按照陸軍編製成立馬兵9營、步兵4營，稱爲“寧海巡防營馬步全軍”，繼又設流動馬隊4隊（礦務馬隊、雜務馬隊、臺站馬隊、玉防馬隊）。同年冬又擴充爲騎兵13營、步兵18營，還有炮兵營、機關槍營、特務營等。1923年增編騎兵9營（以馬色分稱爲黑馬隊、青馬隊、赤馬隊、棗騮馬隊、銀灰馬隊、花馬隊等），步兵2營，加上炮兵營、機關槍營、特務營和都蘭騎兵營，共計46個營，番號甚多，兵額不足，但總兵額也達3000餘人、馬1500餘匹，各種槍支2500餘支，輕機槍12挺，還有清朝湘軍遺留的土開花大炮1尊。聲勢浩大，實力雄厚，在當時隴上八鎮中，處於優勢地位。
“寧海軍”的突出特點，是以馬氏家族爲核心，總統由馬麒兼任，幫統是馬麟。在前後的46名統領和營長中，馬氏家族及其近親即佔32名。如其七叔馬海淵，堂兄馬萬成，兒子馬步青、馬步芳，堂弟馬鏞、馬寶、馬良，堂侄馬步元、馬步康、馬步鑾、馬步祥、馬步雲、馬步州、馬步鬥、馬步全，妹丈馬朝選，婿馬慶、馬馴等，都在其中擔任要職。所以非親莫屬，成爲名副其實的馬家軍。這是馬麒立足和起家的最重要的資本。
民國初年有川青關於玉樹之爭。青海南部的玉樹二十五族，自清中葉以來，歸青海辦事大臣管轄，每3年上繳丁銀1000兩，成爲定例。囊謙原是玉樹二十五族中的大族，簡寫爲昂千，也譯作隆慶，昂千的千戶，向爲玉樹二十五族向清廷納貢的代表。故玉樹二十五族，亦即隆慶二十五族。1913年春，川邊經略使尹昌衡報請北洋政府：“隆慶二十五族報效投誠，願歸川管。”北洋政府昧於一地兩名，竟下指令：“隆慶歸四川，玉樹歸甘肅。”川軍即在隆慶（實即玉樹）活動。馬麒以該地屬於自己防區，令其部制止川軍活動，遂發生糾紛，隆慶歸四川之令，無由實現。尹昌衡與馬麒，各向北洋政府互訴。北洋政府即令護理甘肅都督張炳華查報，張籍隸四川，偏袒尹昌衡，遂報稱“玉樹地區毗連川境，原可因地制宜”。馬麒以“玉樹二十五族劃歸川邊，勢必長藏衛之漸”爲詞，電北洋政府力爭，並令其駐軍堅守防地。1914年3月6日，北洋政府以張廣建爲甘肅省民政廳長兼署都督，張允馬麒之請，呈准派甘肅忠武軍統領周務學爲勘查川隴邊界大員。周偕隨員周希武、牛載坤於11月26日到達玉樹，川軍派出石渠縣縣長李釒臽爲勘界委員，會同勘查。經過實地考查，確認囊謙和玉樹是一個部族，不能分割，按例仍歸西寧管轄爲宜。北洋政府根據周務學報告，遂明令玉樹二十五族仍歸甘肅，多年的川隴邊界糾紛得到解決，確認爲馬麒在玉樹地區的統治權。馬遂於1915年底在結古（即玉樹）成立寧海軍玉樹防務支隊司令部，以馬麟爲司令，並由西寧至玉樹沿途設置驛站，以恰卜恰、大河壩、野牛溝爲重點站。其時環海八族（藏族）之一的阿曲乎部落，不服馬麒管轄，稱兵對立，馬即派兵鎮壓，不久即被征服，馬在大河壩建立軍營，派重兵駐守。寧海軍玉樹防務支隊司令部原來兼管行政民事，後以事務日繁，於1917年設置玉樹理事（同設治局），專管玉樹地區行政民事，同年秋又在都蘭設理事。至此，青海北部、南部實爲兩大行政據點，馬麒的統治日臻嚴密。
二、平定呂光
民國初建，一些清室貴族仍圖復辟，在東北、內外蒙古一帶，結成宗社黨（義爲恢復清室宗廟社稷，實即保皇黨）。正白旗、宗社黨人呂光呂光：呂光是否真名，尚無定論。一說本姓愛新覺羅，系光緒近支親屬。率20餘人，在升允策劃下，於1915年10月，自東北經北京、綏遠、寧夏至拉卜楞，自稱清室六皇子，以“承製總督內外勤王忠義馬步全軍一等忠順公”名義，煽動蒙藏民600餘人，組成一支反革命隊伍，進行復闢活動。1916年1月，呂光到隆務寺（今同仁縣），煽動蒙、藏、土族羣衆起事，2月在保安堡成立“王府”，公然以“宣統八年”年號，張貼顛覆民國的漢藏文文告。並操練人馬，製造令箭旗牌，掛出“助清滅民”、“保國安民”多面旗幟，圖謀武裝暴亂。一時青海蒙古族王公藏族千百戶和大通、湟源、威遠堡（今互助）一帶羣衆，受其矇騙蠱惑，蠢蠢欲動。呂光更肆無忌憚地致函蘭州仕清遺老和握有兵權的馬安良，請其響應。馬安良態度曖昧，模棱兩可。呂光遂得以編練保安十二族羣衆爲步騎八大營，於是年8月初陳兵循化邊都溝。馬麒以變起肘腋，威脅其統治，呈准派兵鎮壓，即令馬麟率寧海軍第十營出動。馬麟率部行抵邊都口，被呂光預伏的保安隆務昂鎖勒貢部包圍，擊斃寧海軍士兵4人。馬麒聞警，電請馬安良令其循化駐軍救援，但馬安良卻按兵不動。時撒拉族羣衆以被圍的寧海軍多系撒拉族八工子弟，即於27日出動增援，其查加工、街子工民團衝上各個山頭，寧海軍第十營乘機突擊，邊都口之圍始解。馬安良反而以馬麒“貪功冒進，在邊都與事外無干之藏族開仗，致激邊患”爲詞，電請張廣建轉報北洋政府加以制止。馬安良此一倒行逆施爲輿論所不容，且張廣建素與馬安良有隙，張即電北洋政府，謂“馬安良無甚能爲，又不明權限，妄行誣報，居心已非。若不專任一人，一國三公，軍事必多貽誤”。北洋政府允其所請，電促馬麒查辦呂光。馬麒即由西寧馳至巴燕戎格，調動寧海軍出動進剿。而馬安良爲不使馬麒獨收全功，亦派其精銳西軍分統馬佔奎進行側擊。馬麒遂暫緩進兵。其間張廣建派其親信、蘭山道孔憲庭查辦，孔乘機詐取隆務昂鎖一大筆贓款自肥（有人說是白銀10萬兩，一說1萬兩）。由於二馬陳兵進逼，呂光站腳不穩，於1917年元月率部自保安西逃，4月10日流竄乜家溝，29日佔領貴德縣城，一時盲從羣衆達1000多人。呂光又大肆蒐羅，委活佛阿勒及日卓巴爲“護國禪師”，並濫委“提督”、“將軍”、“總兵”、“遊擊”多人。西寧威遠堡東溝、哈拉直溝、紅崖子一帶土族頭人也受呂光煽動，組織“復清會”，積極開展復辟活動。馬麒急令駐紮威遠堡寧海軍步兵第十八營管帶居佔鰲就近鎮壓。馬麒又於5月15日以寧海軍步兵第二營管帶馬麟爲司令、馬隊第十一營管帶馬海淵爲副司令，率馬步兵分路進發，於21日黎明包圍貴德城，呂光急起應戰，終以不支而潰散，呂光潛逃，被追捕押解回城，餘衆作鳥獸散。不料馬麟又縱其驕兵悍將大肆屠殺，不分良莠，揮刀便砍，殺死羣衆100多人；又乘機搶劫財物，**婦女，致使投黃河自盡者數十人，墮井自戕者亦不少。還有數十婦女被虜至西寧迫作妻妾。貴德橫遭劫難，景象至慘。6月2日，馬麒馳至，寧海軍參謀長李乃棻率自兼之馬隊第三營隨行，李目睹貴德羣衆遭害慘狀，至爲憤慨，面斥馬麟爲“賊頭”。馬麟勃然變色，立即令其步兵第二營與李之馬隊第三營對陣，幾至衝突。馬麟竟將李乃棻鼻部擊傷，馬麒從中調解，幸未爆發。馬麒本來還欲辦理善後，在貴德再行捕殺。（清季以來，每逢軍事結束，即辦“善後”，官方乘機抄沒財產，捕殺無辜。有“不怕大炮吼，只怕辦善後”之諺。）但以李爲自己借重的人物，且負有時譽，心雖不懌，勉強準其所請，遂使貴德劫後餘生，免遭再次株連。惟馬麟懷恨在心，對李攻擊不已，馬麒亦耿耿於懷，遂撤去李兼馬隊第三營管帶職務。馬麒返回西寧，呂光收監。馬麒會同張廣建所派車玉衡、龔慶霖會審呂光，呂光直認不諱。但斯時適值張勳在北京復辟，風雲突變。馬麒尚需觀風，呂案遂拖而未決，且予以優待。呂光嗜鴉片，供應無缺，且聽其公開爲人書寫字幅。張勳復辟破產，9月底，馬麒始據甘肅都署轉達北洋政府將呂光就地正法電令，將呂光絞殺於獄中。
馬麒平定呂光復闢之舉，有益於民國，但縱兵搶劫濫殺，又將好事辦成壞事。