馬廷勷在河州強作解人，非但調停無功，反被疑爲起事的主使人，弄巧成拙，返回涼州。劉鬱芬反聞馬廷勷有自平番（今永登縣）進攻蘭州之說，即採取強硬態度，下令免去馬廷勷的涼州鎮守使職務。馬廷勷爲向劉鬱芬消除誤會，將武威縣長張東瀛和劉鬱芬派來買馬的團長劉志遠請到鎮守使署，說明：如果劉鬱芬還信任他，他願意盡力解決河州事變；如果不得信任，情願解除武裝，交出涼州，以保身家安全。並將所存機槍10餘挺、步槍1000餘支、子彈100餘萬發扎捆裝箱，封存庫中，委託張東瀛赴蘭州陳述情況。劉志遠卻會同縣署科長毛光明、警佐張育才等，散佈蘭州方面派來便衣的空氣，使馬廷勷心神不安。隨後，劉志遠率領帶來買馬的幾個人和張育才所率警察共100餘人，於6月30日直撲鎮守使署。此時馬廷勷正在集合軍官按名發餉，聽到槍聲，由於事前無備，不知虛實，慌忙中急帶子女從後門逃出，奔往永昌皇城灘。時其部屬駐涼州城有兩個多團，除了少數被繳械，大部出城散走。劉鬱芬急調永昌大馬營軍馬場場長韓鳳章爲涼州城防司令。與此同時，趙席聘亦率部襲擊馬廷勷駐平番、古浪一帶的部隊，馬部潰不成軍。劉鬱芬宣佈馬廷勷八大罪狀，茲擇要摘錄如下：
勾結軍閥，聯絡陝匪，聚衆數萬，圍攻河城，意圖擾亂後方，阻撓革命，其罪一；藉口奔喪，早日旋里，慫恿煽惑，佈置一切……其罪二；包藏禍心，積極準備……脅迫良民，驅之陣前……遂致傷亡甚夥……其罪三；該逆與張逆作霖信使往還，甚稱親密，請其代購槍彈……其罪四；語多欺罔……侮辱長官，其罪五；縱兵殃民，四出劫掠……其罪六；日惟設法苛斂，任意勒索……其罪七；奪民婦女，供之下陳……其罪八。
馬廷勷在皇城灘，集結散部約2000人，偵知涼州並無國民軍部隊，十分後悔。在馬麒暗中支持下，又於7月20日反攻涼州。韓鳳章無力防守，他所率領的是毫無作戰經驗的馬場牧兵和警察民團，無多大作戰能力，涼州城很快被攻陷。韓鳳章隻身逃走，張東瀛死於亂軍之中。馬部入城燒殺極慘，守城民團300人，全被趕入北城樓燒死，商民被殺的不計其數。馬廷勷本人後至，燒殺已成事實。此時正是三次圍攻河州之時，馬廷勷親率所部反攻平番，進窺省城。國民軍第二方面軍總指揮孫連仲奉馮玉祥之命率部入甘助戰，劉鬱芬即決定兩路進兵。河州一路，由劉鬱芬親自督戰；河西一路，由孫連仲負責。孫部於8月25日由蘭州出發，27日解平番之圍。在武勝驛一戰，馬廷勷不支，節節敗退。孫部高樹勳師跟蹤追擊，魏鳳樓師繞大靖、土門堵擊。9月中旬，戰況最烈。9月30日，高、魏兩路攻入涼州城。馬廷勷率殘部向皇城灘轉往樂都、享堂，涼州戰事結束。不久，馬廷勷即隻身逃到四川，經過鄧錫侯寫信引薦，投向蔣介石。但馬仲英、馬廷賢尚擁兵數萬於河州，遂又有談和之議。
四、談和又戰
甘州鎮守使馬璘（字玉清，以下稱字，以別於西寧馬麟）奉命奔走和平。西寧護軍使馬麒此時亦以第三者面目出現，提出收撫之建議。劉鬱芬在去西安謁見馮玉祥歸來之後，即以馬玉清爲宣撫使，以馬麒之弟馬麟（字勳臣，以下稱字）爲副使。旋馮玉祥派軍長馬鴻賓回甘調停。馬鴻賓於10月13日前往享堂，與馬玉清、馬勳臣商議辦法。又於15日赴川口，集合馬仲英部官兵講話，擔保事後不咎既往，保護生命財產，但無甚收效。27日，馬鴻賓、馬玉清、馬勳臣和回紳喇世俊、馬斌，漢紳水梓、張維等抵蓮花堡，與馬仲英、馬廷賢等和談。國民軍方面的條件是：“如繳槍四千，准予改編爲兩旅，以馬廷賢、馬仲英分任旅長，並任馬廷勷爲省政府特派員，專辦收編事宜。俟改編就緒，即歸馬廷勷負責管理。此外無分首從，概不再究，並保護其財產。”但馬仲英等則要求改爲3個旅，以馬廷勷爲師長，駐紮河州、寧定一帶，6個月後再行聽從調遣。馬鴻賓、喇世俊、馬斌三人聯名，還向馬廷賢發出“勸告書”。勸他“翻然改圖，拯災黎於水火，既可以贖已往之愆，更可以謀將來之福”，但無任何效果。
在和談的同時，國民軍又發動軍事宣傳攻勢。馮玉祥時已任國民政府軍政部長，於11月9由南京急電劉鬱芬雲：
此間派定援甘部隊飛機大隊、坦克車隊等不日出發赴甘，曾於急電告達。茲亟應先行急速籌辦者：（1）蘭州、平涼、河州、肅州各處，以城之附近應建長寬各四十畝之平坦之機場，土質要堅固，並於場之一端建築飛機止息房，圖另寄；（2）坦克車就陝甘銜接舊有之汽車路加寬八尺，速令沿途各縣加工構築，至於蘭州通河州間坦克車路，更應早日修好；（3）糧秣最關緊要，韓、石兩部約十萬人、馬匹二萬頭，須充分準備，預先購買存貯，以免大軍到境，臨時無法措施。沿途兵站亦應早日通知。以上數端望弟切實遵辦爲要。
省政府機關報——《新隴日報》於11月10日，在頭版以“馮總司令電令修築飛機場及坦克車路”爲標題，全文刊出上述電報。此後，又在19、20日兩天在顯著地位刊登籌糧、修路等方面的消息。實際上沒有來軍隊，也沒有來飛機助戰。這顯然是製造聲勢和壓力，迫馬廷賢、馬仲英等就範。同時，河州大紳徐紹烈、鄧隆、張建、黃容金等，以“導河難民代表”名義，聯名致電馮玉祥，引同治年間的先例，提出“非痛剿以寒其膽，不肯就撫，即就撫亦不能長治久安”的主張。馮電覆表示採納。但這些並嚇不倒馬仲英、馬廷賢，他們的條件仍不降低。
11月27日，劉鬱芬、趙席聘、戴靖宇同來河州。馬鴻賓等經多次會議，馬廷賢又提出以下就撫條件：
（1）西軍與起事回民分別收撫，即變兵屬西寧者由西寧收編，屬甘州者由甘州收編。原有二十七師（馬廷勷部原有番號）仍準存留舊部。其餘回衆雖多，槍支甚少，分別遣散。（2）改編後以導河、寧定、洮岷等地爲駐紮地點，六個月後服從調遣。（3）保護起事頭目生命財產。（4）保護各處回教商民。（5）戰時被毀回教寺院、學校、拱北，由政府協款重修。（6）被毀回民房舍修補時，由政府酌予補助。（7）在蘭被押之眷口及關係人一律釋放。
劉鬱芬認爲此項條件，儼然以戰勝者姿態，向政府要挾，實屬難堪。同時，馬麒見時機已到，也來電向劉表明心跡。略雲：“馬廷賢、馬仲英等阻兵抗撫，逆情昭著，早爲路人所知。其對麒等不僅信口誣衊，且復多方傾軋，肇亂已來，受侮不少。……爲今之計，擬請採麒前議，電令各使，分途解散，隨撫就結，庶免團聚。並乞分別嚴電限期肅清，不得意存觀望。”他分明又成了馬仲英起事的受害者，完全站在國民軍的一邊了。箇中就裡，劉鬱芬豈能不曉？不過，既然轉了過來，樂得多一助力，又何必戳破這層紙！是時，國民軍駐蓮花堡防地，又被馬仲英部突破，國民軍所有師旅長一致主戰，劉鬱芬遂決定停撫言戰。
在此期間，國民軍在河州集結的，有第二、第七兩方面軍的十一師、十六師、二十一師、二十五師、三十師，共約6萬之衆（官方公佈的數字）。劉鬱芬於11月29日下總攻擊令，劉親赴北塬督戰。佟麟閣率部由河州進攻西川正面，劉兆祥率部由蓮花堡進攻側面。當天下午佔領大小香臺塬、井溝等地，馬仲英率衆退向韓家集、雙城一帶。30日下午，國民軍又佔韓家集。12月3日，馬仲英部漸呈總崩潰之勢，開始退出河州。國民軍在進攻中，沿途殘酷燒殺，進攻西鄉之一路，又發掘了馬廷勷未盡的窖藏。陳毓耀、劉兆祥、李鬆昆等部在大東鄉，捕殺了許多戰爭參加者，並在北莊石家溝截殺避難婦幼老弱2000餘人，不少房屋被燒。
馬仲英離開河州，劉鬱芬開始進行“安輯工作”。發出佈告，說明用兵之“苦衷”。召告“回漢脅從民衆，如限於12月30日以前繳械投誠者，一概不追既往，並予保護。倘仍藏匿迷抗者，當按盜匪治罪。並嚴禁仇殺。所有以前搶奪婦孺，無論回漢，各歸原主”。12月6日成立“甘肅導河安輯委員會”，孫連仲任委員長，馬鴻賓任副委員長，馬玉清、喇世俊、駱力學、徐昭烈等13人爲委員。任戴靖宇爲河州衛戍司令。又成立“清理河州逆產委員會”，宣告對馬廷勷、馬廷賢、馬仲英、馬海淵、馬景良、馬鳳祥、韓進祿等的土地、房屋、森林、畜牧、果園、鋪面、油坊等，一律清查沒收，歸爲公有。12月14日，陝甘剿匪總司令部，發出懸賞緝捕馬廷賢、馬仲英的通令。據另一記載，懸有賞格是：“有生擒馬廷勷者，賞洋五萬元，有戮其屍將頭來獻者賞洋兩萬元；有生擒馬廷賢、馬仲英者各賞洋兩萬元，有戮其屍將頭來獻者賞洋一萬元。”馮玉祥在論功行賞中，對有功的門致中、佟麟閣、張允榮、陳毓耀、劉兆祥、樊曼雲等，給予“革命獎章”，各記“大功”一次。劉鬱芬對堅守6個月未破的寧河堡，派專員前往慰勞，但對其中嗷嗷待哺的難民卻僅口惠而已。
五、竄擾隴南
1928年12月初，馬仲英率衆出槐樹關，撤離河州，時馬仲英與馬廷賢意見已不統一。馬廷賢打算丟開部隊，逃往四川，另謀出路。馬仲英則想回西寧地區繼續抵抗，即率部走向臨潭。馬廷賢令其部衆在韓進祿率領下，隨馬仲英前進，自己挈帶妻孥財貨隨後慢行。馬仲英到臨潭舊城，與卓尼土司楊積慶商洽未妥，遂將其駐在臨潭的白連升隊解決，殺數十人，又殺警察數人。後到卓尼，燒燬卓尼寺一部分，又進駐岷縣。時馬廷賢行至完禾兒溝，被藏兵劫掠，殺死男女8人，未死之婦女被掠去，馬廷賢隻身逃走，請馬仲英爲其報仇。馬仲英復自岷縣返臨潭，對斜藏溝、完禾兒溝等地燒殺兼施，以泄其忿。1929年元月14日馬仲英再到卓尼，焚燬著名的禪定寺。韓進祿所率馬廷賢部在岷縣、禮縣間的閭井地區，與多年盤踞在這一帶的悍匪王佔林、馬應彪等會合。旋因部隊過多，勢難長期在此屯聚，乃商談進軍路線。馬仲英主張過隴西轉入寧夏；韓進祿則主張東撲天水進據隴南。意見不一，遂分途行進。馬仲英到達隴西城，圍攻不下，國民軍吉鴻昌部馳至救援，馬仲英仍退回岷縣。韓進祿陷秦安，又欲進據天水城，吉鴻昌已先從隴西馳至，入城後，偃旗息鼓，僅令民兵守城，以示空虛。韓進祿撲近城邊，吉鴻昌部即槍炮齊鳴，突然反擊。韓進祿敗退，走投無路，只得折轉向西，跟隨馬仲英走向岷縣、臨潭。國民軍吉鴻昌、馮安邦等部尾追，馬仲英等走向拉卜楞寺。
雙方部隊過處，百姓飽受劫難。馮安邦在臨潭舊城，槍斃從河州前來避難的門宦頭目數十人，燒房數十家。元月17日在長拉麻川村落，燒殺居民老幼1000餘人。兵火之後，臨潭縣長魏錫周又勾結藏民首領，對回民橫加壓迫，激起回民馬尕喜順率衆起而反抗。國民軍李鬆昆部前來鎮壓。5月，李鬆昆部擊敗馬尕喜順，將聚在清真寺未逃出的回民，不分良莠，悉數殺掉，並放火燒寺。7月初，以軍事平定，進行“招撫”，假令召集逃出的難民回莊，齊集舊城，聽候點名，全被騙至西門，以18人爲1串，押出南門，全部活埋於預先挖好的13個大坑之內，悽慘景象，不堪言狀。馬仲英、韓進祿自隴西、天水敗退後，馬仲英又攻渭源城不克，即在鍬峪鄉、官堡南邊的喬家溝等地大肆濫殺。昔日所發之禁令已置諸腦後。王佔林部道經岷縣顆馱村時，派人向堡中要糧，堡中見其人少，拖而不給。一青年開槍打死王佔林士兵1人，王佔林立即指揮部隊將堡攻開，燒殺1天，堡中80多戶無一人倖免。馬應彪未久投降國民軍，在定西改編，後又叛變，乘虛入隴西縣城及漳縣縣城，搶掠財物甚多。路過山岔鎮時，也因堡內人民發槍抗拒，一怒攻破堡寨，殺得雞犬不留。
拉卜楞寺有省保安大隊100多人，駐守于山上的碉堡中。拉卜楞保安司令黃正清的藏軍則防守於寺院內，當地政府機關單位和回漢紳商以及一些羣衆也入寺院躲藏。馬仲英部衆於2月初到來，即向保安大隊猛攻，該隊僅逃出十幾人，其餘被打死。旋攻拉卜楞寺，甘加藏兵來援，亦被馬仲英部包圍，相持一天多。夏河回、漢紳商出面調停，馬仲英首肯，但馬廷賢要報家眷被劫之仇，不肯罷手，提出與黃正清會面。原來，馬麒、馬麟與拉卜楞寺爲敵時，屬於馬海晏這一系的馬廷勷、馬廷賢兄弟都曾同情、支持過拉卜楞寺，黃正清與馬仲英也是相識，但此時黃不肯出面，即佯作會面準備，拖延時刻，馬部即放鬆包圍，黃正清趁機率部撤走。馬仲英等到深夜不見黃來會面，非常氣憤，下令燒殺。賴有夏河回民紳商向“二馬”叩頭，並陳述夏河回、藏相處甚好，不能開釁結怨。適國民軍李鬆昆部將至，馬仲英倉皇率部退向青海同仁縣境。
六、湟源屠城
當馬仲英部在拉卜楞寺時，同仁縣保安鎮人民即風聞馬仲英即將來到，羣情惶恐，不知所措。一個開飯館的回民馬七三出主意，聚衆籌措馬匹牛羊，準備迎接。有位當事者寫下一段文字，記錄了馬仲英進入保安時的具體情況，抄錄如下：
這時馬仲英的部隊，已開始進入保安鎮，他們穿戴着藏民或活佛等的紅黃色長短皮衣和皮帽，騎着馬和騾子，也有些人結隊成羣，牽着騾馬，馱着行李及搶得的衣服、氈毯、野牲皮張等類，看來，成員複雜，實爲烏合之衆，官兵無從分辨，前擁後擠，蜂擁而來。部隊行列每經過百數十騎，就有舉着大“馬”字的旗號一面或兩面，羣衆夾道歡迎了七八個小時，始終未見到馬仲英之面。後來有人說：“司令早已進城。”大家吃了一驚，只得趕快返回鎮內當面歡迎。終於在街上見到了馬仲英，當即呈獻馬匹、羊只等禮物，但馬拒絕不收，我們只得帶着恐懼的心情，各自分散回家了。我一到家中，看到我家全院房屋，已作爲馬仲英的司令部，家人早移住於鄰舍。當晚我們爲了略盡東道之誼，就冒險謁見馬仲英，看到他和他的弟弟馬仲傑坐在屋裡休息，所着衣服破爛，猶如一般士兵。另一房內，還有兩個洮岷兩州的小足姑娘，年約十六七歲，後詢之隨從人員，說是“司令太太”。他的參謀長、副官三十餘人，亦分駐各房間，院中繫有新疆大馬四匹，聽說他的部屬以這四匹大馬的搭鞍不搭鞍，作爲預覘開拔與否的標誌。門口、門道和房頂等處，都有警衛佈哨，非親信者，不讓進門。每隔一小時，就有偵探報告情況，看來通訊偵察工作相當嚴密。這一晚據說馬仲英幾次更換房間，以免發生意外，可見他心神不安，疑慮多端，而白天黑夜，都一律戒嚴。
馬仲英的司令部是如此森嚴靜謐，但保安鎮及其周圍十餘華里則是：
連日搜查民間槍支、馬匹、財物和糧食飼料等……其間到處發生吊打勒索情事……竟使羣衆多年積存的一點財力，頓時劫掠一空。凡房屋比較整潔的人家……於搶劫之後，分別逮捕，逼追財物，大半被綁捆懸樑，橫遭毒打，一時號呼哀鳴之聲，遍於保安一帶。而馬仲英則置若罔聞，熟視無睹。