要組建南方臨時政府用以對抗北洋，最主要的工作就是組建一支統一指揮的南方聯軍，剩下的民政事務這些都是次要的，實際上這也是無法完全南方諸省的實際民政事務統一，現在不管是陸榮廷還是唐繼堯斷然是不會把地盤交出來接受中央派遣的官員進駐，頂多就是接任中央的對他們都任命而已，這一點不管是軍事還是民政上都是如此。
所以某種程度上來說，這三家軍閥的聯合只是名義上承認陳敬雲的中央領導權，然後實際上採用聯盟的方式形成一個統一的南方政府，組建南方聯軍用以對北洋作戰。
實際上這些相關事務早在陳敬雲拉攏唐繼堯和陸榮廷的時候就已經進行了多次談判，並且已經在陳敬雲在南京重立國會之前就已經取得了談判結果，重新南京國會以及後續陳敬雲就職臨時政府大元帥不過是過場而已。
根據陳敬雲和唐繼堯，陸榮廷三人之前達成的協議，組建南方中華民國臨時政府後，以南京爲首都，以陳敬云爲最高統帥，至於陳敬雲要當總統還是什麼執政又或者是總理都是他陳敬雲自己的事，唐繼堯和陸榮廷沒什麼心思去管，畢竟那只是一個名稱不同而已，誰敢說陳敬雲當大元帥就不是南方聯軍的最高領導人了。
除了承認陳敬云爲南方聯軍最高統帥外，剩下最主要的就是軍隊事務的整編安排了，南方臨時政府要和北洋在全國範圍內全面對抗，沒有一支統一指揮的聯軍是不行的，雖然主力還是得靠國民軍，但是也不能缺少桂軍和滇軍的加入。
而根據陳敬雲和唐繼堯、陸榮廷達成的協議，組建中央陸軍後，將會仿效國民軍現有的方式設置多個軍，在軍下轄數個師，負責一個戰線的戰事。由於桂軍和滇軍的數量相差有些大，所以編成的時候桂軍會得到一個軍的編制，滇軍會得到兩個軍的編制，兩者的下屬主力野戰部隊都會加入到這三個軍來，剩下的部分地方部隊將交由各省新設立的守備司令部管轄。而且滇軍和桂軍也不需要去改變現有的編制，將會保持現有編制不必和國民軍一樣全部編成三團制部隊。
除了編制外，臨時政府還需要承擔一部分的滇軍和桂軍的後勤補給，主要是彈藥和其他軍事物資方面，並且陳敬雲還答應在三個月內給他們陸續提供相當數量的步槍，少量火炮。
這些相關談判持續了整個六月，並且在陳敬雲就職大元帥之前就已經確定了下來，所以陳敬雲一就職大元帥後，立即下令整編南方各省軍隊，組建中央陸軍。
原國民軍按照原有四個軍的編制以及各師旅番號，依次改編爲中央陸軍第一軍、第二軍、第三軍、第四軍。各師旅的番號也將前面的國民軍三個字去掉，換成中央陸軍，依次爲中央陸軍第一師、中央陸軍第二師、中央陸軍第三師……中央陸軍第十一師；中央陸軍第一混成旅、中央陸軍第二混成旅……中央陸軍第五混成旅，一共十一個師，五個混成旅。警衛師暫不列入中央陸軍行列，而改爲統帥部直屬，正式番號爲統帥部警衛師。
說起來也有意思，那就是這南方聯軍的正式番號是和北洋軍的正式番號一樣的，都是中央陸軍第某某師，中央陸軍第某某混成旅。不過正式番號如此，但是人們說的時候還是沿用北洋軍，南邊的稱之爲南方軍。
陳敬雲的嫡系部隊國民軍番號只是變動了幾個字而已！同樣的桂軍和滇軍變動的也不大，給予桂軍的番號是中央陸軍第五軍，陸榮廷自然是軍長，原桂軍的六個師雖然是仿效的北洋編制，但是不管人數還是火力都是嚴重不足的，一個師的人數不過七八千人。如此情況下，就給了第五軍三個師的番號，分別是第十二師、第十三師、第十四師。至於陸榮廷自己怎麼分配這三個師的番號那是他自己的事情。
陸榮廷也乾脆，當即就是把三個人數和裝備較好的三個師改編爲中央陸軍師，然後剩下三個師被抽調了部隊人員和裝備後縮編爲三個混成旅，並向陳敬雲要了三個混成旅的編制，陳敬雲也不阻攔，直接批准了陸榮廷的的要求給了第六、第七、第八混成旅的編制。使得第五軍擁有了三個師，三個混成旅的部隊，總兵力高達四萬餘人。
滇軍的改變也很簡單，陳敬雲給了唐繼堯兩個軍，六個師的番號。滇軍的編制比桂軍要標準的多，之前滇軍是分成了兩種編制，一種是仿效北洋以及前清新軍的四團滿編制，除了炮團和騎兵團不能滿編外，四個步兵團還是能夠滿編的，另外還大量建立了兩團制的混成旅。嚴格上來說滇軍的編制和北洋軍是極爲相似的，而這樣改編起來就方便多了。
唐繼堯把駐紮在四川的兩個師以及三個混成旅合編爲第六軍，還把其中兩個混成旅合編爲一個師，給第六軍籌足了三個整編師另外加一個混成旅。番號分別爲第十五師、第十六師、第十七師、第九混成旅，總兵力達四萬餘人。軍長爲韓建澤
留在雲貴兩省內的其他滇軍被整編爲第七軍，其中有三個師和四個混成旅。三個師直接改編爲中央陸軍師，剩下的四個混成旅也不動，直接換上了中央陸軍混成旅的名號，番號分別爲中央陸軍第十八師、第十九師、第二十師、第十混成旅、第十一混成旅、第十二混成旅、第十三混成旅。使得第七軍擁有三個師、四個混成旅，總兵力近六萬餘。軍長由唐繼堯親自擔任。
滇軍和桂軍的整編計劃裡，主要內容就是換了個部隊番號，其他的部隊編制，指揮權，乃是人事都不會變動，任舊保持原有的體系。並且這些只涉及到了主力野戰部隊，還有相當部分地方部隊並沒有納入整編計劃，陳敬雲已經準備在各省設立警備司令部，負責管轄指揮各省的地方守備團等地方部隊。
國民軍、滇軍、桂軍三支軍隊完成改編後，南方聯軍將會擁有二十個中央陸軍師，十三個中央混成旅的主力野戰部隊，這些部隊之間的戰鬥力肯定是相差不等的，陳敬雲嫡系的部隊和陸榮廷乃是唐繼堯的部隊是沒法比的，要知道當初國民軍組建混成旅的時候，一個混成旅的作戰目標可是桂軍或者滇軍的師，而國民軍的師級部隊則是用來對抗北洋主力師的部隊。儘管裡面相差甚大，但是二十個師十三個混成旅的架子總算是打出來了，南方聯軍的氣勢也就打出來了。如果加上三家剩下的那些地方守備團性質的地方部隊，那些還得再算出十幾萬的部隊來。
如此一來，南方聯軍號稱的五十萬大軍也並不是空穴來風，只是這五十萬裡真正能北上和北洋打的頂多二十萬，而這個二十萬裡頭主力也就是國民軍的十來萬，剩下的都是湊數的。
整編軍隊的過程中，陳敬雲又任命唐繼堯和陸榮廷爲統帥部副元帥，這個副元帥和陳敬雲的大元帥一樣並不是軍銜，而是一種職位。而鑑於現在的國民軍乃至滇軍桂軍的高級將領，包括陳敬雲和唐繼堯等人在內的軍銜都是北洋政府授予，現在南方臨時政府成立後，北洋對這些人進行通緝，自然也就不好繼續使用這些北洋政府授予的軍銜了。所以在整軍的同一時間內，統帥部對南方聯軍的高級將領進行統一授銜，這個授銜基本就是按照原有軍銜授予，少數是根據現有職位來授予，對唐繼堯和陸榮廷正式授予上將軍銜，這一次陳敬雲也是順勢把自己的軍銜提升爲上將。
陳敬雲的大元帥、唐繼堯和陸榮廷的副元帥都不是軍銜，而是職位，上將才是他們的正式軍銜。
陳敬雲在南京忙着整合南方各軍編制的時候，北洋軍和南方聯軍的戰爭也正式爆發！不過這個爆發並不是衆人之前認爲的蘇南地區，也不是皖南地區，而是爆發在湖南地區。蘇南和皖南遍佈國民軍和北洋軍的主力部隊，不管是國民軍要北上還是北洋軍要南下，難度都不是一般的大，一大打起來那就是規模宏大的超級大戰，加上現在的七月份正值長江流域的梅雨季節，天氣不好道路難走，所以儘管雙方已經正式撕開了臉皮，但是卻沒有立刻進行大規模的戰爭。
南方聯軍和北洋軍的第一仗是爆發在湖南！
在陳敬雲就職大元帥之後，江西和廣東以及廣西的桂軍已經分三路向湖南進軍，由於陸榮廷已經加入了南方臨時政府，雖然不可能完全消除桂軍和國民軍的對抗，但是經過協商之後雙方還是從對持嚴重的廣東地區調出部隊，國民軍第三師減少了廣州以西的駐軍，轉而抽調部分部隊北上進軍湖南，陸榮廷也從廣東抽回了一個師和一個混成旅，只留下一個師預防不測。隨後雙方的從三個方向同時向湖南進軍，進攻湖南的總兵力已經超過五萬餘人。剛進入湖南境內，國民軍第一混成旅就已經在湖南省陸軍第三師下屬第六旅發生交戰，從發爆發了北洋軍和南方聯軍的第一場大規模戰事！