慈禧皇太后是帝制時代中國少數長期當政的女性，政治手腕堪稱聰明幹練，尤其擅長擺弄親貴朝臣之間的權力平衡，以維繫清廷的絕對權威。
而作爲王公黨領袖的恭親王，其與慈禧太后的關係只能用複雜來形容，他們之間的合作度過了剛開始時的蜜月期，隨着顧命大臣派系的衰落，因爲利益衝突等等原因開始出現分歧。
慈禧同他的小叔子恭親王奕訢之間的關係，恩恩怨怨，起起伏伏。從咸豐十一年（1861)他們精誠合作起，他們有密切的合作，也有尖銳的衝突。
坊間流言，甚至猜測慈禧和他的小叔子恭親王奕訢之間關係曖昧。這當然是政敵耍的一種誣賴手段，他們之間純粹是一種政治關係，一種利害關係。
至少吳可印象裡的恭親王，在女色方面還是比較節制的，最起碼和其他八旗王公相比如此，更不要說和身居權力核心的慈禧太后有什麼姦情了。
只是感覺恭親王在政治手段方面能力真的一般，不僅比不上依靠小手段上位的咸豐帝，甚至連初嘗權力美妙滋味的慈禧太后都有所不如。
咸豐帝在承德行宮因御女太多而掛掉之後，兩宮太后在王公黨領袖奕訢的緊密配合下，一舉壓制了以肅順爲首的顧命大臣派系，取得了同治初年在朝堂權力爭奪上的優勢，基本上掌握了大清的最高統治權力。
此後，當務之急是繼續打壓削弱顧命大臣派系，同時還得穩定人心控制大局。
而控制大局的關鍵是儘快組成新的領導班子，以免造成權力真空和讓人措手不及的變故。新的領導班子的組成，首先表現在對恭親王奕訢的重用上。
恭親王奕訢是個不可多得的能臣。其在聯合帝后黨打壓箍命大臣派系時，運籌帷幄弛張有度，上下聯絡左右周旋，是個掌握朝堂大權的核心人物。
而慈禧初涉政壇缺乏經驗，但她慧眼識人膽略兼備。對奕訢，她用而不疑付以重託，使奕訢放開手腳地去謀劃，終使帝后黨與王公黨聯盟在與顧命大臣派系的鬥爭中取得巨大優勢。
這次朝堂鬥爭，慈禧設謀在先慈安聽命於後，凡此皆那拉氏之謀，而元后（慈安）但贊成之而已。而慈禧與恭親王奕訢，在此期間配合之默契堪稱珠聯璧合，是帝后黨與王公黨能取得巨大優勢的關鍵所在。
因之，對奕訢，在同治小皇帝基本坐穩皇位後，於咸豐十一年（1861)十月初一日，兩宮皇太后以同治帝的名義連發兩道諭旨，一是授予恭王議政王兼軍機大臣，一是補授其宗人府宗令。十月初二日又連發兩道諭旨，一是補授總管內務府大臣，一是著管理宗人府銀庫。
兩天之內，連發四諭。奕訢得到了幾個最重要的職務。其中尤其是議政王這一頭銜，使他明顯地凌駕於其他諸王之上，成爲兩宮太后和幼帝之下的第一人。
而宗人府位居內閣六部之上，宗令是宗人府最高長官，是管理皇族內部事務的要職。宗令有權賞罰皇族成員。這就賦予了奕訢明正言順地處分顧命大臣派系核心要員載垣、端華和肅順的特權。而總管內務府大臣是管理宮廷事務的最高長官，因接近皇帝掌握實權也是一等一的實權職位。
清朝宗室的爵位分爲十二等：和碩親王，多羅郡王，多羅貝勒，固山貝子，奉恩鎮國公，奉恩輔國公，不入八分鎮國公，不入八分輔國公，鎮國將軍，輔國將軍，奉國將軍，奉恩將軍。
第一等爵位是親王，第二等爵位是郡王，第三等爵位是貝勒，第四等爵位是貝子。滿清宗室爵位劃分爲十四等。應以十二等爲是。恭親王不僅襲爵位於第一等，同時手中權力滔天在朝臣之中不做第二人想。
不僅如此，兩宮太后秉政之初，對恭親王奕訢也是非常倚重的。
慈禧秉政之初，一切政事尚未熟習。不僅有顧命大臣派系制衡窺視，且京中黨派分歧尤難操縱，外交之事又不易辦。恐己不易壓伏，遂引恭王以爲己助。恭王當國久經歷多，故倚之如左右手。
這是符合實際情況的。因此除授予上述的要職外，兩宮皇太后又加給了奕訢許多恩典。
例如不久後的十月初八日，賞賜奕訢親王爵世襲罔替，奕訢堅辭改賜親王雙俸，爲此特頒上諭，加以表彰：
母后皇太后、聖母皇太后再三申明，此係先帝恩旨，而該王辭謝倍力，聲淚俱下。兩宮皇太后未忍重拂其意，不得已姑從所請，將世襲親王罔替之旨暫從緩議，俟朕親政之年，再行辦理。恭親王奕訢著先賞食親王雙俸，以示優禮。
這裡的“此係先帝恩旨”，顯然不是事實。因爲咸豐帝臨死前對其弟奕訢是有猜忌心理的，不然不會將他排斥在顧命八大臣之外。但是現在這樣說，就使恭親王執掌朝堂大權顯得更加合法化，不僅是兩宮太后的意思，也是咸豐帝的本意了。
又在當年十月初十日，兩宮太后懿旨，命大學士會同六部九卿，詳議具奏奕訢生母康慈皇太后應如何議加尊諡，這是恭親王奕訢的一塊心病。
兩宮太后不等咸豐年號過去便如此迫不及待拉攏恭親王，顯然恭親王此時對於兩宮太后而言，數其再怎麼重要都不爲過。
十月二十一日，大學士九卿會議，同上奕訢生母康慈皇太后尊諡，請升祔太廟，並據請將前上尊諡改擬，加至12字，以表尊崇，諡曰：“孝靜康慈懿昭端惠弼天撫聖成皇后。”對奕訢生母的尊重，就是對奕訢的尊重。
十二月初九日，兩宮懿旨“恭親王長女聰慧軼羣”，晉封爲固倫公主。“所有服色體制，均著照固倫公主之例”辦理。清制中宮嫡女曰固倫公主，妃嬪所出稱和碩公主。若中宮撫養宗室女遣嫁時，禮遇可比之和碩公主。因此兩宮太后對非皇后的奕訢之女賞固倫公主名銜，是有清空前絕後之一例，這表明慈禧和慈安兩位太后對奕訢的信任和不遺餘力的拉攏。
同治元年正月初一日（1862年1月30日），爲了進一步鞏固和拉攏王公黨勢力，兩宮又下懿旨賞王公黨領袖恭親王奕訢在紫禁城內坐四人轎，又恭親王之子載澂賞戴三眼花翎。
這一切都說明了兩宮太后，尤其是慈禧，起碼在初掌朝堂期間對奕訢是十分重用的，這是應有之理。
無論兩宮太后權勢有多滔天，畢竟他們是後宮女人，不可能出得後宮親自執掌朝政，必須推舉出一位或者多位代，理人出來才成。
再說咸豐帝死得太過突然，兩宮太后還沒來得及培養黨羽，又得面對顧命大臣派系對權力的挑戰，不着緊拉攏恭親王才叫怪事。
不管恭親王跟咸豐帝之間關係如何，作爲道光帝第六子咸豐帝的親弟弟，又是雄懷大志的能人，絕對不可能眼睜睜看着大清政權落入顧命大臣之手。
當年聖祖康熙爲了扳倒顧命四大臣花費了多大代價，誰都不可能將希望放在年不過七歲的同治小皇帝身上。慈禧和慈安兩位太后比不上孝莊太后，同治皇帝肯定也比不得聖祖康熙厲害。
以事實觀之，既有兩宮持政，可無須輔佐之人。慈禧深感恭王在朝堂助己，以其女爲大公主，準用黃轎，故恭王頗有大權。
大清新的領導班子組成，還表現在軍機處的重組上。
軍機處是滿清的特殊政治機構，是直接稟承皇帝意旨承辦一切重大政務的中樞。軍機處實際上是皇帝內廷的辦公廳或機要室，
地位極其重要。軍機大臣，俗稱大軍機，分設滿、漢員。由各部尚書、侍郎、總督等奉旨應召入值，爲兼差，其數無定額。由親王或大學士爲首領，稱“揆首”、“領袖”，軍機大臣稱爲“軍機大臣上行走”，初入軍機處者，有的因資歷較淺，加“學習”二字，稱“軍機大臣上學習行走”，過一二年再相機去掉“學習”二字。
打壓顧命大臣派系成功，爲了徹底掌握朝堂大權，必然要組成爲兩宮太后服務的新的軍機處。
咸豐十一年十月初一日（1861年11月3日），兩宮太后連發兩道上諭。任命大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、戶部右侍郎寶鋆，均著在軍機大臣上行走。而在這次朝堂鬥爭裡功勞卓著的鴻臚寺少卿曹毓瑛，在軍機大臣上學習行走。
原爲軍機大臣的戶部左侍郎文祥，著仍在軍機大臣上行走。恭親王奕訢爲首席軍機大臣，這樣以恭親王奕訢爲首組成了新的六人軍機處。
總之，在兩宮太后執掌朝堂大權初期，爲了鞏固手上權力，以兩宮太后爲首的帝后黨和恭親王爲首的王公黨配合默契，處於蜜月期中互相信任一致對外。
可惜好景不長，隨着顧命大臣被一個個打倒，對於權力分配的不滿和分歧，使得恭親王與兩位嫂子之間關係出現巨大裂痕……