簡文帝只當八個月
桓溫廢掉司馬奕，改立司馬昱當皇帝，被稱爲晉簡文帝。當時，司馬昱已經五十三歲了，而且身居丞相高位，輔政多年，論名望和能力，確實比司馬奕強得多。可惜，司馬昱似乎沒有當皇帝的命，他稱帝只有八個月，就患病去世了。
《晉書》記載，司馬昱，是晉元帝司馬睿最小的兒子，他自幼聰慧，深得父親寵愛。郭璞評價司馬昱說：“振興晉朝的，必是此人。”郭璞是兩晉著名文學家和風水學家。
司馬昱長大以後，滿腹學問，尤其擅長玄學，喜歡清雅的談論，權力慾望卻不是太強，史稱：“清虛寡慾，尤善玄言。”
司馬昱兩歲被封爲琅邪王，八歲改封爲會稽王；十四歲進入朝廷，任侍中、右將軍；二十歲時升任撫軍將軍，兼領秘書監。司馬昱忠於職守，做事認真，受到人們稱讚。
司馬昱二十五歲時，晉康帝司馬嶽病重，他的兒子不到兩歲。輔政大臣庾冰建議，立年長的司馬昱爲帝。丞相何充反對，認爲不符合父死子繼的繼承製度。晉康帝聽從何充意見，把皇位傳給幼子晉穆帝，褚太后臨朝攝政。庾冰、何充死後，褚太后詔命司馬昱輔政，總理朝中事務。
公元347年，桓溫攻滅成漢，平定蜀地，權威日盛。司馬昱擔心桓溫勢力坐大，對朝廷不利，便請出名士殷浩輔政，與桓溫抗衡。殷浩是個大學問家，精通玄理，酷愛《老子》，隱居十年，不出仕做官，志向高雅而久負盛名。可惜，殷浩只會清談，沒有治國才能，徒有虛名，不是桓溫對手，最後被免官爲民，內外大權都落到桓溫手裡。
司馬昱是個正人君子，桓溫對他很尊重。有一次，司馬昱和哥哥司馬晞同坐一輛車，在行進途中，馬突然受驚，奔跑起來。司馬晞嚇得臉色蒼白，想要跳車，司馬昱卻端坐不動，鎮定自若。桓溫對人說：“司馬昱是個賢能之人。”
晉穆帝十九歲就死了，晉哀帝司馬丕繼位，不久因服丹藥中毒而死，司馬奕繼位當了皇帝，司馬昱升任丞相。司馬昱作爲三朝元老，始終盡心盡責地輔佐朝廷。當時，皇帝走馬燈似地輪換，司馬昱是正統皇族，又是輔政大臣，他如果有異志，佔據皇位並非難事，可他並沒有這個念頭。可見，司馬昱是沒有野心的。
公元372年1月，桓溫奏請褚太后同意，廢掉司馬奕，改立司馬昱爲帝。在褚太后批覆的當日，桓溫帶領百官，去會稽王府迎請司馬昱。司馬昱在朝堂更換服裝，戴平頂頭巾，穿單衣，面向東方流涕，叩拜接受皇帝的印璽授帶，登基爲帝。桓溫臨時住在中堂，分派兵力屯駐守衛。
桓溫扶立了簡文帝，覺得功勞巨大，很想自誇表功一番，可是，簡文帝每次見他，都流淚漣漣，弄得桓溫十分尷尬，一句話都說不出來。
司馬昱雖然當了皇帝，但大權仍然在桓溫手裡控制着。不過，司馬昱畢竟輔政多年，年齡大，閱歷和經驗都很豐富，能夠對桓溫起到一定的制約作用。
司馬昱的哥哥司馬晞，喜好習武練兵，遭到桓溫忌憚。桓溫誣陷司馬晞謀反，奏請處死，司馬昱不肯。桓溫再次上奏，語氣嚴厲，非要殺了司馬晞不可。
在朝堂上，司馬昱溫和地對桓溫說：“愛卿，如果您覺得晉朝能夠長久，就按朕說的去辦；如果您認爲晉朝大勢已去，朕就把皇位讓給您。您看怎麼樣？”簡文帝語氣平和，但說的話分量很重，綿裡藏針。桓溫聽了，汗流色變，不敢再逼。
簡文帝爲了抗衡桓溫勢力，提拔重用謝安、王坦之等人。謝安、王坦之十分賢能，後來挫敗桓溫篡權圖謀，挽救了東晉。
司馬昱是有名的書法家，他的作品《慶賜帖》，被收錄到《淳化閣帖》中。
簡文帝任命桓溫爲丞相，讓他留在京師輔政。可是，桓溫覺得還是軍權重要，堅辭不受，領兵駐紮在離京師不遠的姑孰（今安徽當塗縣境內），搖控朝廷。後來，簡文帝再次徵召桓溫入京，並增加食邑萬戶，桓溫始終不來。
簡文帝當了八個月皇帝以後，身患重病，急詔桓溫入朝，一天一夜連發四道詔令，桓溫都推辭不去。至於桓溫不入京師的原因，有多種說法。有學者說，桓溫是怕簡文帝對他下手。筆者認爲，這是有道理的，畢竟簡文帝不是等閒之輩，而且對桓溫早有戒心，桓溫只有領兵在外，纔是最安全的。
簡文帝見桓溫不肯來，也沒有辦法，於是立十一歲的兒子司馬矅爲太子。簡文帝有七個兒子，前五個全死了，只好讓第六子司馬矅接班。簡文帝臨終寫下遺詔，讓桓溫攝政，效仿周公，並寫道：“少子可輔者，輔之；如不可，君自取之。”
王坦之見了遺詔，很生氣，認爲這是給桓溫篡權一個最有利的藉口，於是將遺詔撕毀，勸簡文帝另寫了一份，刪去了那句話，並且將“攝政”改爲“輔政”。不久，簡文帝病逝，終年五十三歲。
桓溫原來以爲，簡文帝臨死會把皇位禪讓給他，至少也要讓他攝政，而今大失所望，怨憤不已，因此，他既不接受“輔政”，也不入朝。
在簡文帝死了四個月之後，桓溫帶兵入京了，一時間，流言四起，人心惶惶，都說桓溫此次入朝，是要剷除王氏和謝氏勢力，顛覆朝廷。謝安、王坦之率百官到城外迎接，拜於道側，許多人驚慌失措。面對險境，謝安沉着機智，處置得當，再加上桓溫入京後，很快就病倒了，桓溫只得返回姑孰，前後在京只有十四天時間。
桓溫在病重期間，仍然念念不忘加九錫之事，多次派人催促。謝安、王坦之知道桓溫快不行了，故意拖延，直到桓溫嚥氣，九錫之事還沒有辦妥。
桓溫死後，謝氏家族興起，東晉政權進入謝氏輔政時期。