整個故事的主線，也逐漸明朗，當母體誕生時，出現了一個能夠隨意讓母體隨着他的意志而改變的人（黑客）。
除了人類最後的城市錫安外，從母體誕生的少數人類，都是被他所釋放的。
他死後，先知曾預言他會歸來，並帶領人類走出矩陣，重獲自由。
接下來的劇情其實很簡單了，恢復、強化，並且熟悉如何在矩陣中，讓自己以此爲基礎變得更強。
如何利用矩陣中的規則，顯然與現實是不同的，特警可以隨意借用矩陣中任何一個人類的身體，將其變爲自己，甚至可以完美地利用矩陣中的規則，在矩陣中，他們幾乎可以媲美神明。
不死、化身萬千、改變規則、操控時間，各種讓人匪夷所思的能力，一切的一切，都能辦到。
人類進入矩陣，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人類之路，顯然極爲艱難。
而他們又需要進入其中，先拯救人的意識，才能拯救人的肉身，否則只能是一具沒有意識的軀殼。
看到這裡，基本上整個電影的世界觀也在所有觀衆腦海中有了個雛形：對於他們這些修士武者來說，這些人就是一羣科技樹點偏了，全程發展法器，卻不進化自身的羣體，這個世界中的人類製造出了極爲恐怖的人工智能法器，並且是一大羣，自己一手將自己送進了地獄。
單看製造出矩陣這種東西奴役這麼多人類就知道這些機器AI有多恐怖了。而現在，是這些“黑客”們的自我救贖之路。
這不是一部普通的，討論黑客的電影，而是末日中，一場人類的革命。
這樣的科技水準，顯然不是他們現有的研究手段能夠觸及的，但這並不妨礙他們瞭解這一體系。
對於大部分人來說，他們可以當一部普通的電影來看，畢竟不是所有人都研究法器。
而電影中的事情也跟他們無關，他們是電影外的人。
但他們看這部電影，卻確確實實地，是帶着一種與以往完全不同的震撼在看的。
眼前的世界，簡直是大開眼界！雖然說世界之大，無奇不有，但能到這種程度，已經完全超出所有人的想象能力了！
以至於大部分人全程都是瞪大眼，張大嘴，幾乎全程沒合攏過。
到了這個時候，他們相信的救世主已經找到了，或許……
他們相信，反擊的時刻到了。
很顯然，這一次的進攻是極爲失敗的，或許沒發生意外還好，但意外的是，他們之間出了一個叛徒。
一個厭倦了每日都在末日的恐慌中抗爭，想回到矩陣中去，當一個無知的普通人的傢伙。
畢竟，無知是福。
而尼歐也並不是救世主，至少，現在不是。
或許他有那份潛力，但現在遠遠沒達到那種地步，母體改變了設置，所有人都被困在矩陣之中。
矩陣中死亡，代表着現實中也同時死亡，這一戰的傷亡可謂極爲慘重，除了尼歐與女主兩人逃出來，甚至連他們的首領莫菲斯都留在了矩陣中拖住特警。
與原版有些不同，原版在意識沒出來的情況下，拔掉了大腦的插孔，人是立即死亡的。
但眼下系統版是意識在矩陣中慢慢消亡，而肉身則腦死亡。
看到叛徒拔掉其中幾人連接線，直接造成腦死亡的這一幕，墨仙等一衆膽小的妹子又驚悚起來。
連忙取了虛擬儀試試，發現還能出去，然後又連了進來。
然後再取，再連，反覆了幾次以後，只見方老闆身邊，幾個妹子一會消失，一會出現，然後瞅了衆人幾眼，繼續一會消失，一會又出現……
所有人目瞪口呆地看着這種操作：“……”
方老闆滿頭黑線：“瑪德傻不傻？”
“……”
“也就是說，我現在感覺到如此真實，也是運用了這樣的虛擬現實？！”李浩然一邊看着電影，一邊感受着自身。
“不可能！”兮池真人道，“明明我已經能夠元神出竅，肉身的表像根本迷惑不了我！”
即便困在幻象中，也能在真實與虛假中，看出一絲端倪。
就像當初宗武被困在遺蹟中的幻境裡，至少也知道自己身處幻境。
“你看人家尼歐還是救世主，不也照樣分辨不出？恐怕也不僅僅只是肉身的反應吧。”
不過尼歐覺醒後，被困在矩陣中即便從未懷疑過自己所在的世界是假的，也會有種明明清醒，卻似做夢的微妙感覺。
在系統的遊戲裡，每一個人，即便是孤停雲這樣閱歷比在場許多人要豐富無數倍，修爲更是極高的超級高手，當初看飛蓬景天大戰，都下意識地認爲那是真的。
並且也看不出那是假的。
更高端的是，還可以同時與外界對話，一些高手玩遊戲的同時，還能留一縷分神留心現實中的身體情況與周圍情況，就好像是讓一縷元神，進入另一個秘境世界去探險，而自身留在外頭一樣。
“虛擬現實，應該說的就是這種東西。”藍墨猜測道，“但店裡的應該跟這個肯定是不同的，否則真像電影裡一樣……”
“我們已經死了無數次了。”
虛擬世界中死亡則代表意識完全死亡，如果是那樣的話，現在在場的這些人，每個恐怕都死了幾十上百次了，畢竟每個人在遊戲中可都死了無數次！
“……”周圍瞬間一片寂靜。
這特碼是真大能！
“看電影……繼續看電影！”連忙轉移話題。
這一刻，所有人都見識到了特警的恐怖，不但可以由任何本世界的普通人類轉化而成，並且實力強得離譜。
攻擊無效，即便是莫菲斯身爲黑客，可以在一定程度上，在這個數據化的世界中強化自身的各項身體機能，已經完全超出了常人的範疇，對於眼前這個名爲史密斯的特警，也如同撓癢癢一般。
“怎麼這麼強？！”宋青峰驚呼道，“站着讓人打都沒事？！”
連皮都沒破。
如果說之前看到了觸及真相的恐怖，那麼現在在接受了這一切後，看整個電影都有一種驚喜與爽快。
電影中這些黑客的戰鬥方式，是完全超出所有圍觀吃瓜羣衆的想象的。