既然任思齊反對擁立義陽王監國，田仰等人再上串下跳也終歸無用。在崇明島上，數萬軍隊二十萬百姓都只認任思齊，田仰等人隨行只有數千軍隊，而且一應補給都要仰仗崇明島。
無奈之下，田仰和張朋翼等人乘船離開了崇明，往浙江方向而去。
但是也有一部分人留了下來，其中就包括下江道荊本徹和監軍道王臣縉。徵求二人意見之後，任思齊任命荊本徹爲崇明同知，王臣縉爲崇明通判，協助沈廷揚管理崇明民政。
與此同時，任思齊在崇明新城設立都督府，由原來的肅虜侯幕府改建而成。
都督府下設立參謀、後勤、裝備、鎮撫，敵情，統戰，職方七司。
參謀司主掌作戰、訓練、籌劃等軍務。後勤司主掌營房、輜重運送、物質採買、糧餉財物等。裝備司主掌全軍武器製作，購買，保管，分配等等。而鎮撫司則主掌全軍軍紀，負責對違紀官兵懲罰，負責戰場上戰功登記覈實。敵情司負責派遣細作收集情報探查各地敵情。
參謀司司長還是李彥直，後勤司司長曹長江，敵情司司長安東尼，鎮撫司司長宋立本，裝備司長則由剛加入岱山軍的陳於階擔任，原司長門羅調任新兵營擔任炮兵教官。任命一個異族擔任高官已經引起了很多人不滿，任思齊不得不把門羅拿了下來，不過門羅的待遇品級一切未變。
統戰司乃是新立，由新加入的閻爾梅擔任司長，劃撥李栓子數百名宣傳隊員入統戰司。統戰司的職責就是宣傳滿清暴行，宣傳民族大義，聯絡各地開明紳士百姓，廣交朋友，組建抗清統一戰線。
江浙各地，雖然上層官府鄉紳都選擇了投降滿清，可是低下對滿清不滿心向大明的人還有很多。雖然明面上滿清佔據了整個江南，可是私底下暗潮洶涌，只待時機成熟，就會爆出抗清浪潮。任思齊知道，這個時機爲時不遠，但等剃令一出，江南各地就會風起涌雲，那時就是統戰司用武之時。
職方司也是新立，司長由任思齊兼任，主管軍隊人事，軍官任免升降，對軍隊各級軍官建立檔案進行管理。
每一個司下面又設立數堂，堂設主事，堂下設科，構成了龐大細緻的系統。
整個都督府所屬官員文吏人數多達數百，人數雖多卻絕無冗餘。
都督府設立之後，立刻爆出強大的能量，各級官員各司其責，崇明島軍政一切步入正規。
全心投入崇明島建設展的同時，任思齊也沒忘了岱山。他任命任峻爲岱山知縣，掌管岱山民政，任命陳忠爲縣丞，主管商業貿易。
時間已經到了六月，又是到了去日本海貿之時。司馬南和陳忠奉命來到了崇明島，拜見任思齊。現在岱山軍的勢力越來越大，任思齊官職越來越高，司馬南不敢再像往常那樣稱呼任思齊爲秀才，站在任思齊面前畢恭畢敬。
“今年的海貿的貨物準備的怎麼樣？”任思齊翻看着手中的帳冊問道。
“回都督，今年6上局勢太過混亂，咱們收購的貨物沒有以前多，到現在爲止，咱們收購的生絲僅有一千五百擔，另外綢緞一萬匹，茶葉五百擔，其他貨物若干，能裝滿三條海船。”陳忠恭敬的道。
今年的貨物肯定比不上去年多，因爲去年搶劫了江浙士紳們三十艘海船啊，對這個任思齊是有心理預期的。
“上面局勢雖亂，應該對下層百姓沒什麼影響吧，他們該養蠶養蠶，該紡織綢緞紡織。他們生產出來的生絲綢緞棉布肯定要賣掉吧。難道那些士紳沒忘了去年的教訓，今年還想越過咱們不成？”任思齊皺眉道。
“他們哪裡敢啊！”陳忠一啞，“今年有好些士紳托夫人的父親張敬賢向咱們傳話，說願意以兩千兩銀子每條船的價格向咱們買路。不過他們提出了一個要求，就是讓咱們保證他們船隻不受鄭家的騷擾。”
鄭家啊！任思齊一下子沉思了起來，他明白那些士紳的意思，他們每條船出海需要花三千兩銀子向鄭家買航標，若是再給岱山兩千兩的話，這樣每艘船還未出海成本就增加五千，這是他們不能容忍的。前些日子，鄭鴻魁的船隊就停在杭州灣，這讓好些士紳們的膽子大了起來。其中一些人甚至去聯繫鄭鴻魁，給岱山方面施壓。鄭鴻魁當時滿腦子都用在擁立唐王監國，加上知道任思齊在揚州抗清之舉，並沒有理會這些士紳。
東海雖大，卻容不下兩個同樣強大的勢力，任思齊預感自己將來肯定會和鄭家生衝突，可是卻不是現在，現在岱山水軍的實力還無法和鄭家相比。不過鄭家的好日子也不多了，鄭芝龍好像很快就會降清，然後鄭家的老巢安平會被清軍攻佔。等到鄭芝龍降清之時，就是自己獨霸日本航線的時候。
“告訴那些士紳，若想去日本貿易，就必須繳納兩千兩銀子，否則去年的事情還會生。”任思齊冷冷道，現在天下形式大變，大明都亡了，這些士紳們還看不清形勢。總有一天我會對你們一一清算！
“司馬兄去呂宋還順利嗎？”三言兩語談妥採購貨物的事情，任思齊轉身笑着對司馬南道。
“順利倒是挺順利的，不過西班牙人都咱們的態度變化很快。”司馬南道。
“這是爲何？”任思齊有些驚訝。
“這兩年來，涌入呂宋的漢人越來越多，福建廣東的海船突破大員荷蘭人的攔截，也紛紛趕到呂宋貿易，導致現在呂宋的行情連年下降。今年生絲的利潤比去年降了五成。”
海貿是岱山方面的根本，若是海貿沒有足夠的利潤的話，如何養活這麼一支龐大的軍隊？
根據司馬南的訴說，這兩年涌入呂宋的漢人已經達到了三四萬，這麼多漢人給呂宋帶來繁榮的同時，也引起了西班牙人的不安，經過當年林風試圖佔領呂宋的事件之後，西班牙人對大明非常的警惕，也許再次的清洗屠殺爲時不遠。