派出都統杜爾德帶兵追擊逃跑的隆武帝之後，阿濟格親自帶領大軍往福州行進，要佔領福州，威逼鄭芝龍的鄭家十幾萬大軍投降。
對阿濟格來說，隆武帝雖然貴爲皇帝之尊，其重要性根本比不上鄭芝龍。鄭芝龍坐擁一省之地十數萬大軍，又佔據着日本南洋航道，每年海貿所得高達數百萬兩白銀，是真正的富可敵國。而隆武帝空有皇帝的名頭，所掌控的軍隊不過數百人，只不過是鄭家的傀儡而已。只要逼迫鄭芝龍投降，便可把福建全省掌握在手中，再收降了十數萬軍隊，以鄭家財富爲根基，即可從南面把南京包圍，攻略江浙之地！
當阿濟格帶領一萬八旗四萬綠營趕到福州城下時，福州城不出意料的開城投降了，隆武朝廷工部尚書鄭瑄帶領滿城文武跪地投降，而鄭芝龍帶着所屬軍隊南下，退回他的老巢安平去了。
阿濟格下令在福州整頓降兵，出榜安撫百姓，一邊派人往鄭芝龍的老巢安平，勒令鄭芝龍立刻投降。就在此時，杜爾德建寧府大敗身亡的消息傳到了福州。
“一千八旗精兵死傷了七成之多，這支明軍絕非一般的明軍，肯定是任思齊的崇明軍。”貝勒博洛向阿濟格請令道：“我願帶本部軍隊趕往建寧，擊敗崇明軍生擒任思齊！”
去年之時，博洛跟隨豫親王多鐸先後數次與崇明軍交戰，卻沒有佔多少便宜，讓他一直引爲恥辱，這次南下早就立志要會一會崇明軍，一雪前恥。
“不！”誰知道阿濟格卻斷然拒絕了他，“我要親自帶兵去擊敗任思齊，你立刻帶兵南下，逼迫鄭芝龍立刻投降！”在滿清諸王之中，阿濟格是個真正的好戰分子，也屢立戰功身受多爾袞的器重。在去年南征中，阿濟格先是擊敗了李自成的大軍，又逼迫了左良玉幾十萬軍隊投降，當多鐸被阻揚州城下時，他更是逆江而上擊潰黃得功，打下了南京，被清廷論功第一。
正因爲戰功赫赫所向無敵，再加上沒怎麼碰過崇明軍，使得阿濟格對多鐸博洛等人屢次在崇明軍手中吃癟很是不屑。即使前不久阿濟格親自順江東征受阻在蕪湖，也只是認爲崇明軍船堅炮利而已，若論戰力根本無法和八旗精兵相提並論。當聽到杜爾德兵敗建寧，崇明軍出兵福建的消息之後，阿濟格不由得興奮了起來。他當即決定親率大軍迎戰崇明軍，好彰顯八旗兵的無敵戰力。
就在阿濟格正要起兵之時，鄭芝龍的降書送到了福州，拆開看過之後，阿濟格哈哈大笑了起來。
“臣聞皇上入主中原，揮戈南下，夙懷歸順之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地駐兵，又曉諭各府、州積貯草秣，以迎大軍......”在鄭芝龍的書信中，充滿了謙詞卑語，可行文中又暗示其強大的實力，以作爲和滿清討價還價的本錢。
“鄭芝龍鼠輩爾，只要威逼利誘，不怕其不投降。”博洛不屑道。，這些年中，他見慣了貪生怯懦的明朝將領，鄭芝龍不過是其中的一個。
“我給你三千八旗一萬綠營，福州就交給你了，記住，要儘快解決鄭芝龍，好吧福建掌握在咱們手中。”阿濟格囑咐了一番之後，親自帶領大兵往延平而去。
博洛得令之後，立刻派人往安平送信，邀請鄭芝龍往福州一晤，商議其投降事宜。於此同時命令屬下固山額真富拉克塔等統兵往南安進兵，好給鄭芝龍施加壓力。
鄭芝龍得知清兵逼向南安之後，心裡大慌，派人往福州面見博洛，曰“我懼以立王爲罪耳。既招我，何相逼也！”
博洛看信之後，假意斥責了富拉克塔，命其後撤三十里，同時派內院學士額色黑等二人持書信到安平面見芝龍，信中說：“吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可爲必竭其力；力盡不勝天，則投明而事，乘時建功，此豪傑事也。若將軍不輔主，吾何用將軍哉！且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。吾欲見將軍者，商地方故也。”
鄭芝龍看信之後，決定親自前往福州，面見博洛。
其子鄭森勸道：“吾父總握重權，未可輕爲轉念。以兒細度，閩粵之地，不比北方得任意馳驅。若憑高恃險，設伏以御，雖有百萬，恐一旦亦難飛過。收拾人心，以固其本；大開海道，興販各港，以足其餉。然後選將練兵，號召天下，進取不難矣。”
鄭芝龍道：“稚子妄談，不知天時時勢。夫以天塹之隔，四鎮雄兵且不能拒敵，何況偏安一隅。倘畫虎不成，豈不類狗乎？”
鄭森道：“吾父所見者大概，未曾細料機宜，天時地利，有不同耳。清朝兵馬雖盛，亦不能長驅而進。我朝委系無人，文臣弄權，一旦冰裂瓦解，釀成煤山之慘。故得其天時，排闥直入，剪除兇醜，以承大統。迨至南都，非長江失恃，細察其故，君實非戡亂之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄飲恨，天塹難憑也。
崇明王以一島之力逆江而上，一擊而下南京，由此可見滿清之戰力，所謂八旗也不過爾耳。
吾父何妨效仿崇明王，若藉其崎嶇，扼其險要，則地利尚存，人心可收也。以福建爲根基，聯合崇明軍舉兵北伐，驅逐滿清，恢復大明，亦可期也。”
鄭芝龍道：“任思齊不過是趁着清兵主力西上，才僥倖得手，等清兵回過神來，數路兵發，覆亡可期。識時務爲俊傑。今招我重我，就之必禮我。苟與爭鋒，一旦失利，搖尾乞憐，那時追悔莫及。豎子渺視，慎毋多談。”
鄭森見父不從，牽其衣跪哭曰：“夫虎不可離山，魚不可脫淵；離山則失其威，脫淵則登時困殺。吾父當三思而行。”
鄭芝龍見鄭森語繁，厭聽，拂袖而起。
十一月十五日，鄭芝龍不顧兒子鄭森和鄭鴻魁等人的勸告，帶着五百士兵到達福州面見博洛，一進城就被博洛軟禁了起來。博洛逼迫芝龍當面寫了幾封信，藉以招撫鄭氏子弟和部將，並且對芝龍說：“此與爾無與，亦非吾所慮也。
武毅伯施福、澄濟伯鄭芝豹和部下總兵十員，兵將十一萬三千名，得到鄭芝龍的命令之後，下令全軍投降，博洛不費一刀一槍招降了鄭部十數萬大軍。
十一月三十日，博洛背信棄義，命令屬下清兵攻入了安平，大肆搶劫婬掠，鄭森的母親翁氏也被姦污，憤而自縊。鄭芝龍靠着海貿強烈積攢的數千萬兩白銀的身家統統落到了滿清的手中。