科學上某些方面的發現，可以證明佛說是真實的。如銀河系星球的無量無邊，宇宙的成住壞空，恆河沙數的微生物的存在，生物體的發光，自然現象和社會現象的因果律的存在等等。但科學並不能完全、徹底地解釋佛學和禪學，更不能代替佛學和禪學。
禪與科學的基本不同點是：
首先，禪的修持是向內的，目的是明心見性；而科學研究是向外的，目的是研究物質現象。
其次，禪的修持是無限的，是超越空間、時間的；而科學研究是有限的，侷限於四維空間。
第三，禪的修持是整體的，一爲無量，無量爲一，即法界觀；而科學研究則是非整體地看問題，是有分別的。
第四，禪的修持是有形與無形的統一，而科學研究則只侷限於眼前可見的，侷限於有形世界。
第五，禪的修持是直覺的，而不是可形諸語言文字的概念，因爲概念是有分別的，有限量的，狹隘的；而科學研究則離不開概念，否則思維分析無法進行。開悟與分別思維之概念活動更是大相徑庭。概念的本質、作用與佛教的“三法印”完全相反。“諸行無常”，而概念則具常一之要求，否則科學研究無法進行。“諸法無我”，而概念則把事物固定起來，方可成爲概念之本質，作爲建立各種科學法則與科學關係之依據。“涅槃寂靜”更是超越語言和概念的。概念活動要求對任何事物都應以語言來表達清楚，但概念只是思維之手段，僅爲思想之外殼。而非事物之實質，爲科學研究所必需；而於絕對、超越，一般經驗所不及之處，概念思維活動就不得不止步了。涅槃乃絕對。概念必陷相對，以相對之概念，不可能表述絕對之涅槃。禪宗的“以心印心”，亦非語言概念所能表述，唯親證其境者湛然自知。
禪是從全面、整體的角度觀察宇宙事物，達到物我一如的境界。證無我空性，即諸法實相，此乃大智。禪無自他、心境差別，諸法平等，大悲大願，與衆生和諧相處，此乃大悲。科學發明促進物質文明的進步，利用厚生，提高人類的物質生活水平，誠爲社會發展之基礎。但物質文明倘無精神文明統率。則物質文明反爲禍源。
科學研究若不以理性道德控制，則人類縱我制物，慾壑難填，物質利益的爭奪必無止境。崇尚武力、窮兵黷武者肆無忌憚地在空中、海上、地下試製核武器、中子彈等殺人利器，破壞大自然，威脅人類的生存。最終必然毀滅人類。某些不法之徒爲了一己之私利，利用現代科學成果，人爲地製造污染，毀滅生靈。他們爲了攫取不義之財，竟喪心病狂地以危害人類的健康爲代價，真是罪大惡極！
因此，禪學功夫應作爲科學工作者的清涼劑。禪學工夫絕不能貶低，更不能妄使科學駕馭其上。前述之學者把禪宗說得毫無價值，這是沒有深入研究教理，沒有對禪宗作全面深入的探討而產生的誤解。禪宗是佛教的心髓。它在中國哲學史、思想史、文化史上所產生的重大影響，並不是任何人可以隨意否認的。
在世界歷史上，不論是亞洲的中國、印度，還是歐洲的希臘、羅馬，都有神話傳說。但不能以神話否定正史的存在。中國古有《山海經》、《淮南子》、《封神演義》、《西遊記》、《聊齋志異》等神話傳說，但不能以此就否定《二十四史》的真實性。
神話是偉大人格的象徵。如《西遊記》的種種描述，實際上就是玄奘法師西行求法，孤征十七載，獨行五萬裡，以大無畏的精神，爲法忘身，冒九死一生的艱險，爲追求真理而百折不撓的偉大人格的象徵。《西遊記》一書，並未影響《大唐西域記》、《大唐大慈恩寺三藏法師傳》、《續高僧傳?玄奘傳》、《舊唐書?玄奘傳》中玄奘法師生平事蹟的真實性。
史志包括人物傳記，即使在正史中，也有許多歷史名人涉及靈異的記載，以及因果事實，這是客觀存在的。我國西漢傑出的歷史學家司馬遷，他撰寫《史記》的宗旨就是“欲以究天人之際，通古今之變”，“秉筆直書，彰往察來”。此後的許多著名歷史學家都繼承了這一優良傳統，難道他們撰寫的史籍都不可靠嗎？
愛因斯坦在《關於科學的真理》一文中指出：“科學研究能破除迷信，因爲它鼓勵人們根據因果關係來思考和觀察事物。在一切比較高級的科學工作的背後，必定有一種關於世界的合理性或者可理解性的信念。”佛教的基本教義就是闡明因果關係的因緣生法。佛教認爲宇宙不過是一個因果聯鎖網，法與法彼此相望，互爲因果，空間上無邊無際，時間上無始無終。
就造因感果來說，有順現受、順生受、順後受三種不同。順現受是可以目前眼見的，順生受和順後受雖然不能現見，但由因知果，是可以比知的。這就是愛因斯坦所說的這個世界上存在着嚴格而合理的因果規律。這個因果關係的大網，是可見或可知的，並無神秘可言。
任繼愈先生在其所著《中國哲學史》中說：“宇宙是無限廣大的，人要認識客觀世界，不能侷限於耳目等感覺經驗上，還必須運用理性思維的功夫進行判斷和推理。”指出真理的認識，一憑經驗，即感性認識；二憑推理和判斷，即理性認識；偏執於任何一端都不可能全面認識真理。在佛教邏輯因明學中，感性認識屬於現量，理性認識屬於比量，正確的因明論斷即根據此二量建立。
根據佛教經籍，在佛、菩薩的造像上，常常能見到一輪圓形的美麗光環，這是佛、菩薩的莊嚴相好之一，就是“光相”。它是佛、菩薩的智慧之光，可以遍照一切而無礙。這種光相，是否神秘呢？
《華嚴經》雲：“應觀法界性，一切唯心造。”又云：“心如工畫師，能畫諸世間，五蘊悉從生，無法而不造。”《心地觀經》雲：“心染則國土染，心淨則國土淨。”指出了發光的原動力就是心靈。衆生由於無明煩惱矇蔽了心靈，致人我橫生，心境分離，界限森嚴，因而目光短淺，境界狹窄，往往一葉障目，不見泰山。佛、菩薩通過勤修戒定慧三學，由戒生定，由定發慧，內心如明鏡，鑑照一切，通達無礙，自然發出清淨的光輝——智慧之光，照徹大千。
現代科學實驗也證明，生物體是可以發光的，並不神秘。四十多年前，蘇聯科學院院士華西列耶夫通過科學試驗證明，人體一秒鐘內能發射2500周的電波，他名之曰“生物電流”。發射電波者能使所憶念的遠在千里之外的親人，產生耳熱、面紅、心悸等反應。又如1911年英國醫生華爾德?基爾納通過用雙花青素染料塗過的玻璃，觀察到人體表面有一厚達十五毫米的彩色光層。現在科學研究已經證實，這種人體表面的彩色光層一般分爲三類：一是熒光，系由於生物體內熒光酶的化學作用所產生。二是生物體內正離子與負離子發生電化學反應引起發光。三是生物體內的細胞膜中的不飽和脂肪酸被氧化，能量以光的形式表現出來。這種彩色光層會隨着人體的思維活動、健康狀況諸因素而變化。
印度瑜伽行者用實踐證明，由意念可以產生意念身，即在意念世界中顯現出一個組織精密、色調生動的身影。如一個人有強烈的愛心，則他的身影便會呈現出嬌豔欲流的玫瑰色。如一個人有急欲救助病人的慈善心理，則其身會放射出潔白如玉的光氣環。再如一個人急欲安慰某個精神沮喪的親友，則他會以金光閃耀的天使姿態出現在親友面前。除了電波和光環之外，一個懷念親友的人會主動地投射出一股意識流，藉以增強親友與逆境搏鬥的能力。
大乘佛教經典告訴我們：“菩提心爲因，大悲爲根本，方便爲究竟。”大乘菩薩行者，由於心胸廣大，有殊勝的智慧，施樂拔苦的慈悲，就能放射出燦爛的光環，克服艱難險阻，戰勝邪魔，發揚正義。這三句話是學佛者的心珠，依此靈明的心珠，就能放射出五色的光環。太虛大師說：“此三句攝顯密性相，一切佛法盡。一切佛法，皆依此三句而建立。救世利人之精神，亦依此三句而發揮盡致。”
綜上所述，可見主觀能動力（心）是改變和推動物質的主要力量。但一般科學工作者（包括社會科學工作者）卻只強調物質和自然界的力量，而忽視甚至否定了心（意識）的力量，偏執一端，這是片面的、錯誤的。
佛教的法相唯識學，不否定一切現象，分析精深完備，主張發揮心的主觀能動力，即是“識變”。可以說，法相唯識學是研究如何發揮心力，以認識和改造自我及客觀世界的學問。
心靈可以發射光輝，正如佛經所說：“心光照大千”，這是真實不虛的。在一定程度上，此心光能轉變爲神通。佛教修持方法的次第，即由戒生定，由定生慧，由慧引發神通（神通指神奇的超常能力，一般所說的“六神通”爲：神足通，天眼通，天耳通，他心通，宿命通，漏盡通）。