在日向宗家的邀請，小影接受了他的邀請是殊不知宗家邀請自己的客人前先要進行一場對決，最終小影利用日向一族的忍術讓日向宗家震撼到他自己，在宴會小影一直在思考日向家族的事情，之後宴會結束，在火影辦公室中從自己的舅舅口中得知日向一族是羽村的後裔．．．．
另一方面，彌彥一行人悄悄來到木葉村村外找小影，讓小影秘密加入到組織當中，在雙方的商量下，小影同意加入到組織當中並秘密作爲組織成爲的隱藏人員．在那之後，小影去木葉訓練場找奧斯曼一行人，來到衆人面前時，就見到了宇智波族中的天才少年－－止水，隨後，二人展開一場對戰看看雙方的實力究竟如何，最終小影利用飛雷神結合忍具贏了這場對戰．．．．．
所有的事情在小影和水門的計劃中一直進行着，大蛇丸在小影那裡見到了自己的未來之後，偷偷的逃離木葉村去尋找自己想要的東西；帶土利用宇智波斑的身份一直和黑影觀察着各個村子中所有的事情．．．．
時間來到阿斯瑪一行人都成功的在木葉學校中畢業，成爲上忍，在這期間各自學習了很多，都和小影完成了許多的任務；而止水在富嶽族長推舉下進入到了暗部中一直留在小影的身邊；卡卡西一直幫助水門的工作並在暗部中結識了一位後輩－－大和，二人發生了一些事情最終在卡卡西的勸說下，大和一直在小影的身邊；另一方面，彌彥一行人在雨之國和其他村子中幫助村民不少的事情，在這期間招攬許多的忍者進入到他們之中，最終以組織的名義傳遍各個角落．．．．
夕日紅：我說小影 這都幾年了，你的樣子和身高爲什麼一直和以前一樣沒有變啊
小影：當年，我跟你們說過 都是我在水晶中產生的後遺症 猿飛叔叔也是頭疼一直想盡辦法也沒有治療好
阿斯瑪：不過話說回來 自從止水成爲暗部一直在小影的身邊，小影也比以前精神多了
小影：阿斯瑪哥哥，不可別笑話我了 對了止水哥哥，鼬呢
止水：哦！鼬一直在照顧他剛剛出生的弟弟
小影：我忘了 美琴嬸嬸又生下寶寶了 名字想好了嗎
止水：聽說富嶽族長起名他的第二個孩子叫做佐助．．．．
小影：佐助！？ 那不是猿飛叔叔的．．．．．
阿斯瑪：我也問過父親了 父親說不建議的
小影：是不是富嶽叔叔希望這個孩子像猿飛大伯一樣將來成爲一名強悍而又偉大的忍者啊
止水：應該是 不過最主要的是你．．．．．
小影：我！？ 爲什麼啊
阿斯瑪：父親說了 宇智波一族有今天的景象全是因爲你改變了當年對宇智波族所做的一切．．．
小影：這樣啊 對了，你們先聊着我去一趟村外，我馬上回來．．．．
凱：哎．．．！！ 你們說小影也真是的，彌彥他們的事情我們都已經知道了 她幹嘛要還有自己一個去跟彌彥他們見面啊
阿斯瑪：自從那天的事情後，小影已經不想被別人知道任何事情了
凱：也是，那件事後 現在全村上下有誰不知道小影是特級火影的事情了
卡卡西：喂！凱 當年的事情還不是因爲情況特殊，小影纔會對村民們親口承認自己的特級火影事情的 再說了，從那件事情後 村民們也明明小影的用意和苦衷不是嗎
當年小影的特級火影身份，意外的讓帶土和黑影所造成的．當時，小影和自己的舅舅在火影辦公室商量將來的一些計劃，沒想到全村上下都收到一張奇怪的信紙，可村民們毫不猶豫的打開紙，在那之後，村民們感染了具有非常特殊的病毒再加上病毒裡面含有細微的黑暗能量慢慢進入到村民們的體內，發病之後，大肆想要獲取別人身上的查克拉，爲了保護這些村民們，小影顧不了特級火影的身份安排所有的事情．最終在小影以自己的鮮血結合冰玉蓮花淨化村民們體內中的所有病毒和黑暗能量．處理完這件事後，那個黑影偷偷藉助村民們的身體將小影是特級火影身份告訴了所有的村民們．．．．
在那之後，村民們去找三代火影和水門以及富嶽族長討個說法，村民們怨恨當年火影大人欺騙大家，可是後來，當村民們見到滿身血淋淋的小影和自己手中的那多蓮花時，村民們都驚呆了．後來三代火影告訴所有的村民們事情的真相．包括小影現在對村民們所做的事情全都對村民們說明了，最終村民們低下頭沉默了許久；之後，在能量水晶的作用下讓小影恢復了過來，慢慢走到村民們面前深情對所有人深深的鞠下躬，村民們默默的看着對方的神情一句話也沒有說，最後村民們都紛紛離開了火影辦公室．隔天，村民們都來到水門家中告訴小影和水門以及玖辛奈他們，各自都沉思了一夜，在一夜之中村民們想了想小影以前對他們自己的樣子以及心情，村民們最終知道小影這樣的目的是想彌補當年的恩情來守護木葉村所有人，最後，村民們很願意讓小影繼續擔任特級火影的身份．後來村民們像往常一樣過着平凡的生活．．．．
從那天之後，村民們每次見到小影時都會很樂意的上前來打招呼；也在那個時候，小影悄悄的在暗中與帶土和黑影見面，帶土也在那個時候得知宇智波斑和小影自己的之間的事情；最終，帶土秘密讓小影在木葉村中作爲自己的眼線獲取情報，小影也會提供重要的事情來秘密幫助帶土．．．．．．
從那時起，帶土和黑影一切關注着彌彥一行人的行動和收集其他村子中的情報．．．．．
回到現在，小影獨自一人去跟彌彥一行人見面．．．．
小影：小南姐姐 長門哥哥 怎麼只有你們兩個啊 彌彥哥哥呢．．．．
小南：自從組織慢慢起來時，我們都忙的不可開交 我們趁着這個機會，商量接下來的事情．．．．．
長門：小影 接下來的事情就是有關彌彥了 之後就是水門舅舅了
小影：這個我們知道 你們也在其中．．．．．
小南：希望你和舅舅之間的計劃能成功 我們也可以回到天空之城了
小影：這個我知道 我先回去了，舅舅一直喊我回去
長門：記住，你們一定要小心行事
小影：．．．．我們會的
跟小影告別之後，長門和小南也從另一方向離開，這是三人在心裡帶着悲傷和痛苦的離別；此時的小影來到火影辦公室中
小影：舅舅 舅媽
水門：好了 我們都知道了 接下來就是看看帶土他和那個黑影能不能完成了
小影：嗯．．．！！ 大蛇丸那邊呢．．．．
水門：他已經創造好一個小國了 全是擁有咒印的忍者，，一直秘密訓練他們呢 至於綱手和自來也兩位前輩．．．．．
小影：自從猿飛叔叔宣佈大蛇丸的事情後，自來也變得越來越奇怪了 綱手也是，雖然在醫療部中有自己的弟子 但慢慢開始很愛在外賭錢了，真不知道他們兩個接下里該怎麼辦了
玖辛奈：沒辦法 誰勸都不管用．猿飛大人說了，讓他們這樣也好不做出其他的事情也是極好的
水門：小影 組織慢慢由帶土控制之後，阿修羅和柱間大人的查克拉轉世之魂就交給玖辛奈了 還有九尾．．．．
小影：九尾，我會親自交給帶土哥哥手上的 在那之後，舅舅你們．．．．．
水門：一切都交給你、猿飛大人和卡卡西你們了 知道嗎
小影：知道了
玖辛奈：到時候我們一直會在天空之城看着你們的
小影流下了痛苦而又不捨得眼淚，抱向水門和玖辛奈；嗚嗚．．．．！！ 舅舅．．．．．．舅媽．．．．．
水門：好了好了 這也是唯一得辦法，只有這樣你才能夠完成在忍界任務 也只有這樣黑暗能量進入不到我們身上
玖辛奈：好了，小影 以後就要靠你，長門和小南來繼續完成接下來的計劃了 知道嗎
小影：．．．．知道．．．．
與此同時，團藏正與雨之國的半藏秘密商議關於彌彥一行人的事情．．．．．
團藏：時間過去這麼久了 擁有輪迴眼的那個人你還是想放過他嗎
半藏：他們對雨之國所做的事情大家人盡皆知 自從你與他碰見之後，你一心想讓他死 幾次下來都是小影的分身一直暗中保護着 難道你不怕小影跟你鬧翻嗎 現在人人都知道她的身份是木葉村的特級火影 各個村子中的影級大人，聽說了此事之後都跟小影達成共識，只要木葉村有難他們都會及時趕來，並且還讓他們村子到木葉村中進行學習忍術
團藏：我知道，你之所以下不了手，是因爲小影對你們有恩 你只是不讓和他產生隔閡
半藏：嗯！ 團藏，這些年你所做的事情 小影基本都知道 我勸你不要冒這個險去做這種事情
團藏：那我．．．．只好，這樣做了 幻術，寫輪眼！！
半藏：什麼．．．．！！
團藏利用自己搶奪的寫輪眼控制了半藏，並吩咐自己的手下以偷取機密爲由來追擊彌彥一行人．．．．．．
彌彥：小影果然猜的沒錯，這個團藏隨便找個藉口來陷害我們．．．．
小南：那我們現在應該怎麼辦
彌彥：現在到處都是團藏的人 看看我們能不能逃到火之國中的邊境或許還有其他的辦法
小南和長門知道，這裡跟小影對他們二人說過，彌彥就在那個地方死去．．．．．
長門：只好這樣了 各位，我們走．．．．．！！
烏雲密佈，天空開始下去濛濛細雨，團藏和被控制的半藏帶着自己的手下一路追擊彌彥一行人；而小影也感應到即將面臨痛苦．．．．．．．．
團藏：你們都逃不了 四周都是我旗下的忍者
彌彥：團藏，你還要執迷不悟到什麼時候 幾次陷害我們不夠，你就是想搶奪長門身上的輪迴眼 對吧．．．．
團藏：是有怎麼樣 難道就憑你們能守護的了他嗎
彌彥：不試試怎麼就不知道
團藏：可惡．．．． 都給我上，把長門給我帶回來
一聲令下，團藏的手下與彌彥一行人開始在雨中對打．爲了守護長門，他們一步也不想離開長門的身邊．這時，被控制的半藏利用自己的通靈獸向彌彥一行人噴射毒氣，好在小影事先交給他們了月靈手環來保護自己．．．．．
團藏見到小南拿出手環，在心裡非常的震驚道：什麼．．．．．．那個是．．．．．．小影手上的手環，這到底是爲什麼，爲什麼小影一直要守護這些人
團藏：不管這多了．．．．．風遁，影分身真空手裡劍！
小南：引爆式紙手裡劍！ 團藏，你休想偷襲我們
團藏：什麼．．．．！！ 哼！！．．．．
小南：糟了．．．．．
團藏：你們都給我住手．．．
彌彥、長門：小南．．．．．！！
彌彥：你快放了小南．．．．
團藏：休想 想讓我放了她，就必須用長門那雙眼睛作爲交換．．．．
彌彥，長門：什麼．．．．．！！
小南：長門，不能答應他 即使交給他，他也會殺了你們的
團藏：哈哈哈，說的沒錯 那麼現在，你們該怎麼辦了
就在這時，被控制的半藏手裡拿出一把帶有引爆紙的苦無刃正要扔向長門時，小南大喊道：長門，小心．．．
彌彥：長．．．．門！！
彌彥的呼喊守護住了長門的安全，但彌彥卻被半藏扔過來的引爆苦無刃造成中的傷害，命懸一線．．．．．
小南：啊．．．．！！ 彌彥．．．．！！
見到彌彥爲了擋在自己的面前的長門，體內的能量產生變化：可惡，饒不了你們 通靈之術，外道魔像！！ 啊．．．．！！
長門召喚出來的通靈獸意外讓在暗中的帶土和絕見到了．．．．．
帶土：那個是．．．．．
絕：那就是斑的輪迴眼 怎麼樣．．．
帶土：之前與他們商量的事情 我會再去跟他們說明一切 現在他們和我一樣開始對這個世界很厭惡了
隨後，帶土和黑絕離開了現場去做下一個準備；回過神來，長門利用外道魔像將團藏和一些雨之國的忍者完全吸收了他們所有人的查克拉．．．．．．
團藏手下的忍者：首領 他好像發瘋了．．．．
團藏：先不管這麼多了 趁這個機會，我們走．．．
團藏帶着大部分自己的忍者離開現場，小影隨之慢慢的趕到了現場．．．．．
小影：．．．．小南姐姐．．．．
小南：．．小影．．．接下來，拜託了
小影：我知道了 冰玉蓮花．．．．！嘿咦．．．．！！
小影利用冰玉蓮花讓失控的長門停止了暴走，而被控制的半藏也慢慢恢復了過來．．．．．
半藏：．．．小影！？ 我！．．．．
小影：你和你的忍者先回到村子裡 我只能帶着他們想離開着 回去之後，你的手下會慢慢告訴所有發生的事情的 小南姐姐，我們走 月靈鳳凰！！
之後，小影帶着只剩一口氣的彌彥和昏迷的長門以及小南去往那間房屋．．．．．
小南：．．．．．彌彥．．．！！
彌彥：小南．．．． 長門怎麼樣了
小南：已經昏睡過去了 他一會兒就會醒過來的
小影：彌彥哥哥．．．．．
彌彥：小影．．．你也趕過來了 我．．．．
小影：先別說了 我看看能不能利用蓮花讓你恢復．．．．．．
彌彥：．．．來不及了
說話間，長門慢慢的甦醒了過來：彌彥．．．．！
彌彥：長門．．． 接下來．．．．．就靠你來．．．守護小南和．．．．．小影了 我很慶幸．．．．能夠和你們．．．．去做一些幫助其他人的事情 我們．．．．永遠．．．．都是．．．．最好的．．．．．．搭檔！！
小影．．．．．彌彥．．．．哥哥．．．．！！
小南，長門：彌彥．．．．．．！！
三人難過了許久，小影利用自己的能量將彌彥的魂之靈傳送到天空之城中：．．．．能量水晶－－生命能量，召喚魂之靈，傳送！！
小南：．．．那個是．．．．．．
長門：小影！！ 這個是．．．．．
小影：．．．．呼．．．！！ 好了，彌彥哥哥的靈魂已經傳送到了天空之城了 我們繼續接着計劃一＝一步一步的進行下去吧
小南：．．．嗯，長門 帶土還會找我們來藉助組織的力量來進行行動
長門：一切都按照計劃執行吧 至於半藏．．．．． 小影他怎麼辦啊
小影：我想現在他已經知道所有發生的事情 他會找到我說明一些情況的 小南姐姐你們，把彌彥哥哥屍體安置在其他的地方將來長門哥哥會有幫助
小南：我知道了
小影：那長門哥哥 小南姐姐，剩下的就交給你們了 我們到時候在新的組織中再見吧
小南：嗯．．．！ 好好照顧自己
小影：我知道了
隨後，小影離開二人的面前去尋找半藏；小南和長門根據小影的計劃慢慢開始下一步的行動．．．．．．
雨之國忍者：．．．首領，小影來了．．．．
半藏：讓她進來吧
雨之國忍者：是！
半藏：從團藏一直秘密來到這裡時，他做這樣的事不是一天兩天了 小影，他們兩個人現在怎麼樣了
小影：情緒慢慢穩定下來了 不過．．．．．
半藏：不過什麼．．．．．
小影：不過，他們總有一天會過來找你 你到時候怎麼辦
半藏：我早就已經做好被他們殺的準備了 在那之前，我會給他們一個交代
小影：呼．．．．！！ 這是我跟你最後一次見面了
半藏：小影 我很感謝，你爲雨之國做的一切 可是，雨之國卻由我毀了他
小影：一切的命運都是有他的定數 半藏，我們再見．．．．．！！
告別半藏，小影回到木葉村；小南和長門將彌彥的屍體安放了很安詳的地方，之後靜靜等待帶土和黑絕的到來．．．．．
夕日紅：小影，你突然離開村子把我們都嚇了一跳
小影：抱歉抱歉．．．．．我去做一件做非常緊急的事情了 所以沒有打招呼就離開了
阿斯瑪：算了算了 回來就好了
小影：對了 止水哥哥呢
阿斯瑪：他去幫助鼬做苦無刃的訓練去了
小影：那我去看看他們．．．．．
阿斯瑪：等等小影，我們也要跟你一起去免得你再突然跑到其他的地方
小影：好．．．！
團藏藉助半藏來加害彌彥一行人，最終導致彌彥死在半藏的引爆苦無刃之中，使得長門暴走利用輪迴眼的力量召喚外道魔像，這也讓暗中的帶土和絕很是開心；失去同伴的長門和小南，二人按着自己的妹妹小影所暗中策劃的計劃整備下一個計劃，等待帶土和絕進行秘密策劃將來的行動．．．．．