至於左良玉，雖說被人護着上了船，可是沒有能逃出多遠，便被越來越多的叛軍控制的船隻給堵住了去路，在肖天健鉅額懸賞之下，這些參與叛亂的官兵們，無不爭先恐後的上去廝殺，試圖抓住或者殺掉左良玉爭功，雖然左良玉的手下們也拼了命的抵抗，可是殺退一波便又圍上來一撥，剛開始這種廝殺還是無組織自發形成的，可是後來逐漸越來越多的船隻圍上來，將左良玉帶着的幾條船圍得是裡三層外三層的，楊崑山和劉江都趕到了這裡，開始指揮圍攻左良玉的船隻。
幾條左良玉手下控制的船隻被包圍在中間，四面八方箭如雨下，不時的有人中箭倒在船上抑或是翻落在江水之中，不管他們如何拼殺，始終都無法透圍而出，左良玉也瘋狂了，在戰船上指揮手下拼死抵抗，可是很快便矢盡彈絕，只能儘可能的阻止叛軍靠幫跳上他們的船隻。
一番激戰下來，左良玉手下死傷慘重，雖然也殺傷了不少的叛軍，可是他們的幾條船都開始被叛軍的火箭點燃，左良玉也身負重傷，倒在了船上，逼得左良玉仰天大叫：“天亡我也！”
隨即大批叛軍開始涌上了他們的船隻，刀槍並舉的朝着左良玉和他殘存的幾個手下撲了過去……
荊州之戰直到七月二十三才算是徹底結束，這一戰下來，刑天軍將左良玉所部徹底全殲在了荊州一帶，只有極少數的左良玉的手下潰圍而逃，但是自左良玉一降主要的部將，皆被刑天軍陣斬抑或是抓獲。
左良玉在江面上被楊崑山和劉江指揮的叛軍所殺，他的屍體當天下午被送回到了荊州城中，交給了肖天健，肖天健帶傷檢視了左良玉的屍體，確認無誤之後，當場兌現了他的懸賞，賞了幾個最後殺掉左良玉的六個人每人二百兩銀子，但是因爲局面太亂，左良玉被砍得滿身都是傷口，還有不少箭傷，也認不清誰纔是真正殺掉他的人，所以營將之說就免談了，凡是參與圍攻左良玉的人，每個人都賞銀二十兩，算是作爲補償，使得這些叛軍上下無不高興萬分。
至於左良玉的家眷，基本上都被燒死在了船上，而他的兒子左夢庚則被幾個叛軍當場格殺，人頭也被找到，送至了荊州城之中。
可以說荊州一戰，左良玉全家基本上被滅門，以後根本不用再擔心左良玉這一家人再折騰出什麼浪花了。
而除了左良玉和他家人之外，左良玉手下諸將基本上也沒有跑掉，不是當場死於亂軍之中，便被刑天軍抓獲，跑掉的可以說是屈指可數，即便是跑掉一些，以後這些人也都嚇破了膽子，諒他們不敢再興風作浪跟刑天軍爲敵了。
此戰共斬殺左軍近萬人，說是一場屠殺也不算過分，徹底將左良玉集團給殺了個血流成河，染紅了荊州的長江江面，許多屍體沉入了江中餵了魚無法考證，但是起碼可以保證，殺人盈萬是沒有一點問題的。
而刑天軍這邊損失則有千餘人左右，陣亡四百多人，傷五六百人左右，其中重傷二百餘人，損失也相對來說是比較重的一次，基本上趕上襄陽一戰的傷亡數量了，可見這一場仗打得是相當慘烈。
除了左良玉所部被屠之外，此次攻佔荊州，還生擒了被分封在荊州城的惠王以及惠王的全家，這個惠王也算是倒黴到家了，攤上了個左良玉這樣的傢伙坐鎮荊州，多次被左良玉敲詐，王府在城破之前，還被左良玉以籌措餉金爲由，派兵衝入王府洗劫了一番。
對於這個惠王，肖天健念在他在荊州爲禍不深，也就饒了他一命，沒收了惠王的家產之後，將其和他的子女妃子們遷至保康縣安置，貶爲平民之身，令其自耕自織，以後不要再想過安逸、豪奢的日子了。
雖然肖天健在荊州城下中了幾箭，但是好在他身上披有重甲，傷勢很輕，基本上沒有影響到他的活動，但是也正是他這樣的舉動，一是爭取到了民心，二是徹底激怒了刑天軍上下兵將們，也更獲得了兵將們的人心。
只可惜了他的那匹愛馬，在馱着肖天健回去之後，傷勢過重，兩天之後死在了軍中，讓肖天健好是傷心了一番，這匹黃驃馬已經跟隨他好多年時間了，跟肖天健感情已經相當深厚了，多次手下都要爲他換一匹更好的戰馬，都被肖天健拒絕了，現如今爲了肖天健，這匹黃驃馬陣亡在了軍前，肖天健豈能無情，所以肖天健親自堅持埋葬了這匹愛馬，並且立碑予以紀念，單單隻爲了這匹愛馬，肖天健就殺了不少的左良玉的手下來祭奠它。
攻城戰之中，雖然殺傷了不少無辜的百姓和婦孺，但是老百姓並沒有因此便怨恨肖天健，而肖天健在入城安民之後，也踐行了他的承諾，下令收斂城上下的那些婦孺的屍骸，有親人的可以將其屍身領去安葬，刑天軍派發十兩銀子作爲撫卹，沒有家人收殮的，便將其集體移至城外，在城西江岸邊上，擇了一個不錯的地方，整整齊齊的將其埋葬，同時撥出銀兩，在那裡修建起來了一個祠堂，專程帶部將們在那裡隆重的公祭了一番。
同時刑天軍入城之後，取了城中左良玉聚斂的錢糧，撥出十五萬兩銀子和大量的糧食分發了下去，賑濟當地慘遭兵禍的百姓。
那些被左良玉強行裹挾的荊州百姓，戰後全部投降，經過甄選之後，先挑出藏身於其中的左良玉的親信，拖出去砍了，又留下了其中一批精壯老實之人，充入刑天軍之中，編練成三個營的新軍，同時將預備營的精幹人員補充到了受戰損的各戰兵營之中，至於剩下的人包括承天府和荊門兩戰之中投降的那些官兵，則都就地遣散，令其歸家，立即開始復耕他們的土地，原來沒有自己土地的人，則可以領取刑天軍分發給他們的土地耕作，包括抄沒富戶家的耕牛，也都分發了下去。
戰爭對於民生的摧殘是非常大的，肖天健最關心的不是繳獲多少銀兩和糧食，他更關心的是凡是攻取一地，就要儘快的恢復當地的農業以及工商業，否則的話等他有朝一日真的奪取了天下，再轉頭顧及這些事情，估摸着不知道天下還會亂多長時間，這一點也正是他的高明之處，現如今河南的農業恢復的非常之快，那些拋荒的田地，已經開始大批的復耕，到了這個夏收之後，河南那邊雖然不敢說徹底解決饑荒的問題，起碼大部分老百姓會有了吃的東西，不會再被餓死，而老百姓只要有飯吃，便會安定下來，今後逐步的農業生產便會越來越好，至於湖廣這邊，本來就有得天獨厚的條件，農業生產就必須要以最快的速度恢復，爲刑天軍以後的行動打下良好的基礎。
在年前的時候，肖天健已經簽署了命令，下令凡是刑天軍控制區之內，保護耕牛騾馬，不得任何人私殺耕牛，其目的便是儘快恢復耕牛數量，以此帶動農業生產的恢復。
而荊州一戰最大的收穫還不是錢糧的問題，而是通過暗中策反，使得肖天健輕而易舉的在荊州獲得了一大批可用的戰船還有各型船隻，另外就是一大批可用的水卒。
劉江鼓動投靠刑天軍的左良玉水軍舊部其中不少人都是常年生活在長江上的漁民或者船伕，這些人很快便可以轉化成爲水軍的有效戰鬥力，使得肖天健在極短時間內，可以在長江上擁有一支堪用的水軍，再加上有楊崑山這個老部下控制水營，接下來他利用這些繳獲自左良玉的船隊，便可以輕而易舉的順江南下，朝武昌府進兵了。
如果不是這一次策反了左良玉的水軍的話，那麼第一他很可能抓不住左良玉，最多也只能打下荊州城，眼睜睜的看着左良玉率領殘部逃走，第二他即便是打下荊州城，也無法在短時間之內，建立起一支可用的水軍，繼續他在長江一帶的攻掠行動。
長江一帶如果沒有水軍的話，僅憑着他的這些步軍和騎兵，可以說是寸步難行，當年南宋時期，金國和蒙古人南下，都在長江一帶吃了憋，被堵在長江北面無法南下，最終蒙古人不得不從四川繞道攻打南宋，最終才覆滅了南宋，如果刑天軍不能建立一支可用的水軍的話，那麼在湖廣一帶經略，難度之大是可想而知的。
而他的部卒之中，絕大多數都是中原人和山陝、河北人士，這些兵將別看在陸上被他訓練成的猛虎，可是到了水上都要抓瞎，其中絕大多數人根本不會水，讓他們當水卒，那是笑話，所以荊州一戰最大的收穫，便是控制了大部左良玉的水營。
邢州一破，左良玉一死，左良玉原本留在長湖之中的那些水卒們見識不妙，也紛紛乞降，其中左良玉的部將們則立即棄船潛逃，但是還是有幾個被他們的手下給綁縛了起來，送給了刑天軍，當即被斬於岸邊。
在長湖上左良玉也集中了百餘條船隻，這些船隻損失不大，立即也被肖天健下令轉入到長江之中，充入刑天軍新成立的長江水營，使得水營規模又擴大了不少。