隨着進入到了九月之後，南方的雨季也漸漸的開始結束，大中軍在南方的軍事行動隨即也開始再一次的展開。
南方諸軍六月之後便基本上停止了大規模的攻擊行動，轉到了休整期，這三個月間，在兵部的主持和各部的支持之下，秋收結束之後，大規模用兵的糧食問題也得到了解決，南方諸軍都積存了充足的作戰物資，而且三個月的休整期間，各軍都繼續加強操練，到了九月間，諸軍基本上都稱得上是兵精馬壯，做好了一切的軍事進攻的準備工作。
在兵部的奏請之下，肖天健同意了天元二年冬季南方作戰計劃，在九月初十這一天，南方諸軍全面展開對鄭軍和永曆朝的進攻。
石冉、劉耀本、羅汝才這些主將，得到了聖諭的同意之後，在九月初十這一天，全部開始行動了起來。
石冉以兩萬精兵從福寧州陸上對福州福發動了攻勢，而劉耀本則督師兩萬餘人，從建寧府和邵武府兩地兩路朝着延平府展開攻勢。
而羅汝纔則集結三萬兵力以韶州府爲出發地，直接撲向了廣州府，同時在桂林府一帶採取小規模的襲擾行動，牽制永曆朝在廣西的明軍救援廣東。
至於海師方面，劉江也沒有閒着，這幾個月間，設在寧波府和南京的兩大船廠都在全力爲海師打造各種戰船，一旦作爲國家機器開動起來的時候，大中朝的造船能力便開始突飛猛進，隨着大批流散的造船工匠被重新招募組織起來，再加上大中朝也不克扣工匠們的工錢，讓這些工匠們重新得到了安生立命之所，頓時便讓這些工匠們煥發出了極大的工作熱情。
所以兩大船廠一經開始造船，工匠們恢復手藝的速度非常快，甚至連一些一經失傳的手藝，也被他們重新發掘了出來，再加上大批因爲饑荒戰禍而流離失所的流民也被招募起來，送入兩大船廠充當學徒工，短時間之內兩大船廠便形成了幾千人以上的大型造船集團，幾乎每天都有戰船下水，交付給海師使用。
另外傳教士帶來的歐洲造船工匠也在這兩大造船基地走馬上任，另外一撥在登州新的造船廠也開始工作，到了九月間，南京和寧波兩地的造船廠，都各自造出了一條排水量在一百五十噸百噸左右的雙桅快帆船，交付給了海師作爲海軍訓練艦使用，同時還繼續開建了兩條排水量達到三百噸左右的三桅克拉克帆船，馬上也要下水交付使用。
如果不出意外的話，很快這些歐洲造船師將會繼續投建改良型的加利恩帆船，一切順利的話，在今後幾年，只要解決了鄭家海盜集團的問題之後，便可以打通南洋的航道，從根本上解決造船所用的木料問題之後，大中朝的各大船廠，便會繼續開建噸位更大的船隻，如此一來，用不了多久，大中朝的戰船很快便能在質量上趕上西方國家的帆船了。
所以海師這幾個月間實力膨脹的速度非常快，人手方面隨着大批海盜的歸附，也得到了一定的保障。
最重要的是這些大型的西式帆船解決了大中朝海師戰船裝載重炮的問題，大大的改善了大中朝海師的戰鬥力。
以往大中朝海師的戰船無法承受重型火炮，只能裝載一些老實的火炮，火力上對鄭軍水師沒有優勢，但是在這幾個月間，兩地船廠除了建造新船之外，還對老的戰船進行加固，使之可以裝載新式的火炮，兩條訓練艦上，更是都裝備了十四門二十四磅短身管火炮，和四門二十四磅長身管加農炮，左右兩舷同時可以有七門以上火炮發射，船首和船尾還各有兩門加農炮可用，威力已經遠超過了大中軍之前使用的福船和海滄船。
即便是海師之中的一些新造的福船，也加強了肋骨，使之可以承載新式的火炮，同樣也改善了他們的戰鬥力，使得海師這幾個月間，作戰力量得到了大幅度的提升。
雖然這些船因爲造的比較倉促，不得不適用一些未陰乾的木料，這樣大大影響了這些新船的使用壽命，使之可能兩年的時間便要因爲船體木料的變形開裂造成船隻的報廢，但是眼下作爲權宜之計，肖天健還是特准建造這些臨時性的戰船，來滿足海師的使用。
那些來自歐洲的水手們，進入到了海軍講武堂之後，肖天健着令給他們開出了高額的薪俸，這幫歐洲來的水手們也沒有敝帚自珍，拿出了看家本事，將他們所知的航海操船的經驗傳授給了海軍講武堂的學員們。
特別是當兩條作爲訓練艦的雙桅快帆船交付給海軍講武堂之後，他們更是如虎添翼，那個喜歡喝酒的荷蘭落魄船長舒曼，得到了肖天健的任命之後，也振作了精神，酒雖然沒有徹底戒掉，但是卻還是減少了喝酒的量，帶着那些歐洲水手們，親自登船帶着大中朝海軍講武堂的學員兵出海訓練，經過一個月的高強度訓練之後，這些學員兵雖然稱不上精通操作這些西式帆船，但是卻也已經可以駕駛這兩條帆船了。
九月份之後，這兩條訓練艦也被勒令南下到了溫州，臨時編入到了海軍船隊之中，作爲海軍的突擊力量使用，就連這些歐洲的教官們，也都在高額的懸賞之下，決定隨船出戰，幫着大中軍海軍來操作着兩條訓練艦，率領這些學員兵參與接下來的作戰。
於是九月初十之後，一支由二百餘條各型戰船組成的大中軍海師艦隊，便在溫州港楊帆出海，直接藉着海面上的北風，順風南下，撲向了福州外海。
九月十九這一天，海陸兩路大中軍的軍隊都對福州的鄭軍發動了猛烈的進攻，鄭軍雖然早已預料到了這一天的到來，也做了相對充足的準備工作，在陸上和海上，都佈置了相當多的兵力和船隻，試圖再跟大中軍來一次對抗。
雖然這幾個月來，鄭芝龍一直在跟大中朝商談投降的事情，可是最終問題都卡在了是否可以讓鄭家保留水師力量上面，鄭家始終堅持，要在投順大中朝之後，繼續獨掌他們的水師，可是大中朝卻堅持鄭家不能保留水師力量，僅能保存他們的商船船隊，鄭家的水軍必須要納入到大中朝海軍之內，重新進行編制，這便造成了雙方談判的僵局，結果造成了談判遲遲不能達成一致。
九月末的時候，福建戰事全面展開，大中軍數路人馬在石冉和劉耀本等大將的率領下，分頭對福州府和延平府發動了攻勢。
鄭家在陸上的兵力雖然到這個時候還有近十萬人馬，但是鄭軍陸師的戰鬥力卻根本無法和大中軍正面對抗，即便是他們採取據城而守的守勢，但是面對着裝備了大量新式大口徑大炮的大中軍的進攻，一座座鄭軍控制的城池還是迅速的被大中軍攻克，大批鄭軍要麼被大中軍就地殲滅，要麼就只能落荒逃竄，不少鄭軍眼見打不過大中軍，於是一些鄭家的軍將便選擇了投降。
結果是一個月的時間下來，石冉便率軍攻至了福州城下，將福州城包圍了起來，同時另一面的劉耀本所部，也順利的攻佔了延平府，兵鋒直指鄭家的老巢泉州府一帶。
與此同時實力大增的大中軍海軍方面，也在海上和鄭軍水師在福州外海展開了一場大戰，這一戰劉江將麾下船隊分成了兩撥，他將船速較慢而且數量衆多的福船、海滄船、冬船集中在一起，作爲主力使用，在福州外海牽制住了鄭家水軍，而他採納了荷蘭船長舒曼的建議，將兩條訓練艦和那些蜈蚣船編成一支分艦隊，先佈置在遠處待命。
就在鄭軍水師主力和大中軍海師主力交手之後，雙方都儘可能的想要打垮對方，而一時間誰都拿誰沒有辦法的時候，舒曼在得到信號之後，則率領着那支分艦隊突然間殺入到了戰場之中，依靠着分艦隊航速快，火炮兇猛的優勢，一下子便打亂了鄭家水師的佈置，鄭軍猝不及防之下，被大中軍海師內外夾擊，在福州外海，吃了大敗仗，主帥鄭芝豹眼看勢頭不對，立即下令撤退，結果又被大中軍海軍銜尾追殺，損失了幾十條戰船。
這一仗下來，大中軍海師算是徹底打出了威風，第一次在海上實打實的取得了一場大勝，這對於大中軍海軍來說，無疑宣告大中軍海軍，已經擁有了相當的海戰能力，起碼已經不那麼懼怕鄭家的水軍力量了。
而且這一戰鄭軍驚愕的發現，居然大中軍水師之中，出現了西洋人的夾板船的身影，雖然這兩條夾板船並不算太大，但是卻實實在在的是西洋人才有的夾板船，上面裝備的火炮大大超出了鄭軍水師所用的廣船和福船，這無疑對鄭軍上下的心理打擊很大（在這個時代，中國人對於西方國家的大型帆船，統稱爲夾板船）。
他們在多年和荷蘭人以及西班牙人、葡人打交道的經驗，讓他們知道，西方的夾板船很是厲害，船隻堅固高大不說，而且上面裝備了衆多的火炮，和這樣的西式夾板船交戰，除了依靠數量上的優勢之外，他們很難在海戰上取得勝利。
而大中軍的兩條訓練艦雖然還沒有時下紅毛人常用的那些帆船相比，可是在速度上和火力上，卻已經超出了他們所用的戰船許多，兩條雙桅快船出現在海面上之後，依靠着它們的速度優勢，在鄭家水師之中如入無人之境一般，率領着十餘條蜈蚣船（排漿船）左衝右突，很快便打亂了鄭家水軍的陣型，使得鄭軍水師很快便陷入到了各自爲戰的境地之中，加上大中軍水師其它戰船數量也不少，使得鄭軍水師一下子便落在了下風，造成了他們這次的大敗。
緊接着一個更壞的消息便傳到了泉州鄭芝龍的耳中，隨着福建的戰事陷入糜爛的境地中之後，廣東方面的戰事情況也更加糜爛，在羅汝才率軍進攻之下，另一路大中軍勢如破竹一般的便攻入了廣州府，並且在十月初的時候，一舉攻克了廣州城，廣州大批南明守軍根本就沒有做過多的抵抗，在大中軍兵鋒之下很快便宣佈了投降。
不但廣州府被克，就連惠州府、潮州府、肇州府等地的南明守軍也紛紛投降大中軍，如此一來鄭芝龍最擔心的事情便出現了，隨着廣東大部被大中軍攻下之後，鄭家徹底陷入到了腹背受敵的境地之中，陸上他們可控制的地盤僅剩下了泉州府、漳州府和汀州府三地，而汀州府時下情況也岌岌可危，劉耀本麾下的一個陸軍師這個時候，已經開始朝着汀州府進兵，而鄭軍在汀州府本來就沒有多少人馬，陷落僅僅是一個時間的問題罷了。