接着傑克遜挖來了自己在尼克斯效力時的教頭溫特，並在其協助下祭出了著名的三角進攻戰術，通過球員的頻繁跑位爲進攻創造出多樣化的選擇空間。
喬丹將自己平均每場的得分降到了31.5分，他犧牲部分進攻機會給公牛隊帶來的局面是61勝21負的常規賽戰績，並在最後與湖人隊的總決賽裡4比1拿下對手，爲公牛贏得了25年來的首個總冠軍。
此後的兩個賽季，傑克遜率領公牛隊蟬聯了總冠軍，完成了第一個三連冠的霸業。他還衆望所歸成爲全明星賽東部明星隊的主教練。
在經歷了科林斯時代的低迷不振與傑克遜時代的一飛沖天之後，喬丹對傑克遜的景仰如滔滔江水一般，“菲爾具有一種能使人保持清醒冷靜的能力，這讓我們在喧器之中始終擁有面對現實的勇氣，迎接各種挑戰。”
94年不堪承受喪父之痛的喬丹退出了NBA，傑克遜帶領着失掉了主心骨的公牛隊在常規賽裡贏得了55場的勝績，但他們最終止步於季後賽半決賽，傑克遜用皮彭與庫科奇指引前程、維持公牛王朝盛景的希望落了空。
1995年與籃球難作了斷的喬丹迴歸聯盟，在經過一段艱難的恢復適應和調整磨合時期後，傑克遜率領着重振士氣與聲威的喬丹與公牛隊闖入了季後賽，但他們最終同樣被阻於東區決賽門外。
95年傑克遜的執教生涯達到了巔峰時期。喬丹與皮彭的狀態都在穩步提升，其他球員也均有能力證明自身價值，尤其重要的一點是，公牛隊在交易市場上得到了飽受爭議的羅德曼。
由喬丹、皮彭與羅德曼支撐起來的三角進攻戰術成爲公牛稱霸聯盟的無敵殺手鐗。公牛隊在這個賽季所呈現出來的一種壯觀局面是喬丹第八次成爲聯盟得分王，羅德曼則連續第五次榮膺籃板王稱號，球隊在常規賽裡取得72勝10負的NBA聯盟史上最佳戰績，然後他們以季後賽僅負一場的傲人戰績昂首挺進總決賽。
在與超音速隊的決戰中，他們以4比2享受了最後的瘋狂，與此同時，他們所取得的整個賽季87勝13負的總戰績也成爲NBA歷史上前無古人的紀錄，傑克遜將公牛隊帶入了一個空前的境界。96年全明星賽，傑克遜再度毋庸置疑地成爲東部明星隊的主帥。
第二年傑克遜率領公牛隊取得了NBA史上的第二個最佳戰績69勝13負，並在總決賽裡以4比2令爵士隊俯首稱臣，第五次親吻了總冠軍獎盃。
98年公牛隊在傑克遜的精心調教下於總決賽中令爵士隊再嘗難言苦澀、完成了球隊歷史上的第二個三連冠，由傑克遜與喬丹和皮彭合成的三重唱舉世皆驚，他們書寫了NBA歷史上的一個傳世傑作，而由他們豎立起來的這副標尺對於後人來說也是難以企及的。
不久，喬丹在上演完職業生涯的巔峰之作後抽身而退，回家享受天倫之樂去也，皮彭也遠走休斯教與巴克利搭夥爲伴，公牛王朝的領路人菲爾傑克遜則選擇了告老還鄉、爲前任尼克斯隊友布拉德利的總統競選助威造勢，直到一年後他終於意識到沒有籃球的日子是怎樣的寂寞難耐，決定去洛杉磯試試運氣，因爲他確信奧尼爾與布萊恩特能讓他重溫挑戰極限的快感。
傑克遜正式接手洛杉磯湖人隊，在此之前這支聯盟內的老牌強隊空有一批籃球天才卻屢屢愴然倒於季後賽第二輪的門檻之外，魔術師曾發起過拯救運動，但自毀了英名，傑克遜能在洛杉磯保住他的一世清譽嗎?
99年禪師用事實證明了這本是一個不值得傾注關心的問題:在他統率湖人的首個賽季，球隊在常規賽裡拿到了67場勝場的不俗戰績，西區決賽與波特蘭開拓者激戰7場，4比3闖入總決賽，最終又以4比2生擒步行者，奪得了湖人隊自88年以來的第一個總冠軍。
這一年的全明星賽，傑克遜遷移西部明星隊成爲領軍主帥。傑克遜征服了整個洛杉磯，他的崇高威望與神奇能量讓全體湖人球員均高山仰止般圍繞在其周圍，虔心地向着一個共同的目標一總冠軍發起衝鋒，這些均是傑克遜統領的湖人隊能在00年一路高歌猛進，第二次在聯盟內實現大一統的原因。
本賽季國王隊成爲傑克遜替洛杉磯實現第一個三連冠夢想的最大障礙，湖人隊在常規賽裡被前者霸佔了龍頭老大的地位，繼而在西區決賽中又被不死鳥一般的國王隊逼入了第七場。
危難之時，老辣的傑克遜方顯一代宗師的本色，不動聲色之間令對手身中八面埋伏，挽湖人於大廈將傾之際，他終於讓洛杉磯人體驗了同芝加哥人樣迷醉如癲的狂歡之夜。
“我從未想過自己會與NBA史上最偉大的兩支球隊一起創造歷史，這是我當初未敢奢求和祈望的，我得說我非常幸運。我希望所有光榮與夢想與我們同在。”自始至終，傑克遜都在續寫一個點石成金的傳奇。
在這個用超脫了凡俗的筆墨寫就的故事裡面，傑克遜扮演的角色是一個禪師、一個智者，甚或一個精神導師，他的成就除了11枚總冠軍戒指之外還包括:指引NBA史上兩大傑出球星喬丹與奧尼爾走上一條真正偉大的前路;啓動NBA史上兩大傑出配角皮彭與科比身上的所有爆發力，使之完成了由優秀向偉大的轉化，收服和調教像羅德曼那樣的問題球員，探究和開發所有替補球員的潛質，使每個人都成爲左右球隊走向的重要分子。
他做到的這些足以用來交換總冠軍戒指，他受之無愧。傑克遜於談笑間創造了那些驚世傲人的紀錄，他那虛實難測的執教功力，是他於臥虎藏龍的NBA笑傲行走的金字招牌。
喬丹曾留下這樣一句話:“聯盟裡如果沒有菲爾，我也不會在這裡停留半刻。”連上帝都爲禪師而存在，傑克遜夫復何求?只有那些有能力掌控自己命運的人，纔有爲他人指點江山的權力，傑克遜毫無疑問正是這樣一種人。