因喇嘛教的感化，使漠南北遊牧民族獷悍之氣潛消。向來侵略他人的，至此反受人侵掠，而有待於中國人的保護，這亦是一個新局面。衛拉特，就是元時的斡亦剌，明時的瓦剌。當清初，其衆分爲四部：曰和碩特，居烏魯木齊；曰準噶爾，居伊犂；曰杜爾伯特，居額爾齊斯河；曰土爾扈特，居塔爾巴哈臺。時紅教還行於後藏。後藏的藏巴汗，爲其護法。五世的第巴桑結，乃招和碩特固始汗入藏，擊殺藏巴汗，而奉班禪居札什倫布。是爲、班禪，分主前、後藏政教之始。於是和碩特部徙牧青海，遙制西藏政權。桑結又嫌惡他。再招準噶爾噶爾丹入藏。把固始汗的兒子達顏汗襲殺。其時噶爾丹業已逐去土爾扈特，又把杜爾伯特懾服了。至此，遂統一衛拉特四部，其勢大張。
1688年，噶爾丹攻喀爾喀。三汗部衆數十萬，同時潰走漠南。清聖祖乃命科爾沁部假以牧地。而親自出塞大閱，以耀兵威。1695年，噶爾丹以兵據克魯倫河上流。清聖祖親自出塞，把他打破。1697年，又自到寧夏，發兵邀擊。這時候，噶爾丹伊犁舊地，已爲其兄子策妄阿布坦所據。噶爾丹窮蹙自殺。阿爾泰山以東悉平。三汗遂各還舊治。
然而伊犂之地，還是未能動搖。清朝乃以其間，平定西藏和青海。先是五世死後，桑結秘不發喪，而嗾使噶爾丹內犯。噶爾丹敗後，盡得其狀。聖祖下詔切責。會桑結爲固始汗曾孫拉藏汗所殺，奏立新六世。聖祖乃封拉藏爲翼法恭順汗，以爲藏事可從此平定了。而青海、蒙古，都說拉藏汗所立是假的。別於裡塘迎立一。詔使暫居西寧。正在相持之間，而策妄阿布坦又派兵入藏，把拉藏汗襲殺。於是藏事又告緊急。好在西藏人都承認了青海所立的。聖祖乃派皇子允禵和年羹堯，從西寧、四川兩道入藏，把準噶爾的兵擊退，而送青海所立的入藏。1722年。聖祖死，子世宗立，固始汗之孫羅卜藏丹津，煽動青海諸喇嘛叛變，亦給嶽鍾琪襲破。於是青海、西藏都平，梗命的只有一個準噶爾了。
1727年，策妄阿布坦死，子噶爾丹策凌繼立。清朝想一舉而覆其根本。還沒有出兵，而噶爾丹策凌先已入犯。清兵出戰不利。策凌就進犯喀爾喀。爲額駙策凌所敗。清高宗乃定以阿爾泰山爲準、蒙遊牧之界。這是1737年的事。到1745年，噶爾丹策凌死，準噶爾又生內亂。高宗乃因輝特部長阿睦爾撒納的降，用爲鄉導，發兵把準部蕩平。而既平之後，阿睦爾撒納又叛。亦於1757年，給兆惠等打定。
喇嘛教雖然盛行於蒙古和海、藏，而天山南路，則仍自成其爲回教的區域。天山南路，在元時本屬察合臺汗國。後來回教教主之裔和卓木，入居喀什噶爾，因爲人民的尊信，南路政教之權，遂漸入其手。而和卓木之後，又分爲白山、黑山兩宗，軋轢殊甚。策妄阿布坦曾廢白山宗，代以黑山，而質白山酋長的二子於伊犂，是爲大小和卓木。清兵定伊犂後，二子歸而自立。1759年，亦給兆惠、富德等打平。於是從天山南北路以通西域的路全開。蔥嶺以西之國，如浩罕、哈薩克、布魯特、乾竺特、博羅爾、巴達克山、布哈爾、阿富汗等，都來通朝貢。清朝對西北的國威，這時候要算極盛了。
其對於西南，則因廓爾喀侵犯西藏，於1792年，遣福康安把他打破。廓爾喀人請和。定五年一貢之例。廓爾喀東邊的哲孟雅，本來服屬於西藏；更東的哲丹，則當雍正年間，即已遣使來進貢；也當然成爲中國的屬國。清朝因爲防護西藏起見，乃提高駐藏大臣的職權，令其在體制上和、班禪平等。又頒發金奔巴兩個：一個藏在北京雍和宮，一個藏在西藏大昭寺。、班禪和大胡土克圖出世有疑義時，就在這瓶中抽籤。所以管理西藏的，也漸漸嚴密了。
以上所述，是清朝對於西、北兩方面的武功。至於南方，歷代對外的關係，比之西北，似乎不重要些。然至近代，隨着世運的進化，其關係亦漸次重大。原來在南方和中國緊相鄰接的，便是後印度半島。自唐以前，安南本是中國的領土。其餘諸地方，開化的程度很淺。自宋以後，安南既已獨立，而半島的西北部，又日益開化。南方的國際關係，也就漸形複雜了。當明初，西南土司，以平緬、麓川爲最大。其南爲緬甸。又其南爲洞吾。又其南爲古剌。其在普洱之南的，則爲車裡。車南之南爲老撾。老撾之南爲八百。這時候，中國的領土，實尚包括伊洛瓦底江流域和薩爾溫、湄公兩江上游。平緬、麓川，在元代本爲兩宣慰司。明太祖初命平緬酋長思氏兼轄麓川。後來又分裂其地，設立若干土司。思氏想恢復舊地，屢次造反。自1441後十年間，明朝嘗三次發兵征討，卒不能克，僅立隴川宣撫司而歸。思氏在當時本有統一後印度半島西部的資格。自爲明所破壞，亦終至滅亡。於是緬甸日強。1583年，因寇邊，爲明將劉綎所擊破，然明亦僅定隴川。自此中國對西南，實力所至，西不過騰衝，南不過普洱附近，就漸成爲今日的境界了。
緬甸酋長，本姓莽氏。1754年，爲錫箔江夷族所殺，木梳土司雍籍牙，入據其地。取阿瓦、平古剌。至其子孟駁，又並阿剌幹，滅暹羅，國勢頗盛。1765年，遂寇雲南邊境。高宗兩次發兵，都不能克，後因其請和，許之而還。暹羅是當明太祖時，受封於中國的。既爲緬甸所滅，其故相鄭昭——本是中國潮州人——起兵恢復。以1778年即王位。旋爲前王餘黨所弒。養子華，定亂自立。以1786年，受封於中國。緬人怕中國和暹羅夾攻他，才遣使朝貢請封。安南黎氏，自離中國獨立後，至1527年，而爲其臣莫氏所篡。至1674年，乃得完全恢復。當復國之時，實賴其臣阮氏之力。而鄭氏以外戚執政。阮氏和他不協，南據順化，形同獨立。至清高宗時，又爲西貢的豪族阮氏所破。併入東京，滅鄭氏，留將貢整守之，貢整想扶黎拒阮，又爲阮氏所破。時爲1786年。清高宗出兵以討新阮，初破其兵，復立黎氏末主。後復爲阮氏所襲敗，亦因其請和，封之而還。清朝對於安南、緬甸的用兵，實在都不得利。但是中國國力優厚，他們怕中國再舉，所以雖得勝利，仍然請和，在表面上，總算維持着上國的位置。
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至清朝對於川、滇、黔、桂諸省的用兵，雖然事在疆域之內，然和西南諸省的開拓，實在大有關係，亦值得一述。原來西南諸省，都系苗、徭、倮儸諸族所據。雖然，自秦、漢以降，久列於版圖，而散居其地的種落，終未能完全同化。元時，其酋長來降的，都授以土司之職，承襲必得朝命。有犯順、虐民，或自相攻擊的，則廢其酋長，代以中國所派遣的官吏，是之謂改流。雖然逐漸改流的很多，畢竟不能不煩兵力。湖南省中，湘江流域，開闢最早。澧、沅、資三水流域，則是自漢以降，列朝逐漸開拓的，至清朝康雍時代，闢永順和乾州、鳳凰、永綏、鬆桃等府廳，而大功告成。貴州一省，因其四面閉塞，開闢獨晚。直至1413年，始列於布政司。
而水西安氏、水東宋氏，分轄貴陽附近諸土司，和播州的楊氏，仍均極有勢力。明神宗時，播州酋楊應龍叛。至熹宗時，調川、滇、湖南三省之兵，然後把他打平。其時水東宋氏已衰，而水西安氏獨盛。到毅宗初年，才告平定。於是貴州省內，惟東南仍有一大苗疆，以古州爲中心。而云南東北境，有烏蒙、烏撒、東川、鎮雄四土府。西南部普洱諸夷，亦和江外土司，勾結爲患。清世宗以鄂爾泰總督雲貴，到底把雲南諸土司改流。鄂爾泰又委任張廣泗，把貴州的苗疆打定。此等用兵，雖一時不免勞費，然在西南諸省的統治和開發上，總可算有莫大利益。惟四川西北境的大小金川，高宗用兵五年，糜餉七千萬，然後把他打下，那就未免勞費太甚。亦可見清高宗的舉措，都有些好大喜功，而實際則不免貽累於民了。
第五、清中葉的內亂
清朝的中衰，是起於乾隆時代的。清朝是以異族入主中原的，漢人的民族性，雖然一時被抑壓下去，然而實未嘗不潛伏着，得着機會，自然就要起來反抗。如此，就釀成了嘉、道、鹹、同四朝的內亂。
清中葉的內亂，是起於1795年的。這一年，正是高宗傳位於仁宗的一年。其初先借苗亂做一個引子。漢族的開拓西南，從大體上說，自然於文化的廣播有功，便苗族，也是受其好處的。然而就一時一地而論，該地方原有的民族，總不免受些壓迫，湖南永順、乾州一帶，當初開闢的時候，土民畏吏如官，畏官如神。官吏處此情勢之下，自不免於貪求。而漢人移居其地的又日多，苗民的土地，多爲所佔。這一年，遂以“逐客民，復舊業”爲名，羣起叛亂。調本省和四川、雲南、兩廣好幾省的兵力，纔算勉強打平。然而事未大定，而教民的起義已起於湖北了。
白蓮教，向來大家都說他是邪教。從他的表面看來，自然是在所不免。但是這種宗教，是起於元代的。當元末，教徒劉福通，曾經努力於光復事業。而當清代，此教的勢力，也特別盛，在清代起兵圖恢復的，都自託於明裔，而嘉慶初年的所謂川、楚教亂，其教中首領王發生，亦是詐稱明裔的。便可知其與民族主義不無關係。不過人民的信仰不一，而在異族監製之下，光復的運動也極難，不能不利用迷信的心理，以資結合，到後來，遂不免有忘其本來的宗旨的罷了。然而其初意，則蛛絲馬跡，似乎是不可盡誣的。