明初廢相，開創了將行政機構直接隸屬皇帝的先河。作爲宰相衙屬的中書省也徹底退出歷史舞臺，只剩下中書舍人一職，變成一個閒差。宋代的門下省也沒有恢復，只是將給事中一職散入各部，依然管封駁。這樣，傳統的三省六部（元代不計）就變成了六部體制。
在原來的體制下，六部隸屬省（隸屬於尚書省或是中書省），屬於執行機關。雖然權力不小，但地位畢竟不高。現在六部直屬皇帝，成爲一人之下的最高的行政官職。地位提高了，官階也提高了，各部尚書一人，正二品，侍郎一人，正三品。他們不僅負責行政事務的執行，而且可以參與軍國大事的決策，如某事屬於某部管轄，如果足夠重大，那麼就由某部負責人尚書或者侍郎主持廷議，與其他各部長官、內閣成員以及科道（御史和給事中）互相討論。如果所需討論的事情難有歸屬，那麼就由吏部尚書主持。當需要討論高級官員任用時，廷議就變成了“廷推”，同樣由吏部長官主持。有的時候，皇帝往往將專屬於某部的事情派到某部，令其在部內討論，這叫“部議”。討論如何懲罰官員，則下刑部議；討論河工，則下工部議。當然，無論何種“議”，最後都要皇帝定奪拍板。其實，在“議”的背後，司禮監和內閣往往起着決定性作用。一項決策，是否進入廷議和部議階段，往往看內閣與司禮監的意願；進入廷議還是部議，往往取決於他們是否願意讓其通過，成爲決策法令。如果他們樂觀其成，進入這個程序又有利於通過的，那麼就進，如果反之，則不進。
六部負責人雖然分爲尚書和侍郎，有官階高低之別，但他們並不是正職和副職關係，只是官階上有區別而已，對部務具有差不多的發言權，同列堂官，兩位都可以單獨向皇帝上疏。雖然在處理公務上按慣例官階低的應該尊重官階高的，但如果侍郎認爲尚書處理不當，可以阻止決策下達，上報皇帝。這種安排，本身就蘊涵着互相牽制的意思。當然，一個部的堂官之間，真正鬧到互相告狀、走向決裂的情景其實並不多。按中國政治的慣例，一般都在私下儘可能協調好，而避免公開決裂。當然，到了非鬧翻不可的時候，侍郎也可以阻擋尚書的意志。
六部以吏部爲首，因爲吏部是管官的部門，所以權力最大。在內閣存在的情況下，只有吏部還可以跟內閣抗衡一下。在地位和禮遇上，吏部也明顯高於各部，吏部的侍郎與各部尚書地位相當，而吏部尚書則高於各部尚書。其次是戶部，戶部主管全國的財政和戶籍。明朝對天下的戶籍都有統計，編爲黃冊，黃冊每十年修改一次。地畝也有統計，編爲魚2鱗冊。這些都歸戶部管。明朝地方沒有財權，任何一項大一點的開支，都要在戶部報銷，因此戶部權重事繁，事務比吏部還要多。排在第三的是禮部，在明代，禮部的權限有所擴大，主管朝廷禮儀、祭祀、學校和貢舉，由於學校和科舉制度是連在一起的，所以這項事務賦予禮部很大的權力，等於是參與了官員的選拔。排在第四位的是兵部。明朝始終處在北方遊牧和遊獵民族的壓力之下，所以，兵部頗受重視。開國之初，吏部和兵部並重，地位一般齊，但後來的皇帝慣於呆在深宮，官僚體系又有文官化傾向。時間一長，兵部地位就下降了。排在第五位的是刑部。刑部負責司法，主管刑律修訂，律條解釋，組織每年的秋審和詔獄的會審，與都察院、大理寺合稱三法司。排在最後的是工部。工部負責所有國家工程，包括宮室、道路、城池、河工等等，實際上也是一個很實惠的部門。但由於工部在人事和錢財上缺乏自主，加上人們習慣性地對“工”有歧視，所以在各部中地位最低。當時，人們習慣給六部各以一個字命名：吏部曰“貴”，戶部曰“富”，禮部曰“窮”，兵部曰“武”，刑部曰“威”，工部曰“賤”。雖然並不很確切，但卻很傳神。
除了六部之外，還有一箇中央部門是明朝的政治運作過程必須經過的一環，即通政使司。通政使司是明朝特有的機構，始設於洪武十年（1378年），職能是接受四方的奏章和臣民的上書。當初設置這個機構，主要是爲了架空中書省（宰相），使奏章直接送交皇帝。後來宰相被取消，通政使司就成爲名副其實的信息中樞。它一方面承擔着政令上傳下達的使命，一方面則確保着皇權的絕對尊嚴。所有奏章和臣民上書，只能交給皇帝一個人。通政使司有一塊紅牌，上書“奏事使”三字，通政使司的官員，只要手持這個牌子，就可以隨時入宮，任何人不得阻攔。六部和各地督撫，如果不經過通政使司，什麼公文都不可能上達，而經過皇帝批朱的奏章和皇帝的上諭，也要經過通政使司下達各個部門。通政使司設通政使一人，正三品，比六部尚書略低；左右通政各一，謄黃通政一，官階四品；左右參議各一，官階正五品，辦事機構有經歷司。
明朝制度還有一個奇特之處，就是在永樂年間遷都北京之後，在南京居然還保留了一整套的政府班子。這套班子機構設置完全跟北京一樣，有六部和各個監寺。由於永樂是篡位做的皇帝，心裡虧，不得不在孝道上做足文章，國都實際上已經遷到了北京，卻保留南京政府，以示不改祖制。當然，南京政府雖然部門齊全，但基本上無事可做，管轄範圍只限於留都（南京）所屬的州縣。即使如此，還要受到北京政府司禮監的干涉。所以，人們稱在南京做官爲“仕隱”，意思是做着官的隱士。 小說.中國政治制度史導論（第2版） 最新章節第58章 明代的中央行政機構 網址:http://www.xoyo100.com/html/5/5157/2535537.html