在日本控制檯灣時根本不像他們自己宣傳的那樣對待臺灣人民和自己國民完全一樣，日本統治時期。雖然在法律上臺灣人被看作是“日本人”中的“少數民族”，但與“純正”日本人相比，臺灣人受到了很大的歧視，在經濟表現和統治上的表現就是一方面，日本是個後起的資本主義強國，資本出於追逐利潤的天性，當然也會對臺灣的經濟近代化起到一定作用，比如在臺灣進行人口調查、水利建設、改進農作物、推行使用化肥、交通建設等，但是這些所謂的“成就”是資本主義擴展的結果，近代化水平越高，日本殖民者得到的越多，實際上，由於日本壟斷資本的肆意擴展，臺灣本土的民族資本毫無出路，全臺同胞幾近淪爲日本廉價勞動力，這對於臺灣的近代化而言完全是個壓制，另外，這些現代化企業不但生產了財富，實際上也代替了警察的監視任務。
大規模的工廠集中了新型的產業工人，也集中了權力的實施對象，1940年收復臺灣戰爭爆發之前全部工業部門僱用了238856個臺灣人和19536個日本人，日本人多數爲管理者，臺灣同胞則幾乎全都爲產業工人，日本人佔臺灣人的8％左右，據戰後1946年統計，臺灣的官吏和警察總數爲500604人，臺灣總人口爲5768711人，日本人佔臺灣人的比例也是8％，暴力機關統治者與被統治者的比例和經濟生產企業管理者與產業工人的比例驚人的一致，反映了殖民地權力的同構性，以及掠奪實質。
另外，臺灣的近代化也不像日本人所說的一般，都是日本人帶來的，實際上，臺灣的近代化起始於清代首任臺灣巡撫劉銘傳主政臺灣時期，他在任內(1885年～ l 891年)大力推行加強海防、建立自立之省的“新政”，成績卓著，在臺北設電報總局，架設水陸電線1400餘里，並在澎湖、彰化等地增設報局；創立新的郵政制度，臺北設郵政總局，在全島分設下站、腰站、旁站43處；發行郵票，郵路遠達廈門、廣州、上海、香港等地，是全國最早的自辦郵政業務，比清政府成立的郵政官局還早八年；修建臺北至基隆、新竹和基隆至新竹的鐵路，這是全國最早的自行集資、自行主辦、自行掌控的自建鐵路；鼓勵民間富商集資興建臺北街市，走馬車，安電燈，引自來水，修造鐵橋，使臺北成爲當時中國比較繁榮的城市，劉銘傳還主持了臺灣歷史上第一次大規模丈量土地活動，興辦西學堂，聘請外國教師任教，爲臺灣培養了具有近代意義的人才，在劉銘傳治理下，臺灣面貌大變，同時起步島內的近代化與中國治海近代化，實爲開啓臺灣近代化建設之第一人。
日本之所以這樣宣傳是因爲島內所有的近代化企業都在日本人的人控制之下，這樣一來，他們就可以完全抹殺以前臺灣人民自己的建設成就。
在教育方面，日本人有意識的差別對待又是一個體現，在日本統治期間，殖民當局早在1896年就分別設立了最早的日語教學機構“國語學校”：“國語傳習所”：“國語學校”類似以後的中學，傳習所又分爲甲、乙兩科，分別以成人和兒童爲對象，其目的是“對本島人教授國語(日語)，作爲日常生活之用，並養成本國之精神”，日語教育非常嚴厲，在學校不準講漢語(臺灣話)，一講漢語即施予各種處罰。
1919年殖民當局出臺所謂“內地延長主義”，又稱“同化主義”，爲防止中國人接受高等教育，從中等教育開始，就限制中國學生所學專業；高等教育基本上由日本人獨佔，而且除了醫學專門學校及臺南高等商業學校外，其他一切高等學校都在日本國內舉行考試，教學內容是以傳播殖民主義文化爲主，有關中國的歷史、思想、文化均在被排擠之列，以從根上切除中華民族文化的影響，在初級教育階段，中國兒童就讀的則是“公學校”和“國語傳習所”及“教育所”(高山地區的原住民兒童就讀)，無論在什麼學校，都把日語當作基本語言。
此後日本在臺灣更積極地普及教育和推廣日本語，1930年臺灣的學齡兒童入學率不到30%，到1938年增爲50%，1940年更增加到72%，1930年臺灣懂日語的人不到10%，1937年猛增爲40%，1939年更增加到60%：“皇民化”運動不僅是從語言、文字上做文章，宣揚“日式文明”，還強迫中國人從生活習俗：宗教信仰、文化藝術、時令節氣等方面向日本方式看齊，殖民當局嚴禁臺灣民衆信仰民間的各種傳統宗教、神靈，燒燬臺灣民間祭祀的諸家神靈，專設日本的天照大神，並且強令在10月27日各行各業都要祭祀；中、小學則規定每月1日、8日、15日都要按時參拜神社。
第17任總督小林躋造在1936年9月到任不久，即開始大規模推行“皇民化”運動，1937年9月30日，日本殖民當局在臺北市公會堂召開“(日本)國民精神總動員講演會”：“皇民化”運動就此正式開始，其主要內容是，進行親日思想宣傳和精神動員，極力消除臺灣民衆的祖國觀念，灌輸“大日本臣民”思想。
之所以會出現這種狀況，是因爲殖民當局認爲“教育是一把雙刃劍”，對於日本的殖民統治來說，臺灣人具有高知識水平並不是什麼好事，因此他們主張在臺灣只進行很有限的教育，實行實際上的“愚民政策”，並宣傳臺灣日本化，1925年成立臺北帝國大學，但這所大學裡收容臺灣子弟很少，一般臺灣子弟只能上像醫學專修這樣的專門學校、職業學校，其目的是爲了接受技能等實用性培訓以滿足日本統治的需要，很少人有機會接觸文科性的精英教育，這些教育都要到日本本土去上，足見日人在臺殖民教育的目的根本不是爲了提升臺人的文化與知識，而是爲了完全把臺灣給從文化上抹去。
在醫學上，日本對臺灣本地的中醫也實行取締滅絕的政策，1897年日本佔領臺省之統計：當時有中醫1070人，據當局分析，富有聲望者29人，通儒施醫者91人，自稱祖傳者97人，其他均爲一般時醫，佔80%左右。
1901年，日本佔領者對臺灣中醫進行考試(按：日本明治維新對其本土之漢方醫生舉行考試，主要考西醫，其目的是將中醫改造成爲西醫，爲消滅取締中醫的一種手段)，然而申請報考者竟多達2l26人，經過考試及格者仍有1097人之多，可見我臺省中醫界求生存競爭之烈，加上未經考試而有許可證者650人，以及考試不及格但給予同情許可證者156人，因此，臺灣本世紀初，有合格中醫師1903人，此後，日本爲了在臺灣推行其消滅中醫的政策，不再舉辦中醫考試，從此，中醫絕了後來者，三十多年間，中醫師只能年年減少，乃至完全消滅。
同樣爲了取締臺灣本地中醫，和推行日本的西醫的需要，日本還在臺灣制定了一系列的衛生制度。
首先是關於醫療衛生行政方面，日本佔據臺灣後，設總督府於臺北，在衛生行政方面，分設中央及地方衛生行政機關，初置衛生事務所於臺總督府官房，主管臺灣衛生事務，由民政局內務部警察課掌管保健衛生，由軍部辦理醫事衛生，因官制改訂，幾經變革後，設衛生課隸屬總督府警務局，爲中央衛生行政機關，掌管島內一般衛生行政，其主管業務包括：傳染病及地方病、衛生保健、海港檢疫、上水(飲用水)及下水(水溝)和市區及港灣之衛生計劃、醫制及藥制、官公立醫院、取締鴉片及其代用品，有關濟生會及其他施藥事項，地方行政機關有臺北、新竹、臺中、臺南及高維五州及臺東、花蓮港、澎湖三廳，各州警務部置衛生課、各廳警務課置衛生系，以分掌各地方之衛生行政事務。
再者在醫學教育方面，爲了完全杜絕中醫的發展，也對西醫的教育非常之重視，日本據臺後，總督府於1895年6月20日在臺北大稻埕千秋街創立了臺灣病院(後改稱臺北病院，再改稱臺北醫院)，兩年後，即1897年4月，臺北醫皖院長山口秀高在院內設立醫學講習所，集臺灣子弟約30名施以近代醫學教育，入學者多爲日語傳習所畢業生、醫生(中醫師)，及藥店弟子，初期由臺北醫院派醫師四名，藥局人員兩名擔任教學，教授一般課程(物理、化學、數學、地理、歷史、動植物學等)及醫學，此爲日本據臺後醫學教育之開始。
此試辦之醫學講習所頗具成效，乃於1899年制定總督內醫學校官制，4月正式成立臺灣總督府醫學校，1902年5月11日第一屆本科學生3名畢業，第二屆僅有畢業生1名，第三屆10名，第四屆9名，第五屆增加到23名，其後，年有所增，醫學教育逐漸步上軌道，早期的醫學校沒有屬於自己的醫院，而基於日本殖民主義者對臺灣人的歧視，以日本病人爲主體的臺北醫院不開放給臺灣學生做臨牀學習，只能由日本教師率領檯灣學生遠路到臺北仁濟院或行旅病人收容所做臨牀實習。
日本統治臺灣時期所設之最高學府爲臺北帝國大學，該校開設之初，只設文政、理農兩學部，至l936年始設立醫學部，以臺灣總督府臺北醫學專門學校校舍改充醫學部之用，1936年1月7日，制定臺北帝國大學醫學部規程，3月23日任命三田定則爲該學部第一代部長，臺北帝國大學醫學部的教授多由日本本土各大學教授、副教授中選拔，一部分由臺北醫學專門學校或臺北醫院主任級醫師轉任，杜聰明爲臺北帝國大學醫學部中唯一的臺灣人教授，1937年三田定則升任臺北帝國大學總長，由東京帝國大學名謄教授永井潛接任醫學部長，臺北醫院移管，成爲臺北帝國大學附屬醫院，小田俊郎任初代院長。
日本的做法取得他們想要的效果，雖說對於醫療方面的現代化有所幫助，在傳染病方面也有所作爲，對於一些傳染病的防治工作的也有了一定的作爲，但是在這期間中醫的發展完全陷入了低潮，甚至說停頓，因爲隨着時間的推移，中醫已日漸減少，西醫之培養由於受到當局的支持，畢業者漸多，到了1931年，日本昭和六年末，殖民當局對我臺灣省各地之醫藥情況進行了比較系統的調查統計，有醫藥人員共3l61人，其中本島人之醫生325人，經營中藥者2519人，經營洋藥者112人；內地人之經營中藥者17人，經營洋藥者179人；外國人之經營中藥者9人，醫生共計325人，僅佔藥物經營者2836人的11.5%，而且這些醫生均集中在臺北、新竹、臺中、臺南，而澎湖、花蓮港與臺東竟無醫生，這完全是日本佔領者在臺推行其消滅中醫政策的典型惡果，日本的中醫文化滅絕政策基本上取得了成功。
日本在臺灣的所作所爲引起了臺灣的有識之士和愛國人士的反感和抵制，使得島內的反抗鬥爭一直不斷，也爲即將到來的中國收復臺灣打下了一定基礎，