至於爲什麼清廷的水師會缺炮，這件事情還得從清初的三番說起，後人所知道的三番是指的尚可喜、吳三桂、耿精忠，實際上在康熙元年的時候，耿精忠纔剛剛年滿十七歲，還不到十八歲，所以這個時候的福建靖南王還是耿精忠的老子耿繼茂，歷史上直到1671年耿繼茂才嗝屁了，耿精忠這才繼承王位，這傢伙纔剛剛坐上王位不久，西南方向的吳三桂就舉兵造反了，這一下子年輕氣盛的耿繼茂也立刻起兵響應，這才“留名青史”。
耿繼茂這個人目光短淺而且嗜殺成性，在當初和尚可喜一起攻打廣州城的時候，因爲城中的百姓不願意投降清廷，因此死戰不降，；兩人一連攻打多日不下，最終兩人計窮，只好將廣州城包圍起來，阻隔城中和外界的聯繫，一連圍困城池長達十個月之久，終於打破城池，而這個時候廣東還尚未被敕封爲尚可喜的領地，於是耿繼茂便藉口城中的百姓負隅頑抗，縱容手下的士兵在城中打死燒殺，士兵燒殺搶掠，無惡不作，大規模的搶劫活動持續了整整十二天，廣州城內四十萬百姓加上逃難於此的百姓共計七八十餘萬人，最後竟被屠殺了超過七十萬人。
這一戰徹底將反清復明的根基打垮了，要知道廣州市舶司在明朝末年的稅收幾乎佔到了全國稅收的一半，廣州城的淪陷使得各地的反清志士都喪失了經濟上面的補助和救濟，慘烈的屠殺也給了所有漢人一個巨大的警示。
這個時候福建纔剛剛安定兩三年的時間，耿繼茂自然不想清廷無緣無故的在自己的地盤上面駐紮這麼一支大軍，所以不僅截斷了清軍水軍的陸上糧食補給，而且還阻撓施琅招募的工匠前去金廈兩地，不僅如此，他還派出軍隊在廈門一帶佈置下防禦，說起來是防禦外敵入侵，實際上是將施琅的勢力排除在外，這一下子施琅只好將海軍的駐地駐紮在了金門島上。他手中除了金門之外還有一處港口，那即是馬港，這座港口是他在之前逼走鄭家水軍的時候興建的，這個時候依然在清軍的手中。
耿繼茂的封鎖使得施琅這個時候招募不到鑄炮匠人。糧食被截斷了他可以走海路運輸，但是鑄炮的工匠別的地方卻很難招到，要知道，在明朝末期的時候，廣州福建一帶的匠人所鑄造的火炮佔據了絕大部分。大部分的匠人都聚集在這兩個地方，這個時候耿繼茂一封鎖，他就招不到人了。
施琅自然知道耿繼茂是對於自己出現在他的封地感到不滿，但是這個時候福建距離臺灣時最近的，如果不在福建一帶備戰，難道還要讓他去浙江或者廣東嗎？
浙江倒也不是不能行，但是畢竟距離臺灣的距離稍稍有點遠，而且船隊駛過去將要直接面對對方的首要城市基隆，這座城市施琅已經瞭解的很清楚了，城市的規模很大。比之廈門來說還要更勝一籌，而且基隆還有一處天然的良港，城外還有三座炮臺，據探子回報說，這三座炮臺上面的火炮不下百十門，且極爲堅固，居高臨下堪爲鎖鑰。
施琅自然不想去碰這種硬骨頭了，柿子揀軟的捏，他的目標是臺南，這座城市幾易其手。分別駐紮過荷蘭人、鄭家軍、樑國和目前的中華軍，從理論上來說長時間的戰爭勢必會帶來破壞，加上這座城市被中華軍掌握的時間還不是很長，所以從理論上來說這座城市的防禦力量是最爲薄弱的。勢必也是最好拿下來的。
臺南距離基隆還是有些遠的，施琅計劃拿下這座城市之後以此爲根基，分別從南北兩個放行出兵，配合着大陸跨海而來的軍隊，能夠輕易的封鎖掉基隆的海面，然後再從海陸兩地同時發起進攻。首先摧毀或者拿下敵人的炮臺，再對基隆市發起總攻，在這項計劃之中，有兩個地方至關重要，這兩個地方分別是澎湖島和臺南市。
這也就是爲什麼施琅一定要留在福建的緣故了，只有留在福建，他才能將澎湖島這個關鍵支點牢牢的掌握在手中，如果他的大軍移師浙江，那麼他將不可能保住澎湖島，這樣一來他的作戰計劃將被徹底的打亂。
儘管澎湖島上目前的駐軍不多，前幾天他還將島上的十艘軍艦調回來了六艘，只留下四艘快船，而且向守軍交代了，一旦發現敵軍有奪島的企圖，則立刻放棄澎湖島搭船離開，施琅這麼看重澎湖島，但是卻好像對它的得失看得不重，這是因爲這座島嶼實際上是他的一個誘餌。
澎湖島上沒有人口定居，島嶼的面積雖大，但是能夠提供的地形實在是不便於防禦，加之中間還有一個巨大的湖泊，使得它對於雙方來說都猶如雞肋，食之無味棄之可惜，派兵去防守又容易遭到對方的攻擊，而己方這邊的馳援速度根本就來不及救援，這對於雙方來說都是一樣的，所以施琅知道中華軍並不會出動大軍來攻佔澎湖。
但是對於進攻一方的清廷水軍來說，這處島嶼掌握在自己的手中，意味着自己多出來了一個前出基地，日後大軍出征，可以以此爲中轉站，建立防禦設施和補給設施，不方便參加戰鬥的運輸和後勤船隻則可以到此地來卸貨，如果敵軍傾巢而出前來襲擊，那麼就正好中了他的下懷，在自己熟悉的海域和自己不太熟悉的對手交戰，總歸是要比在陌生的海域和陌生的對手交戰的好。
而且真的到了那個時候，清軍的可選擇的餘地可就大了去了，既可以選擇和中華軍在澎湖決戰，也可以趁着中華軍傾巢而出，臺灣島上的防禦空虛的時候趁機發動對島攻擊，豈不是完全處於主動的一方？
施琅的計劃看上去挺美的，但是這個時候他手裡沒有足夠數量的火炮，這可就是完全施展不開了，所以這兩天他再三的向耿繼茂溝通，希望對方能夠通融一點，甚至表示只要收復了臺灣，他可以上書給朝廷，將臺灣島劃歸到福建的管轄範圍之內，這等於白白的送給耿繼茂一座大島和數十萬的人口，更不用提島上的財寶了。
但是耿繼茂雖然目光短淺，但是他卻看透了施琅的用意，無非就是給自己畫一個大餅，以他的身份，這樣的事情根本就不是他自己能決定的，他上一道奏摺，就可以說自己已經盡力了，但是事情肯定是沒有譜的，所以他對施琅的請求置若罔聞。
施琅被耽擱了近一個月的時間，最後只好放棄了這一打算，於是上書朝廷，表示了自己的困難，請求將江南一帶的陸軍的火炮先暫借給海軍，並且請求從附近地區調遣熟練的匠人前來金門島鑄炮，其他的鐵礦銅礦的要求也一併呈上去了。
施琅自己也知道這道奏摺恐怕至少要等一個月纔能有批覆下來，所以儘管知道這個時候中華軍的主力艦隊不再臺灣，但是苦於手中的裝備不全，沒辦法趁機發兵，不過這個時候雖然火炮沒有備齊，但是新招募的水手們還是要拉出來訓練一番的，所以就如同中華軍的探子所彙報的那樣，施琅每天拉着一大隊人馬駕駛着戰船在金門一帶的海域進行海戰的訓練。
就在這個時候，遠在千里之外的南洋一帶，張聰帶領的人馬終於得勝歸來，只不過他們先返回了馬尼拉市。
幾個蘇祿王國的國王都被請來“參觀”馬尼拉，這幾個小國的軍隊都已經被中華軍打垮了，只是因爲目前中華軍的兵力收縮，沒辦法派兵軍事佔領打下來的這些地盤，所以張聰便選擇了對這些小國進行威懾。
幾個國王被帶到中華軍的鐵甲艦上去感受了一番堅船利炮，這種巨大並且堅固的鐵甲艦已經給了他們巨大的震撼了，再加上馬尼拉城裡面一萬兩千名士兵組成的方陣帶給他們的震撼，之後還要中華軍士兵的火器操練，包括火槍和火炮的演練，都給這些還停留在冷兵器時代的小國巨大的震撼，他們對中華軍的實力大爲震驚，紛紛表示要友好，不敢在跟中華軍爲敵了，於是就在這樣“友好”，“熱情”的氣氛之中，這幾個國王和中華軍簽訂了一些列的條約，包括承認中華帝國爲他們的宗主國，允許中華帝國派人到他們的國土上去開礦和經商，他們不得干預，幾個國家的稅收要上繳一半給中華帝國，並且軍隊的數量也要嚴格的控制，不得再行反叛，否則下一次中華軍出動之後將不再允許反叛國繼續存在下去。
當然了，打一嘴巴也要給個甜棗，面對着日益嚴峻的荷蘭人的襲擾，中華軍也承諾將給予這幾個小事上的保護，只要他們遭遇到了外敵的襲擊，就可以向中華帝國求援，出於宗主國的義務，中華軍將幫助他們抵抗入侵，當然了，行動的軍費雙方要互相平攤的，不能白出兵不是。
在安定了呂宋的事情之後，張聰也立刻率領着軍隊趕回臺灣，一路上艦隊全速前進，五艘鐵甲艦的具有速度優勢，所以先行趕回來了。。