荷蘭人的到來徹底葬送了明軍的大好局面，由於後隊戰船上的士兵這個時候大多數已經集中到了前面參與廝殺了，明軍這個時候根本沒有能力抵抗荷蘭人的進攻，黃庭明白明軍敗局已定，他一面下令明軍動撤，一面親自率領十數艘戰船前去阻截荷蘭人，以免他們直接衝擊進明軍的陣型中去，給明軍造成進一步的混亂。
黃庭的這個舉動拯救了數千名明軍將士的性命，明軍開始撇下清軍開始後撤，清軍這個時候見到援軍到來，明軍開始撤退，全軍士氣大振，連一直不敢作戰的那些士兵這個時候也敢於追擊明軍。
明軍向東突圍了幾十裡，海面上到處都是冒着濃煙緩緩下沉的戰船，清軍這時候也無力再追，況且海面上還有許多落水的士兵需要搜救，便停止了追擊，此時黃庭的艦隊已經被荷蘭人擊敗，黃庭帶着剩餘的幾艘戰船逃到了金門，帶着島上的一些明軍準備向南邊撤退，金門島上這個時候也是一片混亂，廈門的清軍趁着明軍水軍在金門北部跟清軍水軍決戰之際，發兵直接進攻金門島，鄭經見敗局已定，再也不肯在島上多呆一刻了，帶着陳氏和一衆家眷乘船逃向臺灣，好在這個時候金門附近的清軍和荷蘭人的主要目標都放在了擊敗明軍水軍上面，因此金門島上許多士兵紛紛乘船東逃，在金門島被完全攻陷之前逃出了一部分，由於島上船隻有限仍然有近八千名士兵無法逃離，這些士兵少部分戰死在戰場上，大部分都成了清軍的俘虜，施琅和耿精忠爲了向皇帝請功，將這部分俘虜湊成八千整數，押送進京，表奏朝廷以示福建明朝遺逆已經蕩平。
前去金門增援的劉國軒部，還未到澎湖便已經接到了明軍戰敗的消息，他怕清軍和荷蘭人聯合起來進攻臺灣，便駐軍在澎湖，接收金門方向的敗軍，又派人將這一消息向鄭成功稟報。
不料他的消息還沒傳來，金門方向的明軍敗軍反而先行抵達了臺灣城，這才使得島上明軍軍心不穩，鄭成功更是憂心忡忡。
不過這些消息項玉還是不知道的，他只知道上面調遣他的部隊駐守在天興縣以西的這片區域放置荷蘭人的突襲，可是一連好幾天別說荷蘭人了，海面上連個人影都沒有見着，項玉這幾天也沒有閒着，他跟着漁村的幾名漁民將這一帶跑了個遍，根據地圖上面繪製的地形對每一處地形都做了深入的瞭解，之所以要做這件事情一方面是方便日後作戰的需要，另一方面就是因爲項玉需要大量的資料來製作他的沙盤。
在何安和鄧明的幫助之下，項玉的這個簡易的沙盤算是製成功了，沙盤長約七尺，寬五尺，擺在項玉的中軍大帳裡面顯得十分龐大，不過這東西確實是好東西，不僅是項玉自己覺得十分滿意，就連張聰張三亮幾人都覺得這沙盤看起來十分直觀，對於日後排兵佈陣確實有很大的幫助，比起一半的地圖來更容易讓人瞭解戰場的地形特點。
項玉手中的新兵比較多，這個時候都在由老兵加以訓練，漢人士兵和土人士兵的訓練又有一些區別，漢人士兵們都是訓練火器的使用，主要是火繩槍和燧發槍的操作，這個時代的槍械的做工比較差，加上士兵們在戰鬥的時候都市成排齊射，因此有許多士兵的槍械發生了阻塞，子彈淤積在槍管裡面，並沒有發射出去，由於齊射的時候產生的槍聲和白煙的干擾，許多士兵並沒有法相自己槍械發生了阻塞，還是照舊往裡面裝填子彈和火藥，這樣的結果是新裝填的子彈當然還是射不出去的，如此一來不僅明軍齊射的火力減弱了，而且這名士兵的槍管還很有可能發生炸膛，戰場是士兵密集成排，一旦炸膛將會對士兵自己和周圍的友軍都造成殺傷，這種損失甚至有可能超過敵人給己方造成的傷亡，鬆錦大戰中明軍就有過這方面的慘痛教訓。
對於這種情況，就需要在士兵平時的訓練之中給他們着重強調這一點，讓他們在每次射擊完了之後要及時檢查和清理槍管，並且規定一旦槍管發燙或者連續射擊二十次之後要至少等到槍管完全冷卻之後才能再行射擊，這樣做事爲了進一步減少明軍因爲機械故障而造成的傷亡，這些事情是項玉在經過了幾次大戰之後總結出來的，塗嶺大戰之後他就發現，一個未必經過長時間訓練的士兵使用火槍的戰鬥力要比使用冷兵器高得多，而且火槍操作起來比起弩箭弓箭來說更爲簡單，形成戰鬥力也要更快，就比如這羣新兵，要是讓他們到戰場上使用冷兵器廝殺，恐怕他們會被嚇得雙腿戰慄，一下子變成戰鬥力爲五的渣渣，但要是讓他們在遠距離上面結成陣型放槍，由於沒有近距離敵人給的壓迫感，他們往往還能發揮出一些戰力。
項玉一直比較重視軍中的槍械的改造工作，之前的那個修理槍械的老師傅徐則清這個時候也在軍中，項玉在出徵之前就將他帶上了，之前從葡萄牙人那裡得到的燧發槍給了徐則清一部分用來研究，徐則清連同明軍中的幾位老匠花了一個多月的時間終於將洋人的燧發槍的結構研究透徹，只是明軍這邊的焊接技術暫時還不能夠滿足要求，因此無法試製明軍自己的燧發槍，到了臺灣島這邊之後，項玉在臺灣城和赤嵌城中找到了幾名荷蘭人的維修工將，這些人中有幾人是漢人，項玉便將他們要了過來，連同荷蘭人的技術師在內一共十二名技術人員，和一些修理鍛造的工具器械，明軍有了這些裝備之後終於可以試着製造自己的燧發槍了。
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項玉將這件事交給徐則清幾人之後便將精力轉到了別的地方，漸漸的忘記了此事，這時候看見新兵訓練的時候用的還是老舊的火繩槍，又突然想起了這件事情，也不知道徐則清他們的燧發槍製作的怎麼樣了，他一念到此便再沒心思觀看新兵訓練了，立刻就想軍營中的軍械所方向走去。
明軍的營地的東側靠近天興縣的方向就是軍械所的所在，這裡不是搭建的帳篷，帳篷的空間太小，不適合工匠們進行操作，明軍搭建了一圈堅固的板牆，有很多工作都是露天進行的，爲了不引人注目和出於保密需要，項玉下令搭建的這道板牆，板牆的入口處還有兩名軍士守衛着，不允許旁人進去或者圍觀。
軍械所裡面搭建的都是堅固的木質民居，再向東側還有一個較大的試煉場，是給工匠們測試武器性能使用的。