此時的聯軍內部也變得微妙起來，馮信派來請降的消息傳到了荷蘭人那裡，荷蘭人欣喜若狂，明軍的內亂對於他們進軍臺灣島，重新奪回臺灣島這個殖民地來說實在是一個大好消息，他們一邊積極準備進軍臺灣，一面催促清軍加快動作。
但是這個時候的施琅卻又不願意進兵了，施琅他雖然是跟荷蘭人聯手打敗了明軍的水軍，但是他並沒有料到鄭成功會在這個時候突然去世，這一下子打亂了他的很多計劃和部署，施琅雖然是一名清軍將領，他同時也是一名出生於南方的漢人，他明白清廷並不是真的看重他們這些漢人，尤其是他還是一個降將，一旦他將明軍徹底蕩平，那麼他對於大清王朝對於滿清貴族來說，他施琅的使命算是完成了，他們可以隨便的將他一腳踢開，所謂飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹他施琅就像那良弓和走狗一樣變得毫無用處最後被無情拋棄。
在這之前清廷將鄭芝龍一家上下全部斬殺，這件事情對於施琅的觸動很大，鄭芝龍不僅是他的老上司，帶着他混南洋當霸主，還給了他施琅出人頭地的機會，鄭芝龍尚且能夠被清廷處死，更何況是他這個反覆投降輾轉不定的人呢？
因此施琅明白要給自己留一個對手，好讓清廷不敢輕易的棄用自己，這個對手不能太強，對手太強了局勢難以把控，他施琅也身上的壓力也會變得極大，對手也不能太弱小，太弱小的話清軍可以找到另外一個人替代自己，比如說明軍的很多水師降將，就像之前在金門島投降清軍的明軍水軍主將黃庭，這個人投降的當晚就被施琅派人秘密毒死了，原因很簡單，這個人的能力已經強到可以部分代替他施琅的角色了，這是他絕不容許的。
同樣的，臺灣島這個時候也不能真的攻打下來，打下來不僅對自己不利，而且會白白便宜了荷蘭人，荷蘭人的艦隊數量雖然不多，但是在金門海戰中的表現卻令打了一輩子海戰的施琅感到十分震驚，這支軍隊的戰術素養，戰術執行能力實在是出衆，黃庭的十幾艘戰船被他們輕鬆的擊潰，荷蘭人的船堅炮利使得施琅對他們的警惕性變得十分強烈，他以清軍在之前水戰中傷亡慘重，元氣大傷爲由駐兵在澎湖，拒不前進，不願意協同荷蘭人一起進攻臺灣。
荷蘭人發現清軍突然變卦，遊說施琅半天，施琅只是不理，荷蘭人氣的只能破口大罵清軍失信，沒有別的什麼辦法，然後氣急之下帶着軍隊自己去進攻臺灣島。
他們經過偵查後發現島上的明軍水軍主力都在西南方向的臺灣城裡面，而臺灣城的這支水軍實力比較強勁，加上週圍的地形對於荷蘭人不利，因此他們沒有打算直接去進攻這支明軍，轉而將目光瞄準了駐紮在赤嵌城一帶的另一支明軍，這支明軍人數不算多，而且沒有海軍，沒有海軍意味着戰爭的主動權完全掌握在荷蘭人自己的手中，他們可以從多個地點登陸，可以選擇和明軍作戰的時間、地點甚至是戰鬥的規模，而明軍完全只能被動的防禦，在漫長的海岸線上將數量有限的部隊分散開去防守荷蘭人的進攻。
這就跟1840年第一次**戰爭的形勢差不多，只不過那個時候的清軍換成了這個時候的明軍，荷蘭人先後試探性的登陸了兩次，明軍很快就發現了登陸部隊，緊接着大隊的明軍便趕了過來，荷蘭人的陸軍還不到一千人，不可能在登陸場跟明軍硬拼，於是很快就撤走了。
很快雙方都發現了對方的弱點，明軍發現荷蘭人無論是從哪個方向進攻，自己都不去理會，荷蘭人最後還是要來進攻承天府，自己雖然沒有海軍，但是陸軍人數遠遠超過荷蘭人，在地面上打起來自己怎麼都不會吃虧，因此乾脆就不作理會了。
荷蘭人發現，自己由於陸軍人數有限，即使登陸成功也很難威脅到島上的明軍部隊，這個時候要是清軍的部隊還在的話那就好辦了，用清軍的兵力優勢可以直接威脅城中的明軍，荷蘭人哪怕是跟在清軍後面打仗，這一仗也不會太難，但是由於這個條件已經不存在了，所以只能另想辦法，荷蘭人發現明軍的弱點就在於，即使明軍在兵力上面有優勢，但是由於不敢分散兵力，害怕遭到己方優勢兵力的伏擊，所以明軍幾乎都放棄了外圍的據點，這就意味着荷蘭人可以出兵到島上去，在不被明軍發覺或者在明軍大軍趕來之前，在登陸地點洗劫一番，然後快速撤走，通過這種手段不停的襲擾明軍，而且可以達到以戰養戰的目的。
荷蘭人的這個辦法果然起到了效果，在承天府周圍的村莊部落很多都遭到了荷蘭人的洗劫，明軍每一次都派遣了軍隊，但是沒有一次能夠跟上荷蘭人的節奏，總是一副姍姍來遲的樣子，時間一長，老百姓再也難以忍受，他們不相信明軍有足夠的能力保護他們，紛紛拖家帶口向北遷徙，人口的轉移對於明軍來說是件不容忽視的事情，它不僅意味着明軍的兵源受到威脅，連帶着稅收，糧食供給，生產品的生產都會慢慢發生問題，只不過這個時候的明軍內部又陷入了一場動亂，明軍將領林鳳指責馮信畏懼洋人，不敢出兵與之交戰，卻只顧着對明軍內部進行清洗，表示不再服從馮信的領導，帶着龍冠營離開承天府，向東遷徙。
馮信哪敢放他走，一旦他走了底下的將領個個效仿，那他的統制就崩潰了，於是立即出兵阻攔，雙方發生了激烈衝突，衝突最後演變成了一場屠殺，一千餘名明軍被殺死，其中九百名龍冠營的士兵全部遇難，林鳳也被馮信下令處死，這場兵變發生於萬年縣東面的屏東，史稱“屏東事件”，屏東事件進一步分化了明軍內部的將領，表面上衆將領皆服從馮信的領導，其實每人都各懷鬼胎，打着自己的心思，這件事造成的影響是到了後來馮信除了自己的親屬軍隊三千人之外，其他任何人的軍隊調動起來都幾乎是不可能。
明軍這個時候的混亂更加加劇了荷蘭人的襲擾，他們如同明朝中後期東南沿海一帶的倭寇一般，變得十分難纏，百姓們深受其害，卻沒有能力自保，只能向北向東向島內遷徙。
荷蘭人劫掠到最後，終於將目標對準了項玉駐守的這個漁村，而項玉對此有沒有防備呢？