將教育和科技的事情安頓下來之後，擺在項玉眼前的還有一個行政體系的問題，明朝時朱元璋廢除了丞相制，中央採取內閣制、六科給事中以六部（吏、戶、禮、兵、刑、工）分擔行政權，到了永樂朱棣時期，
兵制：五軍都督府
五軍都督府爲：中軍、左軍、右軍、前軍、後軍五都督府。
地方上：西南地區採取“改土歸流”的流官制。其他是行省制度。
布政使一省之民事財務總管。
按察使一省之司法掌握者。
都指揮使一省之兵權掌握者。
總督始於明代。
既然如此，那麼項玉眼下在基隆的職位大約相當於一個地方的都指揮使，或者有點類似於總督，擁有一定的行政權。
明朝的制度並不是不能沿用，雖然有一定的侷限性，後世西方資本主義的君主立憲制和三權分立制度都比較好，但是目前的中國仍然處於傳統意義上的封建社會，資本主義還沒有發展起來，制度必須與實際結合，不能因爲西方的這些制度比較好就可也直接搬照來用，儘管這兩種制度目前都還沒有出現。
但是由於明朝此時實際上已經滅亡了，再打着明朝的旗號延續明朝的意義並不大，因爲基隆城裡面的百姓都是在臺灣生活了比較長時間了，他們對於明朝的感情已經很淡了，況且清軍入關已經將近二十年，南明朝廷也已經早就覆滅了，打着明朝的旗幟也不能夠獲得很大的支持，反而會礙手礙腳，束縛住項玉的行動。
所以項玉想要擺脫這一局面，就必須改變眼下身上揹負的明軍將領的稱謂，這件事情也不能操之過急，以免引起一些士兵和民衆的誤解。
這些事情都要和陳永華進行商議，陳永華才智過人，也不是一個愚忠之人，這些事徵求他的意見並不會讓他覺得爲難，實際上陳永華早先就勸過鄭家父子，讓他們另立旗幟，不要再受到南明朝廷的制約，不過後來隨着隆武帝的投降，鄭成功實際上已經沒有掣肘之患了，而且考慮到要收攬人心所以就沒有采取他的建議。
因此這個時候項玉向他徵求看法的時候，陳永華自然沒有表現出來特別反對，不過他考慮的要比項玉更加全面，他建議項玉先不妨從小事入手，加以改變，看看衆將領和百姓們的反應，比如在基隆城裡面不設置嚮明朝那樣的州一級的官員了，而是按照項玉心中的想法另設職位。
這一點項玉也早有想法，他打算在基隆市施行市長制度，設立市長一職爲一市最大的官員，下面分設幾個副市長來分別負責不同的領域，不過眼下基隆城還不大，管理起來也不是那麼複雜，所以副市長不需要那麼多，免得引來了臃腫的官僚體系。
陳永華雖然不知道市長是什麼樣的官員，不過推測應該是和明朝的知府是一樣的性質，至於下面的副市長什麼的，應該是和通判同知是一樣的性質。
至於軍隊方面，項玉的想法可就多了，明朝的時候設置衛所制度，將領的職位和編制到了後期變得十分混雜，後經戚繼光的改革，出現了營制建制，項玉決定在此基礎上加以完善，這個時候戰場上還是流行大規模集團作戰的，因此按照後世的班排連的建制來編制的話意義不大，所以主要建制還是以營爲主，一營的士兵人數在五百至一千人左右，五個滿編制的營劃爲一軍，這樣一軍的人數在兩千五百到五千人之間了，然後十個軍編爲一個集團軍，三個集團軍編爲一個方面軍，有點借鑑解放戰爭期間解放軍的編制，其實後面的編制對於眼下的基隆軍隊來說意義不大，因爲項玉手中目前包括海軍在內，總人數剛剛達到一千六百人，陸軍只有兩個滿編制的營，海軍也才四百餘人，陸軍短時間內的發展不會太大，畢竟由於受到了人口總數的制約，可以充當兵員的青壯男子數量不足，所以爲了發展經濟，軍隊短時間內不會擴編。
但是海軍因爲要進一步的發展壯大，加上已經派遣部隊前去招募沿海一帶的漁民，所以今後將會適當擴軍，在臺北的北方不遠處有一個長鏈條似的羣島，叫做琉球羣島，項玉下一步的計劃就是要帶着海陸軍前去征服這幾個島國，不僅是擴充地盤而且是爲了吸納人口，這三個國家的人口總數在八萬人左右，如果能夠吸納進來對於基隆的發展也是極大的促進。
這時候基隆裡面的商行們已經再考慮出海做買賣了，由於銀行的貸款，使得許多企業都擴大了生產，短時間內還看不出什麼，但是長此以往，整個基隆的市場將會迅速出現飽和，因此許多精明的商人已經再向政府詢問何時可以有條件和外國通商了。
其實在荷蘭人殖民臺灣期間，荷蘭人和日本人之間的商業往來也是十分頻繁的，連帶着許多臺灣的商人其實是跟日本做過生意的，只是目前苦於能夠出海的船隻比較稀少，所以這些商人的願望恐怕還得在等待一些時間了。
造船廠裡面這時已經增開了三個生產線了，工人們日夜奮戰，加上技術的逐漸成熟和熟練，所以這個時候已經生產出來了兩艘大船了，這兩艘船項玉之前的打算是經過了海試之後就裝備給海軍的，因爲海軍的第一次行動十分成功，沿海一帶有許多人忍受不了清朝的統制，正在向南洋一帶遠遷，基隆的軍隊一去就很容易拉到了一大批移民，受制於船體的容量，這一次一共運回基隆一千二百餘人，還超載了兩百餘人，這大大超出了項玉的預估，也使得他對於移民的前景變得期待起來，而這時海軍需要更多的船隻投入到海上的運輸當中去。
項玉考慮了良久，眼下兩個方面都需要船隻，基隆的發展需要人口，但是商業的發展才能吸納這些多出來的人口，因爲畢竟土地是有限的，隨着人口的增多，分給每戶人口的土地勢必將會越來越少，因此要爲這些人口的安置找到出路的話商業的發展吸納就業人口就是重要的途徑了，所以項玉最終還是見這些船隻交給了商會，由商會安排船隻出海進行對外貿易。
商人們聽到這個消息，自然十分興奮，不僅紛紛報名參加第一次遠航的商隊，而且吸納了更多的工人擴大了生產規模。
項玉這時利用這些吸納過來的大陸人士，將他們一部分吸收進入海軍，開始了海軍的擴張之路，將剩餘的部分人則加入到了造船廠，這些人中不僅有漁民，還有很多是之前沿海一帶造船廠的技術工人，更有人甚至是船廠的設計師，他們的加入不僅使得船廠的用工荒得到了緩解，而且還帶了一些成熟系列的戰船。
到了1662年的春天，基隆市裡面的人口數量已經達到了九萬人口，城市裡面的之前預留出來的空地已經所剩不多，城外面也是一片片的農田和工廠林立，此時基隆的陸軍已經發展到了兩千五百餘人，海軍也已經有了超過三十首戰艦，近三千的兵力，每個月都可以從沿海一帶運輸近一萬兩的人口，這些都使得項玉的目標變得越來越近，但是這個時候項玉卻顧不上這麼多，因爲他和松下美惠子已經正式定親了，而且婚期就定在這一年的二月十四號，項玉沒辦法知道陽曆的日期，雖然這一天是農曆，但是單單是這個日子就很值得推敲了，那不就是後世的情人節嘛？
自從項玉搬回府中之後，兩人之間的見面次數漸漸多了起來，彼此之間的關係變得愈加親密，而且松下美惠子隨着來到中國的時間的增長，也越來越融入了中國的生活，考慮到她在基隆並沒有長輩父母，因此便認了陳永華爲異姓兄長，以他爲長輩，陳永華也變成了兩人的媒人，項玉這邊因爲也是沒有長輩家人，所以便由府中的林管家上門去提親，派了媒人前去說媒送聘禮，之後雙方“長輩”一同協商一個良辰吉日，定位婚期，兩邊“長輩”自然是考慮兩人的意見的，松下美惠子喜歡百花盛開的春天，而基隆的春天來得比較早，二月份的時候就已經漫山遍野的都開滿了野花，所以項玉便選了這麼一個在後世轉爲情人準備的節日作爲成婚吉日。
可惜的時這個時候不知道陽曆的2月14是農曆的那一天，只好最後選用了農曆的時間。
定下了迎娶的時間，松下美慧子這時候就不能再住在項玉的大將軍府了，因爲接親的時候總不能到自己的府中接親再到自己的府中拜堂吧，於是陳永華那邊便將松下美惠子借了過去，在他這個“長輩”的家中暫住幾日，當做松下美惠子的孃家。
這件事情是全基隆的重大喜事，因此學校和工廠全部都放了兩天的假，就連工礦裡面的一衆日本俘虜也都放假兩天，讓他們能夠前來參加自己公主的婚禮。
軍方爲了保證婚禮的順利進行，不僅抽掉了大部分的軍力，而且對於沿街的迎親隊伍都嚴密保護，以防止意外和人多慌亂踩踏的發生。