1294年英法兩國爆發戰爭，爲拓展財源，腓力四世違背誓言和古老傳統，而昧着良心向神職人員徵稅，並警告說如果不交稅，那麼你的教會財產將被扣押，這嚴重觸犯了教會的利益和權威，腓力四世與教皇的矛盾明朗化。
和其很多前任一樣，卜尼法斯八世頑固的堅持教皇至上論，他於1296年2月頒佈了著名的教諭《教士不納俗稅》。
“沒有教皇授權，國王不能向任何神職人員或教會財產徵稅，如果有神職人員非法交稅，那麼他將被停職，如果是主教將被免職，非法徵稅的統治者會被開除教籍，他們的國家禁止一切宗教活動。”
教諭的措辭強硬，但教皇並未點名抨擊腓力四世，原因在於教皇需要腓力四世支持其在西西里晚禱戰爭中的利益，交戰一方的查理二世是腓力的支系叔叔。
1296年8月法國國王痛下殺手，以處於戰爭（與英國）時期爲由，禁止教會的收入流出法國，同時驅逐在法國的外國銀行家。
因此教皇最重要的資金來源被切斷，此刻他偏偏需要錢來化解西西里危機，卜尼法斯不得不稍作妥協，發佈了一個教諭表明教皇不會禁止神職人員在必要的情況下幫助法王，教諭重申腓力必須遵守《教士不納俗稅》，並暗示與教皇作對是不明智的。
卜尼法斯八世接連遭遇不利局面。科隆納家族的死對頭樞機主教奧西尼（奧西尼家族也是羅馬的望族）、西西里戰爭的盟友查理二世都對教皇的意大利政策表示不滿，同時卜尼法斯的西西里斡旋也告失敗。
面對內憂外患，教皇寫信給腓力的口氣一封比一封柔和，教皇發佈新教諭聲明：《教士不納俗稅》暫不適用於法國；腓力可以在他認爲必要的情況下向教會徵稅。
1297年8月，教皇追封腓力四世的祖父路易九世爲聖徒（聖路易），1298年英法戰爭的停戰仲裁過程中，卜尼法斯也是一味取悅法國，教皇和法王的第一輪較量以前者失敗告終。
教皇的意大利死敵科隆納家族沒有息事寧人，1297年5月，斯特法諾.科隆納搶劫了教皇運往羅馬的財物，卜尼法斯大怒，科隆納家族同意歸還財物，但拒絕交出嫌犯。
科隆納家族的兩位樞機主教還掀起了一輪輪針對切萊斯廷退位合法性的強烈質疑，斷言教皇選舉不合法，指責教會買賣教職。
卜尼法斯將科隆納全族革除教籍，同時召集十字軍攻擊後者的領地和最堅固的城堡帕萊斯特里納，1298年10月，科隆納家族投降，全體成員跪在教皇面前祈求寬恕，後者仍然下令將帕萊斯特里納夷爲平地，並在土壤裡撒鹽，就如同當年羅馬軍隊佔領迦太基城的所作所爲。
但丁在《神曲》地獄篇裡痛斥卜尼法斯的暴行，將其打入第八層地獄，兩位樞機主教和部分家族成員越獄逃往法國投靠腓力四世，卜尼法斯的兩個死敵聯合起來。
1300年2月22日，卜尼法斯八世宣佈本年爲聖年大赦，這是基督教歷史第一個大赦年，大獲成功，有二十萬人前往羅馬朝聖，教皇的宗教權威得到鞏固，朝聖活動也給教廷帶來意外之財。
卜尼法斯八世之後的教皇把大赦年當作斂財工具，克雷芒六世於1350年舉行了一次，他之後，大赦年從50年縮短爲33年一次。
第一次較量結束以後，教權與王權再次進行了第二輪較量。
1300年前後，雖然也有摩擦，但教皇和法國國王的緊張關係趨於緩和，法國國王甚至派軍幫助教皇平定佛羅倫薩和西西里叛亂，但兩人關係再次破裂的導火索是1301年夏天腓力逮捕了一個法國主教，這位主教被控叛國和異端邪說，在國王法庭受審，腓力的行爲嚴重違反了教會法——只有教皇才能審判主教。
1301年12月教皇要求立即釋放主教，並號召法國的主教們到羅馬組成一個委員會，審查法國的宗教和國王政府的問題。
卜尼法斯同時寫了一封機密私信給腓力，信中再次申明教皇與國王的關係：國王對教皇的不敬是不可理喻的，是無信仰的預兆。
結果這封信被腓力的首席顧問皮埃爾.弗洛特篡改而且公開，信件裡教皇氣勢凌人，肆意打壓國王的傳統封建權力。
1302年4月，腓力四世順勢召開了法國曆史上第一次三級會議，煽動起全國的反教皇運動，卜尼法斯意識到信件是被弗洛特扭曲，怒罵後者道德敗壞，並預言其不得善終，結果一語成讖，教皇同時警告法王——他已處在災難邊緣，而此時腓力四世的確面臨棘手的佛蘭德斯人叛亂。
法國東北部的佛蘭德斯地區是歐洲的紡織業中心，極爲富有，佛蘭德斯從英國進口羊毛，因而與其關係密切，並常與後者結盟對抗法國。
1302年7月11日的金馬刺戰役，佛蘭德斯訓練有素的步兵佔據有利地勢，一舉擊潰法國重裝騎士爲核心的軍隊，參戰的皮埃爾.弗洛特身亡。
早在1300年法國與英國重啓戰端，在弗蘭德斯與英國的兩面夾擊下，局勢對法國極爲不利，因此腓力四世向教皇妥協，他派特使參加在羅馬的主教審查委員會，全面承認卜尼法斯八世的合法地位。
教皇也做出相應的姿態，表明不會對腓力四世施以逐出教會的絕罰，不過這樣的姿態在腓力四世看來更像是威脅。絕罰是教皇的殺手鐗。
最成功的一次絕罰是在1077年，被革除教籍的神聖羅馬皇帝亨利四世親赴意大利的卡諾莎城堡，在冰天雪地裡站了三天，懇請格里高利七世寬恕。
1302年8月，在教皇的斡旋下，西西里晚禱戰爭各方終於簽訂和平協議，解決這個心頭大患後，卜尼法斯於1302年11月18日，發佈了教會史上最著名的詔書《一聖教諭》。