兩個星期後
在這兩個星期中，第十二使徒降臨，只是在使徒來襲的時候自己的七號機還沒有完全修復，結果不言而喻，沒法參戰，王羽徹底淪爲看客。
初號機被使徒吞沒，當後來解救初號機的時候，初號機突然暴走，在使徒的身體裡把使徒解決掉。
當初號機暴走的時候，所有人都驚呆了，看着暴走的初號機，幾乎所有人心裡想的都是，這到底是個什麼怪物。而律子想到的卻是自己到底製造的是什麼東西，初號機的這次暴走讓她感覺到在前面使徒出現是所不具有的前所未有的危機感，而產生這種危機感的卻不是使徒，而是人類自己製造出來的EVA。
而王羽在初號機暴走的時候心裡卻十分吃驚，初號機表現出來的能力比他的七號機更強，如果自己駕駛着七號機跟這時的初號機單挑的話，七號機只怕除了只能躲閃，根本就沒法進攻，本來以爲這次初號機暴走所產生的實力最多比自己駕駛的七號機強上一點點，但是當王羽現場看到後，卻發現自己還是低估了初號機的能力。
在初號機身上王羽感覺到了非常恐怖的力量，如果沒有看到這次初號機暴走後的實力，自己恐怕會在力天使來襲以前都會覺得無論初號機怎麼暴走，自己的七號機一定能幹點初號機。但是沒想到，會出現這種結果。
“呼…還好上次七號機受傷挺嚴重的，要不然自己根本就不知道初號機第二次暴走後實力有這麼強。”王羽長長的吐了一口氣，心裡卻很沉重，初號機的表現太出乎他的意外了，本來以爲初號機的實力只會在力天使出場的時候才表現得那麼強，而且在初號機吞噬力天使S2機關後，會被NERV加上更強的束縛。直到EVE劇場版結束後都沒有暴走過，可是現在自己卻不敢保證，在力天使之後初號機還會不會暴走，畢竟到現在，劇情已經有過兩次改變，如果後面的劇情裡初號機還發生暴走的話，自己的任務可能就泡湯了。現在七號機的實力已經比不上這次初號機暴走時的力量了，後面的劇情，只要初號機一暴走，七號機肯定攔不下來。
十二使徒事件結束後，第三東京市飛快的回覆了平靜。而且，在經過EVA四號機加載S2機關實驗爆炸後，NERV也開始了三號機的測試，而選出的第五適格者卻是鈴原東治，
學校天台上
“鈴原東治，你在這裡啊，還有凌波麗。”王羽來到天台上。
“是你啊，王羽，你也知道了嗎？”鈴原東治看了一眼王羽，然後繼續望着天台外面。
“恩，怎麼？你不開心。”
“是啊，以前因爲初號機上了我妹妹的事情，現在我都對EVA耿耿於懷，但是沒想到，這次我自己卻成了EVA的駕駛員。”鈴原東治臉色平靜的說道。
“你爲這件事啊，你想得太多了，EVA製造出來本來就是爲了保護人類的。那一次是碇真嗣第一次駕駛初號機，能打敗使徒都已經是萬幸了，要不是碇真嗣，我想不單單你妹妹會受傷，死的人會更多。”王羽安慰着鈴原東治。
“可是我真的不想成爲EVA的駕駛員，而且在當時知道碇真嗣是初號機駕駛員的時候，我還揍了他一頓。”
鈴原東治臉色平淡，而王羽知道他現在的心情有多麼不平靜。
王羽微微一笑，看着鈴原東治說道“有一句話叫‘生活就像**，既然不能反抗，那不如好好享受。’你現在作爲三號機的駕駛員，既然你改變不了，那爲什麼不利用這次機會來好好保護人類呢？”
鈴原東治看了王羽一眼“你雖然說道不錯，但是我還是不想駕駛EVA。”
王羽嘆了口氣“哎…你好好想想吧，使徒如果成功入侵NERV總部的話，到時候整個人類世界都不一定還能不能存在，就算不想保護好別人，你也該好好保護你妹妹吧。”
說完後，王羽就走了。
不是王羽不想繼續勸他，只是王羽知道鈴原東治的軟肋就是他妹妹，話說得這麼多就行了，再多說也無用。
……
“鬆代發生事故，怎麼會…那美里小姐怎麼樣了？”坐在駕駛室的碇真嗣說道。
“還不知道”
“怎麼會，該怎麼辦啊。”碇真嗣心裡擔心的說道。
這時明日香的聲音響起“你在嘀咕什麼啊，我們現在再怎麼擔心也沒用，不是嗎？”
“可是隻靠我們對付使徒的話…”沒有美里在，碇真嗣整個人都是空虛的。
凌波麗插進來說道“這次由碇司令指揮”
“爸爸”
……
“目標接近”
“這不是EVA嗎？怎麼會是使徒。”碇真嗣不相信的說道。
“到現在了你都不知道，裡面的是…啊…”明日香還沒說完就被三號機解決。
“明日香”
……
“零號機左臂被使徒入侵，正在入侵神經。”
“馬上切掉零號機的左臂”碇源堂立馬說道。
“可是，不解除神經連接的話…”
“馬上切掉”
“是”
“嘭”零號機左臂被切斷。
在零號機左臂被切掉後，三號機就停止了攻擊。
“使徒，現在由你初號機幹掉”碇源堂發出命令。
“可是”
“沒有可是，現在在你面前的是使徒。”
這時沒有戰鬥**的碇真嗣被三號機一腳踢到了環山公路邊，被三號機的雙手掐住脖子後。
“爲什麼不戰鬥”
“因爲那上面有人啊，爸爸。”
“那傢伙是使徒，是我們的敵人。”
“可是…可是我做不到，不能不救他，我沒辦法下手殺人。”
“你要不戰鬥會死的”
“沒關係，總比殺人好。”
這時碇源堂雙手一拍桌子“別管他，完全切斷駕駛員跟初號機的同步。”
“要完全切斷嗎？”
“是的，把迴路切換到傀儡系統”這時把碇源堂早就想測試的傀儡系統心思爆率了出來。
“可是傀儡系統還有很多問題沒解決，要不把七號機調過來。”
“不用調七號機過來，現在傀儡系統比初號機駕駛員可靠多了，馬上切換傀儡系統。”碇源堂想都沒想就拒絕了，鐵了心的要測試傀儡系統。
“是”
從遠處看見重新重新動起來開始反抗之後，王羽知道了，碇源堂使用了傀儡系統，王羽本以爲現在有了自己跟七號機，碇源堂就不會使用傀儡系統，但是沒想到，在七號機好美進入戰鬥的情況下，他就開始用了。
“既然你要使用傀儡系統，我就幫你好好測試一下它的能力。”王羽陰笑着想到。
“斷開外部電源，TA立場開啓。”王羽指令一下就朝初號機處跑去。
“七號機駕駛員，你在幹什麼？”見到快速接近的七號機，碇源堂大聲喊道。
王羽沒有理會碇源堂的話，徑直往初號機接近。
見到沒理會自己的七號機，碇源堂喊道“馬上斷開七號機所有連接。”
“不行，七號機的AT立場干擾，指令無法下達。”發佈指令後的操作員說道。
“七號機，你這是要幹什麼？”碇源堂在心中想到。
接近初號機後，王羽操縱着七號機一腳把初號機踢飛。反手一刀把初號機的外部電源切斷了。然後拿着唐刀，反身就往三號機的雙腳砍去。
而三號機與此同時把AT立場展開，王羽的一刀直接砍在了AT立場上面。
“嘿嘿，你的AT立場太弱了，是你還沒完全掌控三號機嗎？”見到自己的一刀被三號機擋了下來，王羽嘿嘿的笑了，剛纔自己的一刀差不多就直接切開了三號機的AT立場。
“再來”被擋住後，王羽又一刀砍在同樣的位置，同時還加上了九重雷刀的發力技巧。
在三號機還沒被修復的AT立場，就被王羽加力的一刀完全切開了。
“給我斷吧！”切開三號機AT立場後的王羽嘿嘿一笑，又一刀往三號機的雙腿砍過去，這次沒了AT立場的阻擋，王羽的一刀順利的砍斷了三號機的雙腿。
砍斷雙腿後，王羽正準備繼續切掉三號機的雙手時，被踢飛的初號機趕了過來。只是這次它的目標又三號機變成了初號機。
“你要幫他的忙嗎？”見到向自己衝過來的初號機，王羽反身一腳，剛趕來的初號機又被王羽踢開了。
刷刷兩刀，三號機變成了人棍。
三號機變成人棍後就這樣趴在了地上，王羽走到三號機旁邊，拿起唐刀，就王羽三號機駕駛艙旁邊刺去，王羽可不敢用手去抓，現在的三號機可是有入侵能力的，誰知道用手抓後會不會被入侵。一刀又一刀，王羽站在三號機旁邊往駕駛艙傍邊刺去，直到駕駛艙完全暴露出來。王羽操縱着七號機用刀尖把駕駛艙挑出來，然後一刀把駕駛艙的一頭切開，把鈴原東治倒了出來。
完事後的王羽站起來後，看見初號機又想自己衝過來，馬上停止AT立場，重新連接到總部的通訊後，說道“碇司令，馬上停止初號機的行動，要不然我會反擊的。”說完後，王羽又把AT立場開啓。
“司令，要不要停止初號機？”
碇源堂說道“現在還能跟七號機通訊嗎？”
“不行，他在說完後就馬上開啓了AT立場。”
“停止初號機的行動，馬上回收，七號機駕駛員出來後要他馬上來我這一趟。”如果不停止初號機，碇源堂怕王羽會真的跟初號機動手。要知道在自己瞭解的情況中，王羽這一類的人，基本上都是說一不二的。
“是，司令。”
從七號機中出來後的王羽知道碇源堂叫他後，來到了碇源堂面前。
“王羽，你剛纔到底在幹什麼？爲什麼不聽命令。”碇源堂坐在辦公桌前，面色平靜的問王羽。
“救人啊，不爲了救人我跑過去幹什麼，多一個適格者不好嗎？，況且三號機的駕駛員是我同學。”王羽理所當然的說道。
王羽一句話就讓碇源堂無話可說，就算是王羽違抗他的命令，如果真像王羽所說的，碇源堂根本就沒法懲治他。如果懲治王羽被人知道後，別人會以爲你碇源堂有別的目的。
“好吧，你先出去吧。”